松田启人，稍微有点率真，是个极普通的小学五年级男生，现在最喜欢的东西就是数码暴龙。对他来说，与朋友玩数码暴龙的Card Game及在上课时偷偷地把自己创作的数码暴龙画在笔记簿上是最大的乐趣！那个就和某个地方的十分热爱数码暴龙的少年一样的启人，他竟在某日偶然得到了一样能把他的命运大大改变的神秘对象，那就是以往从未有人见过的不思议的蓝色的卡片蓝卡。因为蓝色的卡片的力量而变形的读卡机，就在把蓝卡放在读卡机读进去的瞬间，在启人的眼前冒险之门已经打开了。 在画面上显示出裂开了的数码蛋。之后从天空降下光柱。启人在心中有种确实的预感所以便前往光柱。在那里等待着启人的是，启人所想象出来的数码暴龙．基尔兽。启人欢喜地走向基尔兽，但是……

基尔兽吐出来的火焰竟把混凝土的墙壁开了个洞。启人想到自己也可能会遭到攻击而十分害怕，跟着的一刹那启人所看到的是……基尔兽天真无邪地向他笑。知道基尔兽并无敌意的启人，总算可以真正的安心下来。但是启人真正的麻烦现在才开始。把体形庞大的基尔兽隐藏实在是一大苦事。启人利用纸皮箱掩饰把它带回家。第二天，启人把基尔兽藏在公园然后上学，但是,基尔兽竟然偷偷地跟着启人的后面！基尔兽的出现令学校陷入恐慌。听见骚乱的启人，也拚命地寻找基尔兽，而基尔兽并不知道启人的心情而继续玩耍。这时，在启人面前出现个知道数码暴龙的神秘少年说启人没资格做驯兽师 启人受到伤害及信心尽失，但最后也被基尔兽的天真无邪所救回，启人及基尔兽一边跨越困难及一边逐步逐步地成为真正的朋友。但是在回公园的路上，基尔兽受到突然的攻击。袭击启人他们的就是妖狐兽及它的拍档留姬。

留姬单方面向启人宣战，虽然启人不允许战斗，但基尔兽竟无视启人的说话开始向妖狐兽反击。启人看到基尔兽的眼里仍然存有野生的光辉。因李健良的帮助而中断了战斗，但启人也因基尔兽露出斗争本能的样子而受到不少的冲击。留姬一口咬定数码暴龙是为了战斗而存在的，而李健良则视数码暴龙为朋友及重视它们。启人也因2方面的正反意见的考虑而烦恼，只怕会失去基尔兽。然后就在未知道答案前，在地下停车场，留姬又向启人宣战，李健良加入阻止2人的战斗，卷入战斗的大耳兽因受到攻击的冲击而进化成加鲁哥兽。失去理性的加鲁哥兽不断乱枪扫射，就连李健良也不能制止。而那个枪口正向着留姬对准，就在这千钧一发的瞬间，基尔兽紧急地扑向加鲁哥兽而救了留姬。

虽然并没有发生危险的事情，但李健良的表情却很生硬。与启人天真无邪地憧憬进化相对照，李健良不允许大耳兽再次进化。第二日，正当李健良及大耳兽与启人一起回家时，在他们面前突然出现一片异常的雾。分开逃跑的启人去找基尔兽，那雾就算李健良他们逃到哪里也追到那里，简直就像生物捕捉猎物那样，然后就在李健良他们被追得走投无路的面前，一只数码暴龙终于实体化。它的样貌令李健良不由得吓得喘不过气来……那正是令他的内心深深残留着创伤的过去事件的主角--金刚兽！金刚兽袭击过来，大耳兽又不准许进化，后面赶到的启人和基尔兽也不断受到攻击。最后，李健良用卡片使大耳兽战胜了金刚兽。

在启人他们的学校最近竟然发生了不可思议的事情，操场上竟然有人用石灰胡乱涂鸦。犯人不明的这个事件成为了怪谈及加盐加醋地不断在师生间流传开去。再加上有传言指那与先前基尔兽的调皮是同一犯人所干的更令启人坐立不安。不过在接着的星期日，犯人意外地弄清楚了。因要到白兔小屋值班而来到学校的启人，在操场的一角偶然找到的是古乐兽。原来那个涂鸦正是古乐兽为了和小朋友们一起玩耍而照着足球场的线所画的。启人与李健良商量后决定要为古乐兽找一个相称的拍档，在互相知道的人选中开始找寻候补，但是因他们的一长一短总也不能决定。到底启人他们能否平安无事地为古乐兽找到合适的拍档呢？还有在瞒着启人与古乐兽出外玩耍的基尔兽的面前新的数码暴龙也出现了。

在晚上到学校玩耍的基尔兽及古乐兽的面前邪魔兽实体化了。与邪魔兽细小的身体不成比例的强力的攻击令基尔兽他们很痛苦，而拯救了这个危机的就是留姬以及她的拍档妖狐兽。虽然在危险时出手相助，但启人始终也不能理解留姬把数码暴龙当作道具般使用的态度。他要说服留姬数码暴龙是生存着的，而留姬则完全听不进脑。留姬的学校的上课参观日。为了发泄对在上课中途早退了的母亲的不满，留姬欢喜地走入那偶然找到的数码领域。但是所出现的数码暴龙却意料之外的强劲，而发生了要借助启人等人的帮助的最坏的结果。如果可以进化的话自己1个人也可胜出。留姬的烦燥指向经历无数次战斗也不能进化的妖狐兽。妖狐兽为了进化而寻找新的敌人，1个人徘徊在晚上的城市，在它面前一只否定拍挡存在的谜之数码暴龙站立阻挡。挑拨妖狐兽的谜之数码暴龙的目的到底是？还有在妖狐兽不在期间，另一方面的留姬也遭到新的数码暴龙的毒牙迫近。

