34歳・童貞・無職の引きこもりだった男は車に撥ねられ、その一生を終える……はずだった。しかし、男が次に目を覚ましたとき、そこは剣と魔法の異世界であった。少年・ルーデウスとして転生した男は考える、この世界ならば、自分も本気で生きていくことができるかもしれない……と。

３歳という幼さで魔術の才を見せたルーデウスに、家庭教師が付くことになった。不愛想でジト目のロリっ娘なロキシー師匠による魔術の授業で、めきめきと成長するルーデウス。そして月日が流れ、ルーデウスはロキシーにある試験を課される。しかし、その試験のためにはルーデウスは前世のトラウマを乗り越える必要があった。

村はずれでいじめの現場を目撃したルーデウス。その光景に前世の苦い記憶を思い出しながらも、いじめられていた子供・シルフを助ける。前世でできなかったことを少しずつ“やり直す”と決めていたルーデウスはシルフと友達に。この世界で初めての友達に魔術を教え始めるのだが……。

ルーデウスの母・ゼニスの懐妊に、喜びに沸くグレイラット家。だがそのひと月後、メイドのリーリャまで妊娠していることが発覚する。しかもその父親はあろうことか…。修羅場必至、一家の一大事に直面したルーデウスは機転を利かせて……。

パウロによってロアの町に送られたルーデウスは、パウロの知り合いであるギレーヌに連れられ、ボレアス家の息女・エリスの家庭教師を務めることになった。しかし、そのエリスは一筋縄ではいかない暴れん坊お嬢様で、ルーデウスは傍若無人なエリスを躾けるため、ある計画を実行するのだが……。

誘拐事件が幕を閉じ、正式にエリスの家庭教師として働くことになったルーデウス。エリスとギレーヌに算術や魔術を教える傍ら、ギレーヌから剣術を教わるというハードながらも平穏で充実した毎日が続いていた。しかしある日、休みのない授業のストレスでエリスが再び狂暴になってしまい……。

10歳の誕生日を迎えるエリス。その日には盛大なパーティーが開かれる予定だが、エリスはダンスが大の苦手。そんな彼女のために、ルーデウスは練習に付き合う。その甲斐あってエリスは次第に上達していく。そして誕生日当日が近づくある日、ルーデウスのもとにロキシーから手紙が届き…。

ルーデウスがボレアス家に来て３年が経ち、エリスたちはルーデウスの10歳の誕生日を祝うためにこっそりとパーティーの準備を進めていた。ルーデウスはエリスたちのサプライズに気づきながらも知らないふり。そんな穏やかな日々に、ルーデウスは幸せを感じていた。そして誕生日当日、ルーデウスの自室には意外な人物の姿が…！？

謎の光に包まれたルーデウスの前に、神を自称する存在“ヒトガミ”が姿を見せる。ヒトガミとの邂逅を終え、次にルーデウスが目覚めると、そこは魔大陸の荒野だった。さらにそこにはひとりの男の姿が。その男は、かつてロキシーから「絶対に近づかないように」と教えられたスペルド族の特徴である緑色の髪と額に宝石のような石が付いていて―！

ルーデウスたちはミグルド族の村を離れ、リカリスの町へと向かう。町の検問で、ルイジェルドが“デッドエンド”として恐れられていることを実感したルーデウスは、スペルド族汚名返上の作戦を思いつく。

ルーデウス、エリス、ルイジェルドがギルドの魔物調査の依頼で石化の森へ向かうと、そこには同じ依頼を受けた２組の冒険者がいた。早い物勝ちで依頼を遂行しようとする中、ルーデウスはある判断を迫られる。一方、ロキシーは転移事件が起きたフィットア領にあるルーデウスの家を訪れるが…。

魔大陸最南端の港町・ウェンポートに到着したルーデウスたち。 3人は船でミリス大陸へ渡ろうとするが、スペルド族がいるという理由で途方もない渡航費用を請求されてしまう。 その夜、資金不足に悩むルーデウスの夢にヒトガミが姿を現すと、彼に助言を残していく。 翌日、ルーデウスが町の中を散策していると、お腹をすかせた謎の少女と出会う。

