遥か未来、未知の生物《ガドル》の侵攻によって絶滅寸前へと追いやられた人類は、移動要塞《デカダンス》内部で暮らしつつ、必死の抵抗を続けていた。幼い頃から戦士に憧れて育った少女・ナツメは、現実主義者で無気力な装甲修理人・カブラギの元へと配属され、清掃に追われる日々を送る。そんなある日、作業中に《ガドル》との戦闘に巻き込まれてしまったナツメが見た光景は、次々と《ガドル》を倒していくカブラギの姿だった。

凄まじい力で《ガドル》たちを倒すカブラギと、生まれて初めて体験する戦場に放心状態のナツメ。その一方で、ナツメたち人類には隠された世界の正体が明らかになり……。

カブラギの指導により、《ガドル》との戦い方を学んでいくナツメ。かつて一流の戦士だったカブラギの厳しい特訓にもめげず、ナツメは短期間で飛躍的な成長を遂げていく。

逃げ出したパイプを追って戦場へと飛び込んだナツメは、初めて《ガドル》と戦うことに。最初こそパニックに陥るナツメだったが、すぐにカブラギの教えを思い出し……。

必敗の戦いが幕を上げる。”かの力”の戦士らとともに出撃するナツメだが、チート級の《ガドル》の前に手も足も出ない。そんな絶体絶命のピンチを、カブラギが救う。

《ゲーム警察》に捕まったカブラギは、バグ認定されたサイボーグが収容されるバグ矯正施設へと送られる。 そこで再会したのはバランサー時代の僚友、ドナテロとターキーだった。

ナツメに会うためにデカダンスへとログインするカブラギ。しかしそこは激しい戦場となり、ついにタンカーたちの居住区まで《ガドル》の侵入を許してしまう。

ドナテロたちの協力を取り付けたカブラギは、《ガドル》工場破壊のために再びデカダンスへとログインする。しかし警戒を強める《ゲーム警察》が立ちふさがって……。

シールドを突破し、《ガドル》工場への潜入に成功したカブラギとナツメ。ところがターキーの裏切りにより、そこには《ゲーム警察》のフギンとムニンが待ち構えていた。

すべての《ガドル》が死んでいくなか、デカダンスの正体を知ったナツメは大きなショックを受ける。カブラギはさらに《システム》自体のシャットダウンを試みるが……。

《ゲーム警察》に襲われ、間一髪のところでカブラギに救われたナツメ。しかし新たに出現した《ガドル》とデカダンスの激しい戦闘が始まり、再び総力戦へと突入することに。