宋仁宗年期，包拯尋回通天犀有功，獲高昌王賜婚。公孫策、展昭、四捕快保護包拯赴高昌，迎娶公主；途中遇上強搶婚禮新郎的雲千羽，展昭出手制止。公孫策為免千羽纏擾新郎，藉詞讓她隨行；二人行酒令，酩酊大醉，木匠杜江見狀將千羽安頓店中。包拯與公主拜堂，發現新娘為侍女紀念念。王府收到公主斷指，包拯率眾調查，揭破公主與畫師私奔。畫師被殺，兇手是殺害展昭兄長的採花賊花蝴蝶。花蝴蝶現身，更以公主性命要脅包拯當眾自宮。

眾人翻查案件，懷疑花蝴蝶為木匠杜江，惜緝兇不果。千羽發現杜江家藏胎毛筆，杜江指花蝴蝶另有其人。及後花蝴蝶現身被拿下，花蝴蝶竟是杜江！此事越來越詭異，千羽力證杜江非花蝴蝶，幸好包拯發現端倪。眾人帶花蝴蝶杜江到崖邊，卻見杜江屍首！花蝴蝶道出事情始末。四捕快成功救出公主，花蝴蝶遭斬首示眾。公主痛失情郎，婉拒與包拯的婚事。念念被高昌王辭退，眾人使計讓包拯同意偕念念同行。包拯上任開封府尹，獲御賜三口鍘刀……

王員外伏屍妓院解語軒後巷，眾人查驗後斷定他被女子用湘妃竹所殺。展昭、王朝早有心結，卻一同被安排混入解語軒當細作。展昭向老闆水玲瓏提議以女子相撲招徠客人，玲瓏命二人教妓女相撲。千羽搶新郎之事傳到開封，其父雲中流、誼妹湯曉晨使計羞辱朱家慶，以報復他宣揚此事。展昭、王朝試探眾妓女，卻得悉玲瓏武功不凡。中流涉謀殺王員外被捕，受審時卻有所隱瞞，只稱到妓院助玲瓏修書。千羽、曉晨勸喻父親道出真相，中流不適倒地。

千羽求念念打聽案情，念念對包拯照料有加，惹他起疑。曉晨到解語軒謀職，未能擊敗展昭，被玲瓏拒絕。展昭得悉曉晨為救父混入解語軒，對她萌生好感。盜賊行劫交子店，逃走時傷及龐太師夫人。假交子流入市面，龐太師向包拯施壓，着他查明真相。包拯懷疑王員外是印刷假交子罪魁，而中流的書坊被搜出王員外遺失的假交子，中流始道出曾見柳如嫣與王員外爭執。千羽擔任中流的訟師，指責包拯辦案草率。包拯判中流斬首，此時如嫣出現……

念念到書坊投靠千羽，千羽提及曉晨當年被遺棄的往事。曉晨為贏得賞金借予親母，求展昭教授相撲。龐太師提議由官府監管印製交子，仁宗委以重任。河邊浮出藏有骸骨的木箱，眾捕快嘗試檢驗不果。公孫策跟千羽往酒坊，重遇舊友妻子沈青及友弟桑東城。公孫策因便溏症多次落第科舉，仍屢敗屢戰，千羽得悉後大表支持。眾捕快談起開封府燈滅乃不祥之兆，未料公堂於深夜遭破壞。七子外出調查屍骨案，途中救起一女子，她竟稱包拯是其夫君。

獲救女子原來是包拯未過門的妻子張玉鳳；公孫策請念念回開封府照顧玉鳳，還看穿念念對包拯的情意。沈青被太安人責罵，得千羽、念念安慰。三女易裝到解語軒作樂，遇上曉晨，千羽同意讓她以綽號「火鳳凰」參加女子相撲。公孫策向名醫談懷谷求診，懷谷着他帶走狗隻吉祥飼養。玉鳳得悉包拯曾與念念拜堂，心存妒忌，竟向包拯下媚藥。眾人發現另一副骸骨，疑跟先前檢獲的屍骨同為失蹤狀元。包拯率眾到酒坊調查，太安人指沈青是殺人兇手。

