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매일 반복되는 일상생활 어딘가에 불가사의한 세계로 들어가는 입구가 있다. 이것은 ""Y""의 시작에 대한 이야기. 어느 날, 지묘한의 반에 한 학생이 전학 온다. 그의 이름은 백견우. 두 사람은 좋아하는 애니메이션 얘기가 계기가 돼 빠르게 의기투합한다. 완전히 마음을 연 묘한은 견우에게 첫사랑에 대한 고민을 털어놓는다. 내용인 즉, 전철역 플랫폼에서 본 여고생에게 가슴이 두근거렸다는 것. 묘한은 견우에게 협조를 부탁하고, 여고생에게 고백하기로 한다. 다음 날 방과 후, 말을 걸기 위해 여고생의 뒤를 쫓다가, 웬 수상한 남자가 한발 앞서 그녀의 뒤를 쫓고 있다는 사실을 알아채는데…

"동경하는 Y학원에 입학해 중학생이 된 양우연은 YSP클럽 소속의 지묘한 일행과 만나 소란스러우면서도 즐거운 나날을 보내고 있었다. 그런데 어느 날, 갑자기 거대한 회사원이 학교 안에 나타난다! 그는 학원 7대 불가사의로 알려진 ""거대 회사원 김 과장""으로, 여자 탈의실을 거대한 얼굴로 들여다보는 변태…라는 소문마저 떠돌고 있는 인물. 지묘한 일행은 즉시 불가사의 풀이 미션을 개시하려 한다. 그리고 그런 그들의 모습을 설보라의 같은 반 친구인 김지은이 동아리방 밖에서 엿보는데...

"설공주는, YSP클럽의 홍일점. 클럽의 마돈나로서 오늘도 우아하고 멋진 아침을 맞이하지만, 숙소 현관에서 응가를 밟아버렸다!?라고 생각한 순간, 침대에서 눈을 뜬다. 공주는 조금 전의 사건은 꿈이라 생각하고 안심하지만, 좀 전의 꿈과 같은 일이 또다시 반복된다. 예지몽이었나 생각한 설공주는 이번에는 응가를 피했지만 준비물을 놓고 간 우연과 부딪혀 응가를 밟아 버린다. 그리고 다음 순간, 다시 침대에서 깨어난다. 응가를 밟으면 같은 아침으로 돌아가 버리는 공주. 이대로 응가를 계속 밟을 운명인가?!

"평소 매너가 좋은 축구부의 에이스인 추구공이 돌연 거친 플레이를 시작하고, 사상 최연소로 프로 장기 기사가 된 겸손한 장훈수가 「특기로 삼는 공격법」을 묻자 「(남자의) 중심을 치고 나가는 것!」이라고 악동 같은 행동을 해 주위를 깜짝 놀라게 하는 모습을 보고서 이상하게 여긴 양우연은, 학원 7대 불가사의 중 하나인 「악동 노트」 때문이 아닐까 의심한다. 악동 노트에 이름이 적힌 인간은 ""악동""같은 행동을 하게 되는 모양. 그렇다면 YSP클럽이 나설 차례! 지묘한과 친구들은 악동 노트가 처음 나타난 것으로 알려진 도서관에 가보기로 하는데...

교장 선생님의 딸 왕에마를 위해 학원 7대 불가사의 중 하나인 미래를 예지하는 초콜릿 포춘 비터 블랙을 구해달라는 부탁을 받은 지묘한과 친구들. 학교 안에 있는 차 리이의 초콜릿 팩토리에서부터 이어지는 행렬에 줄을 서서 겨우 포춘 비터 블랙을 얻지만, 초콜릿을 예약해뒀다는 선배 구미남에게 빼앗기고 만다. 구미남이 그 중 하나를 꺼내 맛을 보니, 안에서 '그대, 고운 복숭아 열매를 향해 피융! 바람이 뺨을 어루만지고 띵!'이란 점괘가 적힌 종이가 나온다. 그리고는 갑자기 구미남이 공중에 떠올라 엄청난 기세로 어디론가 날아가 버리는데...

어느 날 우연히 알게 된 영화부 감독 수필벅을 찾아 지묘한과 친구들이 영화부로 찾아갔더니 부실이 왠지 어수선하다. 알고 보니, 숲에서 촬영한 영상에 괜히 낯선 좀비가 끼어 있었다고 한다. 그 좀비를 보고 수필벅은 학원 7대 불가사의 중 하나인 '영화에 출연하고 싶 은걸'을 떠올린다. 은걸이 찍힌 영화는 저주를 받는다는 소문이 떠돌아, 영화부의 이번 영화도, 주연 배우가 차례로 그만둬 버리는 사태가 벌어진다. 세 번째 주연배우마저 그만두게 되자 수필벅은 양우연을 주인공으로 기용해 촬영을 계속하지만, 촬영 현장에 은걸이 불쑥 나타나는데...

