世界上最為優秀的天才，人們稱為「超人高中生」的御子神司等七人，在政治、經濟、劍術、醫術、偵察、科學、魔術等各自的領域內有著超乎常人的才能，在國際上十分活躍。某一天，司等人在乘坐飛機時不幸地遭遇事故。在他們醒來後，發現那裡是有天上有飛龍，地上有獸人所生活著的「異世界」。如果是普通人的話馬上便會陷入恐慌混亂的吧，但他們是超人高中生。他們即便在異世界也能從容生存！

司等人為了報答救助了他們一行人的少女·莉露露以及她所居住的艾爾姆村村民，展開了一系列行動。超人高中生們與村民們友好相處，並逐漸親近起來。然而艾爾姆村在支配著北部一帶的商業的缺德商會·諾伊茨蘭德商會的壓迫下，一直持續著貧困的生活。在這種情況下，真田勝人站了出來。他在原來的世界被稱為“財界的魔王”，是世界上最厲害的商人。

在多蒙特遇到的少女露加入了勝人的隊伍。毫不在意卑鄙的諾伊茨蘭德商會，勝人大膽無畏地笑了出來。與此同時，艾爾姆村進入了嚴冬。由於擔心大家的安全，司想出了一策。得以忍者後裔同時是世界上最棒的記者·猿飛忍的工作，在不清不楚的情況下搞清楚了這個世界的形勢。支配著這個世界的霸權國家·弗雷亞加爾德帝國。失落的信仰·七光聖教。

多虧有世界上最優秀的魔術師·Prince曉的機智，艾爾姆村的村人們總算是脫離了險境。但是，莉露露卻遭人擄走，並被帶往統治這一帶的卑鄙領主芬道夫身邊。村人們對此感到憤怒不已，然而，若膽敢違逆領主這個村子絕對不可能平安無事。司身為政治家向村人們提出建議，認為這時應該要採取能將犧牲降低到最低限度的解決方案。然而村人們想將莉露露搶回來的決心絲毫沒有動搖，眼見團結一致的村人們向自己求助，司終於決定要助他們一臂之力。司充分發揮自己所擁有的技術與才能，揚起了反抗領主的大旗。而這件事，正意味著他們即將從根基徹底改變這個異世界。

超人高中生們利用他們壓倒性的科學力量成功擊敗了無良的領主芬道夫。然而這件事不過只是一切的開端罷了。司等人打著七光聖教的名號，自稱是出現在世人面前的神之使者。他們將醫療、魔術及美乃滋稱之為“奇蹟”，試圖將異世界的人們導向正道。做為實現目標的第一步，司等人平定了大都市多蒙特。然而多蒙特的警備隊隊長.巴納德卻對司等人的做法抱持著疑問。如今領主已被打倒，弗雷亞加爾德帝國絕不可能坐視不管。巴納德對於即將到來的險惡未來感到憂心不已。司對於巴納德充滿現實性的觀點讚賞有加，並為了將他納為同伴而展開行動。

司以多蒙特為根據地開始陸續著手展開改革，不過同時也需要為將來與帝國之間爆發的衝突做好準備。最令司感到擔心的是治理北部一帶的總督奧斯陸.艾爾.古斯塔夫。司對於他所使用的可怕戰略魔法「天之焰」抱持著強烈的警戒。另一方面，莉露露遲遲沒能向從芬道夫手中拯救了自己的司表達謝意。面對不時迴避著自己的司，莉露露終於下定決心要好好正視這件事，然而……這個時候，在遠離多蒙特的艾爾姆村，露即將面對某一項試煉。

七光聖教的存在激怒了古斯塔夫，並釋放了天之焰。「怒日炎槍」。突如其來的攻擊使得多蒙特陷入了混亂。儘管陷入了這種狀況，司卻表現得沉著冷靜。“一切都在意料之中，只要大家做好自己該做的事，一定能夠度過難關”。在司策畫的避難計畫下，多蒙特總算避開了最糟糕的事態。但是，天上的火焰還是沒有停止，被釋放出來的火焰精靈們為了將城鎮燃燒殆盡不斷進行攻擊。面對這個連導彈都起不了作用的絕境，世界最強的劍豪.一條葵在這時挺身而出。

司等人勉強擊破了古斯塔夫的天之炎。古斯塔夫判斷七光聖教是危險的存在，並下令即刻展開進軍。收到古斯塔夫的命令後，阿克萊德侯爵領軍準備鎮壓七光聖教，並且與七光騎士團在嚴寒的冬季山中展開了激戰。另一方面，忍與貞德所屬的反帝國組織“碧之團”會合了。碧之團在收到古斯塔夫召集全軍的情報後，判斷現在正是起義的大好時機，於是一舉包圍了古斯塔夫的總督府。貞德要求古斯塔夫投降，但是古斯塔夫懷抱著對皇帝偏執般的忠誠心，開始對貞德及忍診開了猛烈的反擊。

擊敗古斯塔夫、將整個北部全部納入手中的七光聖教如今對於帝國全土而言無疑是一個危險的存在。今後與帝國之間的戰爭將會越演越烈，正當司和林檎心想接下來會變得越來越繁忙時，司和林檎收到了「工作過度」的醫師診斷。被要求休養的司在休息期間向林檎提議到街上逛逛。「那這樣不就是約會了嗎？」，林檎雖然是世界最優秀的科學家，但她在戀愛方面卻絲毫沒有任何知識。林檎雖然找同伴們商量，但還是完全無法消除心中的不安與混亂，於是忍便向林檎傳授了一招秘策。這兩人的約會結果究竟會如何呢？

集中於開發「某樣東西」的林檎。司也獨自承擔起委託開發的責任。繼續收集情報的忍抓住了碧之團的可疑動向，他們擔心貞德的人身安全。另一方面，街上出現了流行病。異世界的醫療技術無計可施，司等人準備的治療藥品也不足，患者在死前飽受痛苦。曉對於當地醫師會侮辱七光聖教無法拯救患者而感到非常氣憤。為了回應曉的期待，世界最優秀的醫生·神崎桂音宣佈要製作解藥來救治患者。

從危機中拯救了貞德的忍接受了貞德的懺悔，將她邀請進七光聖教。另一方面，帝國元帥涅羅手下的強力魔導士坦干伊加終於顯露了他身上隱藏的實力。蔓延開來的破壞和毀滅，彷彿在彰顯帝國的力量。打算與之對抗的世界上最優秀的政治家御子神司發動了早就準備好的對策。這將成為宣告異世界變革開始的狼煙。“打倒帝國，發動革命”。在聚集的人群前，司講述了他理想中的新世界以及新國家。