何をやってもツキがなく、部活や恋愛など何かとトラブルがつきまとう螢一は、ある日寮の先輩たちから留守番と山のような仕事を押し付けられ、途方にくれていた。そして最後の用事を片づけようとかけた一本の電話。しかし、受話器の向こうから返ってきた言葉は、なんと「こちら、お助け女神事務所です」の一言だった…。

突然現れたベルダンディーは「あなたの願いごとを一つだけ叶えます」と言う。「これは、先輩たちの悪戯では」と疑う螢一だったが、真っ直ぐでひたむきなベルダンディーに、いつしか心惹かれる。ついに彼は、「君のような女神にずっと側にいて欲しい…」と言ってしまい、結果、その願いは受理されることになってしまい…。

寮を追い出されてしまった螢一とベルダンディー。新居を探そうと不動産屋を回る二人が、なかなか物件が見つからない。ベルダンディーが精霊に祈りを捧げると、二人はあるお寺へと導かれていく。そして事情を聞いた寺の和尚は「寺の仕事を手伝う代わりに晩飯と寝床を保障してやる」と言う。早速、仕事を手伝う二人だが…。

螢一と共に猫実工大にやってきたベルダンディー。その「あまりにも麗しい」容姿の彼女に、群がってくる男たち。そんな折、「学園の女王」と呼ばれ、ライバル意識を燃やす沙夜子と、ベルダンディーのせいで自分の受講生が減ってしまった大沢教授の二人は、結託してベルダンディーを大学から追い出そうと策略するが…。

蛍一の忘れ物のため、一人で家に戻るベルダンディー。彼女の帰りを待つ螢一は、沙夜子から「ベルダンディーはどうしたの？」と尋ねられる。一緒に住んでいることがばれた挙げ句「何もないの？」と沙夜子に聞かれ、改めてベルダンディーを意識する蛍一。早速、彼女に自分の気持ちを伝えようと悪戦苦闘する螢一だったが…。

森里家の家計は危機に陥っていた。そんな時、螢一の妹、恵が4月から大学に通うためのアパート探しにやってきた。そして赤貧にあえぐ蛍一たちは、恵から「実家の新鮮な食料」を提供してもらい、代わりにアパート探しを協力することに。なんとか見つかった物件は、料金・環境は良心的なれど＜いわく付き＞の部屋で…。

ベルダンディーからバレンタインデーのチョコがもらえず、落ち込んでいる螢一。そんな螢一を心配するベルダンディーを見て、恵は二人の手助けをすることに。そこで恵は、ベルダンディーにバレンタインのチョコは「男性にとって特別」であり、ムードのある場所でチョコを渡せば螢一は元気になれる、と入れ知恵するが…。

螢一の前にベルダンディーの姉であるウルドが現れた。ウルドは、螢一とベルダンディーの契約で生じた「問題」を修正するために降臨し、その「問題」とは最悪の場合、ベルダンディーが強制送還される程の事態、と告げる。そして螢一にウルドが伝えた解決法とは、彼がベルダンディーと「キス」することであった…。

かつては学園の女王として絶大な人気を誇っていた沙夜子ではあったが、「ミス猫実工大コンテスト」の優勝をベルダンディーに奪われて屈辱にまみれる始末。「ベルダンディーには絶対、なにかヒミツがあるに違いないわ！」とベルダンディーを怪しむ沙夜子は、リベンジをねらう青嶋と結託して、様々な策を労するが…。

新入部員勧誘に精を出す螢一たち自動車部。しかし、部員は一向に集まる気配は無い。実は、青嶋が立ち上げた「四輪部」に、部員はほとんど横取りされていたのだ。四輪部の当てつけに抗議する自動車部であったが、青嶋の挑発によって「負けた部は解散」という条件のもと、「大学対抗ラリー」での対決を受けてしまい…。

CDに封印されていた一級魔属のマーラーが復活した。早速マーラーは、ベルダンディーに復讐するため、恰好の餌食として螢一を選ぶ。螢一はマーラーの手にかかり、なんと「バイク」に変身させられてしまう。螢一を元に戻すため、ベルダンディーとウルドは、マーラーの居場所と封印されていた触媒（CD）を探し始めて…。

