遊戯たちを乗せたバトルシップは、バトルシティトーナメント決勝戦の舞台、アルカトラズへ到着する。準決勝に残っているのは、遊戯、海馬、城之内、マリクの４名。その組合せは、デュエルで決められるという。ルールは同時に４人が戦い、先に負けた２人がトーナメント準決勝第１戦を戦うというバトルロイヤル方式。自分の戦いたい相手を意図的に選ぶことができるため、心理的なかけひきを必要とされるゲームだ。４人はそれぞれの思いを胸に攻撃対象をしぼり、デュエルを開始する。

今回のキーポイントは、バトルロイヤルで一番最初に海馬が召喚した「ブラッド・ヴォルス」。このカードにより、バトルロイヤルの火ぶたが切って落とされた。

バトルシティ準決勝の対戦相手を決める、遊戯、城之内、海馬瀬人、マリクのバトルロイヤルは続く。誰をつぶし、誰と準決勝で対戦したいか、それぞれのおもわくがうずまく中、遊戯は親友・城之内と準決勝で対戦することを願う。まずは一番弱い城之内をつぶそうとする海馬の攻撃から、城之内をかばおうとしていたのだ。

一方、マリクは準決勝で遊戯と戦うため、ほかの２人を消そうとする。そしてマリクは、今回のキーポイント「ニュードリュア」で自分より攻撃力の高い海馬のモンスターを攻撃、自分の受けたダメージを「痛恨の呪術」のカードで城之内にうつし変える。城之内はライフポイントを一気にへらされ、ピンチに立たされることに。

　そんなマリクにダメージをあたえたのは遊戯だった。遊戯はマリクの罠（トラップ）をカウンタートラップで返し、マリクのライフポイントをけずることに成功するが…。

準決勝の対戦相手を決めるバトルロイヤルは、遊戯と海馬が優位に立ち、城之内とマリクはおいこまれていた。マリクを倒し、早く舞をすくいたい城之内は、攻撃対象をマリクにしぼる。しかし、そこで早く城之内を片づけたい海馬が城之内を攻撃。城之内のモンスターは消されてしまう。

そして遊戯のターン。海馬のフィールドには攻撃表示のブレイドナイト・リバースカード２枚。マリクのフィールドには攻撃表示のダークジェロイド。城之内のフィールドにはリバースカード１枚。城之内と準決勝を戦おうと思っている遊戯は、圧倒的に不利な城之内をねらわず、今回のキーポイント「暗黒魔族ギルファー・デーモン」で海馬かマリクを先にたおすことを考えていた。マリクに攻撃を宣言しようとしたその瞬間、城之内が遊戯に声をかけた!!

バトルシティ準決勝第１戦は城之内VSマリクに決まり、いよいよデュエルタワー頂上での戦いがはじまる。このゲームはモンスターにあたえられたダメージをデュエリストがそのまま体感するというルールで、負ければ意識を消されてしまう闇のゲームだった。城之内はこの恐怖のゲームを、マリクに意識をうばわれた舞をすくうため果敢に戦おうとしていた。

　互角に戦いをスタートさせたように見えた城之内だったが、モンスターにまきついたマリクの「プラズマウィール」からの電撃を受け、そのショックで苦しむ。しかし、舞の受けた苦しみに思い出し、闘志を新たにするのだった。

だが城之内は、マリクが魔法カード「埋葬されし生け贄」で召喚した今回のキーポイント「地獄詩人ヘルポエマー」によってターンごとに手札からカードをうばわれることに。そして、スケープゴートを攻撃しなかったことを警戒した城之内は、手札のサイコショッカーを使用せず、様子を見るために「ロケット戦士」を召喚。このカードの特殊能力は…？

城之内vsマリクの準決勝は、モンスターに与えられたダメージをデュエリストがそのまま体感するというルールで、負ければ意識を消されてしまう闇のゲーム。勝って孔雀舞を救いたい城之内だが、マリクが召喚したへルポエマーによってターンごとに手札からカードが奪われてしまう。

マリクと城之内の準決勝第一戦が続く。マリクが城之内の場に召還した攻撃力3000のモンスター「ラヴァ・ゴーレム」により、城之内は鉄のオリに閉じこめられ、ターンごとにライフ1000ポイントをけずられることに。何か裏があると警戒する城之内だったが、果敢に攻撃をしかける。しかしマリクのワナにかかり、「ラヴァ・ゴーレム」の灼熱と「プラズマイール」の電撃を体感させられ、苦しめられるのだった。 　残った城之内の手札は、今回のキーポイントである「天使のサイコロ」たった１枚。これは攻撃力500以下のモンスターの攻撃力を出た目の数だけ倍にさせることができるというもの。そして運命をかけて城之内がデッキから引いたカードは、８つ星の上級モンスター、「稲妻の戦士（ギルフォード・ザ・ライトニング）」だった。しかし、このモンスターを召還するためにはいけにえが必要。そこで城之内が考えついた逆転をねらった作戦tとは…。