曾经在无数的候补中被选为留姬的拍档，妖狐兽誓要成为最强的数码暴龙。但是对无论怎么战斗也不能进化的妖狐兽，留姬的焦燥也越来越厉害。就在这时候初次的危机袭击2人，牺牲自己去守护留姬的妖狐兽的姿态大大动摇留姬的心。然后就在2人的心相通的瞬间，妖狐兽出色地实现了九尾狐兽的进化。某日基尔兽造了个不可思议的梦。那是一个基尔兽会离开启人走去另一个世界的梦。启人从基尔兽口中得知这梦而感到不安，于是找李健良及留姬讨论，但从2人得来的是出乎意料的严酷意见。本来数码暴龙就不该存在于这个世界。由数据所生的事物最终会返回数据。对2人那样的说法启人背耳不听，只希望能和基尔兽继续在一起。但是这个愿望却违背了他，恐布的事情终于现实化了。在启人的眼前基尔兽的身体开始分解为数据了。基尔兽变成数据及消失了。到底启人能否再次与基尔兽见面呢？为了取回基尔兽，启人的冒险开始了。

在启人的眼前基尔兽变成数据及消失了。虽然受到冲击但启人仍相信数码器连系着两人，并出发去拯救基尔兽。而启人的这模样也深深地打动李健良及留姬的心并开始协力。初次合力的3人，在异空间出色地成功救出基尔兽。就这样看来启人与基尔兽应该会更加紧密的互相连系，但是面向书桌入迷的启人，先前还拚命的挥动铅笔，当然是做他的数学计算，实则是数码暴龙绘图。画下基尔兽进化后的想象图，又大又强的身体，头上长有2只角，而它的名字就是大基尔兽。但是在启人越来越期待基尔兽的进化时，一出乎意料的新闻飞进了他的耳内。最近，在中央公园据说有一个以惊吓情侣为乐的调皮者。启人最先就想起基尔兽及显得很担心。听到“犯人是小朋友”的目击口供后总算安心了点，而老师及警察的巡逻则变得越来越严密。假如基尔兽被警察抓住的话。不安的想法占据着胸口，启人穿梭于老师及巡视的警长并奔跑于晚上的城市。但是等待着总算跑过的启人的却是，基尔兽那意想不到的说话。由小小的误解所引发的启人与基尔兽的初次龟裂。在团体合作凌乱的2人前，强敌．邪龙兽的利爪迫近。到底启人与基尔兽能否跨越这九死一生的危机呢？在西新宿的夜空里大基尔兽的咆哮正在回响。

以惊吓情侣为乐的真正犯人原来是小妖兽。启人对自己怀疑基尔兽感到羞愧，看到在战斗中被弄得惨不忍睹的基尔兽终落下泪来。而回答这情感的是基尔兽进化成大基尔兽，把强敌邪龙兽出色地打倒了。但是，在西新宿的夜空里回响的野生的咆哮。失去理性露出狂暴本能的大基尔兽的模样令启人觉得十分恐布。好不容易才能看见的进化。不断自责沮丧的启人的眼睛又再次浮现出眼泪。不过当接触那些眼泪的瞬间，大基尔兽变回平时天真无邪的表情了。2人高兴地互相拥抱。但可惜的是那完全没有解决问题，身体直至何时仍是大基尔兽。在启人面前的是为大基尔兽的巨大体形而烦恼。再这样下去连家也入不了，还很可能会给人发现。为了变回原本的基尔兽的模样，启人想出这个那个的作战，但是到底大基尔兽能否变回原本的基尔兽呢？启人与基尔兽的二人三足的大奋斗开始了。

启人为了令大基尔兽变回基尔兽而进行大奋斗。虽然想出来的作战及特训怎也没有，但启人拚命的情感终于感动了上天，令大基尔兽平安地变回基尔兽。但今次的事件也衍生出新的疑问。数码暴龙的进化到底是什么回事？数码暴龙的进化是什么回事？留姬比谁人更在意这个疑问。完全没有累积经验，也没有读取其它数码暴龙数据的基尔兽也可进化，留姬怎也不能理解。当够强便可进化。留姬一直也这么相信，而与妖狐兽一起重复无数次无情的战斗。但是那样并不能说明基尔兽的进化，就连妖狐兽第一次的进化也是……进化是什么回事？自己与妖狐兽的关系又是？总也找不出答案的留姬向妖狐兽无理的发怒了。完全不能理解那样的留姬的心，妖狐兽很困惑。然后闯入这2人的裂缝的白影也俏俏地靠近留姬。力量就是一切。冰恶魔兽为了得到更强大的力量而企图要把留姬成为其拍档。在追求力量时与妖狐兽之间开始萌生出友情。面对困难的选择留姬所得出的答案是……

