Ηνωμένες Πολιτείες, 2045. Η Ταγματάρχης και η ομάδα της εργάζονται ως μισθοφόροι και προστατεύουν μια περιφραγμένη πόλη από τους εγκληματίες. Ο Τογκούσα λαμβάνει κλήση.

Αφού ένας χορηγός τούς δίνει όπλα, οι Πλιατσικολόγοι επιτίθενται στο Φάντασμα με τηλεκατευθυνόμενα. Ο Τογκούσα δέχεται νέα αποστολή από τον ειρηνόφιλο Ιάπωνα πρωθυπουργό.

Καθώς ο Τογκούσα μπαίνει στον κυβερνοχώρο για να εντοπίσει τα μέλη της πρώην ομάδας του, η ομάδα κρατείται από μια αμερικανική οργάνωση που θέλει να την προσλάβει.

Ενώ ερευνά την εξαφάνιση της ομάδας και τον Τζον Σμιθ, ο Τογκούσα παίρνει ένα ρίσκο. Τα μέλη της ομάδας Φάντασμα αμφισβητούν την πραγματική φύση της αποστολής τους.

Ο Αραμάκι ακολουθεί την Κουσανάγκι σε έναν αγώνα ενάντια στον χρόνο. Η ομάδα Φάντασμα ξεκινά την αποστολή της, αλλά λόγω των δυνάμεων του Χιουτζ αλλάζουν σχέδια.

Μετά τη συνάντηση στον Τομέα 9, η Κουσανάγκι και οι συνάδελφοί της μαθαίνουν για τους "μετα-ανθρώπους", μια προηγουμένως άγνωστη απειλή για την ανθρωπότητα.

Πίσω στην Ιαπωνία μετά από 6 χρόνια, ο Μπάτο αποφασίζει να ξεσκάσει, ενώ περιμένει την αργοπορημένη ομάδα του. Μετά, κάποιοι ερασιτέχνες ληστές τραπεζών τον διακόπτουν.

Η Ταγματάρχης και ο Σμιθ συγκρούονται για τη νέα αποστολή αναζήτησης μετα-ανθρώπων του Τομέα 9. Ζητά από τον Τογκούσα να ερευνήσει έναν πιθανό κατάσκοπο του πρωθυπουργού.

Προκύπτουν προβλήματα στον Τομέα 9, αφού ένας από τους τρεις μετα-ανθρώπους δολοφονεί πολίτες στην Ιαπωνία και στη συνέχεια στοχοποιεί τον πεθερό του πρωθυπουργού.

Ο Τομέας 9 ερευνά έναν πιθανό μετα-άνθρωπο χάκερ που χρησιμοποιεί το δίκτυο για να υποκινεί σωματικές επιθέσεις σε ανθρώπους. Τα ίχνη οδηγούν σε έναν μαθητή γυμνασίου.

Ο Τογκούσα παθαίνει κάτι περίεργο ενώ αναλύει τα δεδομένα που πήρε από τον Σιμάμουρα. Όταν ξυπνάει, αυτός και ο Μπάτο ξεκινούν να το ερευνήσουν.