天青学園に通う少年、竜ヶ崎ヒイロ。世間で大流行中のデジタルカードゲーム『Shadowverse（シャドウバース）』、通称・シャドバをプレイしたいヒイロだったが、祖父であるシゲフミにスマホを買ってもらえないでいた。ある日の朝、いつものように登校しようとしたヒイロは、自分を呼ぶ謎の声を聞く。その声に導かれ、自宅の蔵に入るヒイロ。蔵の中には、真新しいスマホが置かれていた……。

静まり返った夜の公園で、ヒイロは夜那月ルシアと出会う。ルシアもシャドバが好きなのだろうと思ったヒイロは、ルシアにバトルを挑む。ヒイロの挑戦を快諾するルシア。その瞳は、刃のように鋭く細められていた……。

天青学園でのバトルで、連戦連勝を重ねるヒイロ。そこに現れたのは、ヒイロの1年後輩である伊集院カイだった。カイはヒイロの友達である進藤カズキを圧倒した後、ヒイロに挑戦状をたたきつける。果たしてヒイロはカイに勝つことが出来るのだろうか……。

「超天才の策略、お見せしますよ」

ヒイロの友達、天宮ミモリ。ミモリは自分が『普通』なことにコンプレックスを抱えていた。ミモリの憧れは、国民的アイドルの黒羽アリス。黒羽アリスのポスターをぼぉーっと眺めていたミモリの前に、謎の少女が現れる。少女は「アタシに勝ったら黒羽アリスに会わせてあげる」と、ミモリにバトルを申し込んでくるのだった……。

いつものごとく、シャドバスタジアムでバトルをしようとするヒイロ。すると、入り口の大型ビジョンには「本日 店舗大会！参加者募集中！」の文字があった！初めての大会にワクワクしつつ、参加を決めるヒイロ。すると、そこに遅れてカズキもやってくる。いつもは友達、今日はライバル。2人のバトルが今、始まる……！

勉強、スポーツ、そしてシャドバ。どれをとっても隙がない少年、夜那月ルシア。誰もが羨む才能を持つルシアだったが、彼にとって必要なものは羨望の眼差しではなく、強さだけ。自らを追い込み、ストイックに生きるルシア。そんな彼の前に、プロプレイヤーである牙倉セイヤが現れる……。

全国大会に出場するため、ヒイロはマスターランクを目指す。バトルに勝ち続けるヒイロだったが、あと一歩のところで届かない。そんな時、ヒイロの前にグランドマスターランクの男――レオン・オーランシュが現れる。「私に勝てば、君はマスターランクだ」マスターランクの座をかけて、ヒイロの挑戦が始まる！

見事、全国大会への出場を決めたヒイロ。厳しい予選を潜り抜けた先に待っていたのは、強者のみが集う決勝トーナメントだった！第1回戦の相手として現れたのは、フードを被った謎の少女。「Ecila」と名乗る彼女の正体とは……。

1回戦に勝利し、2回戦へと駒を進めるヒイロ。相手となるのは、プロプレイヤーである牙倉セイヤ！物腰柔らかなセイヤだったが、その瞳の奥には熱い炎が渦巻いている。ルシアとのバトルでは見せなかった「本気のセイヤ」にヒイロは勝つことが出来るのだろうか……？

全国大会もいよいよ、大詰め！準決勝に辿り着いたヒイロは、謎めいた少年・マウラと出会う。怪しげな微笑みと共に、トリッキーなカードを繰り出してくるマウラ。ルシアとの決勝戦まであと一歩。絶対に負けられないバトルが始まる！

数々の熱いバトルを経て、ついに決勝戦が幕を開ける。かつての借りを返すため、ヒイロは再びルシアと相対する。交差する2人の視線、ぶつかりあう2人の想い。しかしバトルの中で、ヒイロとルシアの決定的な違いが明らかになる。

「ヒイロ。僕にとって、シャドバは――」

ヒイロとルシア、すれ違う2人、重なり合わない2人。それでもシャドバという繋がりを信じて、ヒイロは全力でバトルを続ける。決勝戦の先にヒイロが目にするものは、戦いの終わりか、それとも――。

全国大会に出場したヒイロたちを待っていたのは、ジェネシスカンパニーによる新たな大会・「シャドウグランプリ」だった！世界中から集まる強豪プレイヤーたちの存在に、ヒイロは胸を躍らせる。そして今、新たなバトルの幕が上がる――。

ヒイロが最初に遭遇したのは、伝説の料理人・田部丘マイセル。負けてしまえば即失格のバトルを挑まれたヒイロは、決意をもってマイセルに対峙するのだった……。「立てば洋食、座れば和食、歩く姿 はイタリアン……古今東西あらゆる料理を 極めた料理人！それがミー！」

