Die restlichen Teilnehmer des City Battle Turniers sind im Luftschiff unterwegs zur Kaiba Corporation Insel: dem Austragungsort des Finales. Kurz bevor sie eintreffen, wird das Luftschiff entführt. Dort begegnet Kaiba Noah einem jungen Duellanten, der anscheinend noch eine Rechnung mit ihm offen hat.

Die fünf ehemaligen Manager von Kaiba Corporation schicken alle Duellanten in einzelne Cyberräume. Hier wollen sie gegen Yugi und Co. im Duell antreten. Wenn sie gewinnen, werden sie aus dem virtuellen Gefängnis befreit und die jungen Duellanten müssten sich dort einsperren lassen. Das erste Duell bestreiten Yugi und Ganzley. Da Yugi die Regeln noch nicht beherrscht, kommt er schnell ins Hintertreffen. Wird er es schaffen?

Yugi setzt sein Duell gegen Gansley fort. Da sich der abgebrühte Geschäftsmann viel besser mit den Regeln des neuen Spiels auskennt, kommt Yugi sehr in Bedrängnis. Schon zwei mal wurde sein Angriff reflektiert und hat ihn dann selber getroffen. Ein drittes Mal würde das Ende bedeuten, und Yugi müsste für immer im Cyberraum bleiben. Duke und Tristan können aus dem endloslangen Gang ausbrechen und retten im letzten Augenblick Serenity vor einem wild gewordenen Monster.

Für Yugi geht das Duell mit Gansley in die dritte Runde. Er muss sehr vorsichtig sein, denn einen dritten direkten Angriff würde er nicht überstehen. Als Gansley zum vernichtenden Schlag ansetzen will, kommt ihm Kuriboh zu Hilfe. Yugi nutzt die allgemeine Verwirrung, setzt zum Gegenschlag an und vernichtet Gansley. Tea kann ihren blauen, einäugigen Verfolgern entkommen. Aber hat sie sie wirklich für immer abgeschüttelt?

Tea trifft den Pinguin wieder, der sie vor den einäugigen Monstern gerettet hat. Er führt sie in einen großen Eispalast. Dort trifft sie auf Crump, der nun die Gestalt eines Pinguins angenommen hat. Weil er Teas Körper übernehmen will, fordert er sie zum Duell in der Eis-Arena heraus. Tea friert sehr stark und kann sich kaum auf das Spiel konzentrieren. Yugi kann hören, wie Tea in der Kälte leidet. Aber da er keinen Ausgang aus seinem Labyrinth findet, kann er ihr nicht zu Hilfe eilen.

Tea duelliert sich weiter mit Crump, dessen Geist in der virtuellen Welt die Gestalt eines Pinguins angenommen hat. Mit geschickt vorher berechneten Zügen bringt er Tea zunehmend in Bedrängnis.

Nachdem die ersten beiden der Big Five im Duell gegen Yugi und Tea gescheitert sind, erhält nun Johnson von Noah eine letzte Chance. Er soll gegen Joey antreten. Joey nimmt das Duell gegen den ehemaligen Hausanwalt der Kaiba Corporation anfangs auf die leichte Schulter. Er muss aber bald einsehen, dass dieser mit allen Wassern gewaschen ist und seine ausgefeilte Strategie eine echte Gefahr für Joey darstellt. Yugi und Tea erreichen nach einer langen Wanderung durch die Eiswüste endlich den wärmenden Gerichtssaal in dem der Kampf zwischen Joey und Johnson stattfindet. Werden sie ihren alten Freund aus seiner verzwickten Lage befreien können?

