남다른 신체능력을 가진 고등학생 이타도리 유지. 할아버지가 돌아가신 날 밤에 주술고전의 1학년 후시구로 메구미와 만난다. 그는 이타도리가 가진 '주물'을 회수하기 위해 온 것이었지만, 공교롭게도 그 '주물'은 이타도리의 선배들에 의해 봉인이 풀린다. '주물'이 불러들인 저주의 괴물에게 습격당하는 선배들. 그곳에 이타도리와 후시구로가 달려가는데.

낯선 방에서 깨어난 이타도리는 눈앞에 있는 주술고전의 교사 고죠 사토루로부터 자신의 '비밀 사형'이 결정됐다는 말을 듣는다. 고죠는 이타도리에게 두 가지의 선택지를 말해준다. 지금 당장 사형당할 것인가, '양면 스쿠나의 손가락' 20개를 찾아 모두 집어삼킨 뒤 죽을 것인가.

마지막 1학년생인 쿠기사키 노바라를 마중 나간 이타도리, 후시구로, 고죠. 합류 후 그대로 어떤 폐빌딩 안에 숨어든 주령을 퇴치하라는 과제가 주어진다. 빌딩 안 둘로 나뉘어 주령을 탐색하는 이타도리과 쿠기사키는 아이를 인질로 잡은 교활한 주령과 대치하게 되는데.

소년원에서 발생한 긴급사태에 이타도리, 후시구로, 쿠기사키가 파견된다. 임무는 언제 특급 주령이 될지 모르는 주태와 함께 남겨진 생존자의 확인과 구출. 현장에 들어간 이타도리 일행은 무자비한 현실에 직면한다. 직후 쿠기사키이 모습이 사라지고 남겨진 이타도리와 후시구로의 앞에 특급 주령이 나타나는데.

소년원 밖으로 대피한 후시구로는 특급 주령이 죽었다는 것을 눈치챈다. 다음 순간. 옆에 양면 스쿠나가 나타나 이타도리의 몸에서 심장을 뽑고 몸을 인질로 삼는다. 이대로라면 이타도리는 의식이 돌아와도 죽기 때문에 스쿠나와 전투를 벌이는 후시구로였지만 스쿠나와의 격의 차이를 통감하게 되는데.

이타도리의 죽음에 화를 곱씹는 고죠. 동료의 죽음에 풀이 죽은 후시구로와 노바라는 강해지기 위해 2학년들과 특별훈련을 시작한다. 한편, 게토 스구루도 움직이기 시작한다. 그런 와중에 죽은 줄 알았던 이타도리는...

이동 중이던 고죠는 특급 주령 죠고의 기습을 받는다. 죠고는 공격을 거듭하지만 그 공격은 고죠에게 절대로 닿지 않는다. 이윽고 죠고는 고죠의 강함을 실감하게 된다. 순식간에 주술고전으로 돌아가 수행 중이던 이타도리를 데리고 오는 여유를 보이는 고죠에게 죠고는 분노를 폭발시키며 어떤 수를 쓰지만 거기에 대항하는 고죠는.

교류회를 대비한 특훈을 하던 중. 쿠기사키와 후시구로의 앞에 교토고의 젠인 마이와 토도가 나타나 두 사람에게 싸움을 건다. 후시구로를 완력으로 짓누르는 토도. 한편, 마인의 말에 혐오감을 느끼고 쿠기사키는 마이를 도발하는데.

고등학교를 땡땡이치고 영화관에 온 요시노 준페이는 자신을 괴롭히는 학생이 얼굴이 변형되어 죽은 현장을 목격한다. '범인'을 쫓아가서 범인에게 말을 건 요시노. 그 후 사건 현장인 영화관을 찾아간 이타도리와 나나미 켄토는 두 마리의 주령과 조우하는데.