차례차례로 학원 7대 불가사의를 파헤쳐 온 지묘한과 친구들. 마지막 하나는, 「화장실의 영희」다. 친구들은 곧바로 영희가 있는 곳을 조사하고 있는데, 혼자서 화장실에 간 양우연의 비명이 울려 퍼진다! 지묘한과 친구들이 남자화장실로 달려가자, 양우연이 변기 속에서 나온 토네이도에 빨려 들어가 버린다. 영희의 소행이라고 생각한 지묘한과 친구들은, 영희가 있다고 알려진 낡은 교사로 이어지는 길로 간다. 그러자 커다란 문이 나타나고 ‘어서 오십시오, 쾌변 왕국 장실성에‘라는 소리가 들리는데...

최근 지묘한과 친구들의 활약으로 YSP클럽이 지지율 1위에 오른다! 그 소식을 들은 학생회장 무은율은 눈에 거슬려 하면서도 지묘한과 친구들이 히어로로 변신해 요괴를 물리치고 있다는 사실에 흥미를 갖는다. 그때 지묘한과 친구들은 Y학원 최대 규모의 수수께끼 Y서클에 도전하려 하고 있었다. 그것은 학원 건설 중에 갑자기 출현한 수수께끼의 건물. 부수려고 해도 너무 튼튼해서 부수지 못했던 모양. Y서클에 대해 1년 전부터 조사해온 무은율은 지묘한괴 친구들의 동태를 살피고 뒤쫓는데, 무은율의 목적은 과연...?

중간고사에서 낙제점을 받은 지묘한과 백견우, 그리고 양우연 세 사람은 탈출이 불가능하다고 알려진 재교육 시설 「이커트래즈 수용소」에 들어가게 된다. 수용소에서 만난 한나무의 이야기에 따르면, 최근 굉장히 엄격한 스파르타 교사들이 온 뒤로, 보충 수업을 받으러간 학생들이 돌아오지 않는다고 한다. 당장 보충수업을 받게 된 지묘한과 친구들. 하지만 보충수업은 웬일인지 공부와는 아무 관련이 없고, 전부 몸을 단련하는 훈련이었다. 불신감을 품은 세 사람은 이전부터 탈주 계획을 짜고 있던 선배 이소제와 함께 탈출 작전을 계획하지만, 그리 쉽지가 않는데..

Y타임즈 편집부의 보도화가 학원 부지에서 난동을 부리는 수수께끼의 인물 「투명 불량배 흑곰」에 대해서, YSP 클럽에 의논하러 찾아온다. 그러자 백견우가, 투명 불량배가 넘어뜨렸다는 트럭이 찍힌 사진 속에, 여자아이와 함께 인기 버블티 가게에 줄지어 있는 태우리를 발견. 설마 여자친구!? 즉시 현장으로 향하지만, 태우리는 매우 당황해 자신의 요괴인 흑사자와 그 자리를 떠나버린다. 혹시 사건은 흑사자의 소행...? 그렇다고는 해도, 흑사자가 나쁜 짓을 할 거라 믿을 수 없는 지묘한은 이야기를 들으러 가기로 한다. 거기서 태우리는 흑사자와 어떻게 만났는지 이야기하는데...

Y타임스 편집부에서 학교가이거Y에 대한 정보를 수집하기 시작한다. 그 무렵, 지묘한과 친구들은 교장 선생님한테 수리가 끝난 학교가이거Y를 시험 운전해달라거 부탁받는다. 그 말을 엿들은 거대 로봇 연구 클럽의 부장 최강철은 지묘한에게 조종사 자리를 양보하라고 다그치지만, 거부당하자 무단으로 학교가이거Y에 숨어든다. 인적이 드믄 새벽, Y타임즈 편집부의 지라시와 보도화가 몰래 훔쳐보는 가운데, 학교가이거Y의 시험 운전이 시작되지만, 지묘한과 친구들의 조종이 불만인 테츠가 끼어들어 야단법석이 벌어진다. 그 때, 거대 로봇을 탐탁지 않게 여기는 나유성의 신호에 따라 땅속에서 무엇인가가 나타나는데...

파워드 슈트가 개발됐다는 소식을 듣고 잔뜩 흥분한 설보라에게 이끌려 미래 과학 클럽을 찾은 지묘한과 친구들. 그런데, 거기서 사람이 착용하지 않은 파워 슈트가 마음대로 움직이기 시작한다. 미래 과학 클럽의 부장 아이안과 부원들은 위험하다면서 파워 슈트를 파괴하려 한다. 사랑하는 메카를 지키기 위해 설보라는 파워드 슈트를 데리고 도피를 시작한다. 그러던 중 설보라는 파워드 슈트의 행동을 보고, 슈트를 조종하는 사람의 정체를 알아내는데…?