Joeys Chancen im Duell gegen Johnson werden immer schlechter. Er verliert einen Zug nach dem anderen. Und das teilweise aus völlig unerklärbaren Gründen. Da taucht Noah im Gerichtssaal auf und will das Duell abbrechen, weil Johnson wiederholt geschummelt hat. Joey will aber, dass das Duell – jetzt unter fairen Bedingungen – zu Ende gebracht wird. Mit der Zauberkarte „Schwere Entscheidung“ gelingt es ihm, den Juristen auszutricksen und die Partie für sich zu entscheiden. Aber dann erfährt er, dass sich auch seine Schwester Serenity duellieren soll. Wird er sie rechtzeitig finden, damit er ihr helfen kann?

Serenity, Duke und Tristan entdecken eine geheimnisvolle Tür durch die sie in eine große Lagerhalle geraten. Dort begegnet ihnen plötzlich Nesbitt, der vierte der Big Five. Er fordert Serenity zum Duell heraus. Bekanntlich verfügt sie über keine Duellerfahrung. Deshalb bieten Tristan und Duke an, sich an ihrer Stelle mit Nesbitt zu duellieren. Der ehemalige Vizepräsident für neue Technologien lehnt ab. Schlimmer noch: Er will jetzt gegen alle drei kämpfen. Serenity macht am laufenden Band Fehler. Immer wieder müssen Tristan und Duke sie retten. Dabei verliert Tristan seinen Deck Master. Die Big Five dürfen also seinen Körper übernehmen. Kann Duke das noch verhindern?

Das Duell zwischen Duke, Serenity und Nesbitt geht weiter. Mit ein paar Tricks aus seinem Dungeon-Dice-Monsters-Spiel gelingt es Duke, Nesbitt kurzfristig zu verunsichern. Aber als Serenity am Zug ist, sieht es wieder schlecht aus für die beiden. Plötzlich tauchen Joey, Yugi und Tea am Duellfeldrand auf. Sie machen Serenity Mut. Sie erinnert sich an die Lektion, die ihr Tristan in Sachen Duel Monsters vor einiger Zeit erteilt hat und macht ein paar schlaue Züge. Duke aktiviert die Zauberkarte, die von Tristan zurückgelassen wurde. Er kann Nesbitts Lebenspunkte komplett vernichten. Obwohl der vierte der Big Five damit verloren hat, bleibt Tristans Körper verschwunden.

Yugi, Tea und Co. machen sich auf die Suche nach Tristan. Können ihn aber nirgendwo finden. Kaiba und Mokuba scheinen mehr Glück zu haben. Ihnen läuft jemand über den Weg, der zumindest so aussieht wie Tristan. Allerdings stellt sich schnell heraus, dass ein anderes Wesen in Tristans Hülle steckt. Als dieses Wesen Mokuba kidnappt, nimmt Kaiba die Verfolgung auf. Unterwegs wird er von Leichter, dem fünften der Big Five aufgehalten und zu einem Duell herausgefordert. Yugi und seinen Freunden läuft ein kleiner Robo-Affe zu. Da Serenity ihn süß findet, nehmen sie das kleine Vieh erst einmal mit.

Das Duell zwischen Kaiba und Leichter geht in die nächste Runde. Aber da der Kandidat der Big Five seinen Monstern immer wieder einen Powerschub gibt, stehen die Chance für Kaiba zunehmend schlechter. Durch einen Zufall gelingt es Tristans Geist, den Lautsprecher seines Roboaffen-Körpers anzuschalten und mit Yugi, Joey und deren Freunden Kontakt aufzunehmen. Joey ist skeptisch. Er glaubt, dass dieser Affe nur ein Spion der Big Five ist. Mokuba muss mit anhören, wie Leichter von Setos krummen Geschäften, bei der Übernahme von Kaiba Corporation berichtet. Obwohl Seto damals Mokuba ausgenutzt hat, hält sein kleiner Bruder weiter zu ihm. Mit einer geschickten Strategie gelingt es Kaiba, Leichter am Ende doch zu besiegen.