眾人推斷案情，疑與桑東鎮有關。玉鳳上吊力證未曾下媚藥，各人亦同稱有物件失竊，包拯終解開鬧鬼疑雲。中流一家往打獵，中流本安排千羽和將軍鐵飛揚相親，飛揚卻對曉晨有意，曉晨無奈答應婚事。懷谷試探公孫策的品性後，答允替他治療。公孫策自信可高中狀元，欲扶持千羽當訟師協助包拯，二人目睹東城與一女子拉扯。沈青苦心供養東城讀書，卻見他無心科舉，大感失望。包拯懷疑沈青與死去狀元有不可告人的關係，而證供都指向沈青……

沈青認罪，但包拯認為案件疑點重重，千羽更深信沈青清白。東瀛魔女在相撲比試擊敗賽關索，曉晨出手遭飛揚制止，曉晨欲退婚。千羽通過包拯考核，成為汴京第一位女訟師。千羽誓還沈青清白，跟公孫策向東城了解案情。念念懷疑玉鳳身分，暗地跟蹤玉鳳。念念、玉鳳被擄，眾人趕至救出二女。公孫策、千羽查明沈青案發時不在場，惟沈青仍堅持認罪。千羽拿出告密信證據，包拯道出有人插贓嫁禍，還當場指出兇手。深夜，桑家烏盆震動……

包拯查明東城與沈青之間的秘密，及三年前狀元兇案因販賣科舉試題而起。展昭、飛揚為爭奪髮飾大打出手，展昭落敗。曉晨見狀，追問展昭心意，展昭卻將感情藏於心底。包拯揭穿玉鳳真實身分為阮初四，初四道出冒充包拯未婚妻的事情始末。包拯有感兩次婚事告吹，查案亦結怨無數，怕為身邊人帶來不幸，得念念好言安慰。眾人設局裝成東鎮回魂，真兇終承認所犯罪狀。東城拒絕相信真相，包拯命展昭打破烏盆，證據確鑿，真兇被判斬首……

有孩童屍首被掛在樹上，眾人着手調查。寡婦秦香蓮帶同兒子投靠親戚簡素秋，途中遇劫，得公孫策、千羽相助。東瀛魔女羞辱解語軒眾女，玲瓏邀曉晨出賽。包拯指公孫策患便溏症只因心病，懷谷終道出他患有消渴症。被殺孩童為管正之子，管正承認兒子乃過繼。公孫策應考期間，遇上地震，及後因傷無法補考。龐金枝被困，獲陳世美相救。展昭為曉晨特訓，曉晨勇挫東瀛魔女。曉晨為避開跟蹤，誤登仁宗之船……新科狀元世美出巡，香蓮驚愕。

香蓮懷疑世美是其夫君，託千羽試探。金枝再遇世美，二人郊遊甚歡。仁宗為曉晨送上驚喜後離去，展昭與曉晨同賞花燈遇飛揚怒至，二子大打出手。飛揚告狀，中流願受杖刑，終令曉晨成功退婚。金枝與世美獲仁宗賜婚，龐太師無奈謝恩。世美現身跟香蓮相認，指被賜婚乃迫不得已，求她保守秘密。龐太師為世美設宴，眾人到臨緝拿管正。包拯懷疑拐賣孩童非單一案件，龐太師企圖消毀證據。世美安排香蓮母子登船遊玩，船夫將二人推進河裡……

