먼 미래, 미지의 생물 '가돌'의 침공으로 절멸 직전에 내몰린 인류는 이동 요새 '데카당스' 내부에서 생활하면서 필사의 저항을 계속하고 있었다. 어릴 적부터 전사들을 동경하며 자란 소녀 나츠메는 현실주의자에 무기력한 장갑 수리인 카부라기의 옆으로 배속되어 청소에 쫓기는 나날을 보낸다. 그러던 어느 날 작업 중에 '가돌'과의 전투에 휘말려버린 나츠메가 본 광경은. 차례차례로 '가돌'을 쓰러트리는 카부라기의 모습이었는데.

카부라기에게 '가돌'과의 전투 방법을 배우는 나츠메. 한때 일류전사였던 카부라기의 엄격한 특훈에도 굴하지 않고 나츠메의 실력은 단기간에 비약적으로 성장하는데.

도망친 파이프를 쫓아서 전장에 뛰어든 나츠메는 처음으로 '가돌'과 싸우게 된다. 처음엔 패닉에 빠지는 나츠메였지만 곧 카부라기의 가르침을 떠올리는데.

실드를 돌파해서 '가돌'공장 잠입에 성공한 카부라기와 나츠메. 하지만 그곳에서 일행을 배신한 터키의 밀고로 일행을 기다리고 있던 후긴과 무닌을 맞닥뜨리는데.