岩永琴子對在醫院偶然相遇的櫻川九郎一見鍾情。相遇後的兩年後，一直虎視眈眈的琴子對九郎提出以結婚為前提交往的要求。在九郎述說與前女友紗季分手的過程中，琴子向他表明了自己的「真實身份」。沒過多久，妖怪狸現身來找琴子，告知圖書館的結界被破壞了。

琴子被沼主大蛇詢問犯人將屍體丟入湖中的真正原因，開口述說自己的推理。那正是連大蛇都會感到恐懼顫慄的、谷尾葵的愛與後悔的故事。時光飛逝，兩年過後、在真倉阪市發生多起隨機殺傷事件。謠傳其犯人竟為原偶像的亡靈·鋼人七瀨。

琴子為瞭解決鋼人七瀨事件而來到真倉阪市，在這裡遇見了成為警官的紗季。紗季調查鋼人七瀨的相關訊息才得知原來其由來的原偶像七瀨花凜死因成謎，而要打倒鋼人七瀨，就不得不詳細瞭解七瀨花凜的死因。

寺田刑警被鋼人七瀨殺害了。網絡上傳著鋼人七瀨殺人鬧得沸沸揚揚。琴子在和九郎談話之際，確信事件背後的確存在著黑幕。琴子一行人思量著說不定還會再出現犧牲者，下定決心要趁著今夜打倒鋼人七瀨。

才以為琴子提出的解決方案已經為留言板的人們所接受，那個推理卻被立刻放棄了，不過琴子早已準備好下一個推理。為了打倒鋼人七瀨所擊出的第二、第三個解決方案、橫擋在眼前的櫻川六花和鋼人七瀨。這樣究竟能不能消滅亡靈呢……？

琴子提出的三個解決方案都被一一否決。九郎嘗試著要抓住可能打倒鋼人七瀨的未來，然而那個未來卻因六花從中作梗而消失。不過琴子還有更進一步的對策。鋼人七瀨不是亡靈。為了消滅其存在，琴子擊出的第四解決方案究竟是……！？

妖怪、精怪、怪異、魔物、物怪、幽靈，世間萬物皆存在其秩序，違反秩序的行為是絕對不可容許的。統合站上接受了琴子的第四個解決方案，九郎對鋼人七瀨釋放最後一擊。兩人真的能成功消滅鋼人七瀨嗎！？而六花做出這種計畫的目的又是……

琴子接到一處公寓地縛靈的委託，它聲稱附近有「謎樣的怪異」。該棟公寓的空屋每到深夜就會傳出奇怪聲響，並且地上出現有著四隻手臂、長得像怪物的人偶。為了查出這神祕怪異的真面目，琴子與九郎一同前往調查，但兩人卻遇見了……智慧之神．岩永琴子今天也為了守護怪異們的秩序展開推理！

室井昌幸於11年前在雪山中被雪女救了一命。他遭受妻子與同伴背叛、從此變得極度不信任人類，因而選擇移居到遇見雪女那座山的山腳小鎮。當昌幸在小鎮中散步時，竟偶然看見與救命恩人的雪女有著相同容貌的女性……！？

因為前妻於離婚後死亡，昌幸遭警方懷疑可能是他痛下殺手，而且警方還在遺體的掌心找到對昌幸不利的死亡訊息。能夠證明他清白的，只有案發時刻與他在一起的雪女，但身為怪異當然無法成為不在場證明的證人，於是雪女委託琴子協助找出真正的犯人。

琴子梳理著真實與虛構步步逼近事件核心，不但斷言她已經知道殺人事件真正的犯人，還宣稱昌幸的嫌疑其實早已大大減輕，真正的犯人是為了嫁禍給昌幸才偽造死亡訊息。然而昌幸能夠承受漸漸明朗的殘酷真相嗎……？

六花瞞著琴子與九郎獨自搬到單身公寓居住，因為只拎著一個包包就入住、也沒有保證人，所以只能租到前三位房客接連自殺的凶宅。房東紺野和幸目睹六花被車撞飛卻沒受傷、聽到自己租的是凶宅也毫不動搖而感到十分不可思議。他們在聊天之際，談起了她搬家的理由以及之前自殺的房客們…

這裡是知名道地的鰻魚專賣店。因為強盜殺人失去妻子雪枝的梶尾隆也，正遭受他的好友十条寺良太郎的逼問。良太郎懷疑其實是隆也殺了雪枝，並為了不遭人懷疑才一直裝出憔悴的樣子。這時恰巧坐在店裡吃著特上鰻魚飯的琴子也被捲入這起與怪異有所牽扯、逐漸超乎尋常的事件……！？