Marik setzt seine Ägyptische Götterkarte transmutiert als Phoenix gegen Joey ein. Da sie null Angriffspunkte besitzt, schadet das zwar Joeys Lebenspunkten überhaupt nicht, aber der Schlag raubt ihm soviel Lebensenergie, dass er trotz aller Willensanstrengung ohnmächtig zusammenbricht. Marik hat das Duell gewonnen. Als nächstes treten Kaiba und Yugi gegeneinander an. Wird es Yugi gelingen aus dem Battle City Turnier als Sieger hervorzugehen? Das Schicksal der Welt hängt von ihm ab.

Kaiba gewinnt immer mehr die Oberhand. Er hat drei Weiße Drachen auf dem Feld und einen auf dem Kartenfriedhof. Beide wählen drei Karten, die in ihrem Deck verbleiben. Der Rest wandert ebenfalls auf den Friedhof. Kaiba scheint unbesiegbar. Yugi glaubt seine Strategie zu erkennen und richtet seine drei verbleibenden Karten darauf aus, dass Kaiba mit Hilfe einer Fusionskarte seine drei Weißen zu einem Ultradrachen vereinigen will. Durch eine geschickte Taktik gewinnt Yugi das Halbfinale.

Yami-Yugi greift mit Obelisk dem Peiniger an, doch Yami-Marik schafft mit einem Schleimmonster ein Ebenbild von Obelisk. Es gelingt ihm mit einigen Tricks, seine Lebenspunkte absolut unangreifbar zu machen. Die gute Seite von Marik verabschiedet sich von Odion, bevor sie für immer im Reich der Schatten versinkt. Da erwacht Odion aus seinem Koma.

Die große Bestie erwacht aus ihrem tiefen Schlaf und ernährt sich sowohl von Menschen als auch von Monstern, um sich zu stärken. Das Schwarze Magiermädchen ruft Yugi zu Hilfe. Yugi und Yami-Yugi befreien einen der drei kristallisierten Drachen, Timaeus, und halten mit ihm die große Bestie vorerst auf. Aber der Kampf geht weiter.

Joey kämpft immer noch halbherzig gegen Mai, um ihre Seele nicht zu gefährden. Dabei riskiert er, selbst zu verlieren. Wir erfahren, dass Mai von Dartz die absolute Macht bekommen hat, ein Duell zu gewinnen, dafür aber ihre gute Seite ablegen musste. Während des Spiels gelangt Joey in eine andere Dimension und befreit Hermos aus seiner Erstarrung. Plötzlich liegt auch bei ihm eine Drachenkarte, nämlich Hermos, im Deck. Bevor Mai ihn besiegen kann, spielt Joey diese Karte aus.

Tea und Rebecca erfahren, dass der Pharao das Duell verloren hat und die Seele von Yugi sich jetzt auf dem Weg zu Meister Dartz befindet. Gemeinsam mit dem Professor kommen Joey und seine fünf Freunde darauf, dass all die Vorgänge der letzten Tage etwas mit der verschwundenen Stadt Atlantis zu tun haben müssen. Sie beschließen, sich auf die Suche nach Dartz zu machen. Rex und Weevil waren da etwas schneller. Sie haben sich bereits bei Dartz eingeschmeichelt und versprechen, den Pharao und Joey im Duell zu besiegen.

Valon kämpft in einem Duell gegen Rebecca und Duke. Dabei setzt er seine speziellen Panzerkarten ein und besiegt die beiden.

Tea, Tristan, Yami und Rebecca lokalisieren Joey und machen sich auf die Suche nach ihm, um ihm zu helfen. Wie sich herausstellt, kämpft Valon auch für Mai – Joey soll endlich aus ihrem Leben verschwinden. Bisher konnte keiner der beiden das Duell für sich entscheiden – weder Joey noch Valon.

Yugi und seine Freunde haben endlich Dartz’ geheime Basis entdeckt – mitten im Meer. Nun wollen sie ihm ein für alle Mal das Handwerk legen. Doch Dartz’ Insel ist umgeben von gefährlichen Strömungen und Tornados – es scheint unmöglich an ihn heranzukommen, ehe er seine mächtigsten Trümpfe einsetzen kann.

Yugi, Joey und Kaiba kämpfen mit aller Kraft gegen Orichalcos, doch das Monster ist zu stark und absorbiert die Freunde. Yugi gelingt es jedoch in letzter Sekunde zu entkommen. Er setzt die mächtigen Götterkarten ein, woraufhin alle Monster vereint gegen den großen Leviathan antreten.