L'histoire débute en 2014 aux côtés de Natsume Akira, un adolescent ordinaire qui semble avoir du mal avec les réseaux sociaux et les nouvelles technologies. Un jour, il décide de changer pour avoir une petite amie, comme son grand frère. Cependant, il décède subitement dans un accident, percuté par un camion. Son cerveau a été la seule chose qu'ils ont pu récupérer et sauver après son accident.

Seize années plus tard, la policière Minami Uezono et sa coéquipière androïde Alma récupèrent et activent une IA hautement perfectionnée ainsi qu'une super-arme nommée EX-ARM. Il s'avère que cette fameuse IA est en réalité le cerveau d'Akira ! Ainsi, lorsqu'il transfère sa conscience dans un androïde, ce système lui permet d'utiliser des pouvoirs surnaturels.

Akira va dont être forcé de coopérer, malgré lui, avec la la division spéciale de la police gérant la criminalité des androïdes pour pouvoir retrouver ses souvenirs ainsi que son corps.