マイセルとのバトルに勝利を収めたヒイロ。次の相手となったのは、財善寺家の跡取り娘である財善寺ミヤビだった。

「天地開闢以来、庶民がわたくしに勝てたことなどありませんのよ！」

超大金持ちらしいゴージャスなバトルで、ヒイロを翻弄するミヤビ。果たしてヒイロは、ミヤビを倒すことが出来るのだろうか……？

ヒイロが熱いバトルを繰り広げている一方その頃、ミモリはアリスと出会っていた。ひと時の会話を楽しむ二人の前に現れたのは、悪名高い賞金稼ぎ・ジュスティーヌ姉妹だった。ジュスティーヌ姉妹から「タッグバトル」を挑まれたミモリとアリスは、負けられないバトルに身を投じる。

「教えてやりなさい、妹よ」

「ジュスティーヌ姉妹は無敵の賞金稼ぎなんだよ……」

特別に憧れるミモリ。普通に憧れるアリス。背中合わせの2人が今、向かい合わせで対峙する。

「どっちが正しいかわかんないけど、わかんないから、こうするね」

「……アリスちゃんのことわかるためには、これが……きっとシャドバが一番だよね」

ぶつかり合う二人の瞳は、熱く、輝く。

着実に成果を上げるカイ。まだバトルもできていないカズキ。正反対の2人が、ジェネシスアイランドでまた出会う。待ち受けるは卑劣な罠、狩りの時間。

「狩りに卑怯もクソもあるかよ！」

「もう、終わり」

世界最強のシャドバプレイヤーを決める大会。勝者にはジェネシスカンパニーの社長の座が与えられる大会。……それがシャドウグランプリ。しかし、全てはまやかしに過ぎなかった。今……レオン・オーランシュが動き出す。

「シャドウグランプリはいよいよここからというわけだ。皆、励んでくれたまえよ……」

謎のプレイヤー・シャドウナイツを倒したヒイロ。現れたのは、かつて全国大会でバトルした相手……マウラだった。

「マウラ……お前もシャドウナイツだったのか……！？」

「さぁ……どうでしょうね？」

「まぁ少なくとも……あなたの敵には違いありません！」

ヒイロはシャドウグランプリのヒミツを解き明かすため、レオンのいる中央タワーを目指す。その行く手を阻むのは……強さを追い求める闇の貴公子、ルシア。

「今はバトルしてる場合じゃないぜ！」

「……他に何がある？シャドウグランプリはまだ終わってない」

交わる視線、交わらない想い。避けられぬバトルが始まる。

一進一退のバトルを繰り広げる、ヒイロとルシア。譲れない想いをぶつけ合い、2人のバトルは加速する。

「ルシア。今度こそ届くぜ。俺の心が……お前にっ！」

「ヒイロ、君は強い。だけど君と僕は違い過ぎる……」

決着の時は、今。

中央タワーに集まった、選ばれし7人。ヒイロ、ルシア、ミモリ、カズキ、カイ、アリス、マウラ……。彼らに明かされた世界の秘密は、「災いの樹」。全てを滅ぼす、災厄の存在。世界を救う資格を得るため、ヒイロたちは最後のバトルに挑む。

ついに明かされた第8のクラス、ネメシスクラス。その強大な力の前に、ヒイロは苦戦を強いられる。しかし……ヒイロが対峙するべきは、ネメシスクラスだけではなかった。

「少し……昔話をしようか」

紐解かれる、竜ヶ崎エイジの過去。ヒイロにとっての最大の試練が続く。

災いの樹によって、世界の時は止まってしまった。現れる「虚の影」、取りつかれ、操られた人々……。訪れる終焉の最中で、しかし、なおも輝く意志7つ。

「世界を救えるのは……君たち、選ばれし7人だけだ！」

虚の影に操られたタクマを救いだしたヒイロ。数々の敵を超えて、ヒイロはついに伝説のカードが眠る遺跡に辿り着く。果たしてヒイロは伝説のカードを手に入れることが出来るのか……

……黒き呪いの竜戦士が、その眼でヒイロを値踏みする。

虚の影の力を用い、シロウはヒイロを追い詰める。欲しかった強さを手に入れた、これでヒイロに勝てるはず……

……そう考えるシロウはしかし、気付いていない。シャドバの強さは、心の強さ。決して諦めない意志こそが、何よりも大事なのだと

「行くぜ、シロウ！俺は伝説を手に入れる！」

伝説のカードの遺跡に辿り着いた、カイとアリス。待ち受けていたのはジュスティーヌ姉妹。美しくも恐ろしき賞金稼ぎ。

「ジュスティーヌ姉妹は無敵なんです……」

「てめーは終わってんだよ、最初から！」

荒れ狂う闇のバトルを超え、カイとアリスは伝説のカードを掴むことができるのだろうか……。

伝説のカードを手に入れたルシア。そして現れる、「もっとも戦いたくない相手」。

「優しい兄さん。私にいつでも優しい。だから私が苦しんでるってことも、知らないんでしょうね」

重ねてきた嘘、隠してきた真実。最愛の妹、シオリの言葉がルシアの心を揺らがせる。

操られたセイヤと対峙するミモリ。その強大な力を前にしても、ミモリは決して退きはしない。

「お遊びはここまでだ！君を喰らい尽くしてしまおうか！」

「諦めません！絶対に！」

ミモリの覚悟が、古き伝説を呼び覚ます。

「悪いねぇ、2対1でさぁ。コイツに取りつかれちまったから、卑怯になっちまったのかなぁ？」

「ズオウ、それは前から」

ズオウとコウに対し、不利なバトルを強いられるカズキ。しかし、カズキは決して諦めない。守りたいもののために、救うべき世界のために。

選ばれし7人の1人、マウラ・アベラルド。彼の孤独な運命は、彼自身を確実に蝕んでいた。被った仮面は嘘の仮面、故に伝説のカードが輝くこともない。混乱と混迷の最中、マウラはルシアと対峙する。

