대학에서의 새로운 생활을 기대하며 가슴이 벅차오르던 케이이치. 그러나 현실은 하는 일마다 안되고 부활동과 연애 등에도 문제만 생긴다. 사실은 그런 그의 머리 위에 빛나고 있던 것은 '불행의 별'이었다. 어느날 기숙사의 선배들에게 부재 통보와 함께 산더미 같은 일을 떠맡게 된다. 어찌할 줄 몰라하면서도 하나씩 정리해 나가는 사람좋은 케이이치. 그리고 마지막 남은 일을 정리하려고 전화 한통을 건다. 그러나 수화기 넘어로 들려오는 말은 '여기는 구원 여신 사무소입니다' 라는 한마디 였다.

갑자기 나타난 베르단디. 그녀는 '당신이 바라는 것을 한가지만 들어줄게요' 라고 말한다. 그러나 케이이치는 이것은 선배들의 장난이라 의심하고 도저히 믿지 않는다. 그래도 꿋꿋이 한결같은 베르단디에게 언제부턴가 마음이 끌리는 케이이치. 드디어 그는 '그대와 같은 여신님의 곁에 계속 있고 싶다' 고 말해버리고 결과는 원하던 대로 된다. 앞으로 베르단디와의 생활에 대한 망상을 하지만 곧 선배들이 돌아와서 둘은 발견될것이다. 결국 여성금지의 기숙사를 나온 케이와 베르단디는 오늘 머무를 장소를 찾아 나서는데...

차에서 밤을 보낸 케이와 베르단디. 괜찮은 집을 찾아보기 위해 부동산을 돌아보지만 예산적 문제로 좀처럼 찾기가 쉽지 않다. 케이를 도와주고 싶다란 마음으로 베르단디가 둘은 어느 절로 인도 받는다 그곳에서 만난 것은 절의 승려. 사정을 말 절의 일을 돕는 대신 저녁과 침상을 보증해 주겠다는 것이 아닌가 당장 일을 돕는 둘. 그러나 지붕에서 떨러진 케이를 구하기 위해 법술을 사용하는 베르단디를 본 승려는 그녀을 요물이라고 오해한다.

케이이치와 함께 네코미 공대에 온 베르단디. 그녀의 화려한 용모에 몰려드는 남자들. 그러던 중 학교의 여왕이라 불리며 라이벌 의식을 불태우는 사요코와 베르단디 때문에 자신의 수강생이 줄었다는 오사와 교수는 결탁하여 베르단디를 대학에서 내보내려고 한다. 그러나 그 책략은 자동차부의 모두의 협력으로 무산된다. 그러나 사요코는 포기하지 않고 케이를 유혹하려 하는데…

케이가 물건을 놓고와서 혼자서 집으로 돌아온 베르단디. 그녀를 기다리는 케이에게 사요코가 '베르단디는 어떻게 했어?' 라고 묻는다. 함께 살고 있는 것이 들켰나 생각하던 와중에 '아무사이 아니야?' 라는 질문에 다시한번 베르단디를 의식하게 되는 케이. 빨리 그녀에게 자신의 마음을 전해야겠다고 악전고투하는 케이의 수상한 행동에 베르단디는 병이 있다고 착각해 재우려고만 한다. 그러다 어찌어찌 그 오해는 풀리고 케이는 마음을 전하려고 하는데…

발렌타인 데이를 몰랐던 베르단디에게 초코렛도 못받고 침울해져 있는 케이. 그런 케이를 걱정하는 베르단디를 보고 메구미는 둘에게 도움을 준다. 메구미는 베르단디에게 발렌타인의 초코렛은 남성에게 있어 특별하고 무드있는 장소에서 초코렛을 줘야 케이가 활기차진다고 주입시킨다. 당장 손수 초코렛을 준비하지만 무드있는 장소가 어딘지 전혀 감이 오지 않는 베르단디. '무드있는 장소는 어디죠?' 라는 질문을 하필이면 사요코에게 한다. '기회다!'라며 그녀는 학교의 플레이 보이를 소개한 뒤에 베르단디를 '무드있는 장소(러브호텔)'로 데려가도록 시키는데...

재채기가 멈추지 않는 베르단디를 위해 약국에 간 케이는 수상한 점원으로부터 수상한 약과 비디오 테잎을 받는다. 의심스럽지만 집에서 비디오를 재생시켜 보는 케이. 그러나 브라운관에 나온 것은 영상이 아닌 베르단디의 언니 울드였다. 울드는 케이와 베르단디의 계약으로 생긴 문제를 수정하기 위해 강림했고 그 문제란 최악의 경우 베르단디가 강제송환 될수도 있다고 경고한다.

