Estados Unidos, 2045. La mayor y su equipo, incluido el novato Stan, trabajan como mercenarios y defienden Ciudad Cerrada ante los criminales. Togusa recibe una llamada.

GHOST es víctima de un ataque con drones inteligentes de un generoso patrocinador. Togusa acepta una nueva misión del pacifista primer ministro japonés.

Mientras Togusa rastrea en el ciberespacio a sus ex compañeros de equipo, una misteriosa organización estadounidense quiere contratar al grupo.

Mientras investiga la desaparición del equipo y a John Smith, Togusa hace una jugada arriesgada. Los miembros de GHOST cuestionan la verdadera naturaleza de su misión.

Aramaki sale en busca de Kusanagi, y el tiempo se agota. Los miembros de GHOST inician la misión, pero la seguridad cibernética de Huge los obliga a cambiar los planes.

Tras la reunión de la Sección 9, Kusanagi y el equipo se enteran de la existencia de los “poshumanos”, una amenaza desconocida para la humanidad hasta el momento.

De vuelta en Japón luego de seis años, Batou decide descansar mientras espera a su equipo, hasta que unos ladrones de banco principiantes interrumpen la diversión.

La mayor y Smith se enfrentan a causa de la nueva misión de la Sección 9. Kusanagi ordena a Togusa investigar a un posible espía cercano al primer ministro.

Los problemas crecen para la Sección 9 luego de que uno de los tres poshumanos de Japón asesina a varios políticos y pone en la mira al suegro del primer ministro.

La Sección 9 investiga a un posible hacker poshumano que usa la red para alentar ataques a personas. Las pistas conducen a un adolescente.

Togusa vive un extraño episodio mientras analiza los datos confiscados a Shimamura. Al despertar, él y Batou se lanzan a investigar.