突然、世界中で天変地異が始まり、妖魔帝国が蘇った。すると、ひびき洸の心に謎の声が響き、導かれるまま海に出る。そこへドローメとガンテが襲う。危機に見舞われた洸を救ったのは黄金の巨像・ライディーンだった。

妖魔帝国の支配者であるバラオの息子、プリンス・シャーキンはバラオ像に悪魔の時代の完成を誓う。洸は妖魔帝国と戦うためライディーンに再びフェードインし、必殺技・ゴッドゴーガンで化石獣バストドンを退けた。

シャーキンはムートロンの謎を解明するため、石化して洞窟にとらえていた洸の父・一郎を訪ねるが、シャーキンに対して一郎は沈黙を守る。一方、鋼鉄獣ガーダと戦闘中の洸は、ライディーンに苦戦を強いられていた。

未来工学研究所は電子工学の権威・猿丸を迎え、海上基地ムトロポリスを建設していた。洸はゴッドバードに変形するための訓練に必死だった。一方、桜野マリは神面岩で見つかった不思議な石を調べるため東京へ向かう。

超音獣ビイラは強力な音波でライディーンを苦しめるが、ブルーガーの活躍で洸は救われる。また、猿丸の進言でムトロポリスを集音器にした音波攻撃と、ライディーンの念動光線ゴッドアルファでビイラを蹴散らすが…。

ライディーンは化石獣トータスを退けるが、洸は力を使い果たす。その間に洸のバイク、スパーカーを持ち出して洸にけがを負わせてしまった荒磯ダンは、責任を感じてレッド団の面々と自作のメカで出撃する。

サッカーの試合中に現れた化石獣スカール。ブルーガーで出撃した麗によって砕け散るが、無数の破片になっても合体してしまうスカールはドリルで街を破壊し、ライディーンを包み込んでエネルギーを吸収した。

ドローメに乗っ取られたジャンボ機にはムートロン研究で有名なスチーブ博士が乗っていた。アギャール将軍は博士の娘・ジャクリーヌを人質に取り、協力を迫る。一方、麗は洸の元に漂着した博士を不審に思い…。

洸とマリの前に怪しげな雰囲気を持つ転校生・砂場金吾が現れ、洸を挑発してサッカーの勝負をする。砂場は次々とシュートを決め、洸は目を傷めてしまう。実は砂場はシャーキンの仮の姿で、洸の実力を試したのだった。

人間同士を戦わせることを考えたシャーキンは化石人を造ろうとする。深夜のムトロポリスに麗の昔の暴走族仲間・ジャガーが現れ、麗を連れ出す。現れた洸は麗を助け、嫉妬に燃えるジャガーをシャーキンが連れ去った。

ダムへ誘い出されたライディーンは必死にダムを守ろうとするが破壊されてしまう。さらに、ライディーンに瓜二つの化石獣ギルディーンが暴れて街を破壊したため、人々の怒りはライディーンに向けられた。

パトロール中のブルーガーにこっそりコッペが乗り込んでいた。火球獣アルガンドスに襲われたブルーガーは火山島に不時着。コッペを捜すライディーンは、噴火する火山の中から現れたアルガンドスに襲われる。

スパーカーで疾走中の洸が妖魔軍団に襲われている女性・リディアを助ける。彼女は消息不明の洸の母の写真を持っていた。母の行方を知りたい洸は、邪魔をする化石獣シュラガを撃退し、リディアにペンダントを贈る。

化石獣ダアクルが港を襲った。ライディーンの攻撃は怪光線に消され、ライディーンの腕は光線によって腐食してしまう。洸が富士山麓の大氷穴に避難したところ、ムートロンの力でライディーンの腕は自然に治っていた。

化石獣ダイヤンがライディーンに敗れ去る。しかし、その頭部にダイヤの牙を加えて復活し、ダンたちのメカ作りに付き合っていた洸に襲い掛かる。そしてダイヤンの牙がライディーンのボディーに食い込み…。

豪華客船に乗ろうとする洸たちは車椅子の少女・ユカに切符を譲るが、その後船を乗っ取ったアギャールが時限爆弾を仕掛け、船をコンビナートへ体当たりさせようとする。フェードインした洸は船へと急いだ。