城之内とマリクのデュエルも大づめをむかえていた。マリクは神のカード「ラーの翼神竜」の第三の能力を使い、城之内と彼のモンスター「ギルフォード・ザ・ライトニング」を炎で攻撃する。炎に焼かれた城之内は、意識を失いかけながらも強い精神力でデュエルを続けようとするが、神の攻撃を受けた城之内だったが、ギアフリードを召喚。死者蘇生の効力の消えたラーがマリクのフィールドからいなくなっている状態なので、このギアフリード攻撃でマリクを倒すことができるが・・・。

準決勝第２戦、遊戯VS海馬のデュエルが始まる。宿命のライバル同士の対戦にふさわしい舞台として、海馬はソリッド・ビジョンによる「天空コロシアム」を用意。フィールドには、多くの観客でうめつくされた古代ローマのコロシアム風の光景が現われる。　遊戯と海馬、２人のデュエルのスタート直後はまったくの互角。しかし、海馬は今回のキーポイントであるマジックカード「マジックサンクチュアリ」を発動する。これにより、おたがいにデッキから魔法カードを１枚手札にくわえることができ、さらに永続魔法の効果として、相手のターンでも魔法カードを使用可能となった。そして、遊戯にもカードを選ばせるリスクをおかしてまで海馬が手に入れたカードとは…？

準決勝第２戦、遊戯VS海馬のデュエルが続く。神のカードを持つ者同士の闘いは、どちらが先に神のカードを召喚するかを読みあい、けん制し合う緊迫した展開となっていた。

　海馬は、攻撃力2800という強力なモンスター「XYZドラゴンキャノン」を召喚する。遊戯には、これに対抗できるほどのモンスターはなく、しかも海馬の「オベリスク」の封印も次のターンで解けてしまうため、遊戯に勝機はないかに見えた。しかし遊戯はリバースカード「魂の綱」を使って、今回のキーポイントである「キングスナイト」を召喚。さらに、このキングとクイーンが場にそろったことにより、デッキからジャックのカードを特殊召喚することに成功する。そしてこの３体をいけにえにして…。

準決勝第２戦、遊戯VS海馬のデュエルは、遊戯につづき、ついに海馬も神のカードを召喚。今回のキーポイントである遊戯の「オシリスの天空竜」と海馬の「オベリスクの巨神兵」という、神対神の一騎打ちとなった。「オシリスの天空竜」の特殊能力、召雷弾は、相手がフィールドへモンスターを召喚するごとに、モンスターに2000ポイントのダメージを与え、「オベリスクの巨神兵」の特殊能力、ゴッドハンドクラッシャーは、いけにえを２体ささげることによって、相手プレイヤーとモンスターに4000ポイントのダメージを与える。２人はさまざまなカードを使って、いかに自分の「神」の攻撃力を上げ、相手の「神」の攻撃力を下げるかに専念。たがいに攻撃するタイミングをはかりながら、デュエルはにらみ合いがつづく。

遊戯はマジックカード「手札抹殺」と、トラップカード「堕天使の施し」によって手札を６枚に増強し、「オシリス」の攻撃力を一気に6000にアップ。優位に立ったかに見えた。しかし、海馬はゴッドハンドクラッシャーを発動、遊戯のライフポイントを一気にへらすという手に出る。勝負はこれで決まってしまうかに見えたが・・・。

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちとなり、互いの攻撃力4000同士でついにぶつかり合う！その瞬間、遊戯と海馬は強烈な光に包まれ、古代エジプト世界へと飛ぶ。２人は巨大王宮の中で、「白き竜」を操る若き神官・セトと、「黒き魔術師」を操る名もなき王がデュエルをしている姿を見る。その姿は遊戯がかつて見た、古代エジプトの石版に彫り込まれていたデュエリストたちの姿だった。

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちは相打ちとなった。この後、海馬は、３体の「ブルーアイズホワイトドラゴン」の召喚に成功。遊戯との攻撃力の差はさらに広がり、遊戯は絶体絶命のピンチに立たされる。その時、マリクとの闘いで意識不明に陥っている城之内の言葉が…。

遊戯vs海馬のデュエルはいよいよ大詰めを迎える。怒りや憎しみに満ちた過去を踏み越えていくことがパワーの源であるという海馬。一方、遊戯は「過去の積み重ねが今であり未来へと続く」、そして「怒りや憎しみでは勝利は得られない」とブルーアイズ・アルティメット・ドラゴンに挑む!!

