Spojené státy v roce 2045. Major a její tým žoldnéřů, mezi kterými nechybí nováček Stan, brání opevněné město před psanci. Togusa přijme něčí pozvání.

Útočníci vyzbrojení štědrým mecenášem zaútočí drony s umělou inteligencí na skupinu Duch. Togusa přijímá nové poslání od japonského premiéra, který usiluje o mír.

Togusa se ponoří do kyberprostoru, aby pátral po bývalých členech svého týmu. Skupinu zadrží tajemná americká organizace, která z nich chce udělat svoje zaměstnance.

Togusa vyšetřuje zmizení týmu a taky Johna Smitha. Dobře přitom zváží možná rizika. Členové skupiny Duch začínají pochybovat o skutečné povaze svého poslání.

Aramaki svádí závod s časem, aby dostihl Kusanagi. Skupina Duch začne plnit úkol, ale kybernetická ochranka Patricka Huge je donutí změnit plány.

Sekce 9 je zase pohromadě. Kusanagi a její kolegové se dozvídají o „post-lidech“, dosud neznámé hrozbě pro lidstvo.

Batou je po šesti letech zpátky v Japonsku a chce si při čekání na opožděný tým trochu oddechnout. Zábavu mu ale zkazí amatérští bankovní lupiči.

Major má konflikt se Smithem kvůli novému poslání Sekce 9, kterým je lov post-lidí, a pověří Togusu vyšetřováním podezřelého špiona, který se pohybuje kolem premiéra.

Sekce 9 se dostává do problémů. Jeden ze tří post-lidí v Japonsku zavraždí několik politiků a potom se zaměří na premiérova tchána.

Sekce 9 vyšetřuje post-lidského hackera, který na internetu vybízí k fyzickým útokům na lidi. Stopa vede ke studentovi střední školy.

Pudding pomáhá analyzovat program Thinkpol. Major s Togusou pátrají po stopách, které by je dovedly k post-lidskému studentovi Takashi Shimamurovi.

Togusa dostane při analýze dat zabavených Shimamurovi podivný záchvat. Když se probere, pustí se s Batouem do vyšetřování.

Members of Section 9 seek out a man named Philip Kukushkin, a Russian national who seems to know a lot about the creation of posthumans.

US special operations forces join the Section 9 team in their fight against a relentless posthuman named Suzuka Mizukane.

While extracting information from Kukushkin, the Section 9 team uncovers some shocking information about an AI program developed by the US government.

Worried Purin might be a spy for the Americans, the Major sends out a crew of Tachikoma to look into her hidden past.

Togusa finally realizes that he's been trapped in his own memories — and suddenly finds himself in a devastated Tokyo in the year 2045.

After hearing from Togusa, Batou and the others head to Tokyo. Back in Fukuoka, the Major learns that a posthuman has hijacked a nuclear submarine.

Resurrected as a full-body prosthetic cyborg, Purin tries to hitchhike her way to Tokyo. US special operations forces face Mizukane's wrath.

Batou and the group get an update on the posthuman situation from Standard. The Major and Purin join the rest of the crew in Tokyo.

To take back control of the hijacked nuclear submarine, the Section 9 team targets Mizukane and Takashi Shimamura.

Shimamura wakes up and makes a desperate move, putting Kusanagi and her crew in an impossible position.

Kusanagi and her team do everything they can to stop the US from implementing their draconian plan to end the nuclear standoff with "N."

The Section 9 crew start living their regular lives as if nothing ever happened — and the only one who finds it strange is Kusanagi.