약소팀인 스고 아스라다는 전일본 그랑프리의 출장권이 달린 후지오카 예선의 승리를 위해, 신 머신 「아스라다G.S.X」의 투입을 결정한다. 그러나 머신의 운송 중 수수께끼의 헬기의 습격을 받게 되고, 오토바이로 동행하던 하야토는 긴박한 상황 속에 본인이 직접 아스라다를 운전해 후지오카 서킷까지 보내게 된다. 아슬아슬하게 차량검사 시간까지 도착했으나, 레이스를 하루 앞둔 시점에서 하야토가 아스라다의 유일한 드라이버로 등록된 것이 밝혀지는데...

아스라다의 드라이버 등록 시스템은 무척 복잡해서, 해제하는 데에만 1주일이 걸린다고 한다. 레이스가 임박한 상황에서 팀의 정규 드라이버인 히요시가 아스라다를 탈 수 없게 되어버렸다. 팀의 꿈이었던 전일본 그랑프리를 포기하고 레이스에 기권할지, 아마추어인 하야토가 출전할지 선택의 기로에 놓인 상황. 그러나 사이버 포뮬러 그랑프리는 초심자가 우승할만큼 녹록한 대회가 아니었다. 본의 아니게 민폐를 끼치게 되어 의기소침해진 하야토에게 아스라다는 가능성은 낮지만, 제로는 아니다라고 말한다. 하야토는 레이스에 참가할 것을 결심하는데...

첫 레이스에 도전한 하야토. 예상 이상으로 강한 G와, 생각대로 조종되지 않는 머신으로 인한 초조함에 심신이 지쳐 간다. 그런 하야토와는 대조적으로 아오이 포뮬러의 신죠는 첫 참전이면서도 경탄할 드라이빙을 보여준다. 코스에서 신죠와 조우한 하야토는 고무되어 신조를 쫓아가다가, 크래쉬를 일으킨다. 그러나 접촉시의 주행 라인을 해석해 보니 하야토는 무의식 중 오토바이의 테크닉 중 하나였던 엑셀 턴을 시도한 것이 판명되었다. 모터사이클 레이서 지망생이었던 하야토는 바이크 테크닉을 응용해, 사이버 포뮬러의 주행 기술을 익히고자 하는데...

드디어 시작된 결승전. 그러나 아오이의 오너인 쿄코에게 드라이빙의 무른 점을 지적받은 하야토는 좀처럼 집중이 되지 않는다. 레이스 매너 상 뒤쳐지는 머신은 선두 그룹에게 라인을 비워주는 것이 관례. 그러나 하위권 싸움에 열중하는 하야토는 라인을 양보하긴 커녕, 반대로 신죠까지 말려들게 하는 코스아웃을 일으킨다. 만회하기 위해 톱을 향해 질주하는 신죠. 이 모습을 피트로 본 하야토는 아스라다에게 신죠의 효율적인 주행 라인을 분석하게 해, 대역전을 노리는데...

니세코 서킷에서 열리는 전일본 그랑프리에 출전하기 위해 홋카이도로 향하는 스고팀. 순조로운 여행 중 휴게소에서 뉴스 속보에 등장한 유괴사건의 피해자를 우연히 발견하게 된다. 범인으로 보이는 남자를 붙잡았지만, 이 남자는 유괴범이 아니었다. 혼란을 틈타 범인은 아이를 인질로 잡은 채 용의자로 지목됐던 카가의 머신으로 도주. 하야토는 아스라다로 추격을 시작하고, 카가도 자신의 머신을 되찾기 위해 아스라다의 조수석에 탑승한다. 카가는 하야토의 보수적인 드라이빙에 진저리를 치며, 드라이빙에 대한 어드바이스를 해주는데...

페이와 마키는 타이어 교체 훈련에 임하고 있었다. 데이터 해석이 전문인 마키의 담당 업무가 아님에도 일손이 부족한 스고 팀에선 어떻게든 해내야 하는 상황. 조금이라도 기록을 단축하기 위해 심야까지 단신 특훈하는 마키의 모습에 하야토도 자극받아 연습에 나선다. 그러나 그걸 기다렸다는 듯이 의문의 차량들이 하야토와 아스라다를 덮쳐온다. 하야토는 필사적으로 도망치지만, 부족한 코너링 실력에 위기에 몰린다. 이 때 얼마 전에 알게 된 일본의 드라이버, 오토모 죠지가 앨버트랜더를 타고 나타나는데...

