이로하는 쿠로에로부터 동생의 친구이자 마기우스의 멤버 히이라기 네무의 이야기를 듣고 네무가 아직 자신에 대해 기억하고 있다는 사실을 알게 된다. 이로하는 네무와 이야기하기 위해 쿠로에한테 자신을 네무가 있는 곳으로 데려다 달라고 부탁하고 이로하, 야치요, 쿠로에는 마기우스의 본거지 '호텔 펜트호프'로 향한다. 그리고, 펜트호프의 입구에 도착한 세 사람은 임구에서 나오는 아마네 자매와 맞닥뜨린다. 야치요가 아마네 자매를 붙잡아 두고 있는 사이 펜트호프 안으로 들어온 이로하와 쿠로에는 네무가 있는 곳으로 향하지만 그들의 앞에 나타난 것은 검은 날개 복장을 한 미나미 레나와 아키노 카에데였는데.

미카즈키장의 동료들을 찾기 위해 혼자서 출발한 이로하였지만 쿠로에가 이로하를 따라온다. 쿠로에는 이로하에 대해서 생각하게 되었다. 한편, 펠리시아와 사나는 마기우스에서 검은 날개로서 일하고 있었다. '마녀가 되지 않는 방법을 알 때까지는 돌아가지 않아'라고 말하는 펠리시아. 소문에 붙잡힌 사람들을 관리하면서 사나는 마기우스의 활동에 의문을 품게 된다. 한편, 하얀 날개로서 활동하는 미후유는 뜻밖의 인물과 재회하게 되어 당황스러워한다. 각자의 생각이 뒤섞이는 와중에 토우카는 모든 마법소녀를 구원할 작전의 상세 내용을 발표한다. 그 작전의 내용은.

마기우스의 본거지에 쳐들어간 마법소녀들. 재회한 이로하와 야치요, 그리고 같이 합류한 마도카 일행의 앞을 막아선 것은 마기우스의 전사가 된 유이 츠루노와 토모에 마미였다. 마미와 츠루노는 자아를 잃은 상태여서, 동료인 마법소녀들을 공격했다. 동료와는 싸울 수 없어 고전을 면치 못하는 이로하와 마도카. 그때, 카미하마시에는 마기우스의 작전 때문에 마녀들이 점점 몰려들고 있었다. 그리고, 관측 사항 최대 규모의 슈퍼 셀도 접근하고 있었고, 6시간 후에는 카미하마시에 상륙한다는 예보가 있었다. 그 슈퍼 셀의 정체는 바로 최흉이자 최악의 마녀 발푸르기스의 밤이었는데.