어머니의 유언에 의지해서 5년간 한결같이 세계를 여행해 온 소녀 히나. 300년 전의 대전쟁 '폐기 전쟁'을 종결시킨 영웅 '전설의 격추왕'을 찾고 있는 그녀는 어떤 마을에서 가면을 쓴 청년 리히트 바흐와 운명적으로 만난다. 그리고 자신이 격추왕이라고 말하는 군인 다비가 나타나 히나를 군 본부로 데리고 가는데.

격추왕이라고 자신을 소개한 다비에게 속은 히나는 룰도 모르는 채로 '성탈전'에서 패배하여 자신의 카운트를 빼앗기고 만다. 어머니의 유품인 '밸럿'마저 빼앗기기 직전, 모든 것을 잃게 될 위기에 처한 히나를 위해 리히트가 다비와 맞선다! 하얀 별을 새긴 큰 칼을 휘두르는 리히트의 모습은 마치 전설의 격추왕 같았는데……!?

절벽 마을 홈호우 지역을 담당한 중사 린은 부하인 펠레와 함께 매일 열심히 자원봉사를 한다. 그러던 어느 날 지명 수배된 중죄인인 리히트 바흐를 많이 닮은 푸딩 옷을 입은 남자와 만난다. 남자를 의심하는 린이지만 '전혀 인기가 없다'라고 말하며 우는 그를 위해서 어쩔 수 없이 그와 데이트를 하게 되는데.

군에 쫓기는 상황에도 불구하고 홈호우 주민에게 도움의 손길을 내미는 리히트를 보고 웃음 짓는 린. 하지만 언제까지고 계속될 줄 알았던 평온한 도주극은 갑자기 끝을 알린다. '밸럿 홀더'를 검거하기 위해 제일 머독 중위의 철권이 리히트를 습격한다!

'밸럿 홀더'를 단속하는 제일 머독 중위는 중죄인으로 지명 수배된 리히트 바흐와 대치한다. 리히트 보다 배 이상이나 높은 카운트를 가진 제일은 철을 만드는 능력으로 리히트를 잡는다. 그리고, 전투 중에 품게 된 의문을 해소하려 직접 리히트에게 물으며 그의 정체를 탐색하려 하지만 리히트는 아랑곳하지 않고 답을 회피하는데.

제일이 이끄는 왕립군으로부터 도망쳐 혼자서 여행을 계속하던 리히트를 드디어 발견한 히나와 나나. 잠깐 동안 평화로운 시간을 보내고 있던 그들은 하늘을 나는 실험을 하고 있던 여성 페르모와 만난다. 하마터면 계곡 밑으로 떨어질 뻔한 상황에서 리히트에게 도움을 받은 그녀는 하늘을 나는 것에 대한 자신의 열정을 말해 준다. 하지만 아르시아에선 하늘을 나는 연구는 중죄였는데.

시장에 온 리히트 일행. 장을 보기 위해 거리를 산책하는 리히트와 히나의 앞에 린이 나타난다. 리히트와 사이가 좋아 보이는 린에게 질투를 불태우는 히나. 그런 둘의 모습을 본 나나는 조용히 미소 지으면서 히나와 린에게 '리히트 쟁탈을 건 요리 배틀'의 개최를 선언한다. 과연 둘이 만들 요리는?

불타는 린덴 마을. 주민들은 전멸했고 아름다운 호수가 펼쳐져 있던 장소에는 거대한 구멍이 뚫려있었다. 단 한 명의 생존자였던 기사단원은 그 구멍에서 '어비스의 악마'가 나왔다고 말한다. 금기인 비행 능력을 가지고 검도 활도 통하지 않으며 사람들을 살해한 '악마'는 대체 무엇인가…… 그에 대한 단서를 얻기 위해 제일은 리히트를 찾아가는데.

드디어 나타난 '어비스의 악마'. 리히트는 제일에게 주민들을 피난시킬 것을 명령하고 공격을 자신에게 유도하기 위해 적에게 향한다. 그때 무수히 많은 검은 손이 나타나 리히트와 '어비스의 악마'를 공격한다. 검은 손을 '알팅그'라고 부르는 린. 그것은 아르시아의 모든 일을 결정한다고 일컬어지는 최고 의회의 이름으로 제일 일행과 같은 군의 인간은 검은 손을 공격할 수 없다고 말하는데.

힘을 해방하고 소노하라와 성탈전을 벌이는 리히트. '카운트'의 힘을 몇 배씩 끌어올리는 격추왕끼리의 전투는 리히트의 승리로 막을 내린다. 하지만 살의에 지배당한 리히트의 힘이 폭주하기 시작하는데.

싸움을 끝낸 제일은 아르시아 왕립군 총본부를 방문한다. 총사령인 알렉에게 검은 군복을 입은 남자들의 정체에 대해서 묻는 제일. 그 정체는 아르시아 원수부 특별 임무 집행 기관 통칭 특무부대라는 것이었다. 게다가 리히트의 정체까지도 알게 된 제일이었는데.