그랑프리 예선에서 좋은 성적을 올리는 하야토. 그러나 그 앞을 가로막는 부츠홀츠, 그는 하야토에게서 아스라다를 빼앗으려는 자객이었다. 레이스 개시 후 부츠홀츠로부터 도그 파이트를 가장한 공격을 받는 하야토. 빠져나갈 길을 모색하던 하야토는 오오토모의 "레이스의 승패는 타이어가 결정한다"는 말을 떠올리고, 아스라다의 반대에도 불구하고 2랩만에 오오토모를 따라 피트인을 한다. 하야토는 레인 타이어로 교체를 요구하고, 특별히 나쁘지도 않은 날씨에 피트 크루들은 당황하는데...

난데없는 폭우로 인해 서킷은 혼란의 도가니. 뒤늦게 피트인하는 머신들을 뒤로 한 채 하야토와 오오토모는 앞서 나가기 시작한다. 신죠는 냉정히 사태를 파악한 후 레인 타이어의 교체를 1랩 뒤로 늦추기로 한다. 부츠홀츠는 하야토의 견제에 실패하고 리타이어. 여기에 강자 구데리안과 하이넬도 리타이어해 혼란은 커지고, 1랩 동안 타이어 교체를 하지 않고 버텨 온 신죠도 그 동안 준비된 레인 타이어로 교체. 순위는 1위의 오오토모, 2위의 하야토, 3위를 신죠가 따라오고 있었으나, 이들을 추격하는 신죠의 드라이빙 테크닉은 이를 뒤집을 만큼 대단한 것이었는데...

월드 그랑프리 1회전 개최지는 미국의 그랜드 캐니언. 스고는 예산 절약을 위해 배를 타고 이동하게 된다. 한가롭게 여행을 즐기는 스고팀의 크루들. 하야토와 아스카는 여행 중 서로의 근심을 털어 놓는다. 하야토는 연락이 되지 않는 자신의 부모, 아스카는 실종된 자신의 오빠 오사무에 대한 이야기를 꺼낸다. 그때 페이가 정비 중 부상을 당하게 된다. 공교롭게도 페이의 혈액형은 희귀한 특수 혈액형, 편도 2시간의 미군기지까지 가지 않으면 구할 수가 없는 상황. 하야토는 아스라다를 수상주행 타입으로 변경해 페이를 태우고 직접 미군기지로 향하는데...

미국의 그랜드 캐년에 도착한 스고 팀. 식사를 하기로 한 스고 팀 크루들은 내일 있을 레이스에 설레하고 있었다. 이 모습을 영국의 레이서인 나이트 슈마허가 멀찍이서 지켜보고 있었다. 슈마허는 하야토나 아스카를 옛날부터 알고 있는 것 같은 모습인데... 식사를 마치고 돌아와 각자의 업무를 보는 중 아스카는 나무 그늘에서 자신들을 지켜보는 수수께끼의 그림자를 발견한다. 한 편 스고팀에는 하야토가 반드시 그랑프리에서 우승해야 한다는 수수께끼의 전화가 걸려 오는데...

마침내 그랜드 캐년에서 개최된 사이버포뮬러 월드 챔피언십 제 1차전. 처음 출전하는 큰 무대임에도 분전하는 하야토. 멋진 주행으로 스타트 직후 선두 그룹에 진입한다. 하야토의 선전을 반기는 스고 팀이었지만, 부정 출발 판정이 나오고 60초 페널티를 받게 되는 아스라다. 손해를 만회하려고 하야토는 안간힘을 쓰는데...

하야토 일행의 눈 앞에 오랜만에 카가가 나타났다. 그는 FICCY가 주최하는 정규 레이스가 아닌 '크래시 레이스'에 출전 파트너로 하야토를 영입하러 온 것. 별도의 룰 없이 서로를 박살내기 위한 레이스 출전에 크루원들은 반대하지만, 쿠루마다의 허가로 하야토는 크래쉬 레이스에게 참가하게 된다. 보기에도 우락부락해 보이는 참가자들의 메카닉 군단이나, 무시무시한 레이스의 분위기에 하야토는 압도되고 마는데...

그랑프리 2차전은 랠리 레이스. 거칠고 힘든 경기가 예상되므로 크루들은 아스라다를 랠리 타입으로 셋팅한다. 테스트 주행 중 하야토는 코너링에서 아스라다의 움직임에 위화감을 느낀다. 그러나 아스라다의 진단에선 아무런 기계적 결함이 발견되지 않는다. 오직 하야토만 느끼는 위화감에 페이와 말다툼을 벌이게 되는데...

