天机十二宫是江湖中的侠义组织，因卷入赈银案一直被刑律司追捕，阎王殿少宫主沈爻为了还父亲和十二宫清白，潜入刑律司查探真相。刚入京城，沈爻与女捕头万筠灵相遇，两人共同识破了摘星营营主百里摘星的诡计，沈爻救下被困的万筠灵。刑律司总捕玉长风赶到制服贼人，沈爻出于私心放走百里摘星，万筠灵抱怨沈爻耽误自己查案。第二天，沈爻来到刑律司为昨夜之事画押，拿着偷印的刑律司长司徐鳞栋信件来谋差事，险些被玉长风识破。当夜，沈爻和陈十六随徐鳞栋前往醉仙楼，趁酒席间，沈爻找醉仙楼老板花何惜询问赈银案情况，突然楼下传来惨叫，沈爻下楼看到徐鳞栋死于烈火阎王之手，玉长风与万筠灵闻讯赶来，万筠灵将沈爻以嫌犯名义带回刑律司。

玉长风被礼部长司杜澜初敦促破获阎王烈火案，回刑律司发现了沈爻和万筠灵正在斗嘴。玉长风追问之下，沈爻嬉笑怒骂间已经审问了目击者，洗清了自己的嫌疑。玉长风释放了沈爻，沈爻请命，以三天为限查清此案。玉长风答应沈爻，破获此案便让他进入刑律司。万筠灵不满玉长风释放两人，执意绑住沈爻。三人前去醉仙楼勘察现场，发现了重要线索黑甲虫，更发现造成幻像的原因是障眼法。沈爻带众人前往醉仙楼对面仓库，说出了自己的推理，凶手是利用小孔成像原理伪造了幻象。为进一步查探真相，三人前往验尸，验尸官荀勖带领众人查探尸体，荀勖一直受玉长风帮助。而沈爻查探尸体过程中，发现了幽檀草的灰烬，沈爻为了查找此草来源，决定夜访鬼市。

万筠灵为去鬼市，将沈爻从醉仙楼押回刑律司，沈爻提出要借宿刑律司。玉长风决定暗中调查沈爻，索性让沈爻住在玉府。沈爻发现原来万筠灵也住在这里，耍无赖在刑律司住下。众人夜探鬼市前万筠灵换回女装，却被沈爻捉弄。众人前往鬼市，玉长风发现了一直暗中保护沈爻的邱怡，两人相识，他本欲追问邱怡身份，却被陈十六阻拦。沈爻和万筠灵在鬼市查案，万筠灵发现了百事通柏先生，只要下棋赢了柏先生就能问出幽檀草的线索，沈爻威逼利诱，问出了幽檀草在龙血药铺。一行人前去查问，老板透露凶手也是官差。一行人正准备回去，万筠灵却撞到了一伙流氓，流氓纠缠众人，玉长风留下对敌，沈爻保护万筠灵逃出鬼市，随后与邱怡相见，将阎王殿托付邱怡照管。

玉长风趁饮酒时旁敲侧击沈爻的身份，沈爻故意透露自己是沈家村人士，玉长风偶然发现沈爻背后纹身。京中再发焦尸案，刑律司奉命查案。玉长风勘察现场发现玉佩，察觉此事和赈银案有关。在沈爻引导下，玉长风推断出这起案件和烈火阎王案有联系。沈爻潜入了刑律司存档处，查找赈银案线索，却无功而返。杜澜初警告玉长风不要让公主查大案，玉长风只好依令行事，拜托万筠灵前往沈家村查证沈爻身份，万筠灵被早已布置好的沈家村骗过去。玉长风则屡次用死者身上的阎王殿纹身试探沈爻，沈爻都设计轻松应付过去。沈爻还推理出，死者正是阎王殿天机钥匙保管者刘海。沈爻命陈十六去刘海身上查探玄铁钥匙下落，自己带着玉长风再到醉仙楼找花何惜协助查案。

