Gurimo, ein Wesen der Finsternis, stiehlt Yugi die Götterkarten und zwingt ihn zu einem Duell um seine Seele. Auch ohne Götterkarten behält Yugi in dem Duell die Überhand bis Gurimo Obelisk den Peiniger aufruft und ihn mit seiner mächtigen archaischen Karte „Siegel von Orichalcos“ verschmilzt.

Yugi gelingt es Gurimo zu schlagen, aber die Motorradgang Valon, Alister und Rafael entkommen mit den drei Ägyptischen Götterkarten. Rebecca taucht wieder auf und bringt Yugi zu ihrem Großvater Professor Hawkins.

Die große Bestie erwacht aus ihrem tiefen Schlaf und ernährt sich sowohl von Menschen als auch von Monstern, um sich zu stärken. Das Schwarze Magiermädchen ruft Yugi zu Hilfe. Yugi und Yami-Yugi befreien einen der drei kristallisierten Drachen, Timaeus, und halten mit ihm die große Bestie vorerst auf. Aber der Kampf geht weiter.

Kaiba lädt Yugi zu einem persönlichen Gespräch ein. Dieser nimmt mit seinen Freunden die Einladung an. Unterdessen kauft Pegasus unermüdlich Aktien der Kaiba Corporation und zwingt Kaiba damit zu einem Duell.

Tea, Tristan, Joey und Yugi sind unterwegs zu Pegasus. Unterdessen duelliert sich Kaiba mit dem vermeintlichen Pegasus, bis sich dieser als Alister zu erkennen gibt. Alister will eine alte Rechnung begleichen.

Alister kämpft mit seinen Feuerwesen ein starkes Duell. Kaiba steht am Rande der Niederlage. Da erscheint das Schwarze Magiermädchen und lässt ihn in einer anderen Dimension den mächtigen Drachen Critius befreien. In der Realität erscheint dieser als Spielkarte in Kaibas Deck. Mit einem letzten verzweifelten Spielzug kann Alister gerade noch ein Patt herbeiführen, ehe er verschwindet. Wir erfahren in dieser Episode, dass Alister sich an Kaiba dafür rächen will, dass sein kleiner Bruder vor Jahren durch die Schuld von Kaibas Stiefvater entführt wurde.

An einer verlassenen Tankstelle werden Yugi, Tea, Joey und Tristan von der Motorradgang in eine Falle gelockt. Unerwartet taucht Mai auf und hilft unseren Freunden, um kurz darauf wieder zu verschwinden. Im Gebäude von Industrial Illusion, dem Sitz von Pegasus, geraten Yugi, Tea, Joey und Tristan wieder in eine Falle. Diesmal stellt sich heraus, dass Mai infolge einer Gehirnwäsche zu ihrem Feind geworden ist. Sie will unseren vier Helden in verschiedenen Duellen ihre Seelen rauben. Als erstes kämpft sie gegen Joey Wheeler.

Mai kämpft mit allen ihr zur Verfügung stehenden Mitteln gegen Joey. Dieser traut sich kaum, ihr Widerstand entgegenzusetzen, befürchtet er doch, sie erneut zu verlieren. Als er aufgeben will, um Mais Seele zu retten, überzeugt Yugi ihn davon weiterzukämpfen.

Joey kämpft immer noch halbherzig gegen Mai, um ihre Seele nicht zu gefährden. Dabei riskiert er, selbst zu verlieren. Wir erfahren, dass Mai von Dartz die absolute Macht bekommen hat, ein Duell zu gewinnen, dafür aber ihre gute Seite ablegen musste. Während des Spiels gelangt Joey in eine andere Dimension und befreit Hermos aus seiner Erstarrung. Plötzlich liegt auch bei ihm eine Drachenkarte, nämlich Hermos, im Deck. Bevor Mai ihn besiegen kann, spielt Joey diese Karte aus.