요시노의 조사를 맡은 이타도리는 보조 감독인 이지치에게 작전 설명을 듣는다. 하급 주령에게 요시노를 습격하게 하고 반응을 확인하려던 작전이 실패하면서 이타도리는 요시노에게 바로 묻는다. 결과적으로 혐오하는 담임 선생님을 쫓아준 이타도리를 보고 요시노는 이야기를 해보기로 한다. 한편, 마히토의 아지트 위치를 알아낸 나나미는 지하 수로에서 마히토와 전투를 벌이게 되는데.

마히토와 싸우다 궁지에 몰린 나나미는 주력의 제한을 해제하고 십획주법 '와락와락'으로 지하 수로의 벽을 파괴하여 마히토에게 돌무더기를 쏟아붓는다. 한편, 요시노와 접촉한 이타도리는 영화 이야기로 요시노와 의기투합한다. 그러던 중 요시노의 어머니와 만나 집에 초대받아 요시노 가족과 더욱 친해지는데.

마히토에게 심취한 요시노는 보기 좋게 이용당하면서 이타도리와 싸우게 된다. 복수를 위해 폭주하는 요시노에게 이타도리는 주먹다짐을 하면서도 요시노에게 동기를 물으며 그를 설득하려고 했지만, 요시노에게서 잔혹한 사실을 듣게 된다. 그런 두 사람의 앞에 마히토가 나타나는데.

간발의 차이로 마히토의 일격을 막고 이타도리를 구한 나나미. 여기서 확실하게 마히토를 퇴치하기 위해 이타도리와 나나미는 호흡을 맞춰 마히토를 같이 공격한다. 마히토는 개조 인간을 사용해서 이타도리의 정신을 옥죄려고 하지만 이타도리는 그것을 극복한다. 거듭된 공격으로 궁지에 몰린 마히토는 '죽음'을 직감하는데.

이타도리 일행에게서 도망친 마히토는 게토 일행과 합류해서 어떤 계획을 진행시키기로 한다. 한편, 주술고전에서는 '교토 자매 학교 교류회'가 시작되려 하고 있었다. 후시구로와 쿠기사키, 2학년 마키, 토게, 판다가 모이고 그곳에 토도를 비롯한 교토고의 멤버들도 도착한다. 일촉즉발의 공기가 감도는 와중에 뒤늦게 고죠가 달려와 어떤 서프라이즈 작전을 실행하는데.

교토 자매 학교 교류회의 단체전이 시작됐다. 도쿄고의 멤버들을 교토고의 토도가 덮치지만 시간 버는 역할을 맡은 이타도리가 토도를 상대하게 된다. 토도의 파워에 압도당한 이타도리에게 토도는 갑자기 여자 취향을 물어보는데.

토도는 이타도리의 '경정권'을 특급에게는 통하지 않는 기술이라고 지적한다. 솔직하게 자신의 조언을 받아들인 이타도리를 토도는 전력을 다해 상대하며 이끌어간다. 한편, 교토고의 니시미야에게 쿠기사키가 싸움을 건다. 그 옆에 있던 판다를 숲에서 공격하는 메카마루. 그렇게 쿠기사키와 니시미야, 판다와 메카마루의 싸움이 시작됐는데.

교류회 단체전은 계속된다. 대치하는 마키와 미와. 미와는 마키의 등급에는 드러나지 않은 압도적인 강함에 놀라움을 감추지 못한다. 같은 때 빗자루로 공중을 날아다니는 니시미야를 쫓는 쿠기사키. 마이의 고생 여성 주술사로서 살아간다는 것의 의미에 대해 말하는 니시미야의 말을 싹둑 잘라 무시해버리고 단숨에 반격에 나서는 쿠기사키. 그리고 그곳에 마이의 모습은 어디에도 보이지 않았는데.

곳곳에서 승패가 갈리기 시작한 교류회 첫날. 후시구로는 3대 가문의 적자 카모와 대치하고 있었다. 자신의 피를 조종하는 '적혈조술'을 사용하는 카모에게 후시구로는 식신과 체술로 대항한다. 같은 때 이누마키는 언령의 증폭, 강제 술식 '주언'을 사용해서 교류회를 진행하고 있었다. 그런 이누마키가 갑자기 불길한 기척을 감지하고 뒤돌아보니 그곳에는 예상 밖의 일이 일어나기 시작하는 교류회. 싸움의 행방은.

