在遥远的未来，因为未知生物《葛多尔》的侵略而被逼入灭亡绝境的人类打造出移动要塞《DECA-DENCE》，并且在里面生活，拼命地进行抵抗。从小就向往成为战士的少女夏芽被分发到成日死气沉沉的现实主义者装甲修理人镝木底下工作，每天都忙着在打扫。有一天，夏芽在工作时被卷入了与《葛多尔》之间的战斗中。这时出现在夏芽眼前的，是将《葛多尔》接二连三打倒的镝木战斗的模样。

镝木展现出惊人的力量，并且击败了成群的《葛多尔》，而有生以来第一次亲身体验战场震撼的夏芽也不禁陷入了脱力状态。另一方面，不为夏芽这些人类所知的这个世界的真面目也即将揭晓……

在镝木的指导下，夏芽渐渐学会了与葛多尔作战的方式。不畏过去曾经是一流战士的镝木的严格训练，夏芽在短时间内出现了飞跃性的成长。

夏芽为了追回逃走的管子奔向了战场，并且和葛多尔展开了第一次的作战。虽然夏芽一开始陷入了混乱，但她立刻回想起镝木的教诲……

没有胜算的必败之战揭开了序幕。夏芽与「至高之力」的战士们共同展开出击，但面对作弊级的葛多尔根本毫无招架之力。正当众人陷入绝境之际，连忙赶到的镝木伸出了援手。

镝木遭到了游戏警察的逮捕，并被送往收容被认定为错误的生化人的错误矫正设施中。他在那里与过去调整者时代的僚友多纳太罗和达基重逢了。

镝木为了与夏芽见面而登入DECA-DENCE的游戏，然而出现在眼前的却是战况激烈的战场。如今葛多尔已经入侵至油轮们居住的地区。

镝木取得了多纳太罗等人的协助，并为了破坏葛多尔的工厂再次登入DECA-DENCE。然而强化戒备的游戏警察却阻挡了去路……

镝木和夏芽突破了防护罩、成功潜入至葛多尔的工厂内。然而因为背叛者达基的密告，游戏警察普金与姆宁早已在那里等待他们两人的到来。

所有的葛多尔开始渐渐死去，夏芽在得知DECA-DENCE的真相后受到了巨大的打击。而镝木更打算要进一步关闭掉整个系统，然而…

DECA-DENCE与超巨大的葛多尔展开了最终决战。正当DECA-DENCE因为火力不足而陷入劣势时，多纳太罗等游戏玩家们开始纷纷现身。