Mit Hilfe seiner mysteriösen Drachenkarte steht Yugi kurz davor, ein Unentschieden in dem Duell gegen Mai herbeizuführen und so seine und auch Mais Seele zu retten. Bevor das jedoch passiert, zerstört Valon mit Hilfe von Orichalcos Stein das Siegel des Orichalcos und verschwindet gemeinsam mit Mai und Rafael. In einem geheimen Zimmer entdeckten Yugi und seine Freunde eine Botschaft von Pegasus und eine spezielle Extrakarte, die Pegasus dort für Yugi versteckt hat. Merkwürdigerweise ist diese Karte völlig leer. Yami-Yugi, Joey und Kaiba bringen zum ersten Mal ihre drei Drachenkarten zusammen.

Rebecca muss zusehen, wie Professor Hawkins verschleppt wird. Sie übergibt Yugi eine Nachricht der Entführer, die ihn auf ihre Spur locken soll. Heimlich macht sich Yugi nachts auf den Weg. Als Joey sein Verschwinden bemerkt, steht plötzlich Professor Hawkins vor der Tür des Wohnwagens. Können Joey, Tristan und Duke ihrem Freund noch rechtzeitig zu Hilfe eilen?

Rafael fordert Yami-Yugi zum Duell heraus. Wenn er gewinnt, will er die Seele des Pharaos nutzen, um damit die Welt zu retten. Rafael erzählt von seinen Jahren auf einer einsamen kleinen Insel und seiner ersten Begegnung mit Dartz. Yugi muss schwer auf der Hut sein, weil ihm Rafaels Wächterkarten vollkommen unbekannt sind.

Rafael und Yami-Yugi setzen ihr Duell fort. Rafael spielt die Karte Austausch und schafft es so, seinem Gegner das Siegel von Orichalcos anzudrehen. Er provoziert Yami-Yugi solange, bis er endlich diese Karte ausspielt. Joey, Tristan und Duke schaffen es nicht rechtzeitig, ihrem Freund zu Hilfe zu eilen. Was wird nun aus seiner Seele?

Das Duell von Rafael und Yami-Yugi geht in die dritte Runde. Und Rafael soll Recht behalten: Nachdem Yami-Yugi das Siegel von Orichalcos gespielt hat, verändert sich sein Wesen zum Negativen. Er wird immer gieriger und opfert ein Lieblingsmonster nach dem anderen. Mit ein wenig Glück steht am Ende Rafael als Sieger da. Yami-Yugi muss Rafael seine Seele überlassen. Aber da tritt plötzlich der kleine Yugi an die Stelle des Pharao.

Tea und Rebecca erfahren, dass der Pharao das Duell verloren hat und die Seele von Yugi sich jetzt auf dem Weg zu Meister Dartz befindet. Gemeinsam mit dem Professor kommen Joey und seine fünf Freunde darauf, dass all die Vorgänge der letzten Tage etwas mit der verschwundenen Stadt Atlantis zu tun haben müssen. Sie beschließen, sich auf die Suche nach Dartz zu machen. Rex und Weevil waren da etwas schneller. Sie haben sich bereits bei Dartz eingeschmeichelt und versprechen, den Pharao und Joey im Duell zu besiegen.

Joey, Tristan, Tea und Yami-Yugi machen sich auf den Weg zu Dartz und besteigen am Bahnhof den Eisenbahnzug. Nach einiger Zeit bemerken sie, dass die anderen Fahrgäste verschwunden sind. Wie durch Geisterhand wird der Waggon von Joey und Tristan abgekoppelt; und die beiden finden sich in der Wüste wieder. Dort begegnet ihnen Rex Raptor, der Joey zum Duell herausfordert. Ähnlich ergeht es Yami-Yugi und Tea, als plötzlich Weevil vor ihnen steht und den Pharao zum Duell zwingt. Joey und Yami-Yugi sind in einer schwierigen Situation. Weil ihre beiden Kontrahenten über die Macht des Orichalcos verfügen.

