恩田心（松下奈緒）は横浜みなと総合病院に勤務する腫瘍内科医。様々な症状のがん患者と日々向き合い、忙しい毎日。この日、心は、担当患者・高坂民代（高畑淳子）に再発の告知をしていた。民代にとっては幾度目かの経験で、軽口を叩き去っていく。一息つく間もなく、次は、化学療法室から緊急の連絡。初日の研修医・結城涼（清原翔）と共に駆けつけると、初来院の男性患者が倒れていた。心たちが適切な処置を施し落ち着きを取り戻すが、紹介状に添えられたカルテを見て、心は違和感を感じる。担当医である消化器外科部長の美川に生検を進言しようとするが、「勝手に人の患者を診るな」と言われてしまう。仕事を切り上げ、向かったのは別の病院。３ヶ月前に事故に遭い意識不明となっている夫を見舞うためだ。少しの滞在の後、すぐに息子の漣を迎えに行き帰宅すると、義父・京太郎（北大路欣也）が出迎える。来ることは聞いていない。世話を焼いてくれるのはいいが、気を使う相手。公私共に息つく暇がない…これが、最近の心の日常だった。数日後、先の男性患者に検査をオーダーしようとすると、すでに受けていることがわかり、結果を見ると予想は的中。カンファで美川に確認しようとするも「勝手に検査をするな」と言われる。身に覚えがない心が反論しようとすると、自分が検査をしたと名乗り出る医師の姿が…。見慣れない彼女は、別の病院から転籍して来た消化器外科医の梶山薫（木村佳乃）だった。果たして、内科医と外科医、立場の違う２人の医師のタッグが始動する。と、同時に、心の人生を一変させる、運命の歯車が少しずつ動き出そうとしていた…。

恩田心（松下奈緒）に夫、匠（中村俊介）の容態が急変したと関東医科大学附属中央病院から連絡が入り、一緒にいた梶山薫（木村佳乃）と共に病室に駆けつける。京太郎（北大路欣也）と 漣（桑名愛斗）と一緒に、担当医・須藤進（田辺誠一）から状況の説明を受けるが…。『横浜みなと総合病院』では、心が担当する末期がん患者、木内陽子（朝加真由美）の容態が悪化。腫瘍内科で、陽子の今後のケアについてのカンファレンスが行われる。心は抗がん剤治療をまだ続けることが出来るかを考えるが、光野守男（藤井隆）と阿久津晃（木下ほうか）は否定的だ。緩和医療への切り替えについては、研修医の結城涼（清原翔）と夏樹奈海（岡崎紗絵）の意見も割れる。休憩中、心は薫に匠の病院に付き添ってくれたことへの礼を言い、辛い時にいつもタイミング良く現れてくれると話す。そして、心は先日、薫が何か言いかけたことを尋ねるが…。一方、薫は、容姿端麗な男性・関河隆一（三浦翔平）とジムで出会う。その後も、偶然再会し、言葉を交わすが…。

恩田心（松下奈緒）の夫、匠（中村俊介）の告別式が行われる。参列した光野守男（藤井隆）、阿久津晃（木下ほうか）たちは心に弔いの言葉をかけるが、梶山薫（木村佳乃）は声をかけることが出来ない。葬儀を終えた心は、悲しみを抱えながらも日常に戻ろうと、数日後から勤務を再開する。阿久津や光野は心配するが、心は、仕事をしている方が気が紛れると気丈にふるまう。その言葉通り、以前より仕事に打ち込んでいく心だが、突然、警察から京太郎（北大路欣也）に関しての連絡を受け…。一方、薫は、匠の死に繋がる真相を心に言えないでいた…。打ち明けるべきか否か−。思い悩む薫の元に、先日薫と偶然の出会いを果たしていた関河隆一（三浦翔平）が姿を現し、真の目的を打ち明ける…。愛する人を失ったとき、遺された家族は、悲しみをどう乗り越えていくのかー。