페루에서 열리는 그랑프리 2차전. 본선에 앞서 경기장을 산책하던 하야토와 아스카는 사이버 포뮬러 팬이라는 리타를 만난다. 그녀는 심리적인 이유로 걸을 수 있을 만큼 회복되었음에도 걷지 못하는 상태. 이 사연을 듣고 안타까워 한 하야토는 소녀의 힘이 되어주고 싶은 마음에 각 선수들의 사인을 모아주고, 한 가지 약속을 한다. 레이스 당일과 겹치는 그녀의 생일에 3위 입상을 하여 용기를 주겠다고...

2차전의 페루 대회 레이스 중, 리타의 생일에 불러줄 노래를 흥얼거리는 하야토. 이 틈을 놓치지 않은 부츠홀츠의 방해로 하야토와 아스라다는 벼랑 아래로 굴러 떨어지고 만다. 사이버 시스템을 복구하기 위해 차 밖으로 나온 하야토였지만, 발이 미끄러져 아래로 더 떨어져 일시적으로 시력을 잃게 된다. 모두가 하야토의 리타이어를 예상했지만, 아스라다는 하야토에게 방금 들었던 노래를 불러 위치를 알려준다. 하야토는 다시금 승부의 투지를 불태우는데...

3차전의 무대는 브라질. 이곳은 고속주행 코스로 유명한 서킷이다. 스고팀은 아스라다를 고속 주행 사향으로 조정한다. 작업에 착수하느라 미키는 좋아하던 밴드 G-GRIP의 콘서트를 포기한다. 그러나 단순히 좋아하는 것이 아니라 그녀가 좌절하던 시기 마음의 위안이 되던 밴드였던 것. 이것을 알아차린 팀메이트들은 그녀를 위해 머리를 맞대는데...

마침내 브라질에서 개막한 3차전. 스고팀은 후지오카에서 팀을 뛰쳐나간 드라이버 히요시 아키라와 재회한다. 한편 아스라다의 사이버 시스템을 노리는 스미스는 부츠홀츠에게 새로운 방해 공작을 지시한다. 레이스 중반 스콜이 내리기 시작하고, 이를 노린 부츠홀츠는 아스라다를 공격한다. 그러나 이를 알아차린 나이트 슈마허가 몸을 던져 하야토를 구하려 하는데...

레이스 중 발생한 슈마허와 부츠홀츠의 사고로 서킷엔 황색기가 흔들린다. 경쟁자들이 투지를 불태우는 와중에 하야토는 레이스를 버리면서 자신을 도와준 슈마허가 마음에 걸려 집중하지 못하고 있었다. 그 때 이를 알아차린 쿠루마다는 그런 마음이야말로 슈마허에 대한 도리가 아니라며 하야토를 다그친다. 하야토는 다시금 1위를 목표로 전의를 다지는데...

4차전 개최지인 캐나다에 입성한 스고. 아스카난 쿠루마다에게 하루의 자유시간을 얻어 어린 시절 가족과의 추억이 있는 '소원의 폭포'를 방문한다. 이곳에서 우연히 만난 슈마허에게 이런저런 하소연을 하게 되는 아스카. 아스카는 슈마허의 제안으로 함께 놀이공원에 가게 되고, 슈마허가 자신의 오빠 오사무가 아닌가 생각한다. 그러나 슈마허의 정체를 궁금해하는 것은 아스카만이 아니었는데...

스미스는 부츠홀츠에게 사사건건 방해가 되는 슈마허를 암살하라고 지시한다. 그러나 부츠홀츠는 그 명령을 거부하고, 앞으로는 스미스의 의뢰를 받지 않기로 맹세한다. 그리고 한 사람의 레이서로서 슈마허에게 승부를 거는 부츠홀츠. 이를 아스라다에서 지켜보던 하야토와 아스카였으나, 골 지점 직전의 전망대에서 스미스의 헬리콥터가 급습해온다. 부츠홀츠는 자신의 머신을 헬기에 격돌시키고, 아스카는 부상당한 슈마허에게 달려가는데...

병원에 옮겨진 오사무의 소식을 듣고, 아스카의 아버지인 코지로와 하야토의 어머니인 준코가 황급히 찾아온다. 그리고 그 자리에서 하야토의 아버지 히로유키가 죽었다는 비통한 소식을 전달 받는다. 그리고 오사무는 히로유키가 아스라다 시스템의 악용을 우려해 일본으로 비밀리에 운반하다 암살당한 일, 스미스의 추격을 피하기 위해 준코는 잠적하고 본인은 슈마허로 변장했었다는 충격적인 진실을 전하는데...

