城之内は超能力を使うという絽場に戦いを挑む。遊戯と誓った真のデュエリストを目指すため、自分より強そうな相手を選んだのだ！そんな城之内を、闇遊戯が、そして病院の静香も見つめていた。見舞いに来た本田がパソコンを持ち込み、デュエルの中継を見せていたのだ。　だが、手札を次々に言い当てる絽場に、さすがの城之内も最初から苦戦！しかし天使のサイコロを見抜かれた時、城之内は絽場のトリックに気がつく…！

トリックを使わない絽場。しかしその実力に追い詰められる城之内。絽場のサイコショッカーの前に、城之内の作戦は次々とけ散らされてしまう。負けを認めろ、と迫る絽場。　その頃病院では、静香が本田の嘘を見抜いていた。看護婦から本当の戦況を知り、兄を応援する。そしてその状況を本田が杏子に知らせ、杏子が城之内に告げる。あきらめかけた城之内は、妹が見ていることを知り再び気力を取り戻す。　そして最後の策、ルーレットスパイダーに全てを賭ける…！

羽蛾に勝利した城ノ内は、デュエリストとしても成長していた。そして遊戯といつか戦うという想いを胸に次の戦いを目指す。その頃、グールズを操るマリクは海上のクルーザーにいた。彼はついに遊戯を本気で倒す決意をかためていた。千年ロッドの力でパントマイマーを操り、遊戯への勝負に挑む！　遊戯はすぐに相手の正体がマリクだと気がつく。マリクは神のカードを持つという強敵だ。だが闇遊戯の記憶を取り戻すためにも、この勝負を制する、と決意を新たに挑むのだ…。

マリクの操るパントマイマーと戦う遊戯。マリクは悪夢の鉄檻カードで互いの攻撃を封じ、神のカード召喚へとターンを進める。マリクは、墓守りの一族として背負わされた屈辱や絶望を語り、王である闇遊戯への復讐を宣言する。そして、ついにマリクの神カード、オシリスの天空竜が召喚される！　そのすさまじいオーラに戦慄する遊戯。手札の数で攻撃力が決まるオシリスに、強欲な壷カードで手札を増やすマリク。しかも彼は、オシリスは無限の力がある、という。

その頃、神のカードを持つグールズを探し、海馬はバトルシティ全域を検索していた…。

究極のコンボ、ゴッド・ファイブを完成させ、神のカードをさらに無敵にしてしまうマリク。遊戯がモンスター召喚した瞬間２０００ポイントのダメージを受けるし、オシリスの天空竜は無限の手札のカードのおかげで、どんどんパワーをあげる。まったく勝ち目の糸口すら見つからずあせる遊戯。だが、それを見ていた海馬は、無敵のマリクを倒す方法を見つけるのだ。そして遊戯も同じ方法に気がつく。遊戯は、次の１ターンで勝負が決まる、というのだ…！

いよいよ童実野埠頭に到着する海馬のヘリ。そこにはやはり、マリクに洗脳された城之内が待ち構えていた。しかも、遊戯と城之内のデュエルは特別な仕掛けがほどこされていた。お互いに足かせをつけられ、それにつながる巨大なイカリが吊るされ、爆弾がしかけられているのだ。勝負が決まればイカリは海に落下し、勝者だけが足かせのカギを解けるという。

おまけに杏子まで洗脳され、ヘタなことをすれば彼女も殺されるのだ。確実にどちらかが海に引きずり込まれる死のデュエルが始まる…！

闇遊戯と､マリクに洗脳された城之内との生死をかけたデュエルは続く。城之内のデッキは、相手のプレイヤーに直接ダメージを与えられるよう、マリクにより禁止カードを入れたものだった。闇遊戯は城之内の「ファイヤー・ボール」のカードで攻撃をされ、直接ダメージを与えられてしまう。

