1945年日军投降投降仪式在南京举行。程慈航身负血海深仇回到故土，他知道几年前杀害心上人小玉的凶手中田等人必定在南京城内。火车站，各路人马暗流涌动，程慈航看到了拎着神秘箱子的小野，不顾一切地追了上去。

霍然力荐莫采石的侄子程慈航来破案，莫采石再三推辞，反让严达庆来侦破此案。霍然责怪严达庆强出头。欧阳倩从刘阿常处接过了车夫杀人案，并带程慈航去了现场。

莫采石希望程慈航不要插手五九档案的事情，但程慈航想通过此案找到中田，为小玉报仇雪恨。为了迫使程慈航出山，霍然故意放消息给记者，通过舆论给莫采石施压。

日本特工夜袭莫家，试图寻找程慈航藏在身边的部分生物武器的资料。莫太太被打伤。莫采石家的防守力量加强。欧阳倩在莫家值班时看到程慈航为婶婶熬药，忍不住帮起忙来。

严达庆和霍然急于结案，程慈航不同意。严达庆故意挑衅程慈航，反被教训了一顿。程慈航再次勘察现场，得出结论。凶手一共有两个人，李大壮的同伙就住在附近。

因为刘勇好抽大烟，程慈航打算从可以抽大烟的处所开始查起。欧阳倩带了一张刘勇的画像，让李丽兰帮忙找刘勇。李丽兰查到了刘勇经常去的一家茶馆。

许老二和断指看到报上的新闻，得知青铜馆丢了两个铁匣子，决定回南京城寻找另一只铁匣子。当初是孟老板介绍了老朱给他们认识，将青铜馆有五九档案的情报卖给了许老二。

欧阳倩和程慈航同游公园，程慈航送给欧阳倩一支玫瑰，被中田的密探捕捉到。中田心生一计，逮捕了欧阳倩，让程慈航拿五九档案来交换。

燕子飞想对李丽兰上下其手，反被李丽兰五花大绑，脸上划上“淫贼”二字。在哈金斯的引导下，程慈航开始留意锦线的踪迹。欧阳倩担心李丽兰一再闯祸，会被程慈航抓住把柄。

霍蜜儿到警察厅缠着程慈航，看到了欧阳倩。霍蜜儿看出欧阳倩和程慈航之间关系匪浅，但她毫不退缩。晚上，程慈航和欧阳倩参加舞会，霍蜜儿又来搅和。

程慈航正打算把醉醺醺的霍蜜儿送回家，遇到了闻讯赶来的霍然。看到东倒西歪的女儿，霍然怒不可遏。程慈航乔装打扮，救了被江湖人士追杀的刘振亮。

程慈航从刘阿常那里得知留下昙花花瓣是锦线的一贯做派。莫采石夫人大寿，马副官到酒窖找酒。他来到地窖，将一个神秘的箱子再三掩藏好。

莫采石承认是自己安排欧阳倩“照看”程慈航，他提醒程慈航千万注意安全。马副官发现刘阿常的不安，用老刘在汪伪时期的案底、以及有高层的授意，威胁这个“三朝耗子”乖乖听话，继续报告程慈航的一举一动。程慈航向欧阳倩道歉，两人和解。