부츠홀츠는 그간의 행적에 대해 하야토에게 사과하며, 앞으론 정정당당하게 승부할 것을 약속한다. 아버지의 죽음을 듣고도 애써 밝은 척 하는 하야토. 구루마다는 그 모습을 보고 기권을 권유하나, 하야토는 출전하겠다는 뜻을 밝힌다. 마침내 시작된 캐나다에서의 4차전 예선. 순조롭게 스타트한 하야토였지만, 레이스 중 아버지의 환영을 본 후, 무작정 부스트를 켜는데...

히로유키가 남긴 새 머신을 찾기 위해 영국에 도착한 스고 팀 일동. 카자미가의 차고에서 아스라다가 원래 탑재될 예정이었던 뉴 머신을 발견한다. 스미스가 집을 뒤졌던 흔적이 있었지만, 다행히게도 이 머신은 무사히 남아 있었던 것이다. 신속히 아스라다의 사이버 시스템 이식을 시작하지만, 보안 시스템에 의해 접속이 차단되어 버린다. 준코가 건네 준 디스크를 사용해 보지만, 여기에는 히로유키가 남긴 암호가 걸려 있었는데...

5차전은 영국 포스트 브릿지 공항의 특설 서킷이다. 부상을 치료한 오사무와 아스카도 영국에 착륙하려 하나, 두 사람을 태운 여객기의 랜딩 기어 고장으로 동체착륙을 감행하게 된다. 하야토는 슈퍼 아스라다의 부스트로 여객기를 따라잡아 레이더 위성을 쏴 바퀴를 내리자고 제안한다. 타이밍이나 위성의 사출 각도가 틀리면 꼼짝없이 실패하는 상황. 하야토와 아스라다는 해낼 수 있을까...

지난 번 대회에서의 폴 포지션 획득으로 성공적인 스타트를 끊은 하야토. 그러나 레이스 도중 아스라다에게서 위화감을 느끼게 된다. 사이버 시스템이 새 차체에 완벽하게 셋팅되지 않은 것. 게다가 레이스 중 떨어진 우박이 아스라다의 유압 실린더를 파손시켜 변형 시스템이 제대로 작동하지 않는다. 오프로드와 온로드, 고속 코스가 혼합된 이번 레이스에서 변형이 작동하지 않는 것은 치명적인 상황인데...

첫 우승의 포상으로 사이버 바이커의 관람권을 선물받은 하야토. 그러나 그 레이스의 우승자 칼 리히터 폰 란돌은 사이버 포뮬러를 할 가치가 없는 스포츠라 일축한다. 엉겁결에 아스카는 란돌에게 따지고 들고, 도련님으로 자란 란돌에게 그녀는 처음 보는 유형의 여자였다. 란돌은 그녀를 맘에 들어하며 집으로 초대한다. 그러나 하야토와 아스카의 유대 관계를 본 란돌은 질투심을 느끼며 하야토에게 대결을 신청하는데...

6차전의 장소는 노르웨이의 빙판으로 뒤덮인 서킷. 란돌은 첫 출전임에도 불구하고 뉴머신 파이어 스페리온을 모는 신죠마저 찍어 누르는 경이적인 기록으로 폴 포지션을 차지한다. 충격적인 신인의 데뷔로 술렁거리는 레이서들. 하지만 란돌의 거만한 태도로 신경전이 벌어지게 된다. 마침내 시작된 레이스에서 란돌에 대한 집중 견제가 시작되지만, 그는 아랑곳하지 않고 속도를 내는데...

하야토와 일행들 앞에 엘레나라는 소녀가 나타나 자신의 아버지가 주최한 파이어볼 레이스에 함께 출전해달라고 요청해 온다. 파이어볼이란 규칙이 일절 없는 일반 도로에서의 경주, 그녀는 사람의 목숨마저 내기의 대상으로 삼는 아버지에게 경각심을 주고 싶어한 것. 하야토는 흔쾌히 출전을 수락하고, 미키는 틈틈이 수리했던 아스라다 GSX를 내어 준다. 하야토는 파이어볼 경기 장소에서 예상치 못한 인물과 재회하는데...