数码暴龙是什么回事？进化又是什么回事？冰恶魔兽的魔爪正俏俏地靠近开始抱有疑问的留姬。为了令留姬成为其柏档，冰恶魔兽骄傲地展示那些过去打败过的数码暴龙的标本。过去的自己就如冰恶魔兽般只追求强劲，留姬受到不少的冲击。虽然因妖狐兽及启人的活跃而得救了，但是留姬却不能整理其心情，不理会妖狐兽地独自走了。浓雾突然在十字路口扩散。感到将有数码暴龙出现的大耳兽进入战斗状态，但李健良却坚决地不允许。正当李健良要无理地把撒娇的大耳兽带回家时，数码领域就在他们的眼前实体化了。然后就在数码暴龙完全实体化的一刻，山木发出的Yuggoth把数码领域以及数码暴龙一同消除了。大耳兽十分不满数码领域被消灭。虽然李健良不断哄它，但却察觉到自己并不能解答大耳兽经常提出的质问：“……喂，阿健，为什么我不可以战斗呀？”大耳兽是朋友。不想看见朋友厮杀。但大耳兽却很想战斗。否定战斗即是，否定它是数码暴龙。李健良对一直所追求的自己与大耳兽相遇的意义开始动摇。但是命运并没有给予他时间找出答案，2人再次卷入战斗之中。该被Yuggoth消灭的的数码暴龙竟再次出现了。誓要向人类报复，在城市暴走的这只数码暴龙。只有自己与大耳兽才能守护人们。在极限的状况下李健良好不容易得出的结论是？现在就是抉择的时刻。

为了从暴走数码暴龙之中守护人们，因为只有自己与大耳兽才能做到。阿健终于凭着自己的意思决意战斗。回应这想法的大耳兽进化成加鲁哥兽，把强敌武士兽出色地打倒了。稍微有一点理解自己与它相遇的意义，大耳兽与阿健的羁绊更加紧连。但是正有一个人影用严肃的脸看着他们，那就是，等待放学回家的启人及阿健的太阳眼镜男子。目击了他们在警卫下战斗，他就是网络管理局的山木。山木忠告启人及阿健别再玩那些危险的游戏，虽然他只说了这些，但山木的说话却令启人他们留下不祥的预感。另一方面已经1人的驯兽师留姬，依然不能整理其心情。即使分离也始终担心妖狐兽的事。尽管知道只要叫一声妖狐兽便会回到她身边，但始终不能开口。妖狐兽也一样抱着不能干脆解决此事的情感。为了埋没失去留姬的空白，妖狐兽不断重复那些证明自己强劲的战斗。但是留姬所看见的这个妖狐兽的模样却是，1人战斗的妖狐兽已不需要自己，再次不理它了。虽然互相想着对方，但留姬及妖狐兽却擦身而过。2人再也不能成为拍档了吗？还有接触启人他们的山木的真意是？各人的命运已大大的变动起来了。

与留姬诀别后的妖狐兽继续着只有自己1人力量的孤独战斗。虽然留姬很担心妖狐兽，但认为妖狐兽已不需要自己所以就不理它。但在战斗快将胜利的那一刻，妖狐兽的动作停止了……就连妖狐兽也想着留姬，开始抱着是否还要狐单1人地战斗的疑问了。乘着那一瞬间的空隙鸟人兽作出突然的反击。留姬完全没有考虑会被妖狐兽攻击到的危险奋身扑出去，妖狐兽也进化来回应这情感。跨越这危机后的留姬及妖狐兽相互的心情终变得有多少坦率，再次开始步向拍挡之路了。启人及基尔兽在夜晚的城市与狂暴的数码暴龙．黑暗蜥蜴兽战斗。但当作出必杀一击时，启人他们被照明灯的光照到了。接踵而来的是催泪弹的攻击。启人因这些突如其来的事情而惊呆，而在其面前出现的是管理局的山木。侧看着黑暗蜥蜴兽的回收工作，山木再次忠告启人别再玩这些危险的游戏。虽然抱着必死的心保护基尔兽，但山木满载自信的姿态在启人的心内刻下了大大的恐布。接着在启人自身中也对作为驯兽师开始产生微妙的变化……进化的畏惧。觉醒了野生本能的大基尔兽，完全听不到自己的声音。不能忘记初次进化的那个时候的事的启人，对基尔兽的“我想变强”的坦率说话不能够同意。而且自先例的那件事后博和他们的不偷快状态，能分担这心情的人一个也没有，启人更加陷入困境了。管理局的调查把陷入事件的启人置之不理，稳步而顺利的继续着。到底启人能否再次站起来作为驯兽师呢？还有，终于要发动的数码暴龙捕获指令。山木的王牌「杀害」到底是什么来的？现在，禁断的大门快被打开了。

与朋友的擦身而过，山木的出现，再加上进化的畏惧。一次全背负这些形形色色的问题的启人自信尽失，抵受不了作为驯兽师的压力。但是启人得到了基尔兽亲切的鼓励，“启人，我们是朋友”的这句说话令启人重拾勇气，相信基尔兽，以及相信作为驯兽师的自己，2人发誓要一起成长。但是就在这个时候，山木他们要把数码暴龙一扫而空的计划也到了实行的时刻了。然后终于，在夜空中冒起的蓝色旋涡。全部在网络上存在的数码暴龙也被卷入，完全地把数据分解的狂暴之牙，杀害。山木满足地仰望着杀害把所有有意识的数码暴龙一一排除。虽然不能接受山木那对所有数码暴龙都有敌意的做法，但启人只能仰望着那些不断被卷入旋涡而失去性命的光芒。但是就在这时，任何人也预测不到的事态发生了。旋涡的中心出现了巨大的柱。山木因预料之外的事故而有所动摇。在附近一带响起的神秘声音告诉了一件骇人听闻的事件，山木的行动把通道打开了。证明这说话的就是降到地上的巨大数码暴龙。要把数码暴龙消去的杀害，讽刺的是结果却把数码暴龙来到现实世界的通道打开了。出现了的强敌迷企罗兽压倒性的力量，先后把九尾狐兽及加鲁哥兽击败。然后就在迷企罗兽的攻击袭击大基尔兽的瞬间，在启人的身体内剧痛乱窜。那正是大基尔兽的痛楚。共有痛楚的事实令启人重新觉悟作为驯兽师的使命，在蓝卡的力量下大基尔兽得以进化成机械基尔兽，战胜了迷企罗兽……启人成功的进化成完全体，把迷企罗兽打倒了。但这并没有完全解决问题。为了要从现实世界闹事的数码暴龙中守謢人们，启人、李健良及留姬这3人决心组成一个队伍。