斧を装備した化石獣ゴーレモンには、アギャール将軍が直接乗り込んでいた。ライディーンはゴッドバードにチェンジするが急所が見当たらない。突撃して粉砕したが、とどめを刺せなかったためゴーレモンは復元する。

アギャール将軍はこれまでライディーンを倒せなかった罪を問われ処刑されようとしていた。最後のチャンスを与えられたアギャールは一計を案じ、臨海学園の校長室に入り込み、洸に助けを乞う。洸はわなにはまり…。

史上最大のゴリラ、グレートゴングが逃走した。ゴングは捕まったが、その体は傷だらけだった。同情したマリは傷の手当てをするが、その後ゴングは妖魔帝国にさらわれ、巨獣ゴンガーとなって街を襲う。

突然ドローメに襲われた洸は、シャーキンからの手紙を発見する。それはアギャール将軍の葬儀の招待状だった。約束通り教会に行くとガンテが棺を運んでくるが、その中から現れたのはダルダン提督だった。

恐竜ティラノザウルスが翼を与えられ、ムチールとして蘇った。戦うライディーンは光の輪に囲まれ、パワーが弱って海へ墜落し、意識を失う。洸はガンテにとらわれ、ダルダンはムートロンの引き渡しを要求する。

神面岩が妖魔人たちから攻撃されたため、洸は急行する。化石獣コンドルンの妨害にもめげずフェードインするが、ダルダンの操るゴーガーとコンドルンの挟み撃ちに遭って倒せない。ドローメは再び神面岩を襲い…。

ダルダンはライディーンの姿を盗み撮りしたフィルムを分析して化石獣・鎌ギラーを作り上げ、ライディーンを危機に陥れる。一方、ムトロポリスと神面岩がドローメに襲われ、ダンたちはボインダーで妖魔軍団と戦う。

吹雪と共に街を襲う化石獣キバコンゴ。長い牙でライディーンが襲撃され、洸はゴッドバードにチェンジして逃れるが、シャーキンはダルダンが撮影していた写真を元に、ゴッドバードを捕らえて砕く悪魔装置を作り…。

妖魔軍団が洸暗殺の命を受けて襲い掛かり、洸は視力を奪われてしまう。街には灼熱獣モドロスが現れ、洸はマリに頼んでスパーカーの操縦を任せてフェードイン。異常を察知したダルダンはモドロスを背後に回させる。

化石獣が次々と現れた。ダルダンに操られているダンにだまされ、洸たちは地底に生き埋めにされてしまう。知らせを受けたブルーガーが突破口を開き、洸は化石獣たちに包囲されたムトロポリスを救うため出撃する。

シャーキンが妖魔通信を洸の元へ送る。そこには、火山島の十字架にはりつけにされた父・一郎の姿があった。ライディーンは島に待ち受けていたダルダン提督を倒し、巨大化したシャーキンとの一騎打ちが始まる。

バラオが豪雷巨烈と激怒巨烈の兄弟を呼んだ。そして、洸の元に豪雷の巨烈獣コーカツが襲い掛かる。数々の武器を使いこなすコーカツに対して洸は反撃に転じるが、それたコーカツのミサイルが神面岩の地底を直撃する。

激怒の巨烈獣レーザルと対峙したブルーガーの神宮寺は怪光線を照射され、一時的に視力を失ってしまい、洸も同じ光線で目をやられてしまった。ブルーガーの必死の活躍で何とか逃れたものの、ダメージは大きかった。

孤独な洸に母のぬくもりを味わってもらおうと、レッド団はダンの母親を連れて来た。しかし、敵のガンマーがそれを狙い撃ちし、ライディーンと洸は彼らをかばって右肩に重傷を負う。さらに右腕を執拗に狙われ…。

麗が去ったコープランダー隊は神宮寺が1人で出撃する。マリがブルーガーにこっそり乗り込んでいたが、足手まといにしかならない。やがてライディーンは巨烈獣テツダンによって絶体絶命のピンチに追い込まれる。

ムートロン受信装置を作る猿丸の両親が故郷から訪ねてくることに。両親の乗った汽車が通る街を巨烈獣ドライガーが襲い、両親は助かったものの、ドライガーのミサイルがライディーンの心臓部に食い込んでしまった。