「何のつもりかって？そんなの……僕にだってわかりませんよ」

竜ヶ崎エイジの力によって、マウラは大量の虚の影に取りつかれてしまう。伸ばしても伸ばしても、マウラの手からは希望がすり抜けて、消えていく。ついにマウラは諦めて……己の運命を受け入れて、「世界の敵」となった。

しかし……まだ諦めていない者たちがいる。ヒイロとルシアは「仲間」のために立ち上がる。

マウラの絶望が込められた、「三種の神器・カード」の前に苦戦するヒイロとルシア。溢れ出す怨嗟、繰り返される呪詛の言葉、マウラはもはやマウラではなくなった。

……それでも、ヒイロにとってのマウラは「仲間」。シャドバで繋がった、かけがえのない「仲間」。

「マウラ！俺は絶対にあきらめない！お前のことも、この世界のことも！」

「久しぶりだな、この場所も。この匂いも。この風も」

それは突然の再会、予期せぬ邂逅。

「まさか、父さんなのか……！？」

ヒイロの言葉は……しかし、エイジに決して届かない。それは突然の再会にして……予期せぬ断絶。

「敗北しろ。そして、世界の滅びを、その眼で見るがいい」

その相貌に面影は在り、その双眼に情けはない。今やエイジはヒイロの父ではなく……世界の敵と化している。

「運命はもはや、お前の味方ではない」

悲しくも激しきバトルの上で、災いの樹は静かに佇む……。

天青学園に通う少年、竜ヶ崎ヒイロ。世間で大流行中のデジタルカードゲーム『Shadowverse（シャドウバース）』、通称・シャドバをプレイしたいヒイロだったが、祖父であるシゲフミにスマホを買ってもらえないでいた。自分の名を呼ぶ母の声に導かれ、ヒイロは日常へと戻る。

……永遠の日常へ。

「ヒイロ……俺とバトルしろ」

迷い込んだ異世界で、ヒイロはローウェンと対峙する。なぜここにいるのか、どうして出会ってしまったのか。分からないからこそ、バトルする。

「やろうぜ、ローウェン！手加減なしだ！」

天宮ミモリ、14歳。好きなものは紅茶で、嫌いなものは怖いこと。

……得意なことは、歌うこと！ステージで輝く私は、誰にも負けない「特別」な私。

「私、アイドルやってます！」

黒羽アリス。自由に生きるのが好き、縛られるのが嫌い。

……いつだって、自分らしくいたい。雑踏の中に紛れるアタシは、誰かと一緒の「普通」なアタシ。

「あは♪選べないかも！自由ってサイコー！」

「肉味噌チャーハン大盛り、お待たせじゃんねー！」

夢の中、理想の中、幻の中。それでもカズキは「いつも」と変わらない。

……だから、どんな試練が訪れたって、「いつも」のように乗り越えるだけ。

テストを解けば100点満点。剣道の授業で見事に一本。バトルをすれば連戦連勝。

カイは超天才、まさに完璧。

……恐らくは、そのはずだ。

それは罪。仲間を傷つけた罪。それは罰。世界を滅ぼそうとした罰。

罪人たる2人の邂逅は、必然。

分かっていた、知っていた、それでも夢を見たかった。

……月光の下で、儚き願いが揺蕩い、震える。

「今日も満月ですね、兄さん」

「あぁ……嘘みたいに綺麗だ」

7人の選ばれし者たちは、真実の希望を掴み取った。その証として……天空に巨大な城が現れる。伸びる階段は遠く、高く。けれど、彼らにはもう恐れるものなど何もない。

……いよいよ、本当のバトルが始まる。

エイジの全力を受け、倒れ伏すヒイロ。インフィニットフレイムドラゴンを破壊された今、ヒイロに為す術など残されていない……。

「終わってない。負けてない……」

……それでも、ヒイロは立ち上がる。最後まで諦めないこと……それこそが、彼のシャドバだ。

レオンが使ったスペルカード、「シャドウ・モード」は……大いなる力をもたらした。世界を進化させるために、レオンもまた、進化する。

「私は君の敵だ。だが世界にとっては……救世主さ」

ヒイロの胸に宿るのは……怒り。凶暴で……凶悪な憤怒の感情。

「お前が……お前のせいで！お前は倒す！絶対に……ここでっ！」

重なり合う絆が力に変わり、遂に「アルティメットレジェンド・ドラゴン」が降臨する。7人の想いを乗せ、究極の伝説は咆哮を上げた。

「どんな敵が相手だって、絶対に諦めない！それが俺の！」

「僕たちの！」

「シャドバだあああああああ！！」