身体机械化的“扩张者”与有着一般肉体的人类共同生活在社会之中。而乾十三则是以解决扩张者引发的问题的职业“处理屋”维生。有一天，一个全身扩张者的壮汉出现在十三面前，并委托十三保护一名少年。然而，在十三在接下委托之后，突然有一位修女出现在他眼前。修女表示少年是被人从孤儿院诱拐出去的，并要求十三将少年交给她，然而……

十三所保护的少年.铁朗正遭到巨大企业贝鲁联公司派出的追兵追赶。十三在与修女战斗的过程中坠落到了地下水道，并从全身扩张者的壮汉口中听说了铁朗在贝鲁联公司的主导下、被埋藏在身体之中的真相。之后，十三徒手停下了载着铁朗、正准备返回设施的列车，并再次和修女展开对峙。在击退修女之后，十三带着铁朗准备将他藏匿起来。这个时候，贝鲁联公司派来的某个人物出现在十三面前，并与他进行交涉。

九星会管理的移民街“九星窟”接连发生了小孩遭不明人士袭击的事件。犯人夺走了小孩扩张的手脚，并且悬吊在醒目的地点。九星会认为这是反扩张技术派.斯匹兹卑尔根对九星会发起的挑衅行为。九星会虽然委托十三寻找犯人，但十三则认为这是贝鲁联公司留给自己和铁朗的信息。

杏和安蒂这两位少女是受到贝鲁联公司命令执行任务的扩张者。康宁汉对于这两人没能完成使命感到不满，但在得知这时现身的十三“里面”的人就是铁朗后，他高兴得无以复加。为了实行他原先打算对十三进行的某个目的，康宁汉夺去了安蒂的自我，并让她失控。铁朗试图透过调和远距离操纵变成失控扩张者的安蒂，然而他自己如今也已经濒临极限。

十三来到理发店保养他的“枪头”时，复兴厅扩张者对策局（EMS）的奥莉薇出现了。她表示要以违反EX法的嫌疑限制十三的行动自由，于是十三就这样被奥莉薇带走了。移动途中，奥莉薇在车上要求十三履行两人之间的“约定”，这个时候逃亡中的囚犯突然现身，并与路上的车辆产生激烈碰撞。摆脱拘束器的囚犯开始疯狂大闹，并且企图袭击和十三同行的斯卡蕾特等人。

囚犯贡德里在逃亡后开始四处杀人，十三在接受了奥莉薇的委托后着手寻找他的下落。为了能在公开场合制裁贡德里，奥莉薇表示希望能够将贡德里活捉回来。在造访杀害现场时，十三遇见了克罗涅。然后，十三察觉到了被害者彼此之间的关系，随后便和克罗涅赶往“下一位被害者”的所在地，而那个人就是世界首位全身扩张者，同时也是被世人视为英雄赞扬的“麦加阿姆德斋”。

在勉强击退袭击而来的贡德里后，十三向阿姆德斋询问他会被贡德里盯上的理由。整件事情的起因必须从贡德里杀害自军士兵、人称“诺斯史考特的恶梦”的事件说起。另一方面，复兴厅为了掩盖这一连串的事件而解除了奥莉薇局长的职务。如今十三已经没有继续插手管这起事件的理由，同时克罗涅表示十三应该从这起事件中抽手。

将“诺斯史考特的恶梦”真相隐藏起来的不是别人，正是麦加阿姆德斋。他担心十三等人会查明事情的真相，于是企图将他们杀害。十三和麦加阿姆德斋的战斗虽然看似不分上下，但十三最后却因为前一场战斗累积的伤害而败给了麦加阿姆德斋。然而，乍看之下已经完全遭到破坏的十三体内的内藏程序却突然启动，并再一次展开了战斗。但是，此时的十三已经变成了一个失去自我的疯狂扩张者。

为了对铁朗和十三进行身体维护，玛丽搬到了乾相谈所。铁朗在维护的时候向玛丽问起了成为扩张技师的理由。虽然玛丽不太想回答，但还是坦白自己想要找一个人，如果当上技师的话也许还能再次见面。这时，一名倒在楼外的扩张者被抬了进来。他叫柯尔特，是玛丽曾收治过的病人。

哥鲁多持有的扩张体零件是梅雅莉的哥哥.维克托制造的。为了找出维克托的线索，铁朗和梅雅莉决定动身寻找哥鲁多的下落。过程中，发生了一起爆炸而引发骚动，而这场爆炸正是哥鲁多制造的，他就是斯匹兹卑尔根恐怖攻击行动的执行者。另一方面，十三也接受了某项委托，寻找和反扩张主义团体斯匹兹卑尔根之间有所关联的男子。而再过不久之后，他将得知斯匹兹卑尔根真正的目的。

和十三同为“枪奴机件”的赛文与能够驾驭他的“Hands”佩芭来到了十三的事务所。佩芭表示自己不是因为贝鲁联的命令，而是基于个人的原因才前来造访时三的。而她的目的，正是要把十三变成自己的所有物，随后十三和赛文之间的战斗一触即发。战斗过程中，因为铁朗的从中介入，使得佩芭决定先行撤退，但十三也在战斗中受了重伤。后来，十三接收到一项奇妙的委托。