玉长风前往醉仙楼查案，被众位歌妓纠缠，万筠灵赶到，大发雷霆。陈十六在刘海身体内找到了天机钥匙，沈爻与玉长风商议，利用玉佩引蛇出洞。消息散布后，鬼市出现玉佩踪迹，众人发现了真凶荀勖，没想到荀勖被神秘人所杀。玉长风怀疑徐鳞栋之死与其追查赈银案有关，但所有追查都被杜澜初阻止。杜澜初因为督办烈火阎王案有功，被王上指派代掌刑律司，他指派玉长风去调查定州狐妖杀人案，他一直阻止北定帅回京就职，此次也是希望抓到北定帅把柄。玉长风率人前往灵狐村查探，却不许万筠灵跟随，沈爻认为定州有赈银案线索，请命跟随，玉长风耐不住纠缠，只好应允。直到上路才发现，万筠灵竟然偷偷跟了上来。

沈爻与众人来到灵狐村，遇到了出逃的村长，得知众多村民死于狐妖之手。众人在村长引导下前往死者集中的狐仙庙，他们推断这些死者均是人为。此时秦家狐妖再度作案。众人赶到，秦家老大污蔑仆人阿喜是凶手。玉长风执意验尸，推断出秦老三全家是中毒而亡。案情扑朔迷离，阿喜央求刑律司帮忙断案，万筠灵于心不忍，拜托玉长风停留一天，逐个凶嫌查问，依旧一团迷雾。当晚，邱怡现身，提醒沈爻注意防备追杀他的鲁班门。玉长风跟踪沈爻发现邱怡踪迹，紧追邱怡，两人争斗间情愫渐生，玉长风最终放走了邱怡。第二天，万筠灵发现了线索，开始怀疑阿喜，发现了阿喜的不在场证明是利用了大家的行为惯性思维，有人在利用自己的善良希望快点了解此案。

万筠灵召集众人说出真相：阿喜就是凶手，原来秦家人发现她盗取家中财宝准备报官，她遂起杀心。案件了结后，万筠灵与玉长风聊天时流露出对沈爻的仰慕之情，玉长风告诉万筠灵，沈爻并不简单。夜里，狐妖现身，随后逃窜，众人追过去，没想到狐仙庙再生命案。而此时北定王幕僚刘夜纯现身，他背后的主谋与十二宫庞震等人似乎在谋划事情。众人赶到狐仙庙，发现了胡家兄弟身死，沈爻认定查清胡家案就能查清狐妖案真相。刑律司兵分两路，沈爻与万筠灵追查胡家，玉长风追查狐妖线索。沈爻和万筠灵查案过程中，沈爻通过烟雾来源，找到了胡家的地下密室位置，两人查探密室时，万筠灵因惊恐扑入沈爻怀中，恰好被从狐仙庙地下密道走来的玉长风撞见。

众人在胡家密室调查，玉长风发现垂炉山地图，决定前往探查。此时的刘夜纯因为暴露了狐妖的踪迹，被主谋劝离。刑律司众人准备进山，陈十六在山下接应众人。三人上山被困幻境，玉长风斩杀幻象后找到万筠灵。万筠灵担心沈爻前去寻找，救下了受伤的沈爻。沈爻认出此乃须弥幻境，推断鲁班门、机刹阁和拂云堂共同合作布下此阵。众人在阵中，万筠灵不小心触动机关，随她上山的小狗为她而死，万筠灵无比难过，沈爻安慰万筠灵，两人感情逐渐升温，玉长风内心悲凉。沈爻通过研习，找到了阵眼中的金矿和红童，红童告诉沈爻自己是为了重建拂云堂投奔庞震，沈爻说服红童弃暗投明。红童告诉沈爻破坏阵眼才能破阵，沈爻决定牺牲自己，万筠灵紧紧抱住沈爻。

