Es el período Edo. Rin, hija de un dojo de artes marciales, se embarca en una travesía para vengarse por el asesinato de sus padres. Como guardaespaldas ha elegido al hombre inmortal Manji, apodado el Asesino de Cientos. Su objetivo es Kagehisa Anotsu, cabeza del Ittou-ryu, el hombre al cual ella odia. Empieza la aventura del hombre que nunca muere y la chica que ha jurado vivir para la venganza.

Rin anuncia que irá a encontrarse con Souri, el pintor amigo de su padre, en su camino de venganza. Souri no puede ayudarle, pero intenta darle fondos. Rin, ahora con una cartera llena y sin pistas, encuentra la espada de su padre en la herrería de donde supuestamente había sido robada. Sin embargo, su portador es un espadachín del Ittou-ryu, Taito Magatsu.

Una prostituta se acerca a Manji mientras él espera por Rin. Aunque a Manji no lo engaña el ardid de la prostituta, acepta su invitación. Pero esta mujer, Makie Otonotachibana, parece ser demasiado débil para ser una guerrera del Ittou-ryu, como afirma ser. Luego de perdonar la vida de Makie, ella aparece frente a Manji nuevamente, con nuevos ojos y cabello.

Intentando fortalecerse, Rin recibe entrenamiento de Manji, pero aún le falta mucho para igualarlo en habilidad, y mucho más para acercarse al Ittou-ryu. Rin, en su melancolía, es atraída por un sonido y encuentra a un hombre entrenando por su cuenta. "Algún día seré como él", se dice Rin, y luego queda estupefacta al ver el rostro del hombre. Es su gran enemigo, el líder del Ittou-ryu, Kagehisa Anotsu.

Luego de ver a Kagehisa, Rin se siente desfallecer. Mientras sigue perdida en sus pensamientos acerca de sus circunstancias, a Rin y su guardia Manji se les acerca un monje budista. El monje es Eiku Shizuma, del Ittou-ryu. Él pelea con Manji pero es cortado rápidamente. Sin embargo, pese al golpe letal, Shizuma vuelve a levantarse, con su herida sanándose por completo. Shizuma posee un cuerpo inmortal, igual que Manji.

Rin, quien ha ido a ver el festival, conoce a un niño descarado de nombre Renzou. En la tienda de máscaras, las cosas se ponen peligrosas entre Manji y Araya, hasta que Renzou, el hijo de Araya, aparece y se disuelve la hostilidad. Habiendo visto a Manji desde atrás, por alguna razón Rin continúa observando a Araya con ojos llenos de conmoción y odio.

Han empezado las discusiones acerca de nombrar al instructor en la escuela del Ittou-ryu, asignado por el shogunato. Van a hacer que la espada del Ittou-ryu sea conocida para el mundo. Taito Magatsu jura hacer eso realidad, pero decide irse del lado de Kagehisa Anotsu. Al mismo tiempo, los líderes del Ittou-ryu empiezan a ser buscados como objetivos. La punta de la espada también apunta a Magatsu.

Manji y Rin involucran a los cuatro conocidos como Mugai-ryu, quienes tienen información sobre Kagehisa para poder asesinarlo. Esperando en la ruta que conduce hacia fuera de Edo, basándose en información solo conocida por Rin, ella y Shira se acercan a Kagehisa mientras intenta escapar de los demás.

Giichi le hizo saber a Rin el paradero de Kagehisa, y ahora se sospecha de ella y de Manji por asesinato indiscriminado. Quienes son sospechosos de crímenes no pueden pasar el control. Pero gracias a la empleada que era conocida de Rin, ella tiene una contramedida. Ella va sola a una aldea que puede ayudarle a escabullirse a través del control.

Manji quiere ir tras Rin, pero no tiene pase. Es entonces cuando Souri y Magatsu aparecen ante él. Souri le dice a Manji que puede adquirir tantos pases como quiera, pero hay una condición. Mientras tanto, Shira, con el cabello gris y un solo brazo, se presenta ante Hyakurin y Shinriji mientras vuelven a idear un plan para asesinar a Kagehisa.

Habiéndose convertido en compañeros de viaje por el bien de sus objetivos, Manji y Magatsu son asaltados por un grupo de hombres calvos. Shira se le acerca por detrás a Manji, mientras está gruñendo de dolor, y le corta un brazo. Shira ha reconstruido su cuerpo, y desea tener una revancha con Manji. Pero ahora Magatsu, cuya mujer fue asesinada por Shira, se pone en su camino.