为了对抗在现实世界闹事的数码暴龙，启人他们组成驯兽师队伍。但当要实行时步伐总是不能一致，启人巡逻的邀请由于李健良及留姬因事先有约而不能巡逻。就在这时突然邀请启人的是博和他们的5年2班的同学。另一方面李健良及留姬因各自的事情而外出。留姬在等待地下铁时突然感到异样。接着的瞬间，巨大的蛇型数码暴龙实体化了。留姬追踪那数码暴龙。李健良也汇合，但在敌人的实力前亦只能被迫苦战。而且可依靠的启人及基尔兽还沉迷在同学的游戏中，就在驯兽师迎接了冷不防的危急关头时，因小妖兽意外的帮助而得以成功汇合。虽然很危险但也获得了初次的胜利。

旅游车抵达淀桥小学，因今日是启人他们这级的露营日。在这群快乐的小朋友之中的启人他们好像有些奇异的举动，原来李健良建议带同基尔兽它们一起去露营。虽然途中有几次差点儿被发现，但幸得博和及健太的帮助启人及基尔兽终也能勉强的蒙混过去。然后这次露营虽然会冒冷汗，但该会很快乐的吧。D-Ark出现了一些反应，想把大耳兽带到自然之中休息。阿健把那拿不定主意的新敌人真达罗兽的出现看漏了。但是真达罗兽却在一夜之间把全城的电力吃光，强大地成长起来了。阿健对自己的失误不断自责。为了保护李健良，启人鼓励他。2人同心合力地与真达罗兽战斗，誓要守謢和平的露营。

阿健从健太手中得到了一张卡。这张看似是一张极普通的卡，但当阿健放进D-Ark SLASH过的瞬间，它却变了作蓝卡。为了追查蓝卡的秘密，阿健与启人便去寻找先前卡的主人。不过最后只得知在秋叶原撞上一名男子后便多了这张卡。加上阿健的父亲．镇宇在与他讨论时开始呈现的奇异态度，越来越多的谜题出现了。 到底蓝卡诞生的真相是？追求谜题的阿健终于到达了父亲．镇宇那令人吃惊的过去。然后出现了从数码世界而来的新刺客。蓝卡的光辉将会把战斗引导往超速的世界。

在寻找蓝卡的谜的阿健他们的面前出现了强敌波夷罗兽和伐折罗兽。面对加鲁哥兽的危机，阿健抛开迷惘SLASH那张蓝卡。加鲁哥兽进化成完全体音速兽，以惊异的速度作为武器，击破它们两个。战斗终结后，阿健从父亲．镇宇口中得知了数码暴龙诞生的秘密。不过就在同一时间，该已被打倒的伐折罗兽接触了留姬及妖狐兽。伐折罗兽指示妖狐兽要与它一起走。妖狐兽接受了邀请，留下“也有些事只有数码暴龙才会知道”的这句话后便和伐折罗兽一起在夜晚的黑暗中消失了。突然要跟随母亲到模特儿事务所。在那里等待留姬的是预料之外的试镜。穿起不习惯的洋服，不能容忍的对着镜头。留姬对这些始料不及的事情感到不知所措，及很不开心。再加上强烈的闪光令留姬感到恐布，留姬终于撞开摄影师及离开摄影室了。 留姬单手拿着D-Ark独自在傍晚的新宿彷徨。不过始终也找不到想找的妖狐兽。妖狐兽是不会不回来的。抱着这不安心情而又没任何办法的留姬只有返回家中，而等待着她的是，阿健打来的1个电话，得知发现伐折罗兽的消息，留姬便急速往竞技场。到底与伐折罗兽共同行动的妖狐兽的真正用意是？今晚，在月光沐浴的美丽战士要诞生了。

妖狐兽与伐折罗兽一起消失了。留姬等了很久妖狐兽也不回来，感到很不安。但是妖狐兽的真正用意是为了知道神将的目的。不为了数码暴龙之神，而选择了与留姬一起依自己的意志生活的妖狐兽，终于进化成完全体道士兽，打倒了伐折罗兽，与留姬的羁绊紧加紧连了，给人类觉得可爱有什么好开心的。小妖兽看见古乐兽在街上被女孩们围着便惯常地说出这些憎恶的说话。不过当不开心的小妖兽用火球追赶那些女孩时，突然传出了低沉的笑声。 直觉上被人骂作蠢才，小妖兽便冲入刚发生的数码领域。在那里等待着小妖兽的是新的神将．因陀罗兽。因陀罗兽从容的府视着逞强的小妖兽，最后突然说出了一句带有冲击性的说话。小妖兽也与其它的数码暴龙同伙，终归是人类所饲养的数码暴龙。虽然留姬与妖狐兽的登场得以避免了对决，但因陀罗兽的说话令小妖兽受到很大的冲击。小妖兽因没法宣泄的怒火爆发，在城中任意的来回闹事。最后终于哄动至警察出动，自尊心受到伤害。小妖兽拚命地隐藏的过去到底是？小妖兽因因陀罗兽的存在，现在要展开狐单一人的无谋战斗了。