万筠灵脱困后，与玉长风、陈十六汇合。此时的狐仙庙再现杀人案件，万筠灵推断此事定与北定帅有关。北定帅府内，北定帅对于两人调查狐妖案之事十分不满。沈爻破阵后陷入昏迷，被一老人所救，从老人口中推论，山中有人正在开采金矿。沈爻为查线索，冒名温斌前往武邑县寻找进山记录，洞察到了刘夜纯的破绽。沈爻离开武邑县途中突然遭到鲁班门贼寇追杀，幸亏邱怡及时赶到，救下沈爻。沈爻从杀手身上发现诛杀令，原来自己已经被诬蔑为十二宫叛徒，成为众矢之的。沈爻担心万筠灵，快马回京。此时的万筠灵和玉长风无功而返，决定从长计议，没想到万筠灵却被一伙江湖人士抢走。原来是庞震担心事情暴露，决定杀人灭口，背后的神秘女子也在推波助澜。

沈爻回到京城，发现万筠灵未归，赶到醉仙楼，从花何惜口中得知自己被鲁班门定了三大罪状。重伤的玉长风独自回到京城，沈爻从他口中得知万筠灵被鲁班门所捉。沈爻决定独闯鲁班门天玄地黄坛，一方面解救万筠灵，另一方面解除十二宫危机。临行前让玉长风和陈十六兵分两路，寻找救兵。陈十六遵照锦囊，找杜澜初之子杜玉和借兵。杜澜初为除掉北定帅，欣然应允。玉长风找到刘夜纯，指出他就是杀害村民和胡家人的真凶。沈爻成功地混入进山工人中，从工人口中得知了事情的来龙去脉。晚间，沈爻送走少年，自己重回龙潭。万筠灵逃跑被抓，发现真正幕后的黑手竟然是北定帅夫人。北定帅夫人此时却发现庞震提供的黄金数量越来越少，和庞震渐生嫌隙。

庞震将天机十二宫宫主聚集一处，众人推选大司坛，争吵未绝。沈爻冒充凌香坛出席，利用自己掌握的情报，取得大家信任，搅局大司坛评选，将矛头指向庞震，北定帅夫人见状拆穿了沈爻身份。众人向沈爻讨要天机钥匙，沈爻痛陈厉害，却被误解。他佯装向庞震交出钥匙，实际上是为了挑拨北定帅夫人和庞震的矛盾，仇伯英杀掉庞震。北定帅夫人用万筠灵检验沈爻忠心程度，沈爻趁机发作，带万筠灵逃离生天。北定帅夫人和仇伯英决定玉石俱焚，围攻各位宫主。玉长风带刘夜纯与北定帅对质，北定帅得知刘夜纯偷采金矿，竟是为了助自己回京，懊悔不已，说出自己是为了镇守边关才留守在定州。刘夜纯自裁谢罪。万筠灵发现了沈爻的秘密，但危急之际，两人同仇敌忾。

十二宫宫主力战鲁班门。万筠灵和沈爻并肩作战，为护沈爻重伤晕倒。陈十六带阎王殿众人及时赶到，玉长风带北定帅也赶到此地。北定帅命玉长风先带万筠灵回宫。十二宫宫主在阎王殿的保护下脱离险境。北定帅带军闯进密室，劝夫人收手。北定帅夫人痛陈自己助北定帅回京的理由，为了不连累将军，自裁谢罪。三日后，玉长风发现沈爻的一切都是骗局。沈爻找到了刑律司密室，发现赈银案的红档被修改过，矛头指向杜澜初。北定帅与王上促膝长谈，为破获赈银案，向王上举荐沈爻，皇帝决定测验沈爻。大殿之上，王上封赏沈爻后怒斥北定帅，沈爻替北定帅说情。王上佯装大怒，实际上内心赞许。公主赶到大殿，阻止王上治罪沈爻。沈爻发现，万筠灵竟然是当朝公主。