학교 여왕으로서 절대적 인기를 누리던 사요코였지만 정신차려보니 그 영광도 과거가 되고 미스 네코미 공대 콘테스트에서도 우승은 베르단디, 준우승마저 울드에게 빼앗기고 만다. '베르단디에게 뭔가 비밀이 있는게 틀림없어!' 베르단디를 수상하게 생각하는 사요코는 복수를 하기 위해 음모를 꾸미는데…

신입부원 모집에 열심인 케이와 자동차부. 그러나 부원은 모일 기미가 없기만 하다. 실은 아오시마의 사륜부에서 부원을 거의 빼돌리고 있었던 것이다. 사륜부에게 강력히 항의하는 자동차부에게 '대학대항랠리'에서의 대결로 진 쪽은 해산하자고 도발한다. 베르단디의 힘찬 응원에 힘입어 랠리 참가를 위해 바이크와 머신 개발에 정성을 쏟아 붓는 자동차부 일동. 그리고 랠리 당일, 드디어 결전이 시작된다.

오랫동안 베르단디네에게 적대시되어 CD에 봉인되어 있던 1급 마귀 '마라'가 봉인을 풀고 부활했다. 마라는 베르단디에게 복수하기 위해 희생물로 케이를 선택한다. 베르단디도 마라의 부활을 들었지만 때는 늦었다. 이미 마라는 케이에게 손을 써서 바이크로 변신시켜 버렸다. 어떻게든 케이를 다시 돌려놓아야하는 베르단디와 울드. 그러나 마라의 저주는 잘 풀리지 않는데…

타도! 베르단디' 라는 구호를 내걸고 마라와 사요코가 결탁했다. 케이와 베르단디가 산책을 하러 간사이 사요코는 울드를 재우고 '신의 CD'를 마라에게 건네준다. 마라는 '케이의 마음을 조종하는 천칭'을 보이며 케이를 농락하여 베르단디를 없애자고 속삭인다. 한편, 둘만의 시간을 가지던 케이와 베르단디 앞에 사요코가 나타나자 베르단디는 안중에 없고 사요코를 반기는 케이. 그런 그의 태도에 베르단디는 충격을 받는데…

이상발생한 버그로 인해 모리사토 가는 아침부터 대 패닉! 이 사태수습을 위해 찾아온 것은 세번째 여신 스쿨드였다. 그녀는 입을 열자마자 퍼붓기 시작했다. '너의 무책임한 소원 때문에 언니의 마음이 불안정하게 되어 버그가 발생했잖아! 얼른 계약을 파기하고 언니를 천상계로 돌려보내!' 어쩔 줄 몰라하는 케이, 우선 버그를 스쿨드가 가져온 버그 잡는 머신으로 없애려 해보지만 머신은 폭발해 버린다.

언니와 끈적끈적하게 두지 않겠어!' 라며 모리사토 집에 눌러앉게 된 스쿨드. 케이를 적대시하며 괴롭히기 위해 바이크를 분해하려고 하지만 오히려 튜닝 업이 된다. 아무것도 모르고 감동하는 케이에게 오히려 안좋아졌다며 비판하는 메구미의 말에 열받은 스쿨드. 이야기는 갑자기 커져서 메구미와 스쿨드의 승부는 '로봇 배틀 대회'로 정해진다. 친구들과 협력해서 로봇을 만드는 메구미와는 반대로 혼자 로봇을 만드는 스쿨드를 서포트하는 베르단디. 완성된 로봇들은 누구를 승리로 이끌것인가...

스쿨드가 베르단디를 위해 가진 기술을 모은 성과가 드디어 완성됐다. 베르단디만을 위해 존재하고 베르단디만을 지키는 로봇으로서 가사를 도와주고 마족으로 부터 지켜주는 유용해야할 로봇이 기동시키기만 하면 모리사토 가의 전원을 꺼지게 만든다. 스쿨드는 전력을 반으로 줄이기 위해 회로를 다시 조작하지만 그 회로가 이상한 프로그램으로 변해 베르단디에게 사랑을 느끼게 되버린다.

