何者かが地上に投げ入れたひとつの球。“それ”は大地を転がり、石やコケ、けがを負い死んだ白いオオカミへと姿を変え、雪原をさまよっていた。やがて“それ”は、飼い主の少年が暮らす小さな家にたどりつく。集落でたったひとり、豊かな土地を求めて去った仲間を待ち続けていた少年は、オオカミとともに旅に出ることを決意する。

少年に姿を変えた“それ”は、死と再生を繰り返しながら歩き続けた。森の大地ニナンナに到着するが、突然何者かに襲われてしまう。ニナンナでは「大人になってママになること」を夢見る少女マーチが、家族や友人とともに穏やかな暮らしを送っていた。ところがある日、隣国ヤノメの役人ハヤセが祈祷師ピオランとともに村に現れて…。

少女マーチは森で出会った不死身の少年を“フシ”と名付けた。少年の姿をしているものの、人間らしい意識は持たず、食事や会話もままならないフシに対して、マーチはまるで母親のように優しく接した。彼女とのふれあいを経て、フシの心に変化が起こっていく。儀式から逃げたマーチをあきらめられないハヤセは、その後を必死に追う。

フシの不死身の能力に興味を持ったハヤセは、フシ、マーチ、パロナ、そして身分を明かしたピオランをヤノメ国へ連行する。華やかで活気にあふれたヤノメの街を楽しむフシたち。しかし、ハヤセが密かに進める恐ろしい企てにより、フシたちの自由が危うくなろうとしていた。

夜の闇にまぎれて監獄を出たフシたちは、馬車でヤノメ国から脱出しようとする。ニナンナの両親のもとに帰れることが嬉しいマーチは、フシに「一緒に大人になろう」と笑いかける。しかし、ハヤセ率いるヤノメの一団がフシたちの逃亡を許すはずはなく…。

わずかな“人間らしさ”を獲得したフシは、ひとり旅立った。フシは森で老婆ピオランと再会し、少しずつ言葉や文字、人間としての生き方を教わっていく。ある夜、フシは森の中から現れた奇妙な触手に襲われる。そして、とうとう、“観察者”がその姿を現す…。

フシとピオランは、タクナハに到着。酒爺の店で仮面の少年グーグーに出会う。３か月前のある出来事のために素顔を隠し、酒爺のもとで使用人として働いているグーグーは、謎めいた少年フシに、どこか親しみを感じる。

フシ、グーグー、ピオラン、酒爺、そこにお金持ちの一人娘リーンが加わり、一風変わった共同生活が続く。リーンに憧れるグーグーは、戸惑いつつも彼女との暮らしにほのかな期待を抱く。ところがある日、酒爺から自分の体の大きな秘密を知らされたグーグーは…。

兄弟の絆を深めていくフシとグーグー。フシは、これまで出会った雪原の少年やオオカミのジョアン、マーチたちのことをグーグーに話す。グーグーも、フシに「死ぬこと」について教えながら、自分の過去を思い返す。それは、かつて兄とともにお金持ちの家で雇われていた頃、家族の意味に気付かされた時のこと…。

森の中に現れたのは謎の敵“ノッカー”だった。敵はマーチの器を奪いとり、植物のツルのような無数の触手を伸ばしてフシたちを追い詰める。フシとグーグーは互いを守りながら懸命に戦うが、絶体絶命のピンチに。グーグーはノッカーの弱みに気付き、自分にしかできない攻撃方法を思いつく。

ノッカーとの戦いから４年の歳月が流れ、フシとグーグーはたくましい青年へと成長した。グーグーは生き別れた兄と再会。そしてリーンの屋敷で開かれる、16歳の誕生日パーティーに招かれる。親が決めた相手と結婚しなければならないリーンは、その胸中をフシに打ち明けるのだった。

グーグーとリーン。ついに二人の心が通い合おうとしたとき、屋敷にノッカーが現れた。華やかなパーティー会場を揺れが襲い、招待客たちは悲鳴をあげながら逃げまどう。フシはおびえる人々を外へと逃がし、グーグーとともにノッカーに挑む。そしてフシは、自分ではない、誰かの激しい痛みを感じる…。

酒爺たちに別れを告げたフシは、タクナハの地をひとりさまよっていた。道すがら、観察者に自分の存在理由や生き残った意味を問いかけるが、満足な答えは返ってこない。やがてフシを追って、ある人が旅に合流する。そしてフシは、マーチの器と記憶がノッカーに奪われたことに気付かされて…。

スカイフィッシュ号の案内役、少女トナリに導かれジャナンダ島へやってきたフシ。そこは凶悪殺人犯たちを囚人として集めた島だった。囚人たちは望みをかなえるために、闘技場で殺しあうという。離れ離れになったピオランを救いたいフシは、闘技場で戦い続ける。

バーサーカーとの戦いの最中、ニナンナの少女パロナの姿に変身したフシ。その意味を悟り、ショックを受ける。トナリはそんなフシを仲間に引き入れようと、ピオラン救出への協力を申し出る。明るいがとらえどころのないトナリをフシはまだ信じきれずにいたが、再び闘技場での戦いに身を投じていく…。

ノッカーとの戦いに辛くも勝利を収めたフシ。トナリやジャナンダ島民との共闘は、フシの心に変化をもたらした。その夜、フシは子どもたちと一緒に火を囲み、それぞれの夢を語りあう。トナリもまた、自分の過去に思いをはせる。そして次はいよいよ島からの脱出をかけた決勝戦。その戦いの場に現れたのは…。

フシを倒し優勝したハヤセは、ジャナンダの島民たちに意外な提案をする。眠らせたフシを連行し、いよいよ我が物にしようと企むハヤセ。そこへ、フシを助け出そうとやってきたトナリとその仲間たち。無敵のハヤセに果敢にも挑む子どもたちだったが…。

囚われの身となったフシを救出するため、トナリはひとりジャナンダ島へ戻った。二人は再び島を脱出しようとするが、海が荒れたため洞窟で一夜を過ごす。トナリは思いを語り、二人は心を通わせる。翌朝、観察者によってノッカーの出現が知らされた。そしてジャナンダの街には、信じられない光景が広がり…。

フシは島民たちを守るため、次々と現れる死体に乗り移ったノッカーの集団と戦う。しかし仲間たちの命の火が次々と消えていく。大切な人を助けられない自分自身を呪うフシ。一方、トナリとサンデルの前にはハヤセが立ちふさがり、フシにある決断を迫る。

フシはトナリたちに別れを告げ、ピオランが待つゼダンの港へと戻る。しかし、ノッカーを引き寄せてしまう自分の存在は、ピオランに危険を与えてしまう。もう会わない方がいいのではないか。ピオランを案じてなかなか再会できずにいたフシだったが…。