Das Duell zwischen Yami-Yugi und Weevil geht weiter. Nachdem Weevil die Karte DNA-Operation gespielt hat, verwandeln sich alle Monster auf dem Feld in ein Insekt. Yami-Yugi ist praktisch nicht mehr in der Lage, ein neues Monster zu beschwören. Joey und Rex setzen ihr Spiel ebenfalls fort. Rex nervt Joey mit alten Geschichten vom Turnier im Königreich der Duellanten. Aber Joey lässt sich von seinem Gefasel nicht ablenken und spielt den Schwarzen Rotaugen Drachen. Kann sein Gegner dem etwas entgegensetzen?

Die Duelle gehen weiter. Rex hat sich vorgenommen, Joey zu quälen. Er will versuchen, den Rotaugendrachen zweimal zu zerstören, aber Joey bekommt seinen guten alten Gearfried, den Eisernen Ritter, in die Finger und kann seinen Gegner endgültig schlagen. Damit wandert die Seele von Rex zum Orichalcos. Weevil hat genauso wenig Glück. Mit einer geschickten Taktik und dem Berserker zwingt Yami-Yugi seinen Kontrahenten in die Knie. Nun ist auch Weevils Seele verloren.

Als Tea und der Pharao wieder zu sich kommen, befinden sie sich im Zelt von Chris und Eisenherz. Die beiden führen sie in die Berge zum heiligen Tal, wo man den Seelen aus der anderen Welt begegnen kann. Dort oben trifft der Pharao auf Yugi, der ihn sofort zu einem Duell herausfordert. Mit einer List schafft es Yugi, das Böse im Herzen des Pharaos zu besiegen. Damit ist er wieder in der Lage, die Welt zu retten.

Im heiligen Tal kämpft der Pharao gegen einen Feind aus längst vergangenen Tagen. Seine Visionen versetzen ihn immer wieder zurück in die Zeit der letzten Schlacht um Atlantis. Aber sein unbekannter Gegner scheint übermächtig zu sein. In letzter Sekunde eilen ihm Eisenherz und Chris zu Hilfe. Sie geben ihm das Auge des Timaeus zurück. Er kann das Duell gewinnen, aber die beiden Welten sind noch lange nicht gerettet.

Valon kämpft in einem Duell gegen Rebecca und Duke. Dabei setzt er seine speziellen Panzerkarten ein und besiegt die beiden.

Nachdem Alister Kaiba und Mokuba in ein Flugzeug gelockt hat, fordert er Kaiba zu einem Duell der Rache heraus. Während das Flugzeug außer Kontrolle gerät und zusammen mit Mokuba abzustürzen droht, kämpft Kaiba gegen Alister.

In dem führerlosen Flugzeug gewinnt Kaiba das Duell gegen Alister. Nur durch den Angriff der drei mystischen Drachen kann das Flugzeug vor der Vernichtung gerettet werden. Alister verliert seine Seele, und Meister Dartz übernimmt die Kaiba Corporation.

Im Hauptsitz der Kaiba Korporation treffen Yami-Yugi und Kaiba auf Dartz. Dieser hat in der Zwischenzeit Tausende von Drachenmonstern wiederbelebt, die Seelen für den großen Leviatan einfangen sollen. Yami-Yugi fordert Dartz zu einem Duell heraus, doch dieser nimmt die Herausforderung nicht an.

Die ganze Stadt ist voller Monster, die den Menschen ihre Seelen abjagen wollen. Joey stellt sich einem Duell mit Valon, um Mai und Yugi zu retten. Der Rest unserer Freunde ist unterwegs zu Dartz und seiner Firma Paradius.

Joey duelliert sich mit Valon, um Mais Geist aus den Fängen des Bösen zu befreien. Dabei hat er kaum eine Chance – bis er die Klaue des Hermos spielt.

Tea, Tristan, Yami und Rebecca lokalisieren Joey und machen sich auf die Suche nach ihm, um ihm zu helfen. Wie sich herausstellt, kämpft Valon auch für Mai – Joey soll endlich aus ihrem Leben verschwinden. Bisher konnte keiner der beiden das Duell für sich entscheiden – weder Joey noch Valon.

Joey gewinnt das Duell, und fordert gleich darauf Mai heraus, um ihre Gedanken aus den Fängen des Bösen zu befreien. Natürlich strebt er ein Unentschieden an.