SP클럽의 남학생들만을 불러낸 교장. 엑스엑스한 사진집 ‘핑크빛 초대‘를 몇 번씩이나 버려도 다시 되돌아온다고 한다. 이에 계책을 짜낸 교장은 소각로 마운틴 정상에 있는 절대소각로 갓홀 YGH99에 사진집을 버려 달라고 지묘한과 친구들에게 부탁한다. 거기에 구미남도 합류해 남학생들끼리만 임무를 마치려는데, 그 움직임을 수상히 여긴 설공주가 에마를 데리고 뒤쫓아 온다. 그리고 마침내 버릴 수 없는 엑스엑스한 책이 그 정체를 드러내는데…

동아리 가입 권유 이벤트 YY 셀렉션 페스티벌로 붐비는 교내. 행사를 둘러보던 지묘한과 친구들은 게임 연구회에서 선우UG와 만나, 신작 VR게임 「검과 마법과 폭풍산」을 플레이한다. 지묘한과 친구들은 게임을 하던 중, 최신 AI 「아이니」를 만난다. 지묘한 일행은 즐겁게 게임을 마치고 점심을 먹으러 가지만, 마침 그 때 게임 캐릭터인 「다크 어쌔신」이 나타나 학생을 습격한다. 여기저기서 연달아 피해가 발생하고, 선우UG는 습격당한 학생들의 공통점이 검과 마법과 폭풍산의 테스트 플레이어였단 사실을 눈치 채는데...

YY 셀랙션 페스티벌은 아직도 계속되고 있었다. 지묘한과 친구들은 퀴즈연구클럽이 진행하는 상금 100만원 퀴즈대회에 참가한다. OX퀴즈로 시작해, 7대 불가사의 퀴즈가 나오고, 마지막으로 YSP워치에 대한 퀴즈가 연달아 출제되자, 지묘한 일행은 뭔가 이상하다고 느낀다. 마침내 결승라운드에 오른 지묘한과 무은율은 30분간의 생각할 찬스를 이용해 마지막 문제의 정답인 YSP워치 제작자를 찾기 시작한다. 그리고 교장 선생님과 보건 선생님의 힌트로 Y연구회를 찾은 지묘한 일행은 그곳에서 웅선과 만나는데...

트와일라잇7의 메달을 모두 모은 지묘한과 친구들은 제2의 Y서클로 간다. 비슷한 시기에 Y연구회의 멤버들은 위험한 연구를 하고 있단 이유로 나유성이 이끄는 선도부에 잡혀서 끌려간다. 무은율은 그 모습을 감시하며 그들이 외계인과 접촉하길 기다린다. 나유성이 웅선에게 YSP설계도 데이터가 어디 있는지 캐묻는 도중에 사용한 능력이 외계인의 것이라고 확신한 무은율은 변신해서 나유성과 싸운다. 그러던 중 Y서클에서 나타난 블루퐁을 따라 두 사람이 싸우는 현장에 도착한 지묘한 일행은 무은율을 나쁜 외계인으로 착각하고 마는데...

요즘 상태가 좀 이상한 백견우의 뒤를 밟아 도서실로 간 지묘한과 양우연은 그곳에서 백견우가 류하늘이란 여학생을 만나고 있다는 사실을 알게 된다. 같은 시기에 학교에서는 학생이 실종되는 사건이 일어난다. 이에 YSP클럽은 둘로 나뉘어 지묘한과 설공주는 백견우가 첫사랑을 이루도록 돕고, 양우연은 사건 해결에 나서기로 한다. 지묘한과 설공주가 구미남에게 연애 조언을 받는 동안 양우연은 보도화와 협력해 실종된 학생이 ‘마음은 여기에 있다’는 책을 빌리러 간 것과 실종자 전원이 류하늘을 좋아했다는 걸 알아내는데...

편의점 ‘Y마트’에 들른 지묘한과 친구들은 진열장을 무너뜨리는 바람에 변상하기 위해서 아르바이트를 하기로 한다. 그런데, 가게엔 이상한 손님들만 찾아오고 점장인 허귀동도 그런 진상 손님 때문에 고민을 하고 있었다. 가게 안의 감시 카메라가 수상하다고 여긴 지묘한 일행이 설공주를 불러 카메라를 조사해보니, 거기에 허귀동의 아버지인 허귀중의 영혼이 머물고 있었다. 이상한 손님들이 가게에 오는 것은 허귀중의 소행이었던 것이다. 하지만 그 이유를 듣기도 전에 허귀중은 광포화하고, 지묘한과 친구들은 몸이 줄어들어 절체절명의 위기에 처하는데...

ESP클럽의 유리겔은 자신의 동아리와 YSP클럽의 이름이 비슷하다는 이유로 초능력 배틀에서 패배하는 쪽이 동아리 이름을 바꾸자고 제안한다. 도전을 받아들인 지묘한과 친구들은 초능력 대신 유리겔에게 보이지 않는 둔갑러와 데구룽, 그리고 블루퐁을 이용해 승부를 겨룬다. 염력대결은 지묘한이, 투시대결은 유리겔이 이겨, 마지막으로 수중 탈출 대결을 벌이게 된다. 지묘한은 유리겔보다 한발 늦게 탈출하지만, 관객들은 스릴 넘치는 지묘한의 탈출에 열광한다. 그 순간, 유리겔이 사용하는 초능력의 정체가 드러나는데...

어느 날, YSP클럽의 멤버들을 부른 보건 선생님은 위수하 선생님이 원령을 광폭화시키고 있을 가능성이 있으므로 조사해 달라고 부탁한다. 한편, 미술실에서 위수하 선생님과 나유성이 몰래 만나는 장면을 목격한 은율은, 위수하 선생님과 나유성이 사랑하는 사이라는 거짓 정보를 흘려서 묘한과 친구들이 두 사람을 감시하게 한다. 그러한 YSP클럽에 금단의 사랑 연구 클럽의 홍월하가 합류해 위수하 선생님과 나유성이 어떻게 만났는지 온갖 상상을 다 해본다. 그런데, 그 때 홍월하의 모습이 이상해지는데...

