巨无霸们终于如愿以偿重新回到电子星。可是当擎天圣醒来后发现自己正被无数的坦克追击。而当擎天圣决定变身与之对抗时，发觉不知何时被病毒感染无法启动变身，只能被迫逃离。逃跑的过程中遇到了失散的部下黄豹、精灵鼠、毒蜘蛛。大家都遭到了未知病毒的入侵，无法变形，并且病毒正在破坏大家的身体。在危机时刻，擎天圣在命运的指引下找到了圣贤，并在圣贤的帮助下重新格式化程序，获得了新的身体和能力。

在毒蜘蛛的记忆深处，总能听到一个深情的声音在呼唤。为了回忆起以前的事，毒蜘蛛保持机器人形态深入虎穴，担心她的精灵鼠尾随而至。威震天的三个新手下——利剑飞船、冲锋和坦克对他们百般阻挠。千钧一发之际，擎天圣及时赶到，他不想失去任何一个战友。

擎天圣等四人出来寻找犀牛和银箭的火种。擎天圣总有一种感觉，他们就在附近。威震天的三个爪牙正在四处搜寻巨无霸们，想消灭他们以获得威震天的奖赏。擎天圣感到坦克的火种很熟悉，设法与他沟通，并曾一度说服了坦克。可是，威震天很快又控制住了坦克。回到训练基地后，擎天圣陷入沉思之中。

擎天圣、黄豹、毒蜘蛛、精灵鼠四人在迷宫中遇到了威震天制造的病毒的幸存者——暗啸。在暗啸的诉说中，他们了解到电子星的历史以及暗啸能够幸存下来的原因。他们知道，要想解救电子星，必须解开未来种子之谜。为了解救暗啸，擎天圣身负重伤，他的行为感动了暗啸。巨无霸们齐心协力打退了武装兽的进攻。

巨无霸们遭遇危险时，精灵鼠为朋友着想，情急之下他变形成功，但朋友们的不理解使他痛苦万分。他要与威震天做一笔交易，承诺保证威震天急需一晚安宁，以换得先进武器。但最后，威震天却要求精灵鼠乘人之危对巨无霸同伴下黑手。精灵鼠终于明白了，其实自己很强大，所以他并不需要威震天的武器。

擎天圣等人被武装兽军团追得四处奔逃，擎天圣不想再躲避威震天了。在与冲锋的交战中，毒蜘蛛不幸被打败。然而奇怪的是，冲锋在关键时刻又救了她。毒蜘蛛终于明白，冲锋等人正是被威震天夺走火种的巨无霸们，挽救同伴是他们义不容辞的责任。

擎天圣似乎有什么秘密不愿告诉大家，为了争取擎天圣的信任和重视，黄豹决定率精灵鼠等三人行动。由于知道了冲锋等人很可能就是被威震天夺走火种的巨无霸们，他们的计划就从偷袭坦克开始。然而，事情并非他们想象的那样容易、顺利，突袭行动遇到了阻碍。

经过多方接触，黄豹和精灵鼠发现坦克体内装的是犀牛的火种。他们多次向坦克解释，可犀牛的思维好像被什么东西禁锢了，仍然相信威震天而无法解脱。就在他们要强制改变坦克的火种时，擎天圣赶到，阻止了他们。擎天圣想让坦克自己慢慢明白过来。

威震天试图移除自身的有机成分，可总是失败。只有抓到暗啸，窃取他的变形程序，净化才能成功。在逃避威震天手下追击的过程中，暗啸发现了一个神秘的山洞，那里留有大批的骸骨，暗啸对自己过去的行为痛悔不已。坦克心怀鬼胎，企图控制整个电子星。

正当擎天圣和黄豹为作战重力争论不休时，坦克找到了魔力神球之钥，他要利用这强力的武器消灭巨无霸和威震天。对此一无所知的威震天还以为坦克消失了。坦克暗中得意，因为他相信不会再有人来干涉他实现计划，他将独享通向一个全新电子星的钥匙。

毒蜘蛛一心以为银箭的火种被困在冲锋体内，她试图用有机溶液作为催化剂唤醒银箭。但令她失望的是，冲锋体内的火种竟然是过去的原始兽——黄蜂的，而银箭的火种则被困在利剑飞船的体内。毒蜘蛛暗下决心，一定要救出银箭。坦克已经做好了大决战的准备。

威震天决定消灭电子星上所有的巨无霸，擎天圣率部下全力以赴。擎天圣受圣贤指引，来到了所谓的“等离子能量室”，不料这竟是坦克设下的陷阱。精灵鼠、黄豹和毒蜘蛛不幸被擒，擎天圣愤怒了，他启动了等离子能量室，两种能量在电子星上冲撞。