「打倒！ ベルダンディー」の旗の下、マーラーと沙夜子が結託した。マーラーは「螢一の心を操る天秤」を沙夜子に示し、螢一を篭絡すればベルダンディーはいなくなると、そそのかす。一方、久々に「二人きりの時間」を堪能する螢一とベルダンディーであったが、沙夜子が現れた途端、螢一の態度が豹変してしまい…。

異常発生した「バグ」によって森里家は大パニック。そこへ事態修復のために三人目の女神、スクルドがやってきた。彼女から「あなたの無茶な願いのせいで、お姉さまの心が不安定になってバグが発生してるの！ すぐ契約を解除して、お姉さまを天上界へ返してちょうだい！」と言い放たれ、螢一は途方にくれるが…。

森里家に居座ることになったスクルド。恵の一言から一触即発となった二人は「ロボットバトル大会」で決することとなった。早速、仲間たちと協力し合いロボットを作る恵とは反対に、一人、意固地になってロボット作りを始めるスクルド。そして大会当日。完成した恵とスクルドのロボットは雌雄を決するべく火花を散らす…。

ベルダンディーのための万能ロボット、ばんぺいくん。だが起動すると森里家の電源が落ちてしまうので、大苦情がくる始末。「この世に生まれてきたからには、ばんぺいくんにもきっと成すべきことがあるわ」というベルダンディーの言葉で、ばんぺいくんに半分の電源で起動できる「昇圧回路」を組み込むスクルドだったが…。

マーラーは女神たちへの復讐に燃えていた。マーラーは恵の体をのっとり、螢一とベルダンディーの前に現れた。妹の様子を不審がる螢一と、マーラーのシールドにより気づかないベルダンディー。好機を得たり！とマーラーは“究極秘密兵器”を発動。現れたのは、豪奢な出で立ちだが手のひらサイズの貧乏神、千兵衛だった…。

ひょんなことから女性ドライバー限定のカートレース大会に出場することになった空。だが彼女は、自動車部でありながら驚くべき「運転下手」だったのだ。「私に出来るはずないんです…」そう言って寂しそうに視線を逸らす空。そんな彼女の様子を見たベルダンディーは、他力本願寺での強化合宿を提案するが…。

恵からもらった温泉宿の宿泊券を使い、海にやってきた螢一と三人の女神たち。ベルダンディーと「より親密に」なりたいと切望する螢一だったが、逆に不自然な態度をとってしまう。一緒に温泉に入りましょう、という提案にも一歩踏み出せず、どっちつかずの態度を続ける螢一。そんな彼に業を煮やしたウルドは…。

進展のない螢一とベルダンディーに業を煮やしたウルドは、「恋の種のエキス」を抽出した薬を螢一に飲ませようと企てた。だが、完成したその薬を飲んだのは、螢一ではなくベルダンディー。お茶菓子と勘違いして口にしてしまったのだ。だがその薬には、ウルドの企みを失敗させようとしたスクルドが別の薬品を混ぜていて…。

ユグドラシルのメンテナンスのため、ウルドとスクルドが天上界に一旦戻ることになった。その中、スクルドの「策」のせいで、なんと「女の子」に変わってしまった螢一。ウルドの研究室で、元に戻るための薬の調合を始めるベルダンディーと螢一。だが螢一のミスからベルダンディーはウイルスに侵され体調を崩してしまい…。

“恐怖の大王”を覚醒させる力が秘められた「マオウ・ザ・ハクションの壷」を発見したマーラー。一方、女神の力を封印されたウルドは激しく落ち込んでいた。すっかり腐ってしまったウルドは、「女神なんてやめてやるわ!!」と吠える。そんな彼女の心に、マーラーの壷に封じられた“恐怖の大王”が語りかけてきて…。

ウルドが“恐怖の大王”として覚醒した余波は天上界にも及んでいた。天上界を管理するユグドラシルシステムが制御不能に陥ってしまったのだ。事態を重く見た神さまは、最悪の事態に備え、一人の女神に降臨を命じる。一方ベルダンディーは“恐怖の大王”に対抗する力を得るため、封じられた1級神の力を解放するが…。

ミッドガルドの笛で“恐怖の大王”を封印しようとするベルダンディー。最後の悪あがきとばかりに、スクルドの体を乗っ取ろうとする“恐怖の大王”だが、螢一がスクルドをかばったため、その目論みも叶わず消滅する。事件が解決し、森里家に帰るベルダンディーたち。だが、“恐怖の大王”は螢一の体に転移していて…。