Une jeune fille se jette du haut d'un immeuble et s'écrase. L'incident provoque un certain effroi, tant la jeune fille donne l'impression de n'avoir été qu'un cadavre avant même de sauter. Alors que l'affaire est classée à cause du peu d'informations disponibles, d'autres « suicides » surviennent : les unes après les autres, de jeunes filles n'ayant aucun lien entre elles sautent du même bâtiment. C'est ainsi qu'une rumeur se répand, prétendant l'existence d'un fantôme au sommet du fameux immeuble. Mikiya Kokutô, employé au service de la société de construction de Tôko Aozaki, a une amie qui a été plongée dans le coma pendant deux ans, Shiki Ryôgi. Bien qu'ayant toujours les souvenirs antérieurs à cette période, elle les croit irréels et faux. Depuis le jour de son réveil, elle possède l'étrange don de pouvoir entrevoir la « mort des choses ». Un jour, les trois protagonistes vont tenter d'élucider, ou du moins de comprendre, ce qui se passe dans cette affaire..

Hiver 95. Kokuto Mikiya rencontre à la tombée de la nuit une jeune fille au regard vide et vêtue d'un kimono bleu. Quelques jours plus tard, le jeune homme la retrouve à la rentrée du lycée: Shiki Ryôgi va dorénavant être sa camarade de classe. Bravant l'attitude froide et intimidante de la jeune fille, Kokuto va progressivement gagner sa confiance et devenir son ami. L'adolescent va petit à petit apprendre à connaitre Shiki au point de découvrir la double personnalité de la jeune héritière de clan. Parallèlement de nombreux crimes atroces sont commis dans la ville et les soupçons du jeune homme se portent, contre sa volonté, sur sa nouvelle amie...

Juillet 98. Dans un bar sous-terrain qui sert de repaire à une bande de jeunes débauchés, une fille est abusée sexuellement. Son visage ne trahit aucune émotion, comme si elle ne ressentait aucune douleur. À la nuit tombée, tandis que Kokutô se ballade en ville, il rencontre une lycéenne portant le même uniforme que celui de sa sœur dans un coin de ruelle sombre. Semblant souffrir du ventre, il l'amène chez lui afin qu'elle puisse se reposer mais la jeune fille disparait pendant le sommeil de Kokutô. Le lendemain aux nouvelles on apprend que plusieurs victimes ont été retrouvées le corps tordu, plié dans un bar abandonné. L'agence d'Aozaki Tohko où travaille Kokutô est chargée de retrouver Fujino Asagami soupçonnée d'être l'auteur de ces meurtres...

Octobre 98. Un cambrioleur pénètre dans l'appartement du couple Enjou où il découvre deux cadavres. La police, alerté par le cambrioleur, se rend sur place où elle est accueillit par le mari du couple, bien vivant ! Tomoe Enjou, fils du couple, est en fuite depuis qu'il a assassiné ses parents. Alors qu'il est poursuivi par trois anciens camarades de lycée, Tomoe fait la connaissance de Shiki qui l'a aidé à sortir de ce guêpier. Cette dernière accepte de l'héberger quelques jours. Mais le temps passe et les informations ne mentionnent toujours pas les meurtres commis par l'adolescent. Shiki se décide donc à l'accompagner chez lui pour vérifier ses dires. Tous les deux se retrouvent au pied de l'étrange immeuble (où l'ascenseur monte en spirale) et y rencontrent le maitre des lieux : le mage Araya Souren, une vieille connaissance de Shiki...

Octobre 98. Un cambrioleur pénètre dans l'appartement du couple Enjou où il découvre deux cadavres. La police, alerté par le cambrioleur, se rend sur place où elle est accueillit par le mari du couple, bien vivant ! Tomoe Enjou, fils du couple, est en fuite depuis qu'il a assassiné ses parents. Alors qu'il est poursuivi par trois anciens camarades de lycée, Tomoe fait la connaissance de Shiki qui l'a aidé à sortir de ce guêpier. Cette dernière accepte de l'héberger quelques jours. Mais le temps passe et les informations ne mentionnent toujours pas les meurtres commis par l'adolescent. Shiki se décide donc à l'accompagner chez lui pour vérifier ses dires. Tous les deux se retrouvent au pied de l'étrange immeuble (où l'ascenseur monte en spirale) et y rencontrent le maitre des lieux : le mage Araya Souren, une vieille connaissance de Shiki...

Janvier 1999. Azaka Kokuto est une apprentie mage de 16 ans au sein de l'école Reien. Elle est la soeur de Mikiya (dont elle est amoureuse) et la disciple de Tohko Aozaki. A ce titre, elle est chargée de mener une enquête au sein de son internat sur la présence d'un mage utilisant des fées. En effet, ce mage serait lié de près ou de loin au suicide de Kaori Tachibana, une élève de 1ere qui, avant de mettre le feu dans le vieux bâtiment où elle se trouvait, se plaignait d'être assaillie par des fées. Mais Azaka n'étant pas pourvue de la "vision mystique", Tohko décide d'envoyer Shiki (qu'Azaka considère comme sa rivale en amour) afin de l'aider dans sa tache.

Février 1999. Quatre années se sont écoulées depuis une première série de meurtres dans la ville de Mifume. A ce jour, sept meurtres supplémentaires ont été perpétrés, ce qui porte le total des homicides à treize. La police, accusée d'incompétence sur cette enquête, pense qu'il s'agit du même meurtrier. Mikiya se met de nouveau à soupçonner son amie Shiki bien que celle-ci soit débarrassée de sa double personnalité. En plein désarrois, le jeune homme essaye de passer un maximum de temps avec Shiki afin d'ôter ce doute lancinant qui s'est emparé de lui. Mais la jeune femme erre la plupart du temps dans les rues sombres de la ville : est-elle à la recherche de réponses sur son passé ou d'une potentielle victime ?

When Mikiya notices possible connections between Shiki's injuries and information about the murders, he begins to monitor Shiki's activities. However, his concern for Shiki's safety may bring him more danger than he initially expected.

In February 1999, a string of murders has Shiki Ryougi and Mikiya Kokutou on edge. These crimes share a disturbing resemblance to a similar set of homicides from 1995, when Shiki and Mikiya first met, and awaken a dark, murderous desire that has laid dormant within Shiki's soul ever since then.

Mikiya begins investigating the new serial murders and the new drugs in town in order to find a connection between the two and in turn get another step closer to finding Shiki.

After connecting the dots, Mikiya arrives at an apartment that eerily has numerous pictures of Shiki pinned across the walls. Mikiya comes across a diary on a nearby table detailing the writer's unnatural obsession with Shiki. As he reads the entries however, someone enters the room.

Shiki and Lio Shirazumi confront each other, but when Lio tempts Shiki into killing him, Shiki is suddenly reminded of the events three years ago that she had forgotten in the accident.

When Shiki tries to leave, Lio reveals to her that he had just killed Mikiya "for her sake," which puts Shiki into a state of distraught. As Lio makes his way to attack her, Shiki finally comes to terms with her thoughts and feelings.