鲁班门大战后，万筠灵被护送回宫，圣上传旨，严禁万筠灵出宫。万筠灵开始思考沈爻身世，料定他与十二宫有关。此时突然传来王上将要降罪沈爻的消息，万筠灵挺身保护沈爻。王上提出条件，万筠灵之前约定的三月查案之期已到，现在必须安心准备和亲，和亲对象库戎王子阿依虎上殿与众人相见。退朝之后，万筠灵和沈爻再次面对彼此，坦诚相见，万筠灵希望沈爻能够带自己走，沈爻犹豫许久，终于选择为了查案隐藏自己的感情。杜澜初利用万筠灵开始挑拨沈爻和玉长风关系，当夜几个年轻人都陷入了对感情的沉思，而此时，天空突然升腾起了大片的孔明灯，遇箭坠落火袭皇宫，其中燕宫火势最为严重。沈爻担心万筠灵安危，潜入皇宫，与万筠灵相见。

万筠灵和沈爻不欢而散，玉长风安慰万筠灵却被拒之千里。王上因孔明灯案震怒，限沈爻、玉长风三天破案。退朝后，杜澜初挑拨两人关系。沈爻与玉长风针锋相对，玉长风对沈爻和十二宫充满偏见，沈爻用杜澜初压制玉长风。玉长风调查孔明灯案，途中遇到了邱怡，两人成功活捉嫌犯毅老大。在抓捕毅老大过程中，玉长风发现曾在杜府见过毅老大的一个手下。邱怡与玉长风情愫渐生。花何惜告诉沈爻，只有杜府才有这种点火用的松脂。正逢杜澜初过寿，沈爻潜入杜府，在书房遇到了同样目的的玉长风，两人发现了杜澜初的密匣，里面竟然是玉长风之父玉国璋写给徐鳞栋大人的罪己书，玉长风不相信父亲参与赈银案，与沈爻发生冲突，不小心弄倒了花瓶。

杜玉和将沈爻交给了杜澜初。杜澜初想要拉拢沈爻，亲自将沈爻送出府邸。毅老大被严刑拷打，始终不肯招供。玉长风在毅老大手上发现了染料，查到了制作孔明灯的地点和杜府的黄金，玉长风断定此事和杜澜初有关。沈爻根据杜府文书推断出了皇档的位置，与陈十六潜入皇宫破解了机关，了解了皇档的内容。沈爻发现红档跟皇档完全对不上，明显是有人在掩盖真相。沈爻想起公文中曾提到留侯，决定找留侯询问。万筠灵怒气冲冲赶来，将沈爻拉出燕宫。玉长风见两人纠缠，怒斥沈爻。万筠灵借酒浇愁，玉长风眼见万筠灵伤心，痛心不已。沈爻此时也对万筠灵思念不已。玉长风继续追查案子，发现了杜府库房内有大量的松油脂，案件刚刚有突破，毅老大却死于狱中。

杜澜初认定孔明灯案是有人陷害，想借玉长风之手找到此人。万筠灵为了出宫查案，引诱胁迫小王子一起乔装打扮溜出宫去。万筠灵径直将阿依虎带进刑律司，将他留给了小冬瓜等捕快。杜澜初夫人邀沈爻赴宴，以重金和密信相赠，希望沈爻帮助杜澜初追查赈银案。沈爻料定其中有诈，拿走一块金条和密信，发现密信是玉国璋写给自己父亲岳重山的，约定共商赈银之事。阿依虎在刑律司被看管甚严，索性撒娇逼小冬瓜等人带自己上街玩耍。阿依虎在街头险些被骗，沈爻见状前去帮忙，惹火了卖艺人，卖艺人找人围攻众人，结果发现了沈爻身上的阎王殿令牌，仓皇而逃。玉长风要向皇帝说明孔明灯案真相，万筠灵虽然心有怀疑，还是选择支持。