程慈航到宿舍找欧阳倩，欧阳倩避而不见。李丽兰和哈金斯交换完情报后，发现自己被燕子飞盯上，拉着哈金斯作护花使者。燕子飞想对李丽兰下手，被刘振亮拉住。

断指到警厅找莫采石，说自己手中握有五九档案。马副官在厅长办公室拦截了断指。不明真相的断指误信了马副官，将自己所知道的事情悉数告知。

宫本告诉中田，断指已在南京出现，希望宫本多提供线索。程慈航画出了断指的肖像，希望找到这个举报者。程慈航查问马副官举报者的情况，马副官含糊其辞感觉此人是骗子。

说话的功夫，外交部费次长家又失窃了。莫采石勒令程慈航负责，火速破案。程慈航带人勘察现场，发现欧阳倩有破坏现场、掩盖证据的行为。

杨妈的描述将线索指向细菌战的孤儿。程慈航决定从找这条线索入手。霍蜜儿去警察局找严达庆算账，欧阳倩阻止。从对话中，欧阳倩得知程慈航已经对失窃案胸有成竹。

程慈航请老刘配合，演出一场好戏，从海关缉私队手上带走了李丽兰。严达庆赶到现场，已经晚了一步。严达庆和程慈航争夺疑犯审讯权未果。

程慈航感觉有异样，来到李丽兰房间，发现霍蜜儿船上了牢服，放了李丽兰，替她坐牢。程慈航赶紧追出来。李丽兰躲在欧阳倩这里，欧阳倩本想趁众人不注意悄悄放走李丽兰，正巧被程慈航撞见。为了不暴露自己的身份，欧阳倩情急之下反手抓住了李丽兰。

严达庆抓捕和王少尉冲突的江湖人士，霍然力挺程慈航查案。程慈航查看现场，得出结论：凶手的目标本是哈金斯，因为不经意调换的衣服，而误杀了王少尉。

程慈航私下告诉莫采石，他已经确定凶手是马副官。他列举证据，马副官罪责难逃。莫采石痛心疾首，让程慈航必须抓到马副官。

霍蜜儿用自己的关系为程慈航搞到他要的记录。程慈航告诉莫采石，当天只有一个人没有留下记录，因为此人持的是侍从室的特别通行证。

程慈航再次怀疑欧阳倩和锦线的关联。他内心五味杂陈。莫采石告诉刘阿常，只要能找到马歇尔的专车，程慈航的命令应该不折不扣地执行，坚决打掉同安苑的匪巢。

中田来到宫本被击中的现场，为宫本临死前嘴里的秘密感到可惜。他告诉小野，活要见人，死要见尸。赵军等人对严达庆背后开黑枪的行径十分愤慨。

刘阿常怀疑欧阳倩有别的心思。关天平提醒程慈航警厅众人，包括莫采石在内纷纷赶赴常熟，撺掇他也去。程慈航把关天平支开，火速赶往常熟。

五九档案重现江湖，马太太决定重金去买。程慈航回忆过去的点滴，开始怀疑欧阳倩是锦线中人。程慈航得知马太太会在江流湾出现，立刻赶往江流湾。戚承祖在江流湾接应马太太，险些被警察逮捕。

刘振亮支开小芳，摸到地下室，找出铁匣子。小芳发现。刘振亮杀死小芳想要带着铁匣子跑开，恰遇戚承祖回来。戚承祖看见小芳已死，悲痛欲绝。

程慈航认为报答锦线的养育之恩，不一定要沦落江湖。方捷来找欧阳倩，欧阳倩让他抱着自己，让程慈航看见好彻底死心。欧阳倩让程慈航照自己的心愿去活。

莫采石送霍蜜儿回家，霍然再次要求两人尽快订婚。程慈航去质问严达庆，莫采石警告程慈航警察局暗流丛生，不要吓掺和。莫采石正式提出要给程慈航和霍蜜儿订婚。

面对程慈航的质问，欧阳倩承认自己为美国人工作。并且通知程慈航，今天起，程慈航和锦线一刀两断，毫无瓜葛。关天平把相册还给欧阳倩，两人话别。

霍然坚持要程慈航道歉。程慈航上门解释，被霍蜜儿拉到外面。程慈航表示歉意，告诉霍蜜儿他现在终于知道欧阳倩为了保护自己作了多大的牺牲。

哈金斯气冲冲地来找莫采石，问为何找到的两个铁匣子都是假的，莫采石告诉他真的还在江湖上。程慈航因欧阳倩的离去失落万分，找刘阿常借酒浇愁。

程慈航看到溺死的刘阿常，在刘阿常身上他发现了一枚玉佩。程慈航想到了那本《妙法莲华经》，他在刘阿常家中的经书里找到了严达庆在茅山监狱工作的档案，安排者果然是莫采石。

莫采石苦心隐藏的铁匣子不翼而飞。程慈航带来铁匣子，和莫采石做最后的摊牌。程慈航把案情整个来龙去脉分析了一遍，莫采石无话可说。