전의 소동으로 상처를 입은 마라는 여신들에게 복수를 불태우고 있다. 그녀가 손에 넣은 것은 라무네 병(?) 모양을 한 '구극비밀병기'!! 게다가 마라는 케이에게 쉽게 접근하기 위해 케이의 여동생 메구미 몸을 빼앗는다. 네코미 공대 캠퍼스를 함께 걷고 있던 케이와 베르단디 앞에 나타난 메구미(마라). 평소와 다른 여동생의 모습에 수상하다고 생각하는 케이와는 다르게 베르단디는 눈치채지 못한다. 이때가 기회라고 생각한 마라는 비밀병기를 발동시키는데…

어쩌다보니 여성 드라이버 한정의 카트 레이스 대회에 출장하게 된 소라. 그러나 그녀는 자동차부이지만 놀랍게도 운전이 아주 서툴렀다. '전 할 수 없어요' 라며 자신없어 하는 소라에게 베르단디는 합숙 훈련을 제안한다. 합숙을 하면서 소라가 '살인쉐프'라는 별명을 얻게 된 요리실력도 알게 된다. 그러나 상냥한 베르단디는 요리도 운전도 특훈을 하자며 의욕을 높여주는데...

메구미에게 받은 온천숙박권을 쓰기 위해 바다에 온 케이와 세명의 여신들. 어떻해서든 베르단디와 좀 더 친밀해지려는 케이는 오히려 부자연스러운 태도로 베르단디를 불안하게 한다. 그런 그에게 울다는 베르단디에게 고백을 하는 방법을 일러주고 반신반의 하면서도 의식하고 있는 케이. 한편 케이에게 언니를 줄 수 없는 스쿨드는 방해를 한다.

바다에서의 진전이 없는 케이와 베르단디가 답답한 울드는 사랑의 씨앗 엑기스를 유출한 약을 케이에게 먹이려 한다. 그러나 완성한 그 약을 먹은 것은 케이가 아닌 베르단디! 그날 밤, 방에서 혼자 갑자기 가슴의 고동이 커지는 것을 느낀다. 다음날 아침 눈을 뜬 케이는 대담한 캐미솔 모습의 베르단디가 옆에서 자고 있는 것을 보고 놀라 경직하는데...

울드와 스쿨드가 잠시 천상계로 돌아가게 되었다. 일주일간 둘만의 시간을 가지게 된 케이와 베르단디. 둘사이의 진전을 기대하는 울드지만 그렇게 할 수는 없다는 스쿨드는 특제 푸딩을 만들어 놓는다. 저녁 그 푸딩을 먹은 케이는 여자로 변하게 되는데…

베르단디와 그녀의 천사 호리베르가 연주하는 노래의 하모니 스쿨드는 '나도 천사가 있었으면...'하고 생각한다. 그러나 천사를 가지려면 그것을 감당할 수 있는 마법술도 익혀야 한다. 그 사실에 기가 죽어 있는 스쿨드는 울드도 천사를 부를 수 없다는 사실을 알고 자신이 먼저 천사를 가지기 위해 고군분투 하는데…

타도 세명의 여신 자매에게 열받은 마라는 수상한 동굴을 탐색하고 있었다. 하급 마귀를 물리치며 도착한 깊은 곳에서 그녀는 기묘한 병을 발견한다. 그 병은 마족에게 전해지는 '공포의 대왕'을 각성시키는 힘이 숨겨져있는 병이었다!! 마라가 병에게 힘을 불어넣을 수록 네코미 마을 여기저기에서 안좋은 현상이 계속 일어난다. 왠지 불길한 일이 생길 것 같은 예감이 마을 전체에 감도는데…

울드가 '공포의 대왕'으로서 각성한 여파는 천상계까지 다다랐다. 천상계 전체를 관리하는 시스템이 제어 불가능하게 된것이다. 사태를 심각하게 본 신은 최악의 사태를 대비해 한 여신을 지상계에 내려보낸다. 한편 베르단디는 '공포의 대왕'에 대항하는 힘을 얻기 위해 봉인된 1급 신의 힘을 해방시켜 케이의 발자국을 쫓는다.

다시 실체를 얻은 '공포의 대왕'은 신에 의해 봉인된 '저승의 문'을 열고 마족을 지상계에 강림시키려 한다. 그것을 저지하기 위해 베르단디는 다시 백신의 피리를 써서 봉인하려고 한다. 최후의 악과 맞서는 여신 세자매와 케이. 그들에게 평화가 찾아올 것인지…