玉长风和万筠灵一起向王上禀报杜澜初是孔明灯案的幕后真凶，案件证据不足，被皇帝训斥。王上震怒，警告万筠灵若再肆意妄为，便禁足禁宫。阿依虎随沈爻来到醉仙楼，被花何惜打动，与其相谈甚欢。相龙发现小王子失踪，大发雷霆。宫中所有人都在找阿依虎，相龙更是闯进寝宫前来寻找，万筠灵决定出宫寻找阿依虎。趁醉仙楼前场热闹，沈爻到后室与邱怡相见，告知自己调查结果，杜澜初和赈银案有莫大的联系。玉长风正看父亲给自己的信，暗自神伤。万筠灵拜托玉长风寻找阿依虎，刑律司开始全城寻人。万筠灵想起沈爻和阿依虎相熟，果然在醉仙楼揪住了阿依虎正欲带走，沈爻拦住，两人打斗起来。万筠灵挥剑斩向沈爻，沈爻笑观其剑却毫不闪躲。

沈爻带万筠灵回刑律司，查探档案后，两人和解。沈爻带万筠灵回到了醉仙楼，一群人继续玩耍，万筠灵回宫前，对沈爻充满了不舍。沈爻告诉万筠灵，他一定会查出真相，也会想办法阻止和亲。重阳节将至，万筠灵在重阳祭典上当着群臣拒绝和亲，被皇帝以国家大义拒绝，万筠灵愤然离宫，心中只想着沈爻。玉长风思念万筠灵，书写奏折希望与万筠灵共赴库戎。邱怡闯进刑律司，送了玉长风一条手帕。重阳大宴，库戎献上宝马，相龙嘲笑南朝没有能驭马的英雄，玉长风下场驭马，宝马发狂，玉长风眼见要被践踏而亡，沈爻看出蹊跷在马的眼睛，用白布蒙住眼睛制服宝马，救下玉长风，为南朝挣得颜面。大宴结束后，沈爻带众人前往醉仙楼玩耍，帮助阿依虎追求花何惜。

沈爻、万筠灵、阿依虎三人回到皇宫，开始吃花糕赢彩头，万筠灵在屋中为众人跳舞。玉长风在门外看见众人欢腾，落寞离开。回到刑律司，邱怡被玉长风惹火，扬长而去。杜澜初府内，傀儡袭击了杜夫人。杜澜初向王上推荐沈爻、玉长风彻查傀儡案。玉长风着急结案，沈爻独立追查此案。邱怡与沈爻商议追查傀儡案，推测背后之人定知道赈银案真相。沈爻想从杜府找线索，却被杜澜初拒之门外，只是给了他当晚找到的傀儡零件，杜澜初嘱咐杜玉和调查傀儡案。沈爻通过零件推断仇伯英谋划了这一切，包括孔明灯案和傀儡案，矛头都指向杜澜初。沈爻决定夜探鬼市寻找线索。万筠灵央求王上不要让自己和亲，却依然没有结果，万筠灵在月下思念沈爻。

花何惜邀玉长风前往醉仙楼，玉长风得知花何惜多年来一直在帮助留侯查赈银案。留侯需要玉长风帮忙共同调查。沈爻和陈十六在鬼市调查，却没有来得及阻止仇伯英。仇伯英临走前将此嫁祸给沈爻。杜澜初命令玉长风剿杀十二宫，留侯也令玉长风协助。刑律司在城内大肆追捕天机十二宫成员。沈爻和陈十六也遭到追杀，小冬瓜偷偷放走两人。留侯告诉万筠灵赈银案的真相，劝万筠灵乖乖和亲，他奉王上之命负责万筠灵和亲事宜。邱怡和花何惜怡劝沈爻离开京城，沈爻不肯，邱怡让手下强行护送沈爻避难。邱怡独自去找玉长风，把杜澜初给沈爻的信交给玉长风，玉长风在信中发现了玉国璋隐藏的神秘地点。玉长风和邱怡前往查探，中了杜澜初埋伏，邱怡搬救兵时中箭。