你也是人类所饲养的数码暴龙……因陀罗兽的说话令小妖兽的自尊心受到伤害，拒绝妖狐兽他们的帮助，投身了孤单一人的无谋战斗。因抱着我想变强的想法而令小妖兽抵得住因陀罗兽的攻击，即使脚步不稳也继续站起来。然后就在绝望的状况中，小妖兽终于睹上一切作出了最后的攻击。小妖兽赌上一切的突击。但仍不能令因陀罗兽受到任何伤害。就在小妖兽终于用尽力量快要被因陀罗兽读取的时候，由都庁发射出来的波动捉住了因陀罗兽。 那就是山木制作出来为了对抗神将的新武器。受到伤害的因陀罗兽逃进了杀害球之中。虽然启人他们不太清楚状况，但总算逃过了危险的场面。另一方面的山木虽然觉得不不完善，但今回的成功也令他的自信加添了不少。 但和平的时间并不能长期持续。再次出现的因陀罗兽在首都高开始闹事。因陀罗兽轻轻地退避大基尔兽们的攻击，及压倒自卫队。接着连卡也全部丢失，即将迎接九死一生的危机时，博和拿出了一张卡给启人。那是一张自制的蓝卡。最后的希望是自制的蓝卡。博和、启人的情感会传达到基尔兽吗？创造奇迹吧，友情的CARD SLASH。

树莉为了成为驯兽师而向留姬请教了卡的使用方法。之后，狮子兽这数码暴龙就在树莉的眼前实体化了。树莉坚决相信这一只狮子兽就是自己的拍档数码暴龙。

西新宿一带发生了地震。启人及阿健也有一种讨厌的预感。 基尔兽感到有数码暴龙。突然喷出一团雾，把每个公寓区全部包围起来了。人们在抱怨。在浓雾消散后却出现了一只十分巨大的数码暴龙。它就是毘羯罗兽。基尔兽它们即使进化来应战也不是对手。毘羯罗兽一边破坏明治通道一边前进。 山木打算使用杀害。但因那些在那里的小朋友可能也会被卷入，所以镇宇反对。不过除此之外便再没有其它方法了。

杀害起动了。不过就连完全体们也敌不过。留姬也不知该用哪张卡，而阿健则认为卡内有着自己所相信的力量，若果相信便可把力量经数码器传达。 得到了卡的力量的道士兽及音速兽形势逆转。但是，数码暴龙们仍感到力量便抽走。正因为山木的杀害起动了。 另一方面，摩虎罗原来是神将的一员，摩虎罗兽，它取出宝玉，夺取了杀害。就在杀害要悲惨的崩溃时，山木独自留下。 毘羯罗兽注入了从天空的方格传来的可怕力量后，再次开始进攻。启人因基尔兽他们进化、变得很强而很辛苦，阿健说，启人和机械基尔兽的力量是共有的，而毘羯罗兽也再次向着他们朝来。

数码世界的出现，令到现实世界陷入大混乱。数码暴龙的灾害也成了国家的重大问题。山木看见这些新闻感到很失落。不过，丽花开导他说“有些事只有山木才能做到”。在绝望的深渊中苦恼的他的答复是……启人他们为了解决这个事态，决心出发往数码世界。他们各自向家人介绍了自己的数码暴龙后，传达了将会在明日踏上旅程。

启人他们进入了数码世界及其地带之中。一个用双筒望远镜便可看见一个反转的日本地图的世界。好不容易才到达的地方竟是一望无际的荒野。启人在那里竖立了一支旗。首先要找找看有没有人造的东西，用望远镜看见了一条类似天线的物体，便以此为目标步行。但这只是一堆岩石。而且那里还有野生数码暴龙的攻击。

留姬、博和及健太被光吹飞了。不省人事、醒来后，看见现实世界球变得很细小。已经被吹飞到很远了。附近有一些民房，但没有门及窗，屋盖低低的圆圆的。怎么看该也是为了对抗强风而设的。风又刮起，各式各样的东西被吹起，撞向房子。结果他们再次被吹飞，三人飞到了公公兽及婆婆兽这两夫妇所住的房子。就在大家把因强风而弄歪的门壁弄好时，公公兽及婆婆兽的大战开始了。

启人他们在找寻留姬等人，但即使去到哪里始终也找不到。就在这时，大耳兽发现了一条泥人兽的村落。村落很荒芜，不知为何满地车痕。接着出现巨大的电单车，并冲向启人他们。这电单车不知为何没人在驾驶。电单车辘过泥人兽后，便离去了。在启人他们的面前出现了泥人兽的族长，得知那巨大电单车已多次袭击这里。它们想找驾驶电单车的人，但车上根本就没人。另一方面小妖兽到了一个浓雾的世界。在那里出现了狛犬姿态的招杜罗兽，寻找想变强的人。虽然小妖兽齿口否认，但其实内心是很想的。招杜罗兽向小妖兽发放一道光，在那里有拍档2个小朋友。在村落那里巨大的电单车又再次开始袭击泥人兽它们了。

