EUA, 2045. A Major e a sua equipa de mercenários, que inclui o novato Stan, defendem uma comunidade isolada de um grupo de fora da lei. Togusa recebe uma chamada.

Armados por um patrono generoso, os salteadores atacam os GHOST com drones inteligentes. Togusa aceita uma nova missão do pacifista primeiro-ministro japonês.

Enquanto Togusa procura os seus anteriores companheiros no ciberespaço, os atuais são detidos por uma misteriosa organização americana que deseja recrutá-los.

Togusa corre um risco calculado enquanto investiga o desaparecimento da equipa e John Smith. Os GHOST questionam a verdadeira natureza da sua missão.

Após a reunião da Secção 9, Kusanagi e os seus colegas são inteirados acerca dos "pós-humanos", uma até aqui desconhecida ameaça à humanidade.

De regresso ao Japão após seis anos, Batou decide relaxar enquanto espera pela equipa atrasada, mas um assalto amador a um banco estraga-lhe os planos.

A nova missão da Secção 9 de caçar pós-humanos causa um diferendo entre Smith e a Major, e esta manda Togusa investigar um possível espião na casa do primeiro-ministro.

A situação complica-se para a Secção 9 quando um dos três pós-humanos no Japão assassina vários políticos. E o sogro do primeiro-ministro é o próximo alvo.

A Secção 9 investiga um possível hacker pós-humano que usa a internet para instigar ataques a pessoas. O rasto condu-los a um estudante universitário.

Pudding ajuda a analisar o programa Think Pol, enquanto a Major e Togusa procuram pistas do jovem estudante Takashi Shimamura.

Togusa sofre um estranho incidente enquanto analisa os dados confiscados de Shimamura. Assim que acorda, ele e Batou vão investigar.