Noah will Seto alles wegnehmen, was ihm teuer und wichtig ist. Darum versucht er, Mokuba auf seine Seite bringen. Weil ihm das nicht gelingt, probiert er es mit einer List und Hypnose. Als Seto dann bei Noah auftaucht, um Mokuba zu holen, will sein kleiner Bruder nichts mehr von ihm wissen. Inzwischen geraten Joey, Serenity und Duke in eine Auseinandersetzung mit den Big Five, die mit Gewalt die Körper der drei übernehmen wollen. Noah tischt Seto eine Geschichte auf, wonach er ein Stiefbruder von Seto und Mokuba sein soll. Eine kleines Detail lässt bei Yugi und Seto aber Zweifel über den Wahrheitsgehalt an Noahs Version aufkommen.

Kaiba macht sich auf die Suche nach Mokuba, wobei er Yugi und seine Freunde davor warnt, sich ihm in den Weg zu stellen. Bevor Yugi und die anderen etwas unternehmen können, stellt sich ihnen ein neues Problem. Tristan taucht auf und fordert Yugi zu einem Duell heraus. Tristans Körper wird nämlich von allen der Big Five kontrolliert. Ihre Bedingungen für den Kampf: Gewinnt Yugi, geben sie Tristans Körper frei, verliert er aber, bekommen die Big Five die Körper der Freunde. Yugi akzeptiert, aber Joey wirft ein, dass ein Kampf eins zu fünf unfair sei, weshalb er an der Seite seines Freundes mitkämpfen wolle. Die Big Five akzeptieren, und es beginnt ein unerbittliches Duell. Währenddessen sucht Kaiba nach Mokuba und Noah und entdeckt dabei Kaibaland.

Kaiba erreicht ein virtuelles Kaibaland-Gebäude, dessen Tür allerdings von einem Schachbrett blockiert wird. Kaiba macht einen Zug, der den Gegner schachmatt setzt und gelangt so in das Haus. Dort sieht er einen Film über Gozaburo und Noah sowie eine Aufzeichnung von Noahs Beerdigung… Währenddessen entwickelt sich der Kampf zwischen Yugi und Joey gegen die Big Five im Körper von Tristan dramatisch. Durch geschicktes Taktieren und Einsetzen der richtigen Karten schaffen Yugi und Joey es, die Lebenspunkte der Big Five von 8000 auf 1200 zu reduzieren. Aber dann zieht Big Five eine Karte und beginnt wie wahnsinnig zu lachen…

Der Kampf zwischen Yugi, Joey gegen Big Five geht in die dritte Runde. Big Five initiiert ein Ritual, um einen bösen Drachen auferstehen zu lassen. Dazu muss er je ein Monster mit dem Attribut Erde, Wasser, Feuer, Wind und Dunkelheit opfern. So ruft er den „Five-God Dragon“ herbei, ein übermächtiges Monster, das Yugi und Joey schwer in Bedrängnis bringt. Haben sie trotzdem noch eine Chance, den Kampf zu gewinnen?

Tristan hat Angst, dass er nun für immer ein Affe bleiben muss, aber die anderen entdecken sechs Knöpfe auf seinem Rücken, die zeigen, was alles in diesem Affen steckt. Drückt man einen der Knöpfe, bekommt der Affen plötzlich Räder oder einen Propeller. Als Yugi schließlich den roten Knopf drückt, bringt der Affe Yugi und die anderen direkt nach Kaibaland. Hier erfahren sie die traurige Wahrheit über Noah, der einst von einem Auto überfahren wurde und dabei ums Leben kam. Jetzt existiert er nur noch in einer virtuellen Welt im Computer, die Kaiba für ihn entwickelt hat. Zwar ist Seto schockiert, das zu hören, dennoch fordert er Noah zum Duell heraus, denn er hat schon so lange auf diese Gelegenheit gewartet. Ein Kampf beginnt, der Setos Leben verändern soll…

Das Duell zwischen Noah und Seto Kaiba geht weiter. Nachdem Noah Shinatos Arche gespielt hat, stehen ihm sämtliche Monster von beiden Kartenfriedhöfen zur Verfügung. In der virtuellen Welt hat er nun absolut das Sagen und lässt dies auch Kaiba spüren. Er versetzt die Partie mit Drachenkarten ins Dinozeitalter und lässt eine Eiszeit folgen. Trotzdem gelingt es Seto, seinen Rivalen langsam in Bedrängnis zu bringen. Als er zum entscheidenden Schlag ausholen will, stellt sich ihm plötzlich Mokuba in den Weg, um Noah zu schützen. Seto muss sich entscheiden: Entweder für Mokuba oder den Präsidentenposten bei Kaiba Corporation.