매일 같은 사람이 나오는 꿈을 꾸게 된 에마는 상담을 하러 YSP클럽에 찾아간다. 묘한과 친구들은 그게 에마의 전생과 관련이 있다고 생각해, 전생적중률 100%의 전전 전생 풀이부를 찾아간다. 전전 전생 풀이부의 부장인 전윤회는 「전전 전생 영화관」을 이용해 전생을 영상으로 보여줄 수 있다고 큰소리친다. 묘한 일행은 에마를 안심시키기 위해 우선 우연의 전생을 살펴보기로 한다. 영상에 비춰진 우연의 전생은 양파 농사를 짓는 농부 양우영이었다. 이어서 전윤회는 에마의 전생을 보려하지만, 웬일인지 계속 실패한다. 그리고 이상한 모습으로 변하는데...

인기 Y튜버 공감킹을 만난 묘한과 친구들. Y튜버가 되면 보건 선생님과 더욱 가까워질 수 있다고 생각한 묘한은 Y튜브에 동영상을 올리기 시작한다. 하지만 조회수가 너무 낮아 공감킹에게 가르침을 청하지만 생각처럼 잘 되지 않는다. 묘한은 학교 홈페이지 리뉴얼 기념 영상을 만들어 올리면 보건 선생님한테 상을 받을 수 있단 얘기에 공감킹에게 도전한다. 사흘간의 고민 끝에 묘한이 찍어 올린 방귀 동영상이 높은 조회수를 기록하자 위기감을 느낀 공감킹은 자극적인 동영상을 업로드한다. 점점 갈수록 과격해지는 공감킹. 사실 공감킹의 이런 행동엔 원령이 관련돼 있었는데...

학교에서 우주와 관련된 동아리가 선도부에 의해 차례차례로 폐부되는 가운데, 은율은 우리를 찾아와 학교 마피아 「스네이크스」와 접촉하고 싶다고 얘기한다. 스네이크스의 아지트 「체육 창고 소셜 클럽」을 방문한 은율과 묘한 일행은 보스인 마삼식과 대치한다. 은율은 마삼식에게 힘을 빌리기 위해 맨몸으로 승부를 건다. 은율은 YSP능력을 가진 마삼식에게 밀리지만, 마삼식은 그의 강한 의지를 인정해 공격을 멈춘다. 하지만 그 때, 어디선가 날아온 워치가 마삼식을 변신시키는데...

갑자기 나타나 변신한 백사의 공격으로 변신이 풀려버린 묘한 일행. 게다가 마삼식을 변화시킨 블루문의 기술도 전혀 통하지 않는다. 그때 묘한이 노래를 멋대로 바꿔 부르자 세계관이 흐트러진 스카이 스네이커가 약화된다. 묘한은 그 틈을 타 붉은 동자로 변신해 승리를 거둔다. 은율은 백사와 마삼식을 설득하기 위해 외계인 이야기를 꺼내고, 백사는 외계인이란 말에 이상할 정도로 흥미를 드러낸다. 그리고 자신에게 일어났던 일을 말하기 시작하는데…

묘한과 친구들은 은율의 제안에 따라 나유성이 외계인이라는 증거를 잡기 위해 뒤를 밟는다. 하지만 미심쩍은 점이 발견되지 않자 학교 서버를 해킹해 나유성의 정보를 입수하기로 한다. 이에 일행은 정의의 해커 연구회로 향한다. 처음엔 해킹이 나쁜 일에 사용되는 걸 싫어하는 부장인 애프리에게 거절당하지만, 설득 끝에 간신히 도움을 얻게 된다. 묘한 일행은 아바타를 이용해 컴퓨터 안의 세계로 들어간다. 그리고 그곳에서 사이버 왕대로가 지키는 파이어 월(fire wall)을 돌파하려고 하지만….

어느 날 아침, 지각할 위기에 처한 공주가 길모퉁이에서 미소녀 전학생 은선과 부딪친다. 학교에서는 예쁜 여학생이 전학 왔다면서 흥분한 남학생들이 은선의 반으로 몰려든다. 사실 은선의 정체는 살을 빼고, 키가 자란 웅선이었다. 은선은 은율이 자신의 정체를 알아채도록 하기 위해, 과거의 추억을 재현하지만, 모조리 실패로 돌아간다. 한편, 남학생들의 마음을 뒤흔드는 은선을 위험하다고 여긴 선도부 부부장은 은선을 처리하기 위해 나서는데…

어느 날 , Y연구회 소속이었던 안경태가 특수촬영 히어로 동호회에 가입한다. 우연이는 평범한 사람도 변신할 수 잇는 워치를 만들자는 제안을 하지만 안경태는 이를 거절한다. 그런데, 우연히 두 사람의 얘기를 들은 은선이 원치를 만들어주기로 한다. 완성된 샤이닝 워치를 사용해서 변신한 우연은 YSP클럽의 친구들에게 변신해 달라고 부탁한 뒤, 자신의 능력을 시험한다. 하지만 우연은 평소와 그리 달라진 모습을 보여주지 못한다. 사실 은선이 만든 워치는 원래의 힘을 1.2배 강하게 해줄 뿐이었던 것. 한편, 연구에 대한 미련이 남은 안경태는 은선의 기술을 보고 갈등하기 시작하는데...