遊戯VS海馬のライバル同士のデュエルは、遊戯の勝利で幕を閉じ、負けた海馬はがく然とする。そんな海馬に遊戯は、「お前は“憎しみ”という自分の心に巣食うモンスターに負けたが、自分は城之内との友情の力で勝ったのだ」と語る。しかし海馬は、「友の力など必要ない」と言って、その場を去ろうとする。

その海馬を城之内が呼び止め、三位決定戦のデュエルを申しこむ。海馬は、デュエリストとして格下に見ている城之内からの申し込みを相手にしていなかったが、挑発的な言葉に怒り、「真のデュエリストに友情など必要ないことを思い知らせてやる」と言い放って、ついにデュエルを受けて立つのだった。

城之内VS海馬のデュエルが始まった。城之内は、海馬のくり出してきた今回のキーポイントである「死のデッキ破壊ウィルス」により、序盤からピンチに立たされるが…。

城之内VS海馬のデュエルがつづく。城之内はデュエリストとして格上の海馬を相手に成長を見せ、強運にもささえられ、互角に闘っていた。しかし、海馬の出した「ブレイドナイト」のカードに攻撃され、すぐに逆転されてしまう。城之内も反撃しようとするものの、やはり海馬の圧倒的な強さの前には歯が立たない。

そして、ついに海馬は今回のキーポイントである強力なモンスター「ブルーアイズホワイトドラゴン」を召喚。力の差を見せつけるかのように、早くもとどめをさそうとするが…。

城之内VS海馬のデュエルは佳境に入っていた。海馬は「死者蘇生」のカードで一度消滅した超強力モンスター「ブルーアイズホワイトドラゴン」を復活させ、ますます優位に立つ。しかし城之内も今回のキーポイント「時の魔術師」をくり出し、ねばり強く反撃。海馬の「ブルーアイズホワイトドラゴン」を時のかなたへ消し去ろうとするが…。そしてついに２人の勝負に決着が着く。

一方、遊戯はマリクの姉・イシズに呼び出され、「弟の闇の人格をたおせるのはあなたしかいない。弟をすくってほしい」とたのまれる。遊戯は決勝戦でマリクに勝って、マリクを闇の人格から解きはなとうと決意するのだった。

バトルシティはついに決勝戦、遊戯VSマリクの対戦をむかえようとしていた。遊戯のライバル・海馬は、遊戯が勝つ可能性はほとんどないと考え、マリクの「ラー」のカードに対抗できる唯一のカード、「デビルズサンクチュアリ」を遊戯にわたす。遊戯は海馬らしからぬ行動におどろきながらも海馬を信じ、もらったカードをデッキに入れる。

そして遊戯VSマリクのデュエルが始まった。マリクは「闇のゲーム」という名のおそろしいルールを用意していた。それはマリクの表人格と、王の宿主であるもうひとりの遊戯を生贄としてはりつけにし、プレイヤーが失ったライフポイントの分だけ、生贄の肉体が消されていくというものだった。

遊戯は、マリクの闇人格をたおし、闇の世界に意識を閉じこめられている仲間の舞や、もうひとりの自分をすくうための方法があるはずだと信じ、闘いにのぞむ。

最初のターンでマリクがくり出してきたのが、今回のキーポイントである「速攻の吸血蛆（ウジ）」。これは、１ターン目から攻撃が可能なため、遊戯のいけにえは早くもダメージを受けることに…。

遊戯VSマリクの決勝戦が続く。遊戯は「オシリスの天空竜」を召喚し、優位に立ったかに思われたが、マリクは今回のキーポイントである不死の能力を持つ「ラーのゴッドフェニックス」を召喚。そして、２体の神のモンスターがにらみ合う。 　遊戯はオシリスでラーを攻撃するが、このターンで不死の能力をそなえたラーには通じず、逆にマリクのゴッドフェニックスにオシリスを撃破されてしまう。さらにマリクは「ゾンビの宝石」のトラップカードにより、一度は遊戯のものになった「死者蘇生」のカードを再び手に入れ、次のターンでまたしてもラーを召喚することが可能になる。遊戯は次のターンでラーに攻撃されれば敗北という、まさに絶体絶命の状態にまで追いつめらてしまう。

