将捕捉的龙分解，将其卖掉，以此继续进行旅行……这就是如今为数不多的现役捕龙船昆·扎扎号。船上的新人塔姬妲，在目睹了船上的老手船员米卡等人的捕龙现场后为之震撼。在这之后，一行人迅速降落到了附近的城市并将龙的肉和油卖给了当地居民。船员们久违地回到地面，松了一口气。然而就在这时，他们接到信息称附近城市出现新的龙，并陷入了危机。而后他们所遭遇到的龙，只对昆·扎扎号表示了战斗的态度，这其中的理由是……

塔姬妲已经登上昆·扎扎号三个多月了，也基本习惯了手上的工作。就在她在甲板上吹风的时候，栏杆上停留着奇怪的鸟……不，是龙！即使身形像鸟一样小，但也还是龙。如果能抓到的话应该值不少钱。塔姬妲兴奋地搓起手掌，打算捕捉从甲板溜到了船内的龙。然而，就在她怎么都找不到的时候，吉布斯被袭击而受伤了。事态一下子变得严重起来，将所有船员卷入其中。

虽说是捕龙船，但也不是只有跟龙战斗而已。观测空中状况也是平时的任务。在瞭望台值班的吉洛通过观测气象发现了云层的可疑走向。而没不值班的人根本不知道这件事，有的正赌在兴头，有的醉的一塌糊涂，有的正在熏制快过期的龙肉，都非常随心所欲。然而，船长和会计却在饶头抱怨。原来是他们再捕不到龙就要破产了！而且就跟吉洛想象的一样，船的前方有一个伴随着风暴的巨大乌云在等着他们。

塔姬妲偶然发现了一张纸。上面画着睡着了的瓦娜贝尔的香艳姿态。想要画出这种画面岂不是要偷溜到女生寝室才行……太下流了！她们根据证据物件锁定了三名犯罪嫌疑人。虽然是船员们闹着玩地提供证词锁定了犯人，但是瓦娜贝尔本人认为这种骚动没有意义，并陷入了沉思。就在这时，一条中型龙突然出现。在战斗过程中，瓦娜贝尔从米卡的战斗身姿中回想起来了……

即将要到大城市去补给物资，昆·扎扎号的船员们都很高兴。最近一段时间内他们都捕不到龙，航行中唯一的乐趣——吃饭也变得十分寒酸，船员们身心都十分疲惫。虽然很在意赚的很少，但是这次降落到地面的休息还是让他们很高兴。然而，当他们发现海上有货轮发出求救信号后，事态逐渐变得严重。正当昆·扎扎号打算去救助货轮的时候，一艘飞船突然出现，而船上的人是空中海盗。

为了补给物资以及进行船舶的修理，昆·扎扎号降落到了库恩市。为此感到兴奋的船员们大都在陆地上享受酒馆等娱乐设施。米卡有点担心太过于专注在对龙进行解剖这一件事上的塔姬妲，与她一同前往城市的中心区。然后，他们拜访了专门以龙的解剖、加工为生的名为“千剖士”的家族。与此同时，昆·扎扎号的船员在酒馆与其他捕龙人发生冲突而打了起来。吉洛在这场骚动中，认识了一位名为卡恰的可爱少女。

库恩市的和平在一瞬间就消失了。飞船所托拽回来的大型龙，本应在毒的作用下死掉了的，没想到却突然苏醒，在市区中大闹起来。释放的高温激光，所到之处燃起大火，身上的伤痛让大型龙巨大的身躯把周围街区变成了废墟。停留的飞船大都逃离了市区，城市居民却无处可逃。就在昆·扎扎号还在犹豫不决的时候，吉洛决定拯救这座城市。在这份热情和米卡的食欲作用下，捕龙人逐渐参与到行动中。可是，大型龙的力量远不止这种程度。

组合了空中和陆地进行攻击的捕获作战并没有顺利进行，城市仍燃烧在一片火海中。看到遭受大型龙攻击而变为废墟的卡恰所在的青楼，吉洛无法掩饰自己的惊讶。就在他呆立不动的时候，受伤的大型龙在进一步扩大灾区的范围。这样下去的话，烈火蔓延到制油工厂也是时间上的问题。在这种情况下，吉洛好像灵光一闪，再次向大型龙发起挑战。

大型龙的解剖工作开始了。在这附近，库恩市的人们全体出动给灾民煮饭吃。原定的祭典也中止了，他们大量使用了为此准备好的食材，因此考验厨师能力的时刻到来了。作为库恩市的特色料理的“炖菜”，每个居民家庭都有自己独特的味道，现场也随之变得有点像料理对决的气氛。然而，快乐的时光并不能永远持续下去。第二天早上，昆·扎扎号马上就要回到天上。而此时，吉洛的决定是……

离开库恩市的昆·扎扎号的下一个目的地是“龙之回廊”这一特别的地方。为了到达目的地，必须要在山岳地带的悬崖之间飞行，乘上强烈的上升气流，穿过厚厚的云层。而昆·扎扎号顺利完成了危险的飞行，并预料之中遇到了正在回游迁徙的渡龙群。然而，在捕龙过程中，塔姬妲和猎物一起，从船的甲板掉到了谷底……

相信从船上掉下来的塔姬妲仍平安无事，昆·扎扎号的伙伴们正在继续搜索。而塔姬妲被名为亚斯凯拉的猎人少女所救，并将她和捡到的小龙带回了自己的露营地。虽然已经没有生命危险，但是塔姬妲身体状况还是不太好，也完全想不到回到船上的方法。然而，塔姬妲比起自身存在的状况，更在意不愿意进食，逐渐衰弱的小龙。

受火山喷发的影响，周围出现了大量“迁徙”的渡龙群。各种各样的龙混杂在一起，其中还有吃着同类的龙。在如此壮观的景象面前，米卡、瓦娜贝尔等昆·扎扎号的所有船员，一边发挥各自的作用，一边全身心地表现出作为捕龙人的生存方式。看到这一幕的塔姬妲也下定决心，她背着小龙，打算完成捕龙人所应做的事。