Schon seit Jahrhunderten bekriegen sich zwei Ninja-Clans bis aufs Blut: Seit einigen Jahren herrscht jedoch Waffenstillstand. Der könnte jedoch ein jehes Ende nehmen, denn Leyasu Tokugawa will die verfeindeten Clans gegeneinander antreten lassen, um die Nachfolge der beiden Söhne zu regeln. Die Oberhäupter willigen auch in diesen tödlichen Wettstreit ein, ohne dabei an die Folgen zu denken.

Gennosuke Koga und Oboro Iga ahnen nicht von dem Unglück, dass ihnen bevorsteht. Durch Zufall gelangt Yosuke vom Koga-Clan an die Schriftrolle, die für Iga bestimmt war. Doch Rosai Azuki vom Iga-Clan fordert die Herausgabe dieser Rolle und ein bitterer Kampf entbrennt.

In der Schriftrolle, die die Ninja vom Iga-Clan im Besitz haben, wird die Auflösung des Nichtangriffspaktes bekannt gegeben. Die Ninja können es nicht fassen und wollen verhindern, dass die Schriftrolle weitergegeben wird. Nun heißt es, den Boten der Rolle, Shogen Kazamachi vom Koga-Clan, zu beseitigen.

Ahnungslos tappen Gennosuke und Jingoro in die tödliche Falle, die von den Iga Ninjas ausgeheckt wurde. Diese wollen weitere Namen von ihrer Liste streichen und machen sich daran, weitere tödliche Aktionen zu planen. Doch sie kommen nicht weit, denn Koga erfährt endlich von der Auflösung des Nichtangriffspaktes.

Als der Morgen graut, wird klar, dass der tödliche Wettstreit ein neues Opfer gefunden hat. Inzwischen nähert sich noch eine ganz andere Gefahr: Tenzen, Rosai, Nenki und Koshiro planen einen Überraschungsangriff und machen sich auf dem Weg in das Koga-Dorf. Doch als sie dort ankommen, erweist sich ihr Plan als schwieriger, als gedacht.

Die schöne Okoi, ein Mitglied der Koga, wird auf der Suche nach Yosuke von den fünf heimkehrenden Igas geschnappt und zum Verhör nach Tsubagakure gebracht. Die anderen Kogas ahnen mittlerweile, dass die Igas sie nicht angegriffen hätten, wenn es sich nur um eine weitere Friedensverhandlung handeln würde.

Die Anzahl der Todesopfer steigt weiter und auch Okoi liegt im Sterben. In ihren letzten Worten gibt sie das Versteck preis. Jemand anderer ist mittlerweile voller Hoffnung noch lebend zu entkommen, doch wird sein Traum wahr werden?

Die Schriftrolle ist nun im Besitz von Gennosuke. Jetzt erst wird für die Kogas klar, was der alte Shogun für Pläne hatte. Aber kommen die Neuigkeiten zu spät? Ist es für ihn noch möglich, aus Tsubagakure zu fliehen?

Kyohachiro ist bei Lord Ieyasu und berichtet über den Ninja-Kampf. Dabei zählt er jeden einzelnen Ninja auf, der am Kampf teilnahm, und gibt außerdem darüber Bescheid, ob der Ninja als Held aus dem Kampf ging, oder aber getötet wurde.

Die zwei Clans stehen sich endlich gegenüber und das Schicksal nimmt ihren Lauf. Oboro erkennt, dass man nichts mehr tun kann, um diesem Kampf zu entgehen. Als die Schriftrolle bei Tenzen auftaucht, bemerkt er, dass die Rolle eine geheime Nachricht enthält.

Die Herausforderung von Gennosuke wird angenommen und die Clans beginnen, ein Mitglied nach dem anderen auszusenden. Einige der Clan-Mitglieder erinnern sich an das Leben, bevor der Nichtangriffspakt aufgelöst wurde und sind unterschiedlicher Meinung, ob das gut war oder nicht. Doch eines wollen sie alle: Dass das Töten endlich ein Ende hat.