여름방학이라 학생들이 다들 집으로 돌아가는 가운데 묘한, 우연, 견우, 이 세 사람은 은선, 그리고 은율과 함께 와글와글 캠프 지역으로 캠핑을 떠난다. 이를 안 나유성은 모채림을 이용해 묘한 일행을 해치려 한다. 나유성과 모채림의 계획이 좀처럼 잘 풀리지 않는 가운데, 호수에서 물고기 원령이 나타난다. 하지만 나유성이 워치를 호수에 버리는 바람에 묘한과 우연은 변신하지 못한다. 마침 은선이 샤이닝 워치를 갖고 있어 우연이 샤이닝 보이로 변신해 싸우지만 덤비는 족족 반격 당하고 만다. 그 때 미스트섀도가 달려와 도와주지만...

아직도 캠핑 중인 묘한 일행. 은선한테 전설의 거대 버섯 얘기를 듣고 버섯을 따 요리해 먹기로 한다. 일행은 두 팀으로 나뉘어 묘한, 견우, 우연 세 사람은 버섯을 따러 가고, 은율과 은선은 장작을 모으러 간다. 은선은 서먹서먹한 은율의 태도에 섭섭함을 느낀다. 한편 묘한 일행을 덮치려다 함정에 빠져 목숨을 잃은 고릴라 고콩은 거꾸로 원한에 사로잡혀 복수의 기회를 엿본다. 나유성은 고콩을 광폭화시켜 은율과 은선을 공격하게 하는데…

여름방학 중 Y학원에서 묘한과 친구들은 국수를 먹으며 즐거운 시간을 보낸다. 그 무렵, 미남은 자신의 집으로 가고 있었다. 마침내 도착한 저택에서 메이드들과 애완견 브론슨이 미남을 맞이하지만 정작 미남은 어딘지 곤혹스러운 기색을 보인다. 여느 때처럼 숨 막힐 듯 답답하게 굴다가 갑자기 상냥해지는 등 비정상적인 언동이 눈에 띄는 미남네 가족. 미남은 앵무새 스테파니가 저택에 있는 걸 보고 뭔가를 확신한다. 그리고 미호의 손을 빌려 범인을 찾아내려 하는데...

여름방학 마지막 날, 견우의 엄마가 Y학원에 찾아온다. 그런데, 엄마에게 왠지 겁을 먹은 견우. 사실 견우네 엄마는 화가 나면 엄마의 엑스 마크 자수조각을 엉덩이에 고속으로 꿰매는 무서운 엄마였다. 쓰레기를 함부로 버리다 걸린 계자 클럽 부장, 방이 지저분한 묘한과, 어른에게 존댓말을 쓰지 않은 우리, 그리고 담임인 위수하까지 차례차례로 견우네 엄마의 희생양이 된다. 결국에는 견우를 자퇴시키겠다고 말하는 엄마에게 견우가 자신의 생각을 털어놓자, 엄마는 원령이 되어버리는데...

YSP 클럽은 보건 선생님에게 외계인을 목격했단 정보가 들어왔단 얘기를 듣는다. 정체를 확인하기 위해 묘한과 친구들은 조사를 시작한다. 그러던 중 외계인은 책만 훔치고 있단 사실이 판명된다. 한편, 그 정보를 듣고 외계인의 습격을 경계하던 은율은 학교 마피아와 함께 움직이기 시작하고, 결국 나유성과 대치하게 된다. 도서관에서 외계인을 발견한 묘한과 친구들은 외계인들을 따라 소각로 마운틴에 간다. 그리고 그곳에서 도난당한 책이 소각로에 버려져 있는 것을 발견한다. 도대체 외계인의 정체는 무엇일까...?

은율은 화학부의 화학실험관을 빌려 은선에게 Y연구회를 부활시키라고 한다. 한편, 학교에선 둥근 것을 본 인간이 개로 변하는 사건이 발생한다. 전 Y연구회 소속의 경태도 사건에 휘말려 개가 돼버린다. 묘한과 친구들은 은율과 힘을 합쳐 사건 해결을 서두른다. 그런데, 개들이 Y학원의 학생인 걸 알고 섣불리 공격하지 못하는 이들 앞에 사건의 원흉인 우주 용병 도벨이 나타난다. 묘한은 변신해서 싸우려하지만 도벨의 위협으로 마음먹은 대로 싸우지 못하고 절체절명의 위기에 처한다. 그때 둔갑러와 데구룽, 그리고 블루퐁에게 이상한 일이 벌어지는데...