邱怡死在玉长风怀里，玉长风认定邱怡之死和沈爻有关。沈爻为保护十二宫，准备带总坛众人逃离此地。仇伯英突然闯入，蛊惑大家对抗刑律司。沈爻号召十二宫宫主团结起来，仇伯英见拉拢不成，便命令手下进攻。十二宫宫主与机刹阁人员陷入鏖战。沈爻为护众位宫主离开，主动继任大司坛，打开总坛密室。密室里放着天子狩猎图，沈爻察觉到画中隐藏着赈银案的秘密，为保全大家，自己留下来应对玉长风。玉长风将沈爻打下山崖。皇宫内，相龙暴露真面目，阿依虎被禁足。留侯与相龙商议和亲事宜，不动声色间，尽见机锋。留侯拜托玉长风要看好万筠灵，保证和亲顺利进行。玉长风奉命行事，万筠灵央求他放自己去找沈爻，玉长风告诉万筠灵，沈爻已经死了。

万筠灵听闻沈爻死讯，悲痛欲绝。跌下山崖的沈爻被陈十六所救，两人前往隐士村避难。王上面对着群臣对于万筠灵的非议，大发雷霆。杜澜初趁机上报赈银案，王上无奈同意结案。留侯此时听闻朝上之事，登门试探杜澜初，杜澜初中了留侯引蛇出洞的计谋。沈爻在隐士村醒来，北定帅托四老宫主告诉沈爻赈银案的真相。多年前的赈银案，确实是留侯和北定帅拜托十二宫护送，中途赈银不翼而飞。岳重山担心牵连甚广，瞒下众人，从林靖海手中夺下另一半，藏于隐秘地点，两幅图拼在一起就能找到赈银的下落。赈银已还给朝廷，十二宫彻底洗清嫌疑。沈爻决定继承父亲的意志，带领十二宫重新匡扶正义。第二天，留侯依照计划行事，于殿上诱杀杜澜初。

留侯于殿上斩杀杜澜初，并告诉王上赈银案真相。留侯此时已经洞察相龙的阴谋，打算以静制动稳住相龙。万筠灵为获自由，彻底和玉长风决裂。沈爻重回京城，得知真相，原来从沈爻进京开始，杜澜初就已经开始清除所有追查赈银案的人，包括徐鳞栋、刘海以及北定帅，玉长风和沈爻的争斗也是他所为。留候揭开了谜团，发现了相龙的阴谋，派花何惜救下阿依虎。沈爻十分担心万筠灵，决定潜进宫中。相龙醉酒，跑到万筠灵房间放肆，玉长风不忍万筠灵委屈放走她，却正遇到了沈爻。沈爻与万筠灵再度相见，与玉长风告别，三人重归于好。沈爻本打算带万筠灵逃离京城，但是万筠灵决定承担自己作为一个公主的责任。沈爻决定支持自己的心上人，一同面对危险。

玉长风私自放走万筠灵，打乱了留侯的计划。相龙召集人马，准备发作。留侯号召十二宫重出江湖，再度集结。和亲之日，万筠灵虽然回京，但相龙仍以小王子失踪为由，挑起战争。留侯叮嘱玉长风守护好王上，自己留守宫中与相龙厮杀。沈爻亲自护送王上撤离，仇伯英紧追而至，玉长风及时赶到，沈爻设计杀掉仇伯英。沈爻重回王城，和万筠灵紧紧相拥。库戎骑军杀入城中，玉长风战死，相龙围住十二宫众人，趁机拉拢沈爻，沈爻坚持正义。留侯带着阿依虎前来解围，库戎骑兵纷纷臣服，相龙功败垂成。王上各行封赏，但万筠灵的和亲不可避免。但留侯早有安排，马车里坐的竟然是花何惜。而在众人无数次冒险的鬼市里，沈爻终于再次牵起了万筠灵的手。