留姬、博和、健太及妖狐兽在旗那里等待，但总是没人回来。留姬于是遗下博和及健太，走去找寻其它同伴。被遗下的2人感到不安，所以也追上留姬了。另一方面，启人他们觉得留姬他们说不定会在旗那里等候，所以回来。不过那里已经没人。但是基尔兽嗅到了妖狐兽的气味。留姬他们又被光之柱吹飞，发觉自己来到一个齿输不停转动的地方。一个坏了的齿轮，短针在转动，但长针则停了。秒针虽然发出声音，不过只是在指着相同的地方。留姬不经意地碰了那秒针，那秒针便突然动起来了。住在那里的时钟兽和齿轮兽这两只数码暴龙发出绝望的哀号。秒针走动的同时大地轰呜，接着转动的齿轮都停了。这时钟原来是一个封印。封印解开后，出现了超龙兽。留姬令妖狐兽进化成九尾狐兽来应战，但形势不利。接着出现了一只陌生的数码兽，而这只数码兽的搭档令留姬等人大吃一惊。

启人他们来到了一个扭曲了的单色世界。人数又回复到先前那样。喜欢Card Game的启人能与憧憬的辽相会而感动。另一方面因留姬为了什么，而独自留在齿轮的世界。启人他们先要做的是在这单色的世界等待她。之后，启人他们到达城堡，看来那里没人使用，于是便在那里睡一觉了。另一方面古乐兽一面向不同的数码暴龙打听启人他们在哪，一面寻找，但一直找不到。接着堕天地狱兽出现，虽然停留了一会，但又再次走了。启人他们发现乘着頞你罗兽的摩虎罗兽。虽不知道古乐兽是否在那里，但也追着它去。

与留姬走散了的启人他们，返回先前的旗那里，但那支旗竟然没有了。启人他们头顶的现实世界球发出光辉，光之柱便纵横不断的乱走起来，启人他们得找个地方闪避。在现实世界的山木的计算机收到了一封由启人寄出的E-mail，写着“我们大家都很好”，竟是从数码世界传来的E-mail。至于走散了的留姬与妖狐兽。数码精灵突然出现，并拉着留姬到一条小河。在留姬被激流冲走时抛出树枝拯救她的竟是古乐兽。基尔兽嗅到古乐兽的气味。在一片沙尘滚滚后，留姬、妖狐兽及古乐兽出现，他们终于再会了。可是他们并不知道该怎么返回现实世界。启人他们迷惘时，九尾狐兽察觉到堕天地狱兽的正体就是小妖兽，但堕天地狱兽却否定。现实世界正进行杀害的测试，不知为何杀害竟不能停止。接着山木及丽花出现，而启人他们躲在道士兽的结界而熬过了激烈的沙漠风暴。道士兽好不容易张开结界，光之柱不断移动，启人、阿健及大耳兽都被吹飞到不知哪去了。杀害虽然停止，但他们又再次分离了。

与启人分开了的基尔兽等人。突然所站的地方液体化，健太、博和、树莉、留姬、妖狐兽及基尔兽都跌下去，降落到一个怪蛙兽对每次安杜路兽坏了都得修理感到厌烦。怪蛙兽运送着大木桶，可是内里放着的却是博和、健太、狮子兽、妖狐兽、基尔兽及及留姬。怪蛙兽在运送贡物给八头蛇兽时，狮子兽他们佷有气势的飞出来。八头蛇兽说喝酒再没比喝酒能变得强，它的强劲力量复活了。树莉后悔给八头蛇兽喝酒，得博和及守卫兽的鼓励，树莉尝试CARD SLASH，消灭了八头蛇兽。最后博和竟然成了守卫兽的驯兽师。

启人他们到达了水中。在阳光刺眼的蓝天下，黑色外表的MIB也在。启人他们怎么样也不能脱身。当看荧光幕时发现山木传来的E-Mail，写着“没事便最好了。祈望奋勇战斗”。在众人的父母面前山木出现，从计算机可看到启人传来的E-mail。向父母问好。Send E-mail的机器被水弄湿了竟也能动。这里的水根本不是真正的水。今次，潜入水中也没湿。成功了。被指导的出口在强行通过时竟有触电的感觉。一行人出了出口后好不容易才走到水之宇宙。在那里数码精灵不断轮流飞舞。相信该是阅览室的地方浮着一艘与巨大的D-Ark很相似的物体。在那里有一位不思义的男人．水野，开始说出一件不思议的事情。

小春因大耳兽的不在而感到寂寞。当在公园游玩时，落入了突然出现的地带。在那里有一只很大“兔子”的数码暴龙。另一方面，乘着交通工具在水世界移动的启人他们，大耳兽听到小春的声音。启人他们降落到数码世界。镇宇对山木说了一段话：“我们已经没有了，创作那些可以自行进化的人工知能。那时我们充斥着幼稚的雄心壮志。不竟如何侵犯神的领域也是不该的，但是SHIBUMI却抱着不同的想法。”“李先生，那是！”镇宇因山木的叫声而仰起头。小春在滑梯顶。不过，那里出现了地带。在地带中的小春，在那深处的方舟的窗口中看见大耳兽。

