タヌキ獣人の影森みちるは、獣人差別主義者の人間たちから逃れ、獣人が自由に生きられる街・『アニマシティ』にたどり着く。ちょうどその日は、街の設立10年を祝う祭りの日。獣人たちは自分たちの本来の姿、けものの姿に変身し、獣人であることを自由に表現している。活気のある街の様子にワクワクするみちるは、祭りを見て涙を流すヘンなオオカミ獣人・大神士郎と出会う。ところが、祭りのなかで爆発が起き、広場はパニックに。しかもみちるは士郎に犯人と間違えられて捕らえられてしまう。誤解は解けたものの、事件に巻き込まれたみちるは、士郎に自分のヒミツを明かす。みちるは、突然タヌキ獣人になってしまった『元・人間』だったのだ。

アニマシティに『シルヴァスタ・メディカル・センター』と呼ばれる製薬会社の施設があることを知ったみちるは、自分が獣人になった原因を調べてもらおうとする。ところがメディセンに反獣人派テロリストから脅迫状が届く。シルヴァスタ製薬は、世界有数の財閥が経営するグループ会社で、アニマシティの市長の志に賛同し、市に多額の資金援助をしているのだ。それが気に食わないテロリストによる犯行を防ぐため、士郎は市長の頼みで仕掛けられた爆弾の所在を探すことに。士郎に協力し犯人を追い詰めたみちるは、自分の腕を自在に伸ばすことに成功する。同時にピンチを士郎に救われたことで、二人の間には信頼関係が生まれはじめる。

元バスケ部のみちるはアニマシティでバスケを始めようとするが、なぜだか代わりに野球をすることに。しかし、獣人たちの野球は死人が出るほど盛り上がる、ギャンブル前提の死闘試合だった。ひょんなことからクマ獣人たちの極弱チーム『べアーズ』に入ったみちるは、バカだけど気のいい彼らをまとめ上げ、試合で勝ち上がっていく。ところが、賭博の元締めのギャングと八百長のために負ける約束をしていたべアーズの監督は困ってしまう。けれど、みちるの熱意に感化されたべアーズや獣人たちは、賭け金なしの純粋な野球の勝敗に楽しさを知っていく。

親友だと思っていたなずなに「嫌いだった」と言われ、ショックを受けていたみちるの部屋に、天井を突き破ってワタリアホウドリ獣人・ピンガが墜落してくる。彼は自由を愛する渡り鳥獣人だった。みちるはピンガから刺激を受けて空を飛べるようになる。一方、シルヴァスタ製薬のCEO・アランの横槍で街への永住を延期された銀狼教団は、製薬会社の前で祈りの儀式を始める。アランが殺し屋に狙われていることを知り現場に急行する士郎とみちる。しかし二人の目の前でアランが襲われる。そのアランの窮地を救ったのは、翼のある銀狼に姿を変えたなずなだった。なずなが立派に役割を担い人々に支持される様を見たみちるは、その姿に打ちのめされる。

銀狼様であるなずながアランの命を救ったことにより流れが変わり、銀狼教団のアニマシティへの定住が決まる。そんななか、銀狼教団の執行長・ボリスは拘置所で勾留中のメディセンの元所長・矢場のもとに教えを説きに向かう。しかしボリスと会話をした直後に、矢場は凶暴化。怪物のような姿で暴れまわり、脱獄してしまう。街を守るために必死に戦う士郎だが、大きな手傷を追う。そのとき、士郎の体が銀狼に変化する。士郎こそが本物の『銀狼様』だったのだ。市長はみちるに、士郎がなぜここまで獣人を守ろうとするのか、そしてなぜ『銀狼』になったのかを明かすため、1000年前に士郎の身に起きたニルヴァジールでの悲劇について話して聞かせる。

アニマシティで、ストレスのかかった獣人が暴走する事件が多発する。その対応に追われるみちると士郎は、暴走獣人を捕獲しているメディセンにたどり着く。アランを信じられない士郎に、アランは「これ以上人口が増えると獣因子暴走症候群【ニルヴァジール・シンドローム】が起き、街は滅びる」と告げる。メディセンを街に作った目的もワクチンを作るためだったが、そのワクチンというのは獣人を人間に変えるものだった。激昂した士郎を止めようとするみちるに、士郎は「お前は所詮人間だ」と言い放つ。そんな士郎にみちるも不満をぶちまけたことで、二人の間には深い溝が生まれる。アランにメディセンを襲った罪を着せられた士郎は、みちるを置いて消えてしまう。

ついにニルヴァジールシンドロームが起きてしまったアニマシティ。発症した士郎だったが、みちるを噛んだことで正気に返り、みちるとなずなの特殊な獣因子から血清を作ることができるとわかる。しかし、獣人を人間に変える薬をドローンで散布することでシンドロームを抑えようとしていたアランと、士郎は激しく衝突する。実はアランは人間ではなく、オオカミ獣人・金狼だった。しかし激しい戦いの末、アランも発症してしまう。殺そうとする士郎だが、みちるの目を見て、救うことを選択する。また、士郎の遠吠えを聞くと、暴走している獣人も思わず遠吠えをしてしまうことに気づくみちる。士郎はみちるの構えるカメラの前で遠吠えをし、今度こそ人々を救うのだった。