どうしたら城之内の心を取り戻すことができるのかと苦悩する闇遊戯。その時、遊戯が闇遊戯に話しかけてきた。そして、遊戯が前面に立つことになる…。

城之内がこれまでずっと共に闘ってきた「レッドアイズブラックドラゴン」を召還し、城之内にそれを攻撃させることによって洗脳を解こうとする遊戯。遊戯の狙いどおり、レッドアイズを攻撃した城之内は、自分ではなぜだかわからないながらも、心の痛みを感じるのだった。

城之内を敗者にし自分だけが生き残ることができない遊戯は、千年パズルを自分の代わりに持っていてもらいたいと城之内に渡す。マリクは、千年パズルを海に投げ込み、２度とパズルが組みあがらないようにしろと城之内に命じるが…。

遊戯と、マリクに洗脳された城之内とのデスマッチは終盤を迎えていた。マリクは、ライフポイントが残り少なくなった遊戯にとどめを刺すよう城之内に命じる。しかし、遊戯の努力で次第に洗脳から目覚め始めた城之内は、もうマリクの言いなりにはならなかった。

そして残り時間は１分。マリクは「デス・メテオ」のカードで遊戯を殺そうとする。その瞬間城之内は「死ぬな、遊戯！」と叫び、完全に洗脳から覚めるのだった。城之内が心を取りもどしたことをよろこぶ遊戯は、伏せカード「精霊の鏡」を発動する。これは相手が魔法カードを発動したとき、その魔法を吸収し、操る力を持つカードだったが…。

バトルシティ決勝の会場、童実野市上空を飛ぶバトルシップ。いよいよ始まる決勝トーナメントは、なんとビンゴマシンでの抽選で決めるという。それぞれのデュエリストナンバーから選ばれた第一回戦の対戦は、獏良と遊戯だった！

そして二人は天空デュエル場へ。決勝は高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部、外にむき出しのリングで行なわれるのだ。そこで遊戯は、デュエルの前に闇の獏良の正体を指摘する。獏良も、ついに千年リングに宿る闇の住人の人格であることを認める！　そして二人のデュエルが始まった…!!

高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部での天空デュエル。闇獏良のフィールド魔法・暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のライフポイントが削られていく。さらに獏良はウィジャ盤を召喚。Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！

Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！さらに怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てること。しかも卑怯なことに、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。

邪悪な意思に支配され、もう一つの人格に代わった「闇のマリク」対「闇の獏良」の「闇のデュエル」が始まろうとしていた。それは失われたライフポイントの分だけ、闇が体の一部を消していくゲームだった。獏良の中には、洗脳によってマリクの表の人格が植えつけられており、その「表のマリク」は闇のマリクに対して「お前を葬ることが亡き父へのつぐないだ」と復讐を宣言し、獏良に協力を申し出る。そして表のマリクは獏良に「闇のマリクを倒せば、千年ロッドを渡す」と約束するが、闇の獏良はそれだけでは満足せず、闇の力を手にするための暗号が書かれた、マリクの背中に彫られた碑文の意味も教えることを約束させるのだった。

「闇のマリク」と「闇の獏良」のデュエルが続く。獏良は最強の力を持つ神のカード『ラーの翼神竜』を召還し、マリクを倒そうとする。しかしそれはマリクのワナにはまることを意味していた。マリクはワナカード『歓喜の断末魔』を発動。このカードの効果によって獏良がいけにえにしたモンスターの攻撃力がマリクのライフポイントに加算され、一方獏良の『ラーの翼神竜』の攻撃力は０にされてしまう。ピンチになった獏良は、ラーをあきらめ、自分のライフポイントと引きかえに墓地からモンスターを召還して巻き返そうとするが…。

バーチャル世界をさまよう城之内は、偶然にもバトルシップを発見。その中では、意識不明になったままの舞が眠っていた。マリクへの憎しみを新たにする城之内の目の前で、舞が目を開ける。舞が意識を取り戻したとよろこぶ城之内だったが、舞の口から出たのは男の声。そして舞は男の姿に変化する。その男は、海馬コーポレーションの顧問弁護士・大岡ことビッグ３だった。