展昭、王朝救起香蓮母子；千羽察覺香蓮有所隱瞞。眾捕快撞破展昭、曉晨約會，展昭堅稱二人純屬師徒。曉晨獲仁宗提親，始知他是皇上；眾人推波助瀾，曉晨終答允婚事。開封府調查拐賣孩童案，發現疑犯的無頭屍首。金枝見香蓮刺繡秀麗，請她指教。包拯率眾至蝙蝠洞，驚見大量孩童屍體；及後追捕疑凶，發現案件與世美有關。公孫策回鄉，得悉鄉間發生多宗拐帶孩童案。世美見金枝與香蓮關係友好，怕身分敗露，不惜拐走親兒，要脅香蓮。

世美狠心無情，香蓮稱有證據可指認其身分。素秋為救香蓮而被殺，眾人趕到，殺手卻被滅口。包拯救出香蓮兒子，香蓮決意狀告世美。公孫策、千羽提醒包拯若處理世美一案，或會與龐太師結怨。展昭為曉晨送上祝福，終坦承其心意。展昭外出喝酒失職，間接令張龍雙目受傷。龐太師因世美所為震怒，金枝竟於婚前懷有世美骨肉。戶部尚書龐令鐸與拐子黨勾結，包拯等前往拘捕，被龐太師捷足先登。眾人安排鄉里指認世美身分，鄉里卻稱不認識他。

香蓮於寺廟遇上金枝，並告知世美所為。金枝責備世美，反被世美以她腹中骨肉相脅。中流欲藉報章宣揚世美之事，書坊卻遭破壞；王朝另被誣陷盜款。香蓮因被恐嚇，企圖殺害世美，不果。懷谷替金枝診症，還發現世美患上重病，要用至親之血入藥，方有生機。香蓮患失心瘋，世美帶同香蓮母子找懷谷，承認自己是陳二牛……公堂之上，包拯要將世美治罪，世美否認指控。龐太師着包拯懲治世美，世美脅持金枝欲逃走，激發金枝厥心痛……

伏蘭遭活死人襲擊，展昭等五子合力制止，並將活死人收押。公孫策認出伏蘭是兒時救過自己的神仙姐姐，伏蘭否認。活死人暴斃，並有中毒症狀，公孫策、千羽查明伏蘭身分。多名村民疑被活死人殺害，姜耿指活死人與龐太師有關。千羽向懷谷請教涉案的藍色藥物，從而得悉樓蘭傳說。龐太師透露毒藥來自樓蘭聖女，公孫策、千羽到封門山調查。二人向伏蘭查探永生花，伏蘭、祭師丘真達卻稱此花早已失傳。二人再窺探伏蘭房間，卻有驚人發現。

公孫策、千羽欲逃不果，被困在活死人密室。公孫策為救千羽，服下活死人毒藥。念念夜訪玲瓏，玲瓏要她查出活死人的煉製方法。包拯與馬漢往封門山調查，念念執意同行。活死人於鬧市襲擊百姓，得展昭與三捕快制止。包拯等發現活死人密室正燒毀屍首，卻只見公孫策、千羽之物，包拯震怒。族人胡洵供稱伏蘭是主謀，包拯依樓蘭族例判刑，要火燒伏蘭；天降異象，火種熄滅，馬漢向伏蘭施斬刑，刀卻折斷。真達出示聖物，族人同意他暫當族長。

胡洵供詞有可疑，包拯認為公孫策、千羽尚在人間。伏蘭指責真兇殺害其夫，真兇坦承罪行。展昭帶走真兇，欲套出公孫策、千羽下落，真兇突然中箭……包拯遭胡洵行刺，念念為他擋刀。活死人襲擊千羽，公孫策毒發前向千羽表白。二人終被尋回，公孫策得懷谷治理後痊癒，千羽欲拒絕其愛意。玲瓏討好龐太師，並打聽活死人一案。公孫策到牢中探望伏蘭，予以安慰。包拯向念念道出心意，念念無懼相隨遇險。伏蘭逃脫，包拯認定是公孫策所為……

