지속 가능 전쟁이 계속되는 2045년 미국. 용병인 소령과 그녀의 팀은 약탈자들의 아지트를 소탕하는 작전을 펼친다. 일본의 토구사는 새로운 임무와 관련된 전화를 받는다.

친절한 부자에게 무기를 지원받았다더니, 예상 밖이네. 만만하지 않은 상대에 당황하는 고스트. 미국 태생 총리의 제안을 받은 토구사는 총리의 의도가 궁금하다.

예전의 공안 9과 팀원들을 추적하기 위해 사이버 공간으로 들어가는 토구사. 하지만 어찌된 일인지 그들이 자취를 감춰버렸다. 그렇다면 미국에 가서 직접 찾는 수밖에.

실종된 팀원에 대한 단서를 얻는 토구사. 좀 더 알아내기 위해 그는 위험한 미끼를 던진다. 한편, 정체모를 작전에 투입되는 고스트, 구출해야 할 상대가 저 사람이라니!

어떤 도움도 없이 작전 장소로 들어가는 고스트. 고된 훈련들은 바로 이걸 위해서였나? 상대의 능력은 상상 이상이다. 위기의 순간, 뜻밖의 지원자가 나타난다.

재회 후 새로운 임무를 맡는 공안 9과. 이번 일의 핵심인 포스트 휴먼에 대한 정보를 얻는다. 아직 제대로 알려진 바가 없으나, 인류를 크게 위협한다는 사실만은 분명하다.

6년 만에 일본으로 돌아오는 바토. 늦는 팀원들이 올 때까지 편안하게 쉬어볼까 했더니 범죄에 휘말릴 줄이야! 그것도 25년 만에 일어나는 이상한 은행 강도 사건에...

총리 관저에 모여 포스트 휴먼 임무에 대해 논의하는 팀원들. 하지만 소령은 스미스의 의견이 마음에 들지 않는다. 게다가 관저 내에 스파이가 있는 듯하다. 누구 짓일까?

일본에 있는 세 명의 포스트 휴먼 중 하나의 행적이 드러난다. 숨겨진 수많은 살인과 공무원 공격. 급기야 그는 총리의 장인까지 노린다. 총리는 결단을 내려야 한다.

특정 시민에게 다수의 시민이 폭력을 행사하는 일들이 벌어진다. 해킹으로 빚어지는 집단 폭력 사건. 누구의 소행일까? 설마 이 고등학생이 위험한 시스템을 개발한 범인?

다카시의 집에서 압수한 데이터에 뭔가가 있을거야. 이를 분석하던 토구사가 돌연 기절한다. 곧 깨어나 바토와 조사하러 나가지만, 현장에서 또다시 이상한 일을 겪는다.