城之内とビッグ３は、城之内の肉体を賭けてデュエルを始める。ビッグ３が用意したデュエルのフィールドは、大法廷。ビッグ３はデッキマスターに選んだ「ジャッジマン」となる。

一方、城之内が選んだデッキマスターは、今回のキーポイント「炎の剣士」。今までのデュエルで何度も一緒に戦ってきた、信頼できるモンスターだ。デッキマスター能力は、炎の剣士の攻撃力を100ポイント単位で戦士族モンスターの攻撃力に与えることができるというもの。ジャッジマンが攻撃力1800の「ヒステリック天使」を召喚したのに対し、城之内は同じ攻撃力の「鉄の騎士ギアフリード」を召喚。デッキマスター能力で攻撃力を500アップし、相手を撃破する。このまま城之内は一気にビッグ３を倒せるのか？

城之内VSビッグ３のデュエルは続く。ビッグ３の反撃をくらい、ピンチに追いこまれた城之内は、魔法カード「悪魔のサイコロ」と「天使のサイコロ」を使って逆転を狙うが、失敗してしまう。

次に城之内が出したのが、今回のキーポイントであるトラップカード「ギャンブル」。これは、相手の手札が６枚以上、自分の手札が２枚以下の時に発動でき、コインの裏表を当てれば自分の手札が５枚になるまでドローできるが、もしはずれれば次の自分のターンはスキップされてしまうカード。手札０枚、モンスター０という絶体絶命に追いこまれた城之内は、果たしてこのギャンブル成功するのか？

遊戯たちの前に本田の姿をしたビッグ5が再び現れる。ビッグ5の5人は生身の肉体を手に入れることをあきらめきれず、ゆいいつうばった本田の体に入り、再びデュエルを申し込みに来たのだった。もし勝てば本田の肉体を返してもらうことを条件に、遊戯と条之内はビッグ5とのデュエルを始める。

デッキマスターに遊戯は「ブラックマジシャン」、条之内は［炎の剣士」を選ぶ。そしてビッグ1は最初のドローでいきなりフィールド魔法「伝説の都アトランティス」を発動する。

今回のキーポイントは、この「伝説の都アトランティス」。フィールドにはアトランティスの大神殿と大波が現れた。手札とフィールド上の水属性モンスターはレベルが１つ少なくなり、フィールド上の水属性モンスターは攻撃力と守備力が200ポイントアップするというこのフィールドの特性を生かし、ビッグ5はデュエルを有利にすすめるのだった。

遊戯＆城之内ＶＳビッグ５のデュエルは続く。ビッグ５は遊戯よりも弱い城之内を集中攻撃。今回のキーポイント「機械王」を召喚させ、自分自身もふくめて表になっている機械族モンスター一体につき攻撃力を100ポイントアップさせる。そして、城之内のライフポイントはついに300ポイントにまで減ってしまう。

城之内は遊戯に後を頼むが、遊戯は初心者でもワナだと見抜けるような伏せカードを出す。遊戯らしからぬ幼稚な戦略に、デュエルを見守る仲間たちは疑問を抱く。しかし遊戯が二重のワナをかけていることに誰も気づいていなかった。そして遊戯の本当の狙いも…。遊戯の秘策とは?!

遊戯＆城之内ＶＳビッグ５のデュエルは続く。

今回のキーポイントは「霧の祭壇」が発動される３ターン目、ビッグ５は、５ターン以内に場か手札から地、水、炎、風、闇の５つの属性のモンスターをいけにえにささげる「邪龍復活の儀式」を開始する。そして、「このモンスターが召喚されたら俺たちの勝ちは決まった」と言い、５人のデッキマスターにより「ファイブ・ゴッドドラゴン」を召喚する。ファイブ・ゴッドドラゴンは攻撃力5000という強大な力を持つモンスター。遊戯と城之内はピンチに立たされるのだった。

追いつめられた城之内はデッキマスター「炎の剣士」を召喚、後を遊戯にたくす。遊戯もデッキマスター「ブラック・マジシャン」を召喚。自分たちもデッキマスターを融合し、「黒炎の騎士　ブラック・フレア・ナイト」を召喚する。このモンスターは攻撃力2200。これで攻撃することは自殺行為に見えたが…。