怪力を持つ巨烈獣クラッシュをライディーンが破壊したが、その破片は消えていた。その様子を見に行ったアッちゃんに謎の影が迫る。一方、猿丸はうなされるアッちゃんの夢から11人のロボットを見つけ出した。

サッカー部の練習を応援に来たレッド団の母親たちの姿を前に、洸は母への思いをかきたてられていた。そんな時、車にはねられた洸は通りすがりの女性に助けられる。洸は彼女との団欒に安らぎを感じていた。

激怒巨烈はバラオの命令を無視してサラマンダーで出撃した。洸は炎熱とライディーンに食い込むウロコに苦戦する。猿丸は、サラマンダーにはどんなものでもエネルギーに変えてしまう装置が付いていると推察した。

記憶喪失の転校生・岬百合香は洸を慕うようになっていく。そんな中、現れる巨烈獣マダンガーはいくら倒しても復活する。その心臓は百合香の体内に埋め込まれていた。百合香の秘密を知った洸は戦えなくなってしまう。

世界グランプリレースに出場することになった洸は、ウルフ西城との勝負を楽しみにしていたが、ウルフは妹を人質に取られ、妖魔軍団への協力を強要されていた。レース当日、ウルフが巨烈獣に乗って攻撃してきた。

いつも戦いの足を引っ張ってばかりいるレッド団は東山所長に叱られ、ボインダーの出動を禁じられていた。そこへ現れる巨烈獣ダングスは、周囲の建物を体に取り込んでパワーの源にする恐ろしい相手だった。

ロボット競争に参加したボインダーは巨烈獣ギガールに襲われ、アッちゃんが人質に取られてしまう。激怒はアッちゃんと引きかえに洸に1対1の勝負を挑むが、フェードアウトした隙にライディーンをさらってしまう。

ムトロポリスが正月を迎え、久しぶりの休暇を楽しむ洸たちは、のすけの家で百人一首を見学していた。そこへジェットクロスが出現し、柔らかい装甲をライディーンの武器に巻きつけて爆破してしまう。

巨烈兄弟の巨烈獣の力が互角と見たバラオは2体を合体させ、合体獣ガードンをライディーンにぶつけた。あまりの巨大さにライディーンも容易に手が出せない。ライディーンは大原山の火口に落とされ、洸は気を失う。

猿丸が新たな武器を装着しようとしたが、ライディーンは受け付けない。そのため合体獣サンドキラーとは既存の武器で戦うしかない。その時、コンピューターがライディーンに隠された兵器の存在を教えるが…。

激怒のキバマタと豪雷のビガーダがムトロポリスに迫るが、兄弟の仲間割れによってキバマタは引き上げた。激怒がキバマタを修理している間に、豪雷のビガーダがライディーンを髪でからめ取り、凍らせてしまう。

ムーの紋章が記された空飛ぶ帆船が日本を目指していた。バラオはムートロンを求めて合体獣を出動させる。ムートロンエネルギーを解放するにはライディーン、ラムーの星、そして母・レムリアの念動力が必要だった。

ムーの歴史を知る洸。1万2千年前、ムー帝国はムートロンを狙う妖魔の襲撃を受けたのだ。王・ラムーはバラオが蘇る日のために娘・レムリアを人工冬眠させ、ライディーンをピラミッドへ、ラムーの星を南海へ封じた。

レムリアは神面岩の地底のムートロンを解放するため、ラムーの星を目覚めさせた。バリアを張った船はラムーの星を積み込んだが、激怒のメカガンテに捕まる。ライディーンは激怒を倒し、メカガンテから母を救出した。

豪雷の指揮の下、最後の総力戦を仕掛けてきた。3体の巨烈獣をゴッドボイスで破壊したが、洸もライディーンも傷ついてもはや動けない。ついに、豪雷自ら巨大化し、巨烈獣バンガーとなって襲い掛かる。

バラオは鋼より強い自分の爪と髪から、守り竜バラゴーンを生み出しムトロポリスをこじ開け、人々を倒していく。神宮時は大型ミサイルをブルーガーに積み込み、単身バラゴーンの体内に飛び込んで自爆した。

母にラムーの星を使わせまいと、洸はライディーンに乗り込んだ。しかし、バラオの吐く炎にはいかなる武器も通用せず、ついにレムリアはラムーの星を呼ぶ。母はライディーンにムートロンの力を与え、力尽きる。