지속 가능 전쟁이 계속되는 2045년 미국. 용병인 소령과 그녀의 팀은 약탈자들의 아지트를 소탕하는 작전을 펼친다. 일본의 토구사는 새로운 임무와 관련된 전화를 받는다.

친절한 부자에게 무기를 지원받았다더니, 예상 밖이네. 만만하지 않은 상대에 당황하는 고스트. 미국 태생 총리의 제안을 받은 토구사는 총리의 의도가 궁금하다.

예전의 공안 9과 팀원들을 추적하기 위해 사이버 공간으로 들어가는 토구사. 하지만 어찌된 일인지 그들이 자취를 감춰버렸다. 그렇다면 미국에 가서 직접 찾는 수밖에.

실종된 팀원에 대한 단서를 얻는 토구사. 좀 더 알아내기 위해 그는 위험한 미끼를 던진다. 한편, 정체모를 작전에 투입되는 고스트, 구출해야 할 상대가 저 사람이라니!

어떤 도움도 없이 작전 장소로 들어가는 고스트. 고된 훈련들은 바로 이걸 위해서였나? 상대의 능력은 상상 이상이다. 위기의 순간, 뜻밖의 지원자가 나타난다.

재회 후 새로운 임무를 맡는 공안 9과. 이번 일의 핵심인 포스트 휴먼에 대한 정보를 얻는다. 아직 제대로 알려진 바가 없으나, 인류를 크게 위협한다는 사실만은 분명하다.

6년 만에 일본으로 돌아오는 바토. 늦는 팀원들이 올 때까지 편안하게 쉬어볼까 했더니 범죄에 휘말릴 줄이야! 그것도 25년 만에 일어나는 이상한 은행 강도 사건에...

총리 관저에 모여 포스트 휴먼 임무에 대해 논의하는 팀원들. 하지만 소령은 스미스의 의견이 마음에 들지 않는다. 게다가 관저 내에 스파이가 있는 듯하다. 누구 짓일까?

일본에 있는 세 명의 포스트 휴먼 중 하나의 행적이 드러난다. 숨겨진 수많은 살인과 공무원 공격. 급기야 그는 총리의 장인까지 노린다. 총리는 결단을 내려야 한다.

특정 시민에게 다수의 시민이 폭력을 행사하는 일들이 벌어진다. 해킹으로 빚어지는 집단 폭력 사건. 누구의 소행일까? 설마 이 고등학생이 위험한 시스템을 개발한 범인?

소령과 토구사가 포스트 휴먼 중학생 시마무라 다카시에 관한 단서를 찾는 사이, 푸린은 프로그램 '싱크 폴'을 해석한다.

다카시의 집에서 압수한 데이터에 뭔가가 있을거야. 이를 분석하던 토구사가 돌연 기절한다. 곧 깨어나 바토와 조사하러 나가지만, 현장에서 또다시 이상한 일을 겪는다.

공안 9과 팀원들이 포스트 휴먼에 대한 정보를 보유한 러시아인, 필립 쿠쿠시킨의 행방을 쫓는다.

공안 9과 팀의 작전에 미국의 특수 작전 부대가 합류한다. 미즈카네 스즈카라는 무자비한 포스트 휴먼을 저지하기 위해.

정보를 캐기 위해 쿠쿠시킨을 심문하던 공안 9과 팀. 미국 정부가 개발한 AI 프로그램과 관련한 충격적인 정보를 획득한다.

푸린이 정말 미국 스파이였을까? 소령이 푸린의 숨겨진 과거를 알아내기 위해 타치코마들을 보낸다.

그동안 자신의 기억 속에 갇혀 있었다는 걸 깨달은 토구사. 갑자기 2045년 황폐해진 도쿄에 있는 자신을 발견한다.

토구사의 연락을 받은 바토가 팀원들과 도쿄로 향한다. 한편, 소령은 포스트 휴먼이 원자력 잠수함을 탈취했다는 소식을 듣는다.

전신 의체 사이보그로 다시 태어난 푸린. 도쿄로 가기 위해 남의 차를 얻어 탄다. 미국의 특수 작전 부대는 격노한 미즈카네와 맞서고.

포스트 휴먼에 관한 최신 정보를 입수한 바토와 팀원들. 소령과 푸린은 도쿄에서 나머지 팀원들과 합류한다

탈취당한 원자력 잠수함을 되찾기 위해 분투하는 공안 9과 팀. 미즈카네와 다카시 시마무라를 확보하기 위해 작전을 수행한다.

잠에서 깨어나 필사적인 조치를 취하는 시마무라. 그로 인해 쿠사나기와 팀원들은 곤란한 상황에 놓인다.

미국이 ‘N’과의 핵무기 대치 상황을 종결하기 위해 가혹한 작전을 실행한다. 쿠사나기와 팀원들은 이를 막기 위해 사력을 다하고.

공안 9과 팀원들이 마치 아무 일도 없었다는 듯 다시 일상으로 돌아온다. 그러나 뭔가 이상하다고 느끼는 쿠사나기.