中流替玲瓏送嫁妝到高昌，千羽隨行，途中嫁妝被搶去。千羽謁見高昌公主，獲告知念念身分有可疑。包拯、念念到安濟坊探訪孩童，包拯趁機向念念提親，期間揭發坊內牆壁以空心磚所製。作頭陳永濤涉貪，其兄兼工部尚書陳永昌揚言秉公處理。展昭按約定與師弟陳不凡比劍，不凡卻坐着輪椅出現……公孫策、千羽跟蹤念念，念念求二人將其假冒身分之事保密。展昭得知不凡死訊，陳松柏承認毒害孫兒。眾人懷疑懷谷乃下毒者，懷谷竟直認不諱。

公孫策被包拯暫停職務，他替懷谷擔任訟師。包拯恐斷案有誤，反得懷谷安慰。姜耿為死去的何家父子申冤，眾人再作調查。永昌指證永濤，永濤承認受賄。包拯等向仁宗稟告空心磚一事，並指工部多人為龐太師親屬。龐太師曾向仁宗送贈貪贓之物，仁宗大怒。公孫策、中流發起百姓聯署，替懷谷求情。龐太師召見牛雄，相告可解救懷谷的方法。中流、家慶率眾在公堂外支持懷谷；公孫策呈上人證、物證，不果。包拯判懷谷斬刑，此時八王爺駕到。

八王爺取出丹書鐵卷，欲救懷谷；懷谷拒絕其好意，堅持服刑。姜耿與大批百姓不適倒地，包拯暫放懷谷救人。包拯懷疑松柏包庇永昌，還查出永昌命人打傷不凡，方知不凡親父另有其人。永昌乘亂逃走，展昭等人追捕，永昌卻被黑衣人擄走。懷谷盡力施救，仍有多人不幸死於瘟疫。包拯懷疑瘟疫源於人為，播疫者反斥包拯是非不分，懷谷痛心。八王爺、龐太師率眾向包拯施壓，不果。八王爺、龐太師向仁宗求情，仁宗到公堂着包拯赦免懷谷死罪……

公孫策、千羽跟蹤八王爺，天空忽現火藥風箏。千羽懷疑念念另有圖謀，與中流商討對策。包拯上朝稟報工部多人指證龐太師受賄，龐太師突然吐血，太后求情，仁宗無奈僅將龐太師降職。曉晨懷上龍種，仁宗大喜。展昭與店小二朱達榮結緣，得知他有健忘母親陳秀霞。眾人追查工部爆炸案，八王爺擔心涉事好友榮通泰遇險，說出往事。念念告知玲瓏火鳥草圖消息，玲瓏看穿念念對包拯動真情。包拯率眾捕快往捉拿涉案工匠李茂，屋內突然爆炸……

包拯、展昭屋外察覺端倪，眾人避過一劫。念念質疑玲瓏所為，反被玲瓏下毒要脅。仁宗得悉開封府內有細作，命包拯查清細作名單；包拯對念念起疑。仁宗為保太平，願接受遼國的不平等條件，八王爺力諫無效。曉晨被仁宗冷落，出巡遇見展昭，得其安慰。展昭、達榮與孩童耍樂，得悉安濟坊有人中飽私囊。通泰探訪秀霞母子，達榮指斥父親。家慶遭綁上火藥示眾，疑被紅花俠懲戒。千羽設局，確認念念的真正身分。念念如願以償，跟包拯成親……

念念坦承身分，包拯願為她放棄官位，着她供出細作名單。眾人追查紅花俠消息，惟紅花俠已成人民英雄。龐太師欲納玲瓏為妾，太師夫人大怒，糾纏間太師夫人受傷。公孫策、千羽入宮為念念尋解藥，卻見曉晨遭太后留難。展昭等圍捕紅花俠，通泰趕至救走紅花俠；原來紅花俠正是達榮，父子冰釋前嫌。眾人推斷出紅花俠的身分，成功緝拿通泰。包拯呈上細作名單，仁宗答允免去一干人死罪。眾細作被殺，解語軒失火，念念斥責包拯出賣自己……