遊戯は、海馬の残した３体の「ブルーアイズ」のカードにより乃亜を破った。その瞬間、乃亜によって石像にされていた城之内、杏子ら仲間たちも、次々と元にもどる。しかしよろこびもつかの間、そんな城之内らに、乃亜は「君たち自身がバーチャルで、本当の君たちの肉体は、バーチャルシュミレーターの中で眠っている」という事実を知らせる。そこへとつじょ、死んだはずの海馬コーポレーションの創始者・海馬剛三郎が現れる。剛三郎は死ぬ直前、記憶をコンピューターに移し替えていたため、バーチャルな存在としてよみがえることができたのだ。 剛三郎は、その魂だけの存在で世界中のコンピューターネットワークをハッキングし、世界を意のままにあやつろうとしていた。さらに剛三郎は、「今遊戯たちのいるバーチャル世界のプログラムを改ざんし、現実世界とバーチャル世界をつなぐ出入り口を消した」と言う。遊戯たちはこのまま永遠にバーチャル世界から抜け出せないのか？

乃亜はモクバの肉体を奪い一人現実世界へ脱出し、要塞へ向けたミサイルのスイッチを押す。後にモクバの優しい言葉を思い出して引き返すが、発射機器をマリクに破壊され、止めることができない。一方、海馬と剛三郎はデュエルで決闘。

ミサイルは刻一刻と要塞に向かっている。乃亜は、杏子たちから順にバーチャル世界から現実世界へ脱出させる。海馬は剛三郎とのデュエルに勝ち、遊戯と共に間一髪で脱出する。乃亜は自らバーチャル世界へ帰り、剛三郎と共に消える。

準決勝の対戦相手を決めるバトルロイヤルは、遊戯と海馬が優位に立ち、城之内とマリクはおいこまれていた。マリクを倒し、早く舞をすくいたい城之内は、攻撃対象をマリクにしぼる。しかし、そこで早く城之内を片づけたい海馬が城之内を攻撃。城之内のモンスターは消されてしまう。

そして遊戯のターン。海馬のフィールドには攻撃表示のブレイドナイト・リバースカード２枚。マリクのフィールドには攻撃表示のダークジェロイド。城之内のフィールドにはリバースカード１枚。城之内と準決勝を戦おうと思っている遊戯は、圧倒的に不利な城之内をねらわず、今回のキーポイント「暗黒魔族ギルファー・デーモン」で海馬かマリクを先にたおすことを考えていた。マリクに攻撃を宣言しようとしたその瞬間、城之内が遊戯に声をかけた!!

マリクと城之内の準決勝第一戦が続く。マリクが城之内の場に召還した攻撃力3000のモンスター「ラヴァ・ゴーレム」により、城之内は鉄のオリに閉じこめられ、ターンごとにライフ1000ポイントをけずられることに。何か裏があると警戒する城之内だったが、果敢に攻撃をしかける。しかしマリクのワナにかかり、「ラヴァ・ゴーレム」の灼熱と「プラズマイール」の電撃を体感させられ、苦しめられるのだった。 　残った城之内の手札は、今回のキーポイントである「天使のサイコロ」たった１枚。これは攻撃力500以下のモンスターの攻撃力を出た目の数だけ倍にさせることができるというもの。そして運命をかけて城之内がデッキから引いたカードは、８つ星の上級モンスター、「稲妻の戦士（ギルフォード・ザ・ライトニング）」だった。しかし、このモンスターを召還するためにはいけにえが必要。そこで城之内が考えついた逆転をねらった作戦tとは…。

城之内とマリクのデュエルも大づめをむかえていた。マリクは神のカード「ラーの翼神竜」の第三の能力を使い、城之内と彼のモンスター「ギルフォード・ザ・ライトニング」を炎で攻撃する。炎に焼かれた城之内は、意識を失いかけながらも強い精神力でデュエルを続けようとするが、神の攻撃を受けた城之内だったが、ギアフリードを召喚。死者蘇生の効力の消えたラーがマリクのフィールドからいなくなっている状態なので、このギアフリード攻撃でマリクを倒すことができるが・・・。