나나에 의해 처음 보는 세계로 보내진 히나 일행은 리히트와 닮은 사카이 리히토를 따라서 제13특설 군사학교에 잠입한다. 체육관에서 제일을 공격하는 도안 타케토라를 막은 것은 소노하라와 사카이 토키카제. 일촉즉발의 분위기를 해소한 것은 리히토였다. 그리고 입교식에서 교장으로서 나타난 인물은 '슈메르만'이라고 불리는 남자였는데.

아르시아의 비밀은 이곳 300년 전의 세계에 있다. 자신들이 이세계로 보내진 이유를 찾는 히나 일행은 제13특설 군학교에 입교한다. 반 배정 결과 히나 일행과 리히토, 토키카제는 같은 A반이 된다. 그곳에 슈메르만 소령이 나타나 학생들에게 별 모양 브로치를 나눠준다. 그리고 별을 늘리는 방법 서로의 별을 빼앗는 규칙을 설명하는데.

여탕을 훔쳐보는 변태가 나타났다! 범인 리히토를 확보한 A반 일동이었지만 연대 책임으로 깊은 숲속에 방치된다…… 서바이벌 훈련 도중 어떤 일을 계기로 리히토는 이치노세가 군인이 되고자 하는 이유를 듣게 된다. 그 때 리히토 일행의 앞에 슈메르만이 나타나는데.

어린 나나에게서 격추왕 계획의 내용을 듣게 된 제일은 지하에서 돌아오던 도중 알란 대위에게 발각된다. 저항해 보지만 제압당한 제일. 하지만 기밀구역 침입으로 총살당하기 직전. 제일의 안에서 알란의 모습과 어느 인물의 모습이 겹쳐지는데.

'죽이지 않는 군대'를 목표로 수술을 받기로 각오한 리히토. 제일은 아르시아가 존재하는 미래를 지키기 위해 수술을 막지 않는 것을 선택한다. 한편, 히나는 리히트를 구하기 위해 어떤 생각을 제일 일행에게 이야기하는데.

드디어 깨어난 리히토. 슈메르만에게서 장검을 건네받은 리히토는 수술로 얻은 힘으로 섬광처럼 적에게 날아간다. 리히토의 활약으로 전황은 호전된 듯 보였지만 적군들은 겁먹지 않고 웃으면서 '죽이지 않는 군대'의 대장에게 말을 하기 시작하는데.

히나 일행이 300년 후로 돌아간 뒤, 단결해서 사기를 높이는 A반의 동료들. 사람을 죽이고만 리히토는 A반의 동료들을 '죽이지 않는 군대'로 만들기 위해 모두를 대신해 자신이 적을 죽이겠다고 결심한다. 하지만 홀로 전투를 거듭하면서 상처 입는 리히토를 위해 격추왕 수술에 지원하는 이들이 나타나는데.

과거에서 돌아와 리히트, 나나와 재회한 히나 일행. 3백 년 전에 나눈 약속을 지키려던 히나였지만, 리히트는 예상외의 반응을 보인다. 한편, 제일은 리히트에게 나나의 기록 영상을 보여준다. 영상에는 3백 년 동안 리히트 때문에 고뇌해온 나나의 마음이 새겨져 있었다.

자신의 고백을 얼버무리는 리히트 때문에 속이 타서 리히트를 몰아붙이는 히나. 그러자 리히트는 히나가 가진 밸럿과 그녀의 부모님에 대해서 이야기하기 시작한다. 그때, 왕도에서는 특무부대를 조사하고 있던 장교들이 암살당하는 사건이 일어난다. 보고를 받고 생각에 잠긴 알렉은 왕립군의 중진 3대 대장들을 소집하는데…

왕도에 간 제일은 왕립군 총사령관 알렉에게 성탈전을 제안한다. 자신의 신념에 따라 온 힘을 다해 부딪치는 제일이었지만, '폭격의 격추왕'인 알렉의 힘은 압도적이었다. 열세인 상황에서 제일은 알렉으로부터 그가 과거에 겪은 비극적인 일을 알게 된다. 한편, 특무부대에게 붙잡힌 히나 일행은 도안과 대치하게 되는데.

히나 일행이 아르시아를 추락시키려 한다고 생각한 도안은 '중격의 격추왕'의 힘으로 일행을 공격한다. 히나와 펠레가 필사적으로 저항해서 탈출에 성공한 린은 도안의 공격으로 부상을 입지만 리히트가 있는 곳으로 향한다. 겨우 폐허에 도착해서 쓰러진 리히트를 바라보는 린이었는데.

부상당한 린의 수술을 진행하는 히나와 펠레. 한편, 리히트는 고전을 거듭하고 있었다. 슈메르만은 '중격의 격추왕'과 '추격의 격추왕'을 리히트에게 보낸다. 중력을 조종하는 도안, 상대를 추격하는 유도탄을 쏘는 소노하라. 둘의 힘 앞에 자신의 힘을 제대로 쓰지 못하는 리히트. 그러던 중 갑자기 한 명의 남자가 나타나는데.

도안의 중력 공격에 빨려 들어간 리히트. 어둠 속에서 리히트는 자신이 격추왕이 될 때 했던 약속과 마주한다. 사랑하는 이의 외침이 그에게 닿았을 때, '죽이지 않는 군대'의 대장은 다시 한번 일어선다. 그리고 절망을 가르고, 한 줄기 섬광이 어둠을 뚫고 나오는데.