도벨에게 패배한 묘한과 친구들. 교장실로 찾아가 새로운 비밀 무기를 갖고 싶다고 조르다 보건 선생님한테 Y연구회가 부활했다는 소식을 듣고는 화학실험관으로 간다. 그곳에서 묘한 일행은 은선이 웅선이라는 사실을 알게 된다. 개발 중인 비밀 무기 대신 외계인을 찾아낼 수 있는 장치 N비컨을 은선한테 건네받은 묘한 일행은 백사, 그리고 마삼식과 협력해 학교 내의 외계인을 수색한다. 하지만 며칠이 지나도 외계인의 정체를 밝혀내지 못한다. 그러던 중 염라대왕이 나타나 조언을 건넨다. 그 말을 들은 우연은 늦은 밤 친구들과 함께 천문학부실로 향한다. 드디어, 나유성을 원격조종하는 자가 정체를 드러낼 것인가...?!

엘제나가 Y학원의 새로운 선도부 부장으로 취임한다. 한편, 묘한과 친구들은 새로운 전력을 찾아서 사막에 있는 제3의 Y서클로 향한다. 그들의 뒤를 쫓기로 한 은율은 왠지 안 좋은 예감을 느낀다. 묘한 일행은 간신히 제3의 Y서클에 도착하지만, 그곳은 원래 둔갑러가 갇혀 있던 던 장소였다. 별다른 성과 없이 수수께끼의 고리를 손에 쥐고, Y서클을 나온 묘한 일행은 괴물이 된 학생회 멤버들과 싸우는 DS갤럭시의 모습을 목격한다. 그리고 DS갤럭시의 부탁을 받아 블루문의 힘으로 학생회 멤버들을 구하는데 성공한다. 하지만 그곳에 엘제메키아가 나타나는데...

뭔가 이상하다고 느끼면서도 요괴 없는 일상을 보내는 묘한이와 친구들. 한편, 엘제나에게 사로잡힌 원령들은 호수 밑 결계 감옥에 갇혀있었다. 감옥 속에서 싸움을 시작한 둔갑러와 데구룽, 그리고 블루퐁 3마리는 합체해서 트리오캣이 된다. 그리고 강력한 결계를 돌파해 빠져나간다. 하지만 트리오캣은 곧 분열해서 원래의 세 마리로 돌아가 버린다. 원령들은 저마다의 동료 곁으로 향하지만, 그들은 기억을 잃어버리고 원령을 보지 못한다. 그 때문에 앞으로 어떻게 하면 좋을지 몰라 풀이 죽은 원령들을 도벨이 추격해오는데...

보건실에서 낮잠을 자고 나오는 묘한을 습격하는 트리오캣. 둔갑러와 데구룽, 그리고 블루퐁은 묘한을 지키기 위해 필사적으로 트리오캣에게 저항한다. 위기에 몰린 묘한 앞에 은선이 나타나 트리오캣의 봉인 목걸이를 던져준다. 묘한은 트리오캣에게 봉인 목걸이를 채우고 친구들과 달아난다. 그리고 사막 근처의 계곡에서 다른 친구들과 합류한다. 하지만 엘제메키아가 소환한 핏불로 인해 묘한과 힘이 빠진 트리오캣은 절체절명의 위기에 처한다. 은선은 묘한에게 'UR 워치'를 던져주지만 기억이 없는 탓에 묘한은 변신을 하지 못한다. 그때 묘한 일행 앞에 나타난 기억의 열쇠가 나타나는데...

어스워커는 순식간에 핏불을 물리친다. 그리고 엘제메키아는 존재 자체를 없애라는 마제라의 명령에 따라 과거로 자객을 보내 어린 시절의 은율을 해치기로 한다. 사라지기 시작하는 은율을 앞에 두고 어쩔 줄 몰라 하는 묘한과 친구들. 그 때 위수하가 나타나 ‘OK 위수하‘ 메달을 묘한에게 내준다. 메달을 통해 어스워커와 융합해 네비게이터가 된 위수하는 어스워커라면 기억을 더듬어 과거로 가서 은율을 도울 수 있다고 말하는데…

나유성의 과거 얘기를 들은 은율은 N성인을 쓰러뜨리기 위해 다 함께 손을 잡아야 한다면서 지구 혈맹 학생회를 결성한다. 나유성의 활약으로 학교 폴리스를 자신들의 편으로 만든 학생회는 엘제나를 학교에서 내쫓는데 성공한다. 그런데, 엘제나는 빛나는별 공화국을 세우고 독립을 선언한다. 전 세계의 지지를 받는 엘제나 대통령은 Y학원을 고립시켜 간다. 무은율은 빛나는별 공화국을 무너뜨리기 위해 묘한과 밀입국을 시도하지만 엘제나는 스페셜 요원을 파견하는데...