行方知れずのルーデウスたちを探していたロキシー。 彼の父・パウロの知り合いであるエリナリーゼ、タルハンドと共にウェンポートにやってきたロキシーは、手がかりを探す中で、悪名高いデッドエンドの噂を耳にする。 一方、ルーデウスたちは密輸組織のガルスと取引し、アジトにいる奴隷を解放することを条件に念願のミリス大陸へ渡るのだが……。

無実の罪で獣族の村に捕らえられてしまったルーデウス。 エリスとルイジェルドが迎えに来てくれることを期待する中、そこへギャンブルのイカサマが原因で魔族のギースが同じ牢に叩き込まれてくる。 ギースと話しながらルーデウスは脱獄の可能性を探るが、突如村に密輸組織の一団が襲い掛かってくる。

ドルディア族の集落に迎え入れられたルーデウス、エリス、ルイジェルド。 この村がギレーヌの故郷だと知ったエリスは喜ぶが、ギレーヌの兄・ギュエスは彼女のことを一族の面汚しだと吐き捨て、二人は一触即発の事態に。 タダならぬ様子にルーデウスたちが困惑する中、エリスはギュエスの娘であるミニトーナに剣術を教えることになって……。

ルーデウスたちはミリス神聖国の首都・ミリシオンにたどり着く。 資金集めのためにしばらく滞在することに決めたルーデウスが街を散策していると、子どもが攫われている現場に出くわしてしまう。 子どもを助けようと後をつけたルーデウスは人攫いの一味と戦闘になってしまうが、そこにはルーデウスのよく知る人物が関わっていたのだった。

父・パウロと再会を果たしたものの、ゼニス、リーシャ、アイシャ、シルフィが転移事件で行方不明になったこと、そしてパウロとの衝突で傷心するルーデウス。 一方のパウロはギースに諭され、ルーデウスにぶつけた言葉など己の過ちに気づき、もう一度息子と会って話をしようとする。 勇気を振り絞りパウロと対峙するルーデウスだが……

パウロと和解し、互いに家族を探すべく別れたルーデウスは、エリスとルイジェルドとともに船で中央大陸へ。 一方、ゼニスらグレイラット家を探すロキシー、エリナリーゼ、タルハンド。 リカリスの街で再会したノコパラに促され、ロキシーは故郷であるミグルド族の村を訪れる。家出同然に飛び出した故郷に心穏やかではいられなかったロキシーだが、果たして両親との再会は…。

ヒトガミからリーリャとアイシャの居場所を聞きだしたルーデウスは、シーローン王国の首都・ラタキアへとやってくる。 すると、街で兵士から逃げていたアイシャと遭遇したルーデウスはアイシャを救出し、なぜ兵士に追われていたか、そしてリーリャがどこにいるかを聞き出す。そして同じくシーローンの王宮で働いているはずのロキシーを頼ろうと考えるが…

ロキシーをおびき寄せる餌としてパックスに捕まり監禁部屋に入れられてしまったルーデウスの前に、 シーローン第三王子でパックスの兄・ザノバが現れた。 ザノバはあるものを取り出し、ルーデウスに質問をする。すると事態は思わぬ方向へ…。 一方、エリスとルイジェルドはルーデウスが捕まったことを聞き救出に向かう。

リーリャやアイシャと別れ、故郷を目指して進むルーデウスたち。 その道中で、七大列強のひとり龍神・オルステッドに出会う。 すると、エリスとルイジェルドは突然顔色を変え震え始める。初対面のはずなのにエリスとルイジェルド、さらにはパウロのことをよく知るオルステッドだが、ルーデウスのことは知らない様子。 そこでオルステッドのある質問にルーデウスが答えると、突如オルステッドが襲い掛かり―！

ついにフィットア領へと戻ってきたルーデウスたち。 しかし、故郷のブエナ村は荒地になり、ボレアス家のあったロアの街も転移事件に巻き込まれた人たちが集まる難民キャンプとなっていた。 執事のアルフォンス、そしてギレーヌと再会し、フィットア領やボレアス家の現状を知ったエリスは、ひとり考えた末にルーデウスの元を訪れる。

突如、手紙を残してエリスがいなくなった。 人生をやり直し、様々な出会いや旅を経験して変わることができたと思っていたルーデウスだが、エリスを失ったショックで、再び前世のように引きこもってしまう。 ルーデウスがなにもかも諦めかけたその時、彼の脳裏に母・ゼニスの思い出がよぎって……。