罗莎在遭遇意外事故而失去双亲后，身边就不断出现诡异的状况，到最后甚至还有人表示看见了“扩张者的亡灵”。十三在半信半疑地接下了从那个“亡灵”手中保护罗莎的委托。然而，罗莎对扩张者抱持着强烈的戒心。之后，随着“扩张者的亡灵”出现在十三面前，事件的真相也即将水落石出。

乾事务所遭受到打着反扩张主义旗号的恐怖组织袭击。在那些袭击者之中，有梅雅莉一直在寻找的哥哥维克托的身影。随着岁月的流逝，十三、梅雅莉及维克托三人间的因缘将会彼此交错。而这一切很快地，也将为十三的秘密、贝鲁联的企图与铁朗的命运带来巨大的影响。

梅雅莉和自己的亲生哥哥.维克托重逢了。然而现在的他已经不再是梅雅莉所认识的维克托了，这使得梅雅莉感到百思不解。而和维克托曾有过一段很深的因缘的十三也感到惊讶不已。在击退斯匹兹卑尔根派来的恐怖份子后，十三与梅雅莉为寻找维克托动身前往九星窟。半路上，十三向梅雅莉提起了自己曾受到维克托委托，拜托十三保护梅雅莉的往事。然后，两人终于抵达维克托的基地。正当十三打算一探维克托真正的意图时，EMS突然现身了。

十三和维克托在斯匹兹卑尔根的基地内展开了激烈的战斗。维克托趁隙接近十三身边，然后仿佛是在宣示自己的外号“解体者”一般，维克托在转眼间开始解体十三的身体。在十三的身体开始发出悲鸣时，维克托道出了十三的过去。身体因为遭到拘束而无法动弹的梅雅莉利用出乎意料的方法尝试脱逃。为了打倒维克托，十三和梅雅莉决定采取某个起死回生的战术。

十三和维克托之间的战斗终于结束，但EMS的艾比.柯波却在这时现身了。他为了抓住维克托，将梅雅莉掳为人质，质问维克托的本体的下落。十三虽然介入了两人的交涉，然而现在的他浑身满目疮痍，实在看不出来他能有什么办法。但是，十三的身体却突然变形，变成了没有人能料想到的模样。

三来到理发店保养他的“枪头”时，复兴厅扩张者对策局（ＥＭＳ）的奥莉薇出现了。她表示要以违反ＥＸ法的嫌疑限制十三的行动自由，于是十三就这样被奥莉薇带走了。移动途中，奥莉薇在车上要求十三履行两人之间的“约定”，这个时候逃亡中的囚犯突然现身，并与路上的车辆产生激烈碰撞。摆脱拘束器的囚犯开始疯狂大闹，并且企图袭击和十三同行的斯卡蕾特等人。

囚犯贡德里在逃亡后开始四处杀人，十三在接受了奥莉薇的委托后着手寻找他的下落。为了能在公开场合制裁贡德里，奥莉薇表示希望能够将贡德里活捉回来。在造访杀害现场时，十三遇见了克罗涅。然后，十三察觉到了被害者彼此之间的关系，随后便和克罗涅赶往“下一位被害者”的所在地，而那个人就是世界首位全身扩张者，同时也是被世人视为英雄赞扬的“麦加阿姆德斋”。

在勉强击退袭击而来的贡德里后，十三向阿姆德斋询问他会被贡德里盯上的理由。整件事情的起因必须从贡德里杀害自军士兵、人称“诺斯史考特的恶梦”的事件说起。另一方面，复兴厅为了掩盖这一连串的事件而解除了奥莉薇局长的职务。如今十三已经没有继续插手管这起事件的理由，同时克罗涅表示十三应该从这起事件中抽手。

将“诺斯史考特的恶梦”真相隐藏起来的不是别人，正是麦加阿姆德斋。他担心十三等人会查明事情的真相，于是企图将他们杀害。十三和麦加阿姆德斋的战斗虽然看似不分上下，但十三最后却因为前一场战斗累积的伤害而败给了麦加阿姆德斋。然而，乍看之下已经完全遭到破坏的十三体内的内藏程序却突然启动，并再一次展开了战斗。但是，此时的十三已经变成了一个失去自我的疯狂扩张者。

十三告诉铁朗，无论在做什么事情都要抱着必死的决心，关键时刻特朗爆发自己的能力将老人打倒在地，但自己也被触手戳穿了身体。行为越激烈副作用会越大，铁朗现在身体状况非常差，但是铁朗没有杀掉博士，因为制裁他不是铁朗的职责，铁朗拖着残缺的身体一步步的往前走。十三不断变换形态帮助铁朗争取时间，但半路杀出个程咬金，却被十三一击打倒在地。敌人开启了嘲讽模式，并且想得到十三作为自己的枪，吃醋的赛文对着十三猛攻，打的难舍难分。

Without a Hands, Juzo is fighting a losing fight. Even so, he doesn't budge from his ideals. Even though Tetsuro knows Juzo will get mad at him, Tetsuro uses Harmony on him once again. There, Tetsuro discovers the reason for Juzo's decision.

While Tetsuro speaks with Juzo, things get out of hand outside. The EMS, Security Bureau, and Berühren rush to the scene to control the situation. There, Pepper whispers to Seven that she wants everything destroyed. As Pepper's gun, Seven complies.

Pepper wakes up at the Reconstruction Agency hospital without her Hands device. Juzo meets with her to finish things up after taking a job from Seven. Yet again, Berühren has managed to slip away and Juzo continues his days with Tetsuro.