Habiendo dejado Kaga en persecución de Kagehisa, Rin es rescatada de su colapso por el propio Kagehisa. Entonces, teniendo que cooperar con él, que es perseguido por el Shingoto-ryu, Rin empieza a ver a Kagehisa, su enemigo, como un ser humano.

Los miembros del Ittou-ryu han sido asesinados por el shogunato. Kagehisa reúne a los miembros restantes en secreto, y planea vengarse de sus atacantes. Manji recibe una invitación de Giichi para unirse al Mugai-ryu, pero se niega, y cruzan espadas. El arma de Giichi se rompe, así que se declara una tregua. Manji decide reunirse con la cabeza del Mugai-ryu, Habaki.

El ardid de Habaki hace que Manji termine atrapado en un calabozo. Habaki usa a un doctor, Burando Ayame, para intentar resolver el misterio de la inmortalidad. Por el bien del avance de la medicina, Burando hunde un bisturí en el cuerpo de Manji. Mientras tanto, esperando el regreso de Manji, Rin se ve en una extraña cohabitación con Doua e Isaku, quienes habían estado buscando un lugar donde quedarse.

Burando tiene éxito al transplantar el brazo izquierdo de Manji al cuerpo de prueba de Dewanosuke. Con ese punto de partida, más pruebas son exitosas. Habaki presiona a Burando, exigiendo resultados. La espada de Habaki se acerca a Dewanosuke, imperfectamente inmortalizado. Rin se encuentra con Doua e Isaku en la calle mientras busca a Manji. Es entonces cuando se acerca el oficial al que Doua había derribado.

Desde el incidente con Dewanosuke, Burante ha seguido cometiendo errores. Por fin Habaki lo encierra en confinamiento solitario, y pierde la razón. Como resultado de su locura, Burando descubre algo importante acerca de los experimentos de inmortalidad: que los humanos son básicamente nutrias. Mientras tanto, Rin y Doua deciden infiltrarse en el Castillo Edo para rescatar a Manji e Isaku.

Manji y Rin finalmente se reúnen, pero un formidable enemigo creado por Habaki les bloquea el escape del calabozo. Es entonces cuando Doa y el presuntamente muerto Isaku llegan como refuerzos. Cuando están por escapar, una persona inesperada aparece frente a Rin y Manji. Es entonces que llega a verse la respuesta a la que ha llegado Burando como resultado de sus experimentos.

Luego de su fracaso en el Castillo Edo, Habaki es despedido como empleado principal. Aun así, para aniquilar al Ittou-ryu, se dirige al Rokki-dan con la idea de subyugarlo. Sin embargo, su reemplazante, Ugen, decide que el Ittou-ryu, al haber dejado Edo, se encuentra ya libre de problemas. No solo eso, sino que, para asegurar el acuerdo, la esposa y los hijos de Habaki son tomados como rehenes.

El Ittou-ryu es perseguido por el Rokki-dan, liderado por Habaki. Al escuchar esto, Rin y Manji deciden sumarse a la persecución. Incluso con todas esas personas saliendo de Edo en su búsqueda, los cuatro líderes asignados por Kagehisa Anotsu no pueden ser hallados. En entonces, a primeras horas de la mañana, que Kagehisa y los otros tres aparecen en el Ootemon frente al Castillo Edo.

Rin y Manji van tras Kagehisa, pero Shira los ataca y Rin es capturada. Manji va a rescatarla y encuentra no solo a Shira, sino también a Renzou. Manji pelea con Shira para rescatar a Rin, pero lo que deja pasmado a Manji es el brazo izquierdo de Shira, el que debería haber perdido.

Manji está herido tras su duelo con Shira. Renzou toma una espada e intenta matar a Manji, pero Rin y los demás lo convencen de detenerse. Mientras tanto, Habaki está furioso al enterarse del ataque al castillo Edo. Habaki quiere perseguir al Ittou-ryu, incluso en ausencia de su líder. Como resultado, un miembtro del Ittou-ryu entra a una aldea en una montaña. La hija de Habaki, Ryou, intenta someterlo para serle útil a su padre.

Arashino, Hasshuu y Murasaki del Rokki-dan van a la vanguardia en el enfrentamiento contra el Ittou-ryu. Abayama consigue escapar con la ayuda de sus seguidores, pero luego tiene que enfrentarse a Giichi y Hyakurin, quienes lo persiguieron para ayudar a Habaki.

El Ittou-ryu, Rokki-dan, Manji y Rin se reúnen en Nakaminato, como si los hubieran guiado allí. Todos llevan sus propios motivos en sus espadas al momento de empezar la última pelea a muerte. Engaños, sometimientos y danza en el caos. Volarán chispas en la batalla decisiva entre los más fuertes.