Die Anime-Serie »Shironeko Project: Zero Chronicle« handelt in einer Welt, die aus unzähligen Inseln besteht. Ein junger Held von der Insel Astora trifft eines Tages auf den Abenteurer Kyle und die beiden begeben sich auf eine gemeinsame Expedition. Auf ihrem Weg zu einer Inselruine stößt auch das mysteriöse Mädchen Iris sowie eine sprechende weiße Katze hinzu.

Gemeinsam entdeckt die Gruppe eine fliegende Insel. Beim Erkunden dieser wird Kyle jedoch von einer unbekannten dunklen Macht verschlungen. Seinen letzten Worten vor seinem Verschwinden folgend, entschließt sich die Gruppe dazu, sich auf die Suche nach den sieben Großen Runen zu begeben und beginnt damit eine Reise in die entlegensten Ecken der Welt.