빛나는별 공화국으로 끌려간 에마. 은율은 묘한과 친구들을 특수 첩보팀에 임명한다. 그리고 에마를 구출하고, 학생들을 조종하는 엘제나 차밍 머신을 파괴할 것을 명령한다. 묘한 일행은 선도타워 잠입에 성공하지만, 조종당한 학생들이나 경비시스템의 방해를 받아 하나 둘씩 탈락해 간다. 남은 멤버들은 두 편으로 나뉘어 한 팀은 에마 구출, 한 팀은 머신 파괴를 목표로 삼지만 엘제나와 모채림이 가로막는데…

선도타워 앞에서 외계인의 습격이 시작된다. 엘제메키아는 강아지 특명대를 불러 묘한과 친구들을 습격하게 한다. 묘한은 엘제메키아와 싸우기 위해 어스워커로 변신하지만 사고로 에마까지 어스워커 안에 들어오는 바람에 곤란에 처한다. 한편, 강아지 특명대가 일찍이 자신과 밴드 친구들을 실험체로 삼은 장본인이란 사실을 알게 된 백시. 도루루의 공격으로 환영 세계에 갇힌 백사는 자신의 트라우마와 마주하게 되는데…

우연은 악몽에서 깨어나 친구들과 합류한다. 그런데, 어떻게 된 일인지 학교가 사막 한가운데로 옮겨져 있었다. 학생들은 불안감에 휩싸여 곳곳에서 소동이 벌어진다. 우연의 추리로 학생들의 비정상적인 불안감이 원령 탓으로 밝혀졌는데도, 묘한과 견우는 요괴 소환이 안 돼 변신하지 못한다. 원령한테 고전을 면치 못하고 있는 묘한과 친구들 앞에 뜻밖의 조력자가 나타난다. 그 무렵, 학원 밖을 조사하던 미남과 백사는 지금 있는 장소가 어딘지 알아내고 경악하는데…

묘한과 친구들은 지구로 무사히 돌아오지만 이미 지구는 엘제나가 이끄는 빛나는별 공화국에 정복당한 상태였다. 게다가 엘제나가 건설한 '빛나는별 캐슬'에는 셀 수도 없이 많은 공화국 군대가 진을 치고 있었다. 묘한은 변신해서 싸우려 하지만 트랜스 재밍 제너레이터(TJG)가 변신을 방해해 싸울 수도 없게 된다. 엘제나는 그런 묘한 일행에게 항복할 것을 강요한다. 이에 은율은 학교 마피아와 학교 폴리스로 연합군을 만들어 대항하려고 움직이지만, 엘제나의 함정에 빠져 빛나는별 캐슬로 끌려가 버린다. 은선은 UR워치를 들고 모모와 함께 은율을 구출하러 가는데...

엘제나는 7일 후에 무은율을 처형하겠다고 발표한다. 나유성은 우연이 트랜스 재밍 제너레이터의 영향을 받지 않고 히어로로 변신할 수 있다고 묘한과 친구들에게 알린다. 우연에게는 타이트론성인인 티다스가 깃들어있던 것이었다. 하지만, 티다스한테서 아직은 그릇이 작아서 합체할 수 없단 말을 듣는다. 우연은 영혼의 그릇의 넓혀 히어로로 변신하기 위해 티다스의 특별 훈련을 받지만, 끝내 변신하지 못한 채 은율의 처형일이 하루 앞으로 다가온다. 그 때, 마제라가 보낸 용병 두루치가 나타나 묘한과 친구들을 공격하는데...

은율의 처형일이 다가왔다. 처형까지 시간이 얼마 남지 않은 상황에서 제갈명의 지휘 아래 묘한 일행과 라이트 아머 슈트를 입은 학생들은 빛나는 별 캐슬 공략 작전을 시작한다. 하지만 묘한이 자신들을 의지하지 않는 것을 못마땅하게 여긴 둔갑러와 데구룽, 그리고 블루퐁은 트리오캣이 되기를 거부한다. 이에 묘한이 붉은 동자로 변신하는 바람에 어스워커를 주축으로 세웠던 작전이 어긋나고 만다. 그럼에도 작전은 순조롭게 진행돼, 사로잡혀 있던 은선을 구해낸 다음, 서둘러 은율을 구출하려 한다. 그런데 그곳에 도벨베이더가 나타나 트리오캣을 찾는데...

외계인이 일시적으로 퇴각한 Y학원. 위수하는 도서관에서 어떤 책을 발견하고 읽기 시작한다. 거기에는 엘제메키아의 과거가 기록돼 있었다. 얼음성의 엘제 여왕은 '붉은 마성(魔星)'의 습격이 가까워지자 최강의 병기 '눈의 거신'을 깨우기로 한다. 그러기 위해서는 강대한 마력을 가진 왕족의 희생이 필요했는데, 엘제의 소꿉친구인 오제로 왕자가 그 역할을 자청한다. 같은 소꿉친구이자 여왕의 약사인 아난이 그를 따라 눈의 거신이 잠들어 있는 얼음의 빙벽으로 향한다. 그런데, 이는 모두 오제로의 계획이었는데...

학교를 공격하는 엘제메키아와 맞서 싸우는 묘한과 친구들. 마제라의 힘으로 강화된 엘제메키아는 그림자들을 만들어 공격을 펼친다. 이에 어스워커와 히어로들은 고전을 면치 못하고, 백사는 크게 다친다. 한편, UR워치 조정을 마친 우연은 티다인으로 변신해 뒤늦게 참전한다. 그리고 티다인의 힘으로 가이아 에너지를 개방해 백사는 회복되고, 히어로들은 한층 더 강해져 엘제메키아를 몰아붙인다. 그렇게 싸우는 도중에 티다인은 엘제메키아에게도 슬픈 사연이 있다는 걸 알아내는데...

