異形との戦争に敗れた人間が姿を消した世界で、人間を探して旅をするゴーレムと人間の子供ソマリ。旅の途中で立ち寄る街の人々は、本来森から出ることのないゴーレムの来訪に驚く。一方、好奇心旺盛なソマリは新しい街に夢中になり、ゴーレムとはぐれてしまう。

旅の途中で怪我をしてしまったソマリは、森の中で小鬼の薬師シズノに出会う。

シズノの助手・ヤバシラと共に住まう家に招かれ、手当てを受けるソマリ。ゴーレムは今後の旅に備えて薬作りを教えてほしいとシズノに頼む。

路銀を稼ぐため、アリの穴街にあるコキリラの店で働くことになったゴーレム。脇目もふらず仕事に励むゴーレムに、旅を早く終わらせようとしているのではないかと不安になるソマリ。コキリラの息子・キキーラは、ソマリを元気づける為に地下世界へと連れていく。

サカズキの村でゴーレムとソマリはウゾイとハイトラに出会う。ハイトラの病を治す薬を探して旅を続けているウゾイとハイトラ。ソマリが人間であると気づいたウゾイは、同じ人間であるソマリの血であればハイトラを救えるかもしれないと考え、共に砂漠越えをしようと提案する。

ハイトラの病気を治す為にソマリを襲うウゾイ。しかし心の優しいウゾイにソマリを傷つけることはできなかった。その夜、ハイトラはゴーレムに重大な秘密を打ち明ける。偶然起きていたウゾイは真実を知ってしまいハイトラを拒絶する。

共に砂漠を超えるゴーレムとウゾイたち。旅の中でゴーレムは旅の目的をハイトラに明かす。砂漠の果てでウゾイたちと別れた後、ゴーレムとソマリは魔女の村へ向かう。魔女印図書館に人間のことを記した本『ハライソの伝記』があることを知った２人は、司書のヘイゼルと共に本を探す。

『ハライソの伝記』の著者である館長に会う為に魔女印図書館の深部に侵入するゴーレムとソマリ。図書館最深部にたどり着いた2人は年老いた魔女イゾルダに出会う。イゾルダによって、ハライソと呼ばれるゴーレムに守られた人間の村の物語が語られる。

最果ての地を目指し、旅を続けるゴーレムとソマリ。その途中で雨に降られキャンディバオムの木ツツキ小屋で雨宿りをする。寝る前に木ツツキの残した料理の書付けを見つけたソマリは、ゴーレムの手作りご飯が食べたいとせがむ。食事の後、懐かしい友人が木ツツキ小屋に訪れる。

雪ワタリが終わるまでアリシギの村はずれの小屋で過ごすことになったソマリたち。用心棒の仕事に出かけるゴーレムとヤバシラを見送るソマリとシズノ。留守番の間にソマリはゴーレムにプレゼントを作ることを考える。しかし何を作るかなかなか決められず……。

ローザおばさんの力を借りてフィタの組み紐を編み上げたソマリ。帰ってきたゴーレムにプレゼントすると、ゴーレムもまたソマリへの贈り物としてフィタの組み紐を買ってきていた。通い合う心が嬉しいソマリ。その夜、人狩りたちが小屋に近づいてきて……。

人狩りにソマリを襲われ暴走してしまうゴーレム。逃げ惑う人狩りたちを襲うゴーレムを、身を挺して止めようとするヤバシラ。しかし暴走で意志を失ったゴーレムは容赦なくヤバシラを攻撃する。ソマリはお互いの絆を信じてゴーレムの目前に立ちはだかる。