遊戯とマリクの決勝戦が続く。遊戯はついに神のカード「オベリスクの巨神兵」でマリクをダイレクト攻撃し、マリクのライフポイントを大幅に減らすことに成功。しかし、いけにえとされている善良なマリクの表人格は、マリクのライフポイントが減っただけ闇の世界に消えていくことを意味する。その一方で、マリクに勝たなければ遊戯の表人格は闇へ消されてしまう…。遊戯はそのジレンマに苦しみ、本当に倒すべきマリクの闇人格を消すにはどうすればいいのか悩むのだった。

その頃、マリクの表人格はマリクの家系・墓守一族に仕えるリシドのもとをおとずれていた。意識をうしない眠っているリシドに、表人格のマリクは「僕はもうすぐ闇の世界へ行く…これまでありがとう」と最後のあいさつをする。

一方、遊戯と戦う闇マリクは、神の攻撃に対するカウンタートラップを発動する。それは攻撃モンスターの映し身となり、その攻撃値の3/4の守備力を持つ今回のキーポイント、壁モンスターの「メタル・リフレクト・スライム」を生み出すものだった。さらに、メタル・リフレクト・スライムは変形を開始し…。

遊戯VSマリクの決勝戦が続く。遊戯は強力な守備力と再生能力を持つモンスター「ゴッドスライム」の前に、なすすべがない。さらにマリクは「死者蘇生」のカードを手に入れ、次のターンで「ゴッドフェニックス」を召喚し、遊戯のモンスター「オベリスクの巨神兵」をたおそうとしていた。

しかし遊戯は「オベリスク」を無傷で守ることに成功する。遊戯は、攻撃された瞬間にマジックカード「死者蘇生」を発動し、「オシリスの天空竜」を召喚して、それを「オベリスク」の盾にするという大胆な戦略に出たのだ。

ところが、マリクは今回のキーポイントであるマジックカード「闇からの奇襲」を発動。もう一度マリクのバトルフェイズが始まってしまう。マリクの宣言どおり、このターンがラストターンになってしまうのか？

遊戯VSマリクの決勝戦は大づめをむかえていた。遊戯は、攻撃すればマリクのライフポイントをわずか１ポイントにできるチャンスをむかえるが、いけにえにされているマリクの表人格が１ポイントではたえ切れずに死んでしまうことを思い、攻撃をためらう。そこにマリクの家系・墓守一族につかえる、リシドがあらわれた。

リシドはマリクに「たとえ人は闇をさまようとも生きていかなくてはならない」と人間の宿命をつげる。すると、マリクの様子が変わり、いけにえにされていたマリクの表人格の一部が実体化した。そして表人格のマリクは、遊戯に「僕を攻撃しろ！」とさけんだ。遊戯はマリクにのこされた１ポイントの命の力をしんじて、モンスターと化したマリクの邪悪なる心を、今回のキーポイントである「ラグナロク」を発動して攻撃する。「ラグナロク」は、自分のデッキ、手札、墓地からすべてのモンスターを取りのぞくことで相手の場のモンスターを全滅させてしまうというもの。ついに遊戯は勝利をおさめることができるのか？　そして表人格のマリクの運命は？

バトル・シティ大会は遊戯の優勝で幕を閉じ、海馬は「決勝戦の舞台となったデュエルタワーを１時間後に爆破させる」と突然宣言する。遊戯たちはバトルシップで脱出をはかるが、海馬の姿が見えないため探しに行くことに。

その頃海馬は、デュエルタワーの地下制御室で、憎き養父・海馬剛三郎とのやりとりを回想し、今後の自分の進むべき道について思いをはせていた。そして海馬は、おさないころに、弟のモクバに「親のいない子供が無料で遊ぶことのできる遊園地を作る」と言ったことを思い出し、「世界海馬ランド計画」のためにアメリカへと旅立つのだった・・・。

杏子と静香は、バトルシティ大会の舞台となった童実野町を歩きながら、これまでの闘いを思い出していた。遊戯がもうひとりの遊戯のうしなわれた記憶をさがすきっかけとなった、古代エジプト展にあった遊戯の姿が描かれた石版を見た日のこと、城之内がバトルシティではじめてデュエルをした日のこと、杏子がマリクに洗脳されたこと、バトルシップに乗り、決勝の舞台へ行ったこと…数々の苦難を、遊戯たちは仲間との友情によって乗りこえてきたのだった。

そして、遊戯が大会に優勝し、３枚の神のカードを手に入れたことで、もうひとりの遊戯の記憶の秘密がまもなく解かれようとしていた。その記憶の封印が解かれた時、もうひとりの遊戯は杏子の前から姿を消すことになる…。杏子はもうひとりの遊戯とのわかれを覚悟するのだった。