遊戯vs海馬のデュエルは、神のモンスター対神のモンスターの一騎打ちは相打ちとなった。この後、海馬は、３体の「ブルーアイズホワイトドラゴン」の召喚に成功。遊戯との攻撃力の差はさらに広がり、遊戯は絶体絶命のピンチに立たされる。その時、マリクとの闘いで意識不明に陥っている城之内の言葉が…。

遊戯VS海馬のライバル同士のデュエルは、遊戯の勝利で幕を閉じ、負けた海馬はがく然とする。そんな海馬に遊戯は、「お前は“憎しみ”という自分の心に巣食うモンスターに負けたが、自分は城之内との友情の力で勝ったのだ」と語る。しかし海馬は、「友の力など必要ない」と言って、その場を去ろうとする。

その海馬を城之内が呼び止め、三位決定戦のデュエルを申しこむ。海馬は、デュエリストとして格下に見ている城之内からの申し込みを相手にしていなかったが、挑発的な言葉に怒り、「真のデュエリストに友情など必要ないことを思い知らせてやる」と言い放って、ついにデュエルを受けて立つのだった。

城之内VS海馬のデュエルが始まった。城之内は、海馬のくり出してきた今回のキーポイントである「死のデッキ破壊ウィルス」により、序盤からピンチに立たされるが…。

遊戯VSマリクの決勝戦が続く。遊戯は強力な守備力と再生能力を持つモンスター「ゴッドスライム」の前に、なすすべがない。さらにマリクは「死者蘇生」のカードを手に入れ、次のターンで「ゴッドフェニックス」を召喚し、遊戯のモンスター「オベリスクの巨神兵」をたおそうとしていた。

しかし遊戯は「オベリスク」を無傷で守ることに成功する。遊戯は、攻撃された瞬間にマジックカード「死者蘇生」を発動し、「オシリスの天空竜」を召喚して、それを「オベリスク」の盾にするという大胆な戦略に出たのだ。

ところが、マリクは今回のキーポイントであるマジックカード「闇からの奇襲」を発動。もう一度マリクのバトルフェイズが始まってしまう。マリクの宣言どおり、このターンがラストターンになってしまうのか？

バトル・シティ大会は遊戯の優勝で幕を閉じ、海馬は「決勝戦の舞台となったデュエルタワーを１時間後に爆破させる」と突然宣言する。遊戯たちはバトルシップで脱出をはかるが、海馬の姿が見えないため探しに行くことに。

その頃海馬は、デュエルタワーの地下制御室で、憎き養父・海馬剛三郎とのやりとりを回想し、今後の自分の進むべき道について思いをはせていた。そして海馬は、おさないころに、弟のモクバに「親のいない子供が無料で遊ぶことのできる遊園地を作る」と言ったことを思い出し、「世界海馬ランド計画」のためにアメリカへと旅立つのだった・・・。

杏子と静香は、バトルシティ大会の舞台となった童実野町を歩きながら、これまでの闘いを思い出していた。遊戯がもうひとりの遊戯のうしなわれた記憶をさがすきっかけとなった、古代エジプト展にあった遊戯の姿が描かれた石版を見た日のこと、城之内がバトルシティではじめてデュエルをした日のこと、杏子がマリクに洗脳されたこと、バトルシップに乗り、決勝の舞台へ行ったこと…数々の苦難を、遊戯たちは仲間との友情によって乗りこえてきたのだった。

そして、遊戯が大会に優勝し、３枚の神のカードを手に入れたことで、もうひとりの遊戯の記憶の秘密がまもなく解かれようとしていた。その記憶の封印が解かれた時、もうひとりの遊戯は杏子の前から姿を消すことになる…。杏子はもうひとりの遊戯とのわかれを覚悟するのだった。

