El Duelo final entre Yugi y Pegasus da inicio. Yugi busca rescatar el alma de su abuelo y de los hermanos Kaiba, mientras que Pegasus planea obtener el Puzzle Milenario de Yugi y atrapar su alma.

Yugi tiene que enfrentarse a Duke en el Duelo de Dados de Monstruos sin conocer bien las reglas, por lo que va siendo dominado en su totalidad por Duke Devlin. Si Duke gana, Yugi deberá dejar de batirse en Duelos.

Yugi se enfrenta a uno de los sirvientes de Marik conocido como "El Silencioso", que es controlado por el propio Marik mientras se acerca a Ciudad Batallas.