自首を決意した宇宙犯罪者ガレットはルーンエンジェル隊の寮ヴィラ・エンジェルに出頭するが、その人畜無害そうな風貌のため、まったく相手にされない。どうしても捕まえてもらいたいガレットは、何万隻もの宇宙戦艦を率いて騒ぎを起こす。その冗談とも思われる、いきなりの大艦隊の出現に、どうするルーンエンジェル隊！

アプリコットに、近日、『大福袋市』があるとの情報が飛び込んだ。目玉商品は最高級宇宙コンブ。それは魔法の素材としても貴重なものだった。カルーアはそれをアプリコットにゲットさせるべく特訓を開始する。だが、アプリコットたちの知らないところで、『大福袋市』を隠れみのとした宇宙盗賊団の悪事が進行していた。

男勝りで傍若無人、マイペースで無敵と思われている盗賊アニス。だが、アニスには、幼い頃に、鍋を巡る知られざる恐怖体験があった。伝説の鍋を食べようとする時、必ずあらわれるという謎の鍋奉行。その圧倒的な強さに、屈辱を体験した幼い日。今、伝説の鍋を巡り、謎の鍋奉行とルーンエンジェル隊の熱いバトルが始まる。

ルーンαにアームズ・アライアンス公国の公女ナツメ・イザヨイがやって来た。貴族生活の厳しい健康管理のため、甘いお菓子を食べたことがなかったナツメ。彼女がルーンαを訪れた理由がクッキーデビューだと知ったアプリコットは、最高のクッキーを食べさせたいと奔走する。果たして、最高のクッキーはどこにあるのか？

ことあるごとにぶつかるリリィとアニス。軍人で折り目正しいリリィと、盗賊でマイペースのアニスは、まるで水と油だった。10年が経ち、やがて二人は振り返る。お互い丸くなり、互いを思いやるリリィとアニス。だが、思い出話をすればするほど、腹の立つことばかりが蘇る…。果たして、リリィとアニスの和解はなるのか？

何の前触れもなくデュオのアイドルとしてデビューしたナツメとナノナノ。二人はあっという間に赤丸急上昇！ 追加メンバーを加えるとのナツメの発表に、それじゃ自分もと名乗りを上げるアプリコット、アニス、リリィ、カルーア。追加人数は三名。かくして追加メンバーの枠を狙い、熾烈なオーディションが幕を開ける。

数々の伝説を残すムーンエンジェル隊がやって来るとの噂に、ルーンαの面々は喜ぶ半面、緊張を隠せないでいた。何か途轍もないことが起こる予感…。身を引き締め、大先輩たちの来訪に備えるルーンエンジェル隊たち。それぞれが最高に自分らしいもてなしをせねばといっぱいいっぱい…。そして、到着の時間が迫る！

エンジェル隊の寮ヴィラ・エンジェルには恐ろしい秘密があった。決して語ってはならない過去…。土砂降りの雨の日に起こる、恐怖の怪現象…！ カルーア、ミモレット、ナノナノ、アニスへと次々に迫る亡霊メリッサの魔の手…。寮に閉じ込められ絶体絶命の中、アプリコットは謎を解き、仲間たちを救えるのか…!?

らくしてセレブになりたいアニスは「セレブになりたい」と神社で神頼み。「最初に手にしたものが、お前の望みを叶えるであろう…！」というお告げ通り、アニスは最初に手にしたワラを切っ掛けに、ナノナノを連れ強引な物々交換を重ねて着々とセレブへの道を突き進む。果たして、アニスは本当のセレブになれるのか?!

ルーンエンジェル隊の失態に憂慮した上層部は彼女たちを再教育すべく、宇宙最強の生命体と怖れられる伝説の男・サカエ教官を送ってきた。訓練項目で一つでもルーンエンジェル隊の誰かがサカエ教官を上回れば訓練カリキュラムは終了。だが、サカエ教官のパワーは想像を遥かに超えていた。どうする、ルーンエンジェル隊！

謎の温泉彗星がセルダールに接近していた。調査のためとは表向きで、喜んで彗星に向うルーンエンジェル隊。彗星にいた少年に歓迎され、任務そっちのけで温泉地豪遊をエンジョイするアプリコットたち。だが、その頃、温泉彗星の秘密を知るナツメは、彗星を破壊しようと準備を進めていた。果たして、温泉彗星の秘密とは…？

久々に姉のミルフィーユと姉妹の時間を楽しんでいたアプリコット。その頃、リリィたちは謎の桃型ロストテクノロジーと遭遇していた。そして、アプリコットたちの前に、悪に変貌したリリィたちが次々と現われる。桃型ロストテクノロジーが原因だと睨んだアプリコットは、紋章機でロストテクノロジーの場所に急ぐが…。