启人与阿健他们从黑大耳兽口中得知了古乐兽该会在四圣兽的领域。启人说要往那里去，而阿健则心情不好。因为妹妹小春也在。在阿健踌躇时突然响起了一道爆炸声。在闪光与烟雾中响起了引擎的声音。正是堕天地狱兽。变成究极体的堕天地狱兽，要实践与神将的约定，到来打倒基尔兽他们。音速兽拚命的攻击对堕天地狱兽来说就像蚊叮一样。然后那枪口对准着启人他们。启人用尽全身气力呼叫“基尔兽──”。启人的声音到达远处的大基尔兽，由那道光之柱传来的。大基尔兽毫不犹豫地跳进去了。就在启人他们千钧一发间，大基尔兽他们赶到来了。不过，就连九尾狐兽及守卫兽的攻击也伤不到它。就在堕天地狱兽给予九尾狐兽致命一击时，狮子兽从后抓住它。因为教导堕天地狱兽的缘故，堕天地狱兽的爪无情地贯穿狮子兽的胸膛了。因愤怒而忘我的启人为了进化，一道闪光突然出现，就像启人那巨大的分身，灭世龙兽出现了，不断地向堕天地狱兽攻击。

大基尔兽进化成究极体了。不过，那巨大的猛兽模样，完全超乎启人的想象。全因狮子兽被杀，那愤怒而驱使的进化。这异常进化的究极体灭世龙兽，已经听不进启人的声音了。那力量令大地裂开，附近一带也被波及，那力量竟凌驾于堕天地狱兽，它的存在就只是要不断进食。就连摩虎罗兽也感受到那场力量的冲突正威胁这个世界。就在从旁干涉时，竟被堕天地狱兽量子分解而被吸收了。濒死的九尾狐兽为了阻止他们的战斗而进化成道士兽。不过也与音速兽一同被量子分解吸收。阿健运用机智使用“假身”卡，用分身替换而成功脱身，但完全体的力量被堕天地狱兽吸收了。不断吸收力量的堕天地狱兽因不能承受力量的反冲而开始暴走，竟压倒灭世龙兽。灭世龙兽被打败，启人很担心它，而堕天地狱兽无情的枪弹正要迫近他。

基尔兽真正的究极体．红莲骑士兽诞生了。那就是基尔兽与启人一体化后的骑士姿态。红莲骑士兽脚蹴大地，向堕天地狱兽展开激战。二头究极体炽烈的战斗展开了。在这机会下，朱雀兽向招杜罗兽落下命令，把那个虽是神将，却成为了启人等人的同伴的黑大耳兽打倒。还有独个儿，因地面的分裂而与大家分离在别的小岛上，心情郁郁不乐的树莉。就连2大究极体那样炽热的激战，也不能映进眼帘。阿健看见小春不断抽泣地紧握D-Ark。在启人及基尔兽之间，一道光落下，从光中出现了新的D-Ark。

从南大门起，无数拱形的门一直线伸延至遥远的彼方。启人他们留下博和、健太、守卫兽及小春，向朱雀兽的居所朱雀门前去。感受到朱雀门内骇人的“愤怒”，基尔兽露出锐齿呻吟，九尾狐兽的毛全部竖起。伴着像大地震的振动，巨大的鸟型数码暴龙朱雀兽那巨大的身影出现了。它就是四圣兽．朱雀兽。它的庞大身躯令众人哑然。对于要取回古乐兽的启人他们来说，古乐兽本来就是这地方的东西。转为启人攻击，但对巨大的朱雀兽而言却丝毫不动。相反朱雀兽的一击便把众人吹飞了。朱雀兽的业火，不仅数码暴龙，连留姬他们也一拼攻击。众数码暴龙以自身为盾坚决保护众小朋友。机械基尔兽及道士兽因受到损伤而站不起来，而音速兽也伤痕累累地勉强站起来强抗。

撒多格杜兽的攻击也不行，赤红的光从瓦砾的山的内部向四方发放，朱雀兽以不死鸟的姿态再度出现。众人对于他的不死身哑口无言，但也得继续战斗。竭尽全力进化并再度出击，勉强地支撑着。不过已经再没有办法了。此时上空的厚云发光，雷像矛般飞射，并于某处落下。从云中出现的是，巨大的，非常巨大的青色的龙，四圣兽．青龙兽。启人他们从青龙兽口中得知了一件震惊的事实……“白虎门”。那是一个山水画的世界。机械龙兽抱着阿辽，飞跳到瀑布旁的岩石。机械龙兽感受到非常强大的气息，于是便向那里前去。那里有四圣兽的一员．玄武兽。玄武兽为四圣兽白虎兽而留守在这里。而机械龙兽所感受到的强烈气息并不是玄武兽，而是从背后的谷底所发出的。白虎兽该是在和什么东西进行炽烈的战斗。谷底好像有什么来路不明的东西开始行动。

真正敌人原来是消除数码暴龙的程序．帝厉魔(D-Reaper)。垃圾是理所当然的，但接着连数码暴龙也会被消去。四圣兽加强警戒。另一方面悲痛欲绝的树莉，始终没法忘掉失去狮子兽的悲伤。启人他们对于如何与帝厉魔(D-Reaper)战斗感到苦恼。帝厉魔(D-Reaper)为了得到进化的力量而侵略数码世界，那力量之源就是古乐兽。要快些拯救古乐兽才行。那里已经有人乘着数码暴龙来了。他就是乘着机械龙兽的秋山辽。

启人他们得到四圣兽强力的帮助，终于救出古乐兽。不过，帝厉魔(D-Reaper)的泡刮到空中，众人再次笼罩在紧张之中。真正敌人全力攻进来了。下定决心的四圣兽围着古乐兽的四周，古乐兽的身体也急速上升。然后古乐兽进入暝想，它额上的三角标记开始发出金色的光辉。接着很多数码精灵从四周集结，化成光之女神的姿态，把古乐兽抱于胸中。光辉不断增强，在女神腕中的古乐兽要变回本来的姿态。另一方面在新宿，山木他们利用Hypnos想把启人他们送返现实世界，一直在准备。山木发E-mail至启人的掌上型机械，叫他们乘坐Ark（方舟）返回现实世界。若然找到Ark的光之轨道的落点，启人他们便能返回现实世界了。