Tenzen führt die Iga-Ninjas über das Meer und hofft, Gennosuke und seine Leute stoppen zu können, bevor diese ihr Ziel erreichen. Nenki und Hotarubi sind verschwunden, aber Tenzen kann nicht auf ihre Rückkehr warten und versucht, Oboro - seine Anführerin - zu einem Gespräch zu überreden.

Die restlichen Iga befinden sich auf der Reise über das Meer und Tenzen überrascht Oboro mit einer unerwarteten Forderung: Er möchte, dass sie seine Frau wird. Diese Situation ist perfekt für einen unbemerkten Feind: Niemand achtet auf ihn und er kann seine Aufgabe beginnen.

Die Mehrheit der Iga sind immer noch auf der Reise quer über das Meer und Gyobu hat nun die Möglichkeit, die restlichen Iga nacheinander zu töten. Doch Gyobu hat nicht damit gerechnet, dass jemand, der nichts Gutes will, von den Toten auferstanden ist.

Als die Clans noch nicht im Krieg miteinander standen, gab es Gespräche über eine arrangierte Ehe. Schon als Kinder sind Gennosuke und Oboro füreinander bestimmt worden. Aber füreinander bestimmt werden, ist nicht dasselbe, wie sich selbst den Partner aussuchen zu können. Das ist etwas, dass vom Herzen kommt…und das erweist sich als nicht so einfach, wenn man seinen Ehepartner nur als Feind kennt.

Die Koga sind noch auf der Reise nach Sunpu. Sie bemerken, dass Oboros Falke mit einer Schriftrolle über ihnen fliegt. Zwei Mitglieder werden beauftragt, den Falken zu fangen, zwei weitere bleiben zurück. Und genau das beobachtet Tenzen, der am Wegesrand im Schatten der Bäume nur auf diese Möglichkeit gewartet hat.

Hyoma zwingt Gennosuke dazu, mit Kagero zu fliehen. Derweil wartet Koshiro nur darauf, endlich seine Pläne weiterführen zu können. Aber Koshiro stößt dabei auf unerwartete Schwierigkeiten.

Oboro und Akeginu finden die leblosen Körper von Koshiro und Hyoma. Als die verbleibenden Koga in der Nähe Stellung beziehen, um auf einen perfekten Zeitpunkt für Ihren Angriff zu warten, ist ein Fremder mit einer kleinen Armee auf den Weg, um Antworten auf ihre Fragen zu bringen.

Oboro und Akeginu reisen mit der mysteriösen Frau Afuku nach Sunpu. Tenzen erscheint auf der Bildfläche und verkündet, dass er weiß, wo Kagero wartet. Nachdem Tenzen auch noch verlautet, dass Kagero es war, der Kashiro umgebracht hat, entschließt sich Akeginu zusammen mit Tenzen noch mehr Koga zu töten.

Tenzens Geheimnis wird endlich gelüftet und Lady Ofukus Männer geben den zwei überlebenden Iga, die sich noch auf dem Weg zum Schloss in Sunpu befinden, Rückhalt und Unterstützung. Kagero nimmt indessen die Schuld von Oboros Tod auf sich. Sie hat aber nicht mit den Auswirkungen gerechnet.

Oboro versucht mit einem Trick, Gennosuke aus seinem Versteck zu locken. Sie versucht auch, Tenzen und seine Rache auf Blut zu stoppen. Gennosuke taucht plötzlich auf, um Tenzen endlich das Handwerk zu legen - mit der mächtigsten Waffe, die er zur Verfügung hat.

Der Schuldige wird gefunden: derjenige, der für all das Leid und Schmerz verantwortlich ist. Der letzte Kampf beginnt, um diese Person unschädlich zu machen - und nicht jeder wird mit dem Leben davonkommen.

An der selben Stelle, wo die schwierige Reise begann, stehen sich nun Gennosuke und Oboro gegenüber. Sie müssen nun um den Titel des Shoguns kämpfen, Gennosuke schwer verletzt und Oboro unerfahren im Kampf. Und beide sehen den Sinn des Kampfes nicht, denn keiner von ihnen strebt nach dem Sieg.