恩田心（松下奈緒）は阿久津晃（木下ほうか）のアドバイスできちんと忌引き休暇を取り、京太郎（北大路欣也）、漣（桑名愛斗）たち家族と、匠（中村俊介）を亡くした悲しみを共有することが出来た。そうして腫瘍内科の勤務に戻った心に、ジャーナリストの関河隆一（三浦翔平）が接触してくる。心は、腫瘍内科の取材と聞いて引き受けたのだったが、関河が実際に知りたかったのは関東医科大学で梶山薫（木村佳乃）が起こしたとされる医療過誤問題だった。しかし、心に思い当たる節はなく、取材の件を薫に話して関河には気をつけるようにと話す。そんな心と薫の会話を高坂民代（高畑淳子）が聞いていた。そんな折、心が新たに担当したのは長尾春香（遊井亮子）という女性患者。はっきりとした治療期間を知りたいと訴える春香に、心は患っている粘液型脂肪肉腫は希少がんの一つで全般的に抗がん剤が効き辛く、使用できる薬は副作用が強いので入院も必要になりそうだと説明する。しかし、春香は仕事があるので入院は無理だと頑なだ。一方、関河は須藤進（田辺誠一）にも取材を敢行。時を同じくして、心たちの病院でも薫が何か問題を起こして病院を移ったらしいと噂が広がっていきー。

恩田心（松下奈緒）は夫・匠（中村俊介）が手術中のミス、つまり医療過誤が原因で亡くなったことを梶山薫（木村佳乃）に知らされる。しかも、薫はその時に匠の手術をしていたのは担当医の須藤進（田辺誠一）ではなく自分だったと告白。薫の手技が、匠の死に繋がったことを知った心は、信頼していた薫に裏切られていたことで、信じがたい混乱と苦しみの中、薫に対して「消えて…」と伝える。数日後、薫はまだ横浜みなと総合病院にいた。退職願を消化器外科部長の美川史郎（阿南健治）に提出していたが、薫の手術を待つ患者もいるためすぐに辞める事は出来ない。心が担当する高坂民代（高畑淳子）もその一人。しかし、心は薫を避けるようになっていた。そんなある日、心が医局に戻るとペットボトルの水が数本置かれている。心が手を伸ばそうとすると光野守男（藤井隆）に止められる。光野によると “がんが消える効能がある“と謳った水だそうで、元患者が、病院にいた患者たちに無断で配っていたので回収したという。初回は無料だが次回から高額で売られているらしく、阿久津晃（木下ほうか）たち腫瘍内科の面々とともに心も憤りを隠さなかった。心は結城涼（清原翔）と新たな患者、土方絵麻（清水くるみ）と付き添いの父・徳介（ベンガル）、母・律子（宮田早苗）に治療方針を説明。心が抗がん剤治療を施してからの手術になると話すと、徳介が口を挟む。徳介は抗がん剤投与に拒否反応を持っていた。律子と絵麻がとりなしてその場は収まるが…。一方、匠の医療過誤を調べる関河隆一（三浦翔平）は、当時の事実を知る新たな人物と会っていたー。

恩田心（松下奈緒）は匠（中村俊介）の死が、梶山薫（木村佳乃）ではなく須藤進（田辺誠一）による医療過誤であったことを関河隆一（三浦翔平）に証拠とともに知らされた。心は薫に酷いことを言ってしまったと謝罪し、須藤を関東医大附属中央病院の調査委員会に申し立てると話す。薫の心中は複雑だ。心は新たに武井正弘（平田満）という患者を担当。武井は3年前に膀胱がんの治療を受け、経過は良好だったが今回の検査で肺への転移が発見された。がん性腹膜炎の疑いもあるため、入院しての抗がん剤治療を勧める心だが、武井は仕事もあるからと通院治療を望む。心は説明には武井の家族の出席も求めたのだが、話は本人にしか出来なかった。同席していた結城涼（清原翔）は武井が頑なに入院を拒否することに疑問を持つ。数日後、心は治療に来た武井に、やはり家族にも病状について話したいと話すも、再び言い淀む武井。治療を終えた数時間後、病院の廊下の椅子で眠る武井を見かけた結城が声をかけると、武井は自ら調べた余命が真実なのか結城に詰め寄り……。

恩田心（松下奈緒）は、抗がん剤治療を受けないと言う高坂民代（高畑淳子）に理由を尋ねる。動けるうちにやりたいことをやっておきたいと答える民代は、心と梶山薫（木村佳乃）の関係を心配していた。薫に会った心は、本当に横浜みなと総合病院を辞めるつもりかと聞く。そんな時、高校生の井上和樹（萩原利久）が入院してくる。和樹は幼い頃からがんで入退院を繰り返し、今回も大学入学を目前に控えての再発だった。心と一緒に和樹と会った夏樹奈海（岡崎紗絵）は医局で光野守男（藤井隆）が、かつて入院していた時の様子を聞く。光野は子供の頃の和樹は優しくて頑張っていたと教えるのだが…。和樹もその家族たちも病気に疲弊していた。自分の弟もかつて入退院を繰り返していた経験がある奈海は和樹に寄り添おうとするが…。一方、心は奈海や結城涼（清原翔）に、若い患者たちの気持ちを知ってもらおうと患者との交流会を開くことにした。そこで、奈海と結城は患者や家族の本音を聞くことになり…。交流会の後、心は薫たちを自宅に誘う。恩田家に着くと、結城と奈海は京太郎（北大路欣也）と漣（桑名愛斗）が待つ室内に入るのだが、薫は躊躇してしまう。そんな薫に心は…。