Gebrochen und völlig erschöpft nach dem anstrengenden Duell gegen Valon kann Joey kaum noch stehen – geschweige denn kämpfen! Doch noch bevor er Zeit zum Ausruhen hat, steht er einer erfrischten und zu allem entschlossenen Mai gegenüber. Ihre beiden Seelen werden wieder vom Siegel der Orichalcos gelenkt, aber diesmal kann ihr Kampf nicht unentschieden ausgehen. Wird Joey trotz seines angeschlagenen Zustands der Sieg gelingen?

Es kommt zu einer erneuten Begegnung zwischen dem Pharao und Rafael, doch diesmal steht Yugi dem Pharao nicht beschützend zur Seite. Es wird spannend, denn Rafael beginnt Ernst zu machen und setzt mächtigere Wächter ein als jemals zuvor.

Das Duell geht weiter. Für den Pharao sieht es nicht besonders gut aus, doch Rafael fordert sein Glück heraus und scheint kurz davor, die Kontrolle zu verlieren. Womit der Pharao jedoch nicht rechnen konnte: Rafael hat noch weitere Trümpfe in seinem Deck. Es bleibt spannend…

Rafael ruft eines seiner mächtigsten Monster auf den Plan, ein schier unbesiegbares Monster, das nach jedem finalen Schlag immer wieder aufersteht. Die Lebenspunkte des Pharaos leiden erheblich – und seine Seele ist so gut wie verloren.

Yugi und seine Freunde haben endlich Dartz’ geheime Basis entdeckt – mitten im Meer. Nun wollen sie ihm ein für alle Mal das Handwerk legen. Doch Dartz’ Insel ist umgeben von gefährlichen Strömungen und Tornados – es scheint unmöglich an ihn heranzukommen, ehe er seine mächtigsten Trümpfe einsetzen kann.

Dartz Geheimnisse sind gelüftet. So fanden die Freunde heraus, dass er über 10.000 Jahre alt ist. Außerdem wissen sie nun, warum Atlantis sank und wie es zum Kampf zwischen Dartz und dem Pharao kam. Kaiba und der Pharao begreifen daraufhin, dass sie sich auf ein ultimatives Duell einlassen müssen, um dem seit Jahrhunderten andauernden Terror ein Ende zu bereiten.

Dartz greift zu einer List. Im Duell mit Kaiba und dem Pharao setzt er Spiegelritter ein, in die er die Seelen der gefangenen Freunde eingesetzt hat. So steht der Pharao im Duell mit Dartz plötzlich Yugi gegenüber. Kann er seinem besten Freund Schaden zufügen?

Dartz streckt Kaiba und den Pharao nieder! Durch eine Verstärkung des Siegels des Orichalcos werden die Freunde erst handlungsunfähig gemacht, bevor Dartz dann sein mächtigstes Monster einsetzt. Damit haben Kaiba und der Pharao das Duell verloren…

Der Pharao ist nun auf sich allein gestellt. Kaibas Seele ist verloren und er muss selbst mit Dartz und Orichalcos fertig werden. Doch der legendäre Drache verbirgt ein Geheimnis. Gibt es noch Hoffnung für die Freunde?

Dartz wird von Yami-Yugi im Duell niedergestreckt, kann jedoch entkommen. Die drei Drachen lassen unterdessen die Seelen von Yugi, Joey und Kaiba frei und beschließen, gegen das Böse zu kämpfen. Diesmal allerdings in der Gestalt von Orichalcos, den Dartz wieder zum Leben erweckt hat.

Yugi, Joey und Kaiba kämpfen mit aller Kraft gegen Orichalcos, doch das Monster ist zu stark und absorbiert die Freunde. Yugi gelingt es jedoch in letzter Sekunde zu entkommen. Er setzt die mächtigen Götterkarten ein, woraufhin alle Monster vereint gegen den großen Leviathan antreten.

Die Last der Welt liegt auf Yugis Schultern. Zwar ist Orichalcos besiegt, der große Leviathan droht jedoch in Form einer Naturkatastrophe die Menschheit zu vernichten. Kann Yugi das verhindern?