警視庁捜査一課十一係の刑事・如月塔子（木村文乃）が最も信頼する相棒・鷹野秀昭（青木崇高）の公安部への異動が数日後に迫っていた。そんな中、資産家の自宅で猟奇殺人事件が発生。遺体の首は切り裂かれ、“青い花”が活けられていた。資産家の妻・真弓（加藤侑紀）の行方は分からず、“クラスター16”と名乗る犯人から新聞社宛てに、真弓の居場所を示唆するメールが届く。そのメールを手掛かりに捜査を続ける塔子たちだが…。

誘拐されていた真弓が遺体で見つかり、ショックを受ける殺人分析班。一方で塔子は鷹野が自分に何か隠し事をしているのではないかと感じ始める。そんな中、塔子と鷹野は何者かに突如、襲撃される。警察への警告を意味するのか？　捜査を撹乱するためなのか？“クラスター16”に翻弄されながらも捜査を続ける塔子たちのもとに、第3の殺人予告メールが届き……。

容疑者だと思われた男が第3の被害者として遺体で発見される。これまでと同様の手口で、遺体の裂かれた首には青い花が“4本”活けられていた。“クラスター16”の“16”という数字から、被害者がもうひとり出ると推理する捜査一課。捜査が難航する中、鷹野の異動が迫り、責任とプレッシャーで押しつぶされそうになる塔子。しかし、真弓の部屋から犯人を連想させるメモが見つかり、さらに彼女のある秘密が明らかになって……。

――「コンヤ　オオゼイノ　ニンゲンヲ　コロス」――“クラスター16”から無差別殺人の予告メールが届く。十一係は捜査でつかんだ手掛かりから、真弓の不倫相手・坂口（瀧川鯉斗）を犯人だと筋読みし、殺人の阻止と坂口の確保に急ぐ。実行されるであろう現場を突き止めたものの、塔子と鷹野はどうしても坂口が犯人だとは思えず、違和感を抱いていた。その違和感の正体を突き止めようと坂口の捜索を続ける2人だったが……。

十一係はついに、一連の事件の真犯人へとたどり着く。その正体は、誰も予想し得なかった意外な人物だった。犯人逮捕で事件は解決に向かうと思われたが、塔子はどうしても“ある疑念”が消えないでいた。塔子はその疑念を鷹野にぶつけようとするが、鷹野は着信を受けどこかに向かったきりそのまま行方不明になってしまう……。消息を絶った鷹野の居場所を捜す十一係は、調べを進める中で衝撃の事実をつかむことになる。

科捜研から戻ってきた“指”のDNA鑑定結果から、ある行方不明の女性が浮上する。彼女との関与が明らかになった人物は、十一係の面々が良く知るまさかの人物だった。しかし、その人物の異常性にいち早く気付き独自捜査を進めていた鷹野は監禁されてしまう。捜索の末、ついに鷹野の居場所を突き止めた塔子は最後の猟奇殺人犯と対峙することになるのだが……。果たして塔子は鷹野を助け出すことはできるのか！？