교류회에 갑자기 난입해서 학생들을 습격하는 특급 주령 하나미. 이에 맞선 후시구로, 이누마키, 카모는 하나미의 공격을 막으면서 장막 밖을 향해 달린다. 결국 위기에 처하게 된 세 사람이었지만 그곳에 마키가 참전하고 후시구로와 연계해서 하나미를 공격한다. 하지만 그럼에도 불구하고 특급 주령인 하나미의 압도적인 전투력 앞에서 둘은 궁지에 몰리게 되는데.

하나미와의 전투에 참전한 이타도리와 토도. 이타도리가 흑섬에 성공하고 토도와 연계 플레이를 하면서 계속 히나미를 공격하던 와중에 토도는 자신의 술식을 해금한다. 자신의 브라더가 된 이타도리와 함께 토도는 변칙적인 술식과 자칭 IQ 53만의 뇌내 CPU를 활용한 영리함으로 하나미를 농락하는데.

압도적인 힘으로 고죠는 하나미를 물리친다. 빈사상태의 하나미와 합류한 마히토는 주술고전에서 특급 주물 '양면 스쿠나의 손가락'과 '주태구상도 1번에서 3번까지'를 강탈했다. 착실하게 10월 31일에 결행할 고죠 사토루 봉인의 준비를 진행하고 있었다. 한편, 고전 쪽에서는 마히토 일행의 목적을 명확하게 파악할 수 없었다. 이번에 입은 피해를 고려해서 그대로 교류회도 중지될 예정이었지만 어째선지 야구로 결판을 내게 되었다. 자매 교류회 2일째 야구 대회, 플레이 볼!

주령에 의해 비슷한 상황에서 3명의 남자가 사망하는 사건이 발생한다. 피해자들은 같은 중학교에 다녔다는 것이 판명되어 이타도리, 후시구로, 쿠기사키가 그 조사에 파견된다. 현지에 도착하자 그 중학교는 후시구로의 모교였다. 그곳에서 피해자들은 지역의 심령 스폿인 '야소하지 다리' 밑에서 쓰러진 채 발견된 적이 있었다는 말을 듣게 된다. 게다가 후시구로의 누나 츠미키도 사건에 휘말렸다는 사실을 알게 되는데.

야소하치 다리의 저주에 더해 특급 주령 '주태구상도' 중 하나인 케치즈와 대치하게 된 이타도리, 후시구로, 쿠기사키. 야소하치 다리의 저주의 결계 안에 있던 일행이었지만 갑자기 쿠기사키가 팔을 붙잡혀 결계 밖으로 끌려간다. 그 뒤를 쫓아 나간 또 한 마리의 주령 케치즈와 이타도리. 결계 안에 남은 후시구로는 빠르게 야소하지 다리의 주령을 퇴치하지만 충격적인 광경을 목격하게 된다. 한편, 쿠기사키는 '주태구상도' 중 하나인 에소우와 대치한다. 그곳에 케치즈와 그 뒤를 쫓아온 이타도리가 나타나는데.

'주태구상도' 형제 에소우와 케치즈를 상대하는 이타도리와 쿠기사키였지만 에소우 케치즈의 피를 뒤집어쓰게 되면서 체내에서 부식이 시작된다. 궁지에 몰린 쿠기사키는 스스로를 못으로 찌르며 '공명'을 발동한다. 형제와의 인내심 대결을 시작한 쿠기사키. 이타도리도 멈추지 않고 케치즈를 계속 공격한다. '양면 스쿠나의 손가락'에서 시작된 이번 임무. 과연 이타도리, 쿠기사키, 후시구로는 무사히 주술고전으로 돌아올 수 있을 것인가.