包拯向念念指殺害細作非仁宗所為，推斷玲瓏尚有黨羽。八王爺到大牢探通泰，二人均認為火器有助抗遼。遼國要脅仁宗賠款，包拯承諾想出對策。曉晨巧遇展昭被太后看見，仁宗責曉晨對展昭未忘情。中流、家慶宣揚抗遼，遭遼國使節耶律基喝止。耶律基當街調戲賽關索，姜耿出手阻止，被活活打死。包拯升堂審判耶律基，卻傳來聖旨要將他釋放。達榮劫獄救出通泰，還以轟炸汴京相脅，要仁宗處斬耶律基。仁宗指耶律基要求交出念念，包拯堅拒。

包拯擲掉烏紗，痛打耶律基。耶律基着仁宗交出包拯，否則出兵大宋。中流、家慶呼籲百姓參軍抗遼，眾捕快提議包拯離開。耶律基在開封府外遭火器伏擊，包拯趁機要他答允兩國議和，耶律基無奈簽下和約。包拯挽回民心，仁宗嘉許通泰父子研製火藥有功。仁宗勸包拯與念念一刀兩斷，包拯寧棄仕途。玲瓏出現，着念念以通泰父子換取解藥，念念向千羽打聽消息。展昭斥責念念自私，念念不為所動。念念襲擊通泰一家，眾人趕至，念念脅持通泰……

包拯難捨至愛，眾人感自責。龐太師夫人被棄屍於開封府衙外，字條指龐太師是兇手。公孫策等當面推斷案發經過，龐太師神情有異。太后怒斥龐太師，他反以當年秘密要脅太后……太后神智不清，誤傷曉晨，仁宗不解。公孫策、展昭懷疑玲瓏嫁禍龐太師，太后阻止二人追查下去。展昭找到線索，指中流疑是細作。千羽試探中流，終確認其身分，中流着千羽一同離開。包拯、展昭尋覓玲瓏，遭伏擊。中流帶眾人趕至要救包拯，玲瓏對中流難以下手……

中流向包拯等人道出往事，但否認殺害遼國細作。中流喜與兩女兒再聚，並提議曉晨離宮養胎。公孫策向千羽提親，千羽終答允婚事。萬慈禪院屍橫遍野，曉晨慘遭不測，眾人將倖存者寇珠送回開封衙門。中流稱千羽非他所生，寇珠方是其親母。包拯等向仁宗稟明事件涉及宮廷秘密，仁宗對太后生疑。太后勸仁宗勿追查三十年前之事，否則帝位不保。千羽、中流誓還曉晨公道，不惜出言頂撞仁宗。仁宗指二人論罪當誅，包拯等趕至，稱千羽斬不得……

包拯指寇珠知悉龍裔秘密，求仁宗把案件交他審理，以還曉晨公道。太后曾否認殺害曉晨，仁宗感困惑。寇珠告知千羽身世，千羽誓要將太后治罪。仁宗命包拯徹查龍裔真偽一案，只求揪出真相。公孫策擔心千羽被人利用，遂為太后擔任訟師。八王爺力證仁宗乃太后親兒，龐太師突然出現，說出重要證詞。八王爺推舉千羽接任皇位，惹百官非議。百姓議論千羽才能，千羽言論得百姓讚揚。千羽跟蹤中流，終發現其圖謀。七子趕到，但中流已有後着……

(大結局)展昭、王朝追查包拯父母下落，飛揚拒絕透露。眾人對龍裔真偽各執一詞，包拯求採納千羽提議滴骨認親，仁宗批准……中流叛逆圖謀事敗，殺害包拯父母作報復。包拯要將中流押返審訊，中流竟從塔樓躍下……千羽回復公主身分，卻要嫁往西夏和親，公孫策不捨。包拯指千羽出嫁時遇險，公孫策四出尋覓千羽。神秘女子聲稱能尋找亡魂，並可助包拯再遇念念。包拯在戶外甦醒，卻被指曾大開殺戒。念念出現，還突然向包拯施襲……