Madelyn se rend à l’aéroport J.F.K. à New York pour y prendre un avion pour Londres. Mais l’avion disparaît au-dessus de l’Atlantique et n’arrivera jamais à destination. Kendra est missionnée par le TSIB, le bureau de la sécurité et des enquêtes aériennes, pour enquêter sur la disparition du vol BGA 716. Les proches des disparus, y compris Derek le père de Madelyn, et Ali son fiancé, se rendent à l’aéroport d’Heathrow pour essayer d’en savoir plus.

Madelyn a été miraculeusement retrouvée sur un canot de sauvetage. Elle est gravement blessée mais vivante. Derek et Ali courent à son chevet. Le fait qu’elle soit la seule survivante, alors qu’il n’y a pas d’épave ni de débris, poussent Kendra et ses collègues à se poser des questions : Madelyn est-elle victime ou suspecte ?

L’équipe de Kendra continue de mener l’enquête mais aucune piste ne semble mener à des éléments concrets, jusqu’à ce qu’un collègue de Richard Donovan vienne apporter son témoignage. De plus, Levi fait une découverte intéressante sur ce dernier, ce qui fait du pilote le suspect numéro un de l’enquête. Kendra essaie d’obtenir des informations de Madelyn mais la jeune femme n’arrive à prononcer qu’un nom : Mosis.

Kendra interroge Madelyn Strong, qui révèle plusieurs détails permettant de faire avancer l’enquête. L’hypothèse du suicide du pilote semble se préciser, mais sans les boîtes noires, impossible de la confirmer. Kendra veut se tourner vers Bartok, qui a le matériel nécessaire pour retrouver les enregistreurs de vol. Dom cherche à savoir ce qui est arrivé à Derek Strong. A.J. rejoint un groupe d’anarchistes et, grâce à ses talents de hacker, fait une découverte surprenante sur Janet.

A.J. est à l’hôpital après avoir été renversé par une voiture. À son réveil, il révèle de sombres découvertes à Kendra, contenues sur son ordinateur. C'est une vidéo que Kendra s'empresse de visionner sans se douter qu'elle se met à ce moment en danger en découvrant la vérité : les alliés d'hier deviennent les ennemis de demain. En parallèle, l'enquête doit avancer, Kendra et son équipe vont faire appel à un allié surprenant pour tenter de récupérer à tout prix les précieuses boîtes noires de l'épave.

Les boîtes noires révèlent de nouveaux indices qui semblent indiquer qu’Hassan Esmaili est responsable du crash du vol 716. Kendra et son équipe continuent d’enquêter sur Daniel Hoffman à l’insu d’Howard mais se heurtent à Janet, déterminée à enterrer la vérité pour protéger les intérêts de BGA. Kendra a un plan pour forcer Howard et Moreau à révéler ce qu’il s’est vraiment passé sur le vol.

Kendra Malley a été missionnée par la F.T.S.A. pour enquêter sur le déraillement du train Apollo, le premier train à grande vitesse automatisé des États-Unis, qui a percuté un camion-citerne arrêté sur les voies. Aidée de Theo et de Charlotte, Kendra comprend vite que le camion n'a pas pu être le seul responsable de l'accident.

Le F.B.I. est toujours à la recherche du fugitif, sans savoir qu'il vient de monter dans la voiture de Kendra. Il l'oblige à faire route vers Chicago et à l'aider à passer les barrages de police. Mais la disparition de Kendra met vite tout le monde en état d'alerte et le fugitif doit continuer à pied.

Max est admis à l'hôpital après s'être fait tirer dessus. Il est tiré d'affaire mais le FBI rédige un communiqué de presse informant qu'il a succombé à ses blessures. De son côté, Parker trouve la victime du meurtre : c'est Philip Hogan. Pas de doute possible, il a des traces de mains autour de son cou.

Max découvre que c'est un de ses amis, Emilio, qui l'a dénoncé à Ortega. Il se rend à Chicago pour régler ses comptes. Kendra récupère la carte SD contenant tous les documents bancaires de la Matalona et la donne à Ellen pour l'aider à faire tomber le cartel.

Ellen se rend à Chicago pour aider Max à coincer Ortega lors d’une ultime confrontation. De son côté, Kendra découvre que le fantôme du train est impliqué dans l’accident de voiture du Canada.

Suite au meurtre de Jordan Cole, le FBI se met à la poursuite de Tyler Brick. Kendra enquête sur le mystérieux ancien associé de Jordan, Philip Hogan.

Kendra et son équipe sont chargés d’enquêter sur le naufrage du ferry Queen of the Narrows, qui a sombré en mer au large de Terre Neuve pendant une violente tempête. Alors que les recherchent se poursuivent pour retrouver des survivants, un témoignage semble indiquer que le responsable est Arlo Shank, un ancien employé mécontent de la compagnie maritime.

Kendra interroge Nina, miraculeusement sauvée par l’équipe du sous-marin aux côtés de Tyler, et en apprend plus sur les circonstances du naufrage. A la surprise de tous, le capitaine Turner est lui aussi sain et sauf, après s’être échoué sur une plage. Les analyses des documents et site web d’Arlo montrent que le jeune homme était obsédé par le ferry, qu’il pensait dangereux. Alors qu’Ellen interroge la PDG de la compagnie maritime à Boston, Kendra fait appel à son ami Ziggy pour enquêter à Londres sur l’entreprise d’investissements qui a rénové le bateau, Zelmer Capital.

Kendra et Dom essayent d’en savoir plus sur le jeune Tyler. Urgessa interroge Gregg pour élucider le meurtre de Radhey. Theo et Michelle se rendent compte que Turner a menti. Annie et Jessica, toujours à la recherche de Dave, retrouvent Arlo Shank.

Kendra interroge Arlo Shank pour essayer d’en savoir plus, mais celui-ci est compliqué à cerner. Annie s’entête à retrouver Dave et Urgessa doit faire face à sa hiérarchie après une violente altercation.

Annie et Jessica ont retrouvé le corps d’un plongeur dans l’eau. Kendra et son équipe tentent de l’identifier, lui et son équipement qui n’est pas du tout standard. Ziggy tente toujours d’amadouer Linda de Zelmer Capital pour qu’elle lui donne des documents. Lily est recueillie par Margery. Suite à une fuite sur internet d’images de plongées montrant les victimes restées sous l’eau, l’armée et le gouvernement interdisent quiconque d’approcher de l’épave...

L’équipement du plongeur permet à Kendra et son équipe de comprendre ce qui a fait couler le ferry : il avait un laser et du matériel pour accéder aux données transitant dans les câbles au fond de l’eau. Le seul moyen pour lui d’arriver là sans être vu est en sous-marin...