엘제메키아를 물리치고 한때의 평화가 찾아온 Y학원. 긴급 학교방송을 통해 'Y! Y! 부흥 페스티벌' 개최가 발표된다. 사실 이는 적의 눈을 속이고, 마지막 결전을 준비하기 위한 작전이었다. 학생회에 편입된 선도부에서는 나유성과 모채림이 페스티벌의 성공을 향해 움직이고, 백사는 페스티벌의 오프닝 공연을 맡아 마삼식과 함께 열심히 준비한다. 한편, YSP클럽은 교정에 무대를 설치를 담당하게 된다. 그런데, 공주의 국가 프로젝트 참가와 우리의 알바로 일손이 모자라 묘한이가 트리오캣을 불러내는데...

모두 앞에 나타난 마젤라는 지구를 먹어치우겠다고 선언한다. 그리고 미티어곤을 지구 각지에 위치한 화산으로 보내 억지로 분화시켜 지구를 태우려 한다. 지구 멸망까지는 남은 시간은 불과 10분. 공주는 우리와 미남의 힘을 빌려 ‘플라넷 타임 바인드’를 발동시켜 남은 시간을 5시간으로 늘린다. 하지만 은선은 적을 물리치기 위해서는 지금의 10배의 전력이 필요하단 계산을 내놓는다. 그 때 마침, 과거 묘한이와 견우에게 요괴와 싸우는 법을 가르쳐주었던 사부인 아수라가 나타난다. 아수라는 5시간 만에 전원을 훈련시켜 강하게 만들어주겠다고 한다. 하지만 트리오캣캣은 이를 거부하는데...

어스워커 NOA와 리틀 커맨더A, 그리고 히어로들은 티다인의 초속 서클을 이용해 지구 각지의 미티어곤과 블랙데몬을 쓰러뜨린다. 하지만 그것은 마젤라의 책략이었다. 적들을 쓰러뜨리느라 지친 묘한의 변신이 풀리고 만 것이다. 마젤라 타이탄을 앞두고 위기에 처하자, 다들 학교가이거Y를 출격시켜 맞서려 한다. 그런데, 그 때 Y학원 이사장인 염라왕이 나타나 학교가이거Y로는 맞설 수 없다면서 미리 준비해둔 학교가이거 염라의 출격을 시도한다. 하지만 Y에너지가 부족해 실패하고 만다. 염라왕은 최후의 수단으로 전 세계에서 '가이아 에너지'를 모으자고 제안하는데...

마젤라 볼트가 학생들이 대피해 있는 본교 건물로 가자, 묘한과 견우는 어스워커 NOA 아머드로 변신해 그에게 맞선다. 그리고 DS갤럭시도 거기에 가세한다. 하지만 너무나 막강한 마제라를 상대로 둘은 고전을 면치 못한다. 이에 우연도 변신해서 함께 싸우려하지만 티다스가 막는다. 티다스는 상황을 살펴보고, 적의 수법을 알아낸 후에 싸우자면서 우연에게 계속 지켜볼 것을 요구한다. 하지만 위기에 빠진 친구들을 돕고 싶단 일념으로 우연은 티다스의 뜻을 이겨내고 진정한 영웅으로 각성한다. 격전 속에서 DS갤럭시는 마제라 볼트가 불러온 유성을 막으려다 목숨을 잃을 위기에 처한다. 힘겹게 유성을 막다 문득 정신을 차리고 보니 은율 앞에 이미 세상을 떠난 엘제가 서 있었는데...

In his new Black Cat form, Jinpei and his friends prove more than a match for Mazera Bolt. But their plan to destroy the black hole hits a snag.

Flustered by an encounter with Jinpei's doppelgänger, Mataro tells the group what he saw. Shortly after, Jinpei meets the lookalike: Lime Ashiya.

High school student president Gomanda calls for the middle school students to be expelled for their antics and soon finds ways to enforce his will.

Jinpei and his pals head to the high school to confront Gomanda directly, but the fantastical setting makes them feel like they're on a field trip.

With help from some knowledgeable allies, the group infiltrates Gomanda's headquarters. However, the path to their enemy proves deceptively tricky.

Jinpei and his friends are anxious about the upcoming battle against the high school, but their mentor teaches them an impressive new technique.

The battle between the junior and senior high schools finally begins, but Gomanda’s oddly combative view toward the younger students worries Susano.

Gomanda reveals the cause of his hostility toward the junior high: an ominous visit from an intimidating school consultant named Chitei.

A wormhole transports Jinpei and his friends to the legendary ancient civilization of Atlantis, where Rana finally reveals her secret identity.

After Amana treats the students to an Atlantean feast, Lime talks of his past and resolves to take on Ozma. But Jinpei won’t let him do it alone.

Now conscious of his true self, Lime vows to sacrifice Atlantis to save Earth. But Jinpei, believing that all life is connected, stands in his way.

A glum Mataro reveals that his family will be moving to America for good. Jinpei and his friends get to work planning a grand farewell party.