파이어볼은 예상보다 힘든 레이스였다. 이 레이스만을 위해서 특수 개조를 한 머신들이 가차없이 공격을 해온다. 레이스의 주최자 가반은 자신의 딸이 출전한 것을 깨닫고, 레이스의 중단을 호소하지만 사람들은 들어주지 않는다. 선천적으로 병약한 엘레나는 레이스 중 발작을 일으키고, 하야토는 그녀를 병원에 보낸 후 레이스를 계속 한다. 그러나 하야토와 함께 하던 카가가 머신 크래쉬를 일으키는데...

7차전이 열리는 곳은 아프리카의 케냐. 쿄코는 이번 대회부터 새로운 팀 아오이 ZIP 포뮬러를 투입 시킨다. 드라이버로는 블리드 카가, 크루들은 신죠의 팀에 있던 전문가들을 발탁한다. 사실상 2군 취급을 받게 된 신죠는 새로운 크루들에게 불평한다. 아니나 다를까 레이스에서는 제 실력을 발휘하지 못하고, 스티어링 실수로 진창에 빠져 꼴찌를 면하지 못하는데...

신죠는 미키에게 데뷔 시절인 F3 때가 더 나았다는 일침을 듣고 자신의 잘못을 깨닫는다. 카타기리를 필두로 한 크루진에게 진심을 다한 사과를 하고, 신뢰 관계를 다지는 AOI 포뮬러 팀. 신죠는 레이스에 임해 뒤쳐진 성적을 메꾸기 위해 머신의 파워를 한계까지 끌어올려 부스트를 사용하며 나아가지만, 연료 고갈로 결승점 앞에서 신죠의 머신이 멈춰 버리는데...

8차전의 장소는 스페인의 해상 서킷. 예선 종료 후 란돌은 시가지에서 쇼핑 중인 아스카와 만난다. 하야토의 이야기만 하는 아스카에 질투를 느낀 란돌은 본선에서 하야토에게 이기면 아스카의 키스를 받겠다고 일방적인 통보를 한다. 레이스 직전에서야 이 사실을 알게 된 하야토는 란돌을 향한 전의를 불태우며 서킷에서 란돌과의 맹렬한 싸움을 벌이는데...

9차전 시합은 사이버 시스템을 적극 활용한 독일의 돔 서킷이 무대다. 여느 때처럼 서킷 근처에서 캠핑을 하고 있던 오오토모는 사전 답사를 하러 온 하야토와 신죠를 텐트로 초대한다. 예선전에서 오오토모의 부진을 걱정하는 신죠에게 오오토모는 사이버 시스템에 의존하는 독일 서킷은 마음에 들지 않는다고 고백한다. 결승전의 하야토는 아스라다의 서포트를 받아 최고의 컨디션이였다. 그러나 왠지 불안정한 오오토모의 주행을 코스를 양보한 것이라 착각해 머신 크래쉬를 일으켜 버리는데...

9차전에서 일어난 대형 크래쉬로 중상을 입은 오오토모는 즉시 병원으로 이송되었다. 하야토는 이 사고의 원인을 아스라다 탓이라고 의심한다. 사고 데이터를 분석한 마키가 아스라다에는 이상이 없음을 설명해도 하야토는 납득하지 않는다. 오오토모의 부상이 심각해, 회복하더라도 포뮬러로 돌아올 수 없단 소식을 들은 하야토는 죄책감을 견디지 못하고 아스라다를 파괴하려 하는데...

최후의 결전을 앞두고 어느 팀이건 만반의 자세로 투지를 불태운다. 하지만 스고 팀은 지난 독일 그랑프리에서 파손된 슈퍼 아스라다의 수리가 끝나지 않은 상태. 이에 하야토는 출발지인 홋카이도에서 코스의 3분의 2지점인 우라와까지 GSX로 노미스+무급유로 주행하겠다고 제안한다. 마침내 레이스는 시작되고 하야토는 GSX로 순조롭게 달리나 싶었지만 머신 이곳저곳은 데미지를 받고 있었는데...

주행 거리에 맞춰 출력을 높게 셋팅한 슈퍼 아스라다로 순식간에 순위를 끌어올리는 하야토. 어느덧 선두권 권내에 진입하고 있었다. 마찬가지로 선두 그룹에서 순위를 다투던 카가는 쿄코의 부당한 지시에 반발해 기권해 버린다. 마침내 신죠, 란돌, 하야토 3명이 세계 챔피언을 두고 겨루게 된다. 하야토는 최대 6G의 압박이 가해지는 토네이도 뱅크에서 시야가 일시적으로 없어지는 블랙 아웃 현상에 처하는데...