恩田心（松下奈緒）と梶山薫（木村佳乃）が、婦人科医の前園敬之（高橋洋）に呼び出される。前園は、切迫流産で緊急入院した小山内静（山田真歩）の胎児をエコーで確認したところ気になる部分が見つかったと二人に話す。静はかつて大腸がんで入院したときに心が担当した患者だが、肝臓への転移が見つかったのだ。カンファレンスで、心たち医師たちはがん治療のために静の妊娠継続は難しいということで一致した。心と薫は静の病室へ行き、病状を説明。心は妊娠の継続が困難なので静の命を優先させたいと告げる。しかし、静に中絶の選択肢はなく、その意思はゆるぎないものだった。静に付き添っている夫の敬（落合モトキ）にもやっと授かった子供だと中絶への同意は得られない。翌日、心が化学療法室へ行くと、佐倉莉子（小川紗良）がスマホの画面を看護師たちに見せていた。莉子は心にも画面を見せる。それは退院した高坂民代（高畑淳子）が旅先での出来事を紹介しているSNSの記事だ。病気でも人生を楽しんでいる民代から、自分も元気をもらえると莉子は喜び、患者のこういう面を知ってもらいたいと言う。すると、心は莉子もSNSで発信したらどうかと勧めた。そんな矢先、民代が旅先で倒れたという一報が入り…。

恩田心（松下奈緒）と梶山薫（木村佳乃）が担当する、すい臓がんの患者、佐伯芳雄（相島一之）の弟、隼人（丸山智己）が、兄を転院させると申し出てきた。芳雄はこのまま横浜みなと総合病院で手術で良いと思っているのだが、隼人はより腕の良い外科医がいる有馬総合病院への転院を譲らない。心と薫は引き止める事はせず、患者家族の意向に従うことにした。一方、結城涼（清原翔）と夏樹奈海（岡崎紗絵）の研修期間がそろそろ終わろうとしている。阿久津晃（木下ほうか）はこのまま腫瘍内科に来て欲しいのだが、結城は外科、奈海は小児科と当初からの希望は変わっていない様子。阿久津にはどうしても腫瘍内科を強化せねばらならない理由があるようだ。そんな中、薫が腫瘍内科に女性を連れて来る。女性は有馬総合病院の理事、結城美紀子（とよた真帆）と名乗り、佐伯兄弟に対し、現場の医師が勝手に承諾したことで、病院としては先に待っている患者を差し置いて手術を請け負うことはできない旨の謝罪に来たのだと言う。丁寧な美紀子の対応に感心する心。すると、美紀子は出向いて来たのは、息子の職場も見ておきたいからだと言い、彼女が向かった先は…。

腫瘍内科医の恩田心（松下奈緒）と消化器外科医の梶山薫（木村佳乃）は困難を乗り越え、医師として、友人として、強く信頼しあえる関係を築いた。そんな矢先、薫は乳がん手術から5年目の検査で、がんの再発が判明。その告白を受けた心は、二人で乗り越えようと誓い合う。しかし、薫の病状は重く、手術は難しい。それでも薫は抗がん剤治療を受けながら、外科医としての仕事を続けたいと心に頼む。心の国立がん医療センターへの移籍の話も期限を迎えようとしている。医師としての将来を思う阿久津晃（木下ほうか）にも決断を迫られるのだが、薫の件もあり、心は答えることが出来ない。また、研修期間が終わろうとしている結城涼（清原翔）と夏樹奈海（岡崎紗絵）もどの科に行くか決めかねていた。 　佐倉莉子（小川紗良）が化学療法室で治療を受けていると薫が来た。治療を受ける薫に驚く莉子。だが、莉子もすでにがんと闘う決意に満ちている。莉子は戸惑っていた職場への病気の報告も済ませ、今はフリーペーパーの編集も手伝っていると薫に話す。そんな二人を、同じく抗がん剤治療を受けていた橘千寿子（三田寛子）が見ていて…。２人の女医、そしてそれぞれの医師たちに、やがて変革と旅立ちのときが訪れようとしていたー。