スクラップの山に取り囲まれたリバチェスタの街で、ゴミ漁りをしながら暮らす少年・エコヲ。ある日、彼が掘り出したのは、腰にジャック穴のついた正体不明の少女だった。記憶がないという彼女を、家に連れて帰るエコヲ。しかしそんな彼の行動が、街を揺るがす騒動に広がっていってしまう。

アイン、シュテュル、ツェンデの三姉妹の精神攻撃により窮地に陥ったエコヲたちを救ったのは、「真紅の麗人」の異名を持つ祈手、ビリンだった。彼女が副所長を務める「トレモロ技研」で目を覚ますエコヲ。一方のミュウは、三姉妹との戦いをきっかけに、エコヲと旅を続けることに迷いを感じ始める。

ロンディニウムの街を眩い閃光で照らし出す異形のイクイップメント、デュエルショウマン。その肩に乗るミュウの姿がかつてのジミの暴走と重なり、エコヲは衝撃を受ける。トミーの指揮によって大規模なミミナシ掃討作戦が動き出す中、エコヲはミュウとトミーを止めるため、ウォッチタワーへの潜入を決意する。