ドーマの手先におそわれた遊戯たちは、バイクに乗り、「ハーピーレディ」のカードをあやつる女に助けられる。その女は、そのまま走り去っていくが、城之内は彼女が孔雀舞であることを確信、再会を喜ぶ。

ペガサスの会社に閉じこめられてしまう遊戯たち。そのころ舞は、ペガサスの前にあらわれていた。舞は、今回のキーポイントである「オレイカルコスの結界」を出現させ、ペガサスとデュエルをおこなう。

閉じこめられている遊戯たちの前にすがたを見せた舞は、「ペガサスはあたしがしまつした」と言う。友情をしんじていた城之内は、その言葉を聞きショックをうけるのだった。

もう一人の人格を失って失意の遊戯を、杏子たちが励まそうとしている間に、特急の乗客はいなくなっていた。異変に気付いて、車内を捜査していると、今度は連結が外され、遊戯と城之内は引き離されてしまう。そして、遊戯の前には羽蛾が、城之内の前には竜崎が現れてデュエルを挑む。

遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘②。疾走する無人列車の屋根の上で遊戯と羽蛾が決闘する。羽蛾はパワーアップした昆虫デッキの中から、敵モンスターに寄生してふ化するパラサイトキャタピラーを遊戯のモンスターに寄生させる。そのころ、荒野では城之内と竜崎が決闘している。城之内は、何故みんな力を欲しがるのかと思い悩んで竜崎と闘う意味を見出せなかったが、次第にとにかく俺が目を覚まさせてやると考えてヤル気が出る。

遊戯ＶＳ羽蛾、城之内ＶＳ竜崎のデュエル。竜崎は一度たおしたレッドアイズを「冥界の鎖」でふたたび場に連れもどし、再攻撃をねらう。そこで城之内は、すかさずネイキッド・ギアフリードを召喚し、ヘルモスの爪を発動させて、強力な剣聖を誕生させた。これで竜崎のタイランドドラゴンをあっという間にたおした城之内は、さらにダイレクトアタックで一発逆転勝利をおさめる。

おなじころ、遊戯も今回のキーポイント「ティマイオスの眼」をセットしていたが、にくしみに支配された今の遊戯のもとでは発動しない。羽蛾がからかうと、遊戯の怒りはついにデュエルにあらわれて…。

　ファラオＶＳバクラの戦いはつづく。デュオスをしたがえたセトをはじめとする神官たちが、ファラオに加勢する。しかしアクナディンの呪いの力で、オシリスは消滅してしまった。

　またしてもピンチになるファラオ。しかし、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こした。覚醒したファラオは、ラーの翼神竜を召還する。そして、ゴッドフェニックスでバクラにとどめをさすが…。

　地下神殿の戦いでバクラは負け、砂となって消えてしまった。しかし同時に、時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。

　やがて目をさますもうひとりの遊戯。その目の前には、ジオラマのゲーム盤と、対面してすわるバクラのすがたが。そのゲーム盤は、ファラオとして生きていた３千年前のエジプトが再現された、究極の闇のRPGだった。

　７つの千年アイテムが冥界の石版におさめられ、ゲームは新たなステージへと入る。バクラの手駒のアクナディンは、闇の大神官になるが…。

　王墓で決闘を開始する遊戯とバクラ。遊戯は、はじめて闇遊戯のために戦うことになる。

　新しいデッキから、マシュマロン、サイレントソードマンなどを召喚する遊戯。だがバクラは、デスカリバー・ナイト、死霊ゾーマなどをくり出し、優位に立つ。そこで遊戯は、魔法カード「時の飛躍」でダメージをかわし、サイレントソードマンのレベルを上げて反撃するのだった。

　いっぽうクルエルナでは、大邪神ゾークが復活し、神官団におそいかかっていた。

　ファラオは記憶のエジプト世界でゾークと戦う。かけつけた遊戯や城之内たちは、ブラックマジシャンなどのモンスターを召喚してファラオをたすけた。

　遊戯たちはファラオに真実の名を伝えようとするが、古代文字を読むことができない。杏子は、ファラオに渡したカルトューシュを思い出すが…。