阿健的父亲他们得到了世界各地的人们的帮助，终于成功送出方舟．Ark，并出现在数码世界中的启人他们的面前。已经没有时间了。为了返回现实世界，启人他们怱忙地乘上Ark，但是仍看不见留姬及妖狐兽的身影。留姬他们找小妖兽去了。Ark低沉地说要升高一点，于是便开始上升。为了搜寻还没回来的留姬，阿辽及机械龙兽便飞了出去。轨道绘出弧线，一直伸延至现实世界球。还没载上所有人的Ark开始慢慢地上升了。

启人他们从数码世界平安回来，与各自的家人离开东京。树莉因没人接送，启人便送她回松元。在回程时，启人从电视新闻中得知了新宿的超高速大厦郡正被一片赤黑起伏的帝厉魔（D-Reaper）所侵蚀。留姬及阿健也从新闻中看见此事。不过阿健的父亲．镇宇劝告他：今次的异常现象便交给大人来处理吧。两人虽然想到新宿，但又想留在亲人身边，内心不断地争扎。启人乘坐电车返回东京。预定在八王子转车，返回父母被疏散到的逗子那里。不过他很担心新宿的情况。启人为了去那里而感到苦恼。电车终于到达八王子了。

启人他们终于回到西新宿了。在那里出现了他们从没见过的谜之生物。莫非是帝厉魔（D-Reaper）？至少那不是数码暴龙。不过，很奇怪地那些所谓的攻击并没干什么，只是在不断发出电子音，不断观察启人他们。另一方面，小妖兽凭着昔日拍档所留下的便条，希望找回它的拍档。当然，小妖兽是不懂读那些字的。于是它便托城市里的人为它读字，但大家当听见是数码暴龙便恐慌起来，根本没人读那些字。在小妖兽不知如何是好的时候，一把不可思议的老人声音传出了。

启人看见的真的是树莉吗？启人因疑惑而打电话给松元的家。原来树莉在松元的家失踪了。而且是和启人看见树莉同一时间的。一名少女独自在新宿走廊奔走。她那黑色Gothic & Lolita的服装露出雪白的肌肤。还有一只巨大的狗陪着她跑。一回头看时，竟有许多水母模样的帝厉魔（D-Reaper）使徒。

启人他们得到笃宾犬兽的帮助，终于能进化成究极体。各人心中也有不同想法，现在他们在现实世界实现了究极进化。面对着巨人的帝厉魔（D-Reaper）地带的泡，红莲骑士兽他们各自使出必杀技，不断攻击。当以为敌人收缩，帝厉魔（D-Reaper）最上部突然伸长出球体，迫近红莲骑士兽。红莲骑士兽被可怕的帝厉魔（D-Reaper）捉住了。

在南新宿的大厦屋顶，斗篷飘扬展现飒爽的究极体正义兽出现了。当它得知启人他们陷入困境时，便匆忙奔去了。留姬看见它那爽朗的挥手动作，便认定了正义兽的真正身份了。另一方面，被吸进帝厉魔（D-Reaper）地带的启人，他在那里听见树莉的声音。但其实那是帝厉魔（D-Reaper）使徒。它用树莉的姿态用说话打击启人。就在启人的意识离他越来越远时，基尔兽的声音从他耳边响起了。

在帝厉魔（D-Reaper）的中心Kernel-Sphere，无数电线绑着堕天地狱兽令它动弹不得。树莉仍然目无表然地蹲坐着。Kernel-Sphere开始大幅膨胀，变成巨大的模样俯视都庁。另一方面，红莲骑士兽他们开始一齐攻击。撒多格杜兽、狐姬兽及正义兽全力攻向帝厉魔（D-Reaper）。而红莲骑士兽则飒爽的乘着葛拉尼，飞向树莉所在的Kernel-Sphere。另一方面的堕天地狱兽也拚命地挣扎。它为了赎罪，奋不顾身要拯救树莉，用尽全身气力扯掉那些绑着它的电线。

在帝厉魔（D-Reaper）地带中，清醒的树莉被模仿自己的帝厉魔（D-Reaper）迫得很痛苦。古乐兽拚命拯救树莉。树莉的哭叫声到达红莲骑士兽体内的启人。此时都庁发出激烈的地呜声，帝厉魔（D-Reaper）开始呈现出单眼女神像的姿态。启人当然没有胆怯。但一进入泡中便会解除究极体的形态，到底该怎办才好？

数码网格线在上空打漩，制造出一个细小的地带。各数码暴龙解除究极体的形态。阿健取出SHIBUMI所制的红卡，若SLASH那卡便能在帝厉魔（D-Reaper）中战斗。不过那张卡只有一张。启人、阿健、留姬及阿辽举起自己的数码器，准备让红卡飞入。

树莉把数码器指向帝厉魔（D-Reaper）的墙壁，数码器便射出耀眼的光芒。树莉大喊自己新的领悟。“自己的命运是由自己决定的！”此时，红莲骑士兽正在和帝厉魔（D-Reaper）展开壮绝的生死决战。尽管把它们一只只地打倒，但仍无法靠近树莉所在的地方。接着树莉的数码器好不容易打破墙壁。但这个时候，一团赤黑的黏液流进室内，液体填满了树莉所在的球体，夺去了她逃走的地方。