Nachdem sich Mokuba als Schutzschild vor Noah postiert hat, muss sich Seto entscheiden: Verletzt er Mokuba oder verzichtet er auf den Präsidentenposten bei Kaiba Corporation. Da er seinem Bruder nicht weh tun will, bricht Seto seine Attacke ab. Dadurch ist Noah nun klar im Vorteil. Durch einen geschickten Schachzug gelingt es ihm, viele neue Lebenspunkte zu erlangen. Seto schafft es, in Mokubas Unterbewusstsein vorzudringen und ihn wachzurütteln. Zu spät. Noah gewinnt die Partie und verwandelt die beiden Brüder zu Stein. Yugi findet, dass Noah mit ziemlich unfairen Mitteln zu seinem Sieg gelangt ist und fordert ihn heraus.

Tea, Serenity, Joey und Duke drücken ihrem Freund Yugi die Daumen. In einem aussichtslosen Kampf ist er mit 200 Lebenspunkten gegen Noah angetreten. Plötzlich muss er gegen völlig ungewohnte Karten kämpfen: gegen Geistermonster. Als es Yugi gelingt, die Lichtschwerter auszuspielen verschafft er sich für drei Runden einen leichten Vorteil, da Noah ihn nicht mehr angreifen kann. Aber mit einem geschickten Zug gelingt es dem virtuellen Rivalen, Yugi schnell wieder in Bedrängnis zu bringen. Wird Noah es schaffen, auch Yugis restliche Freunde in Stein zu verwandeln?

Der Kampf zwischen Noah und Yugi geht weiter, und Noah sammelt immer mehr Lebenspunkte. Es sieht schlecht auch für Yugi und seine Freunde, denn plötzlich verwandelt Noah Tristan zu Stein und droht Yugi an, für jeden Spielzug, den Yugi macht, einen seiner Freunde zu versteinern. Als nächstes muss Serenity dran glauben, und nach Yugis nächstem Zug, der ihn wieder 300 Lebenspunkte kostet, verwandelt Noah Joey zu Stein. Egal, was Yugi auch anstellt, Noah scheint ihm einfach überlegen zu sein. Und nach einem weiteren wenig erfolgreichen Angriff von Yugi, versteinert Noah auch noch Tea. Schließlich besitzt Yugi nur noch 100 Punkte, während Noah 10.000 Lebenspunkte gewonnen hat. Yugi ist am Boden, und es sieht ganz so aus, als habe Noah das Spiel gewonnen, da gelangt Yugi plötzlich in einen Raum, der all die Erinnerungen seiner versteinerten Freunde enthält. Alle sind sie versammelt und feuern den verzweifelten Yugi dazu an weiter zu kämpfen.

Yugi hat den Kampf gegen Noah gewonnen, und alle werden in ihren ursprünglichen Zustand zurückversetzt. Auch Seto und Mokuba sind nicht länger versteinert und umarmen sich erleichtert. In einer letzten Anstrengung versucht der wütende Noah, Yugis Körper zu übernehmen, aber die schockierenden Szenen aus Ägypten, die er in Yugis Erinnerung findet, und das Millennium Puzzle, das Yugi beschützt, vereiteln Noahs Versuch. Nun will Noah wissen, wer Yugi wirklich ist. Aber bevor er seinem Widersacher antworten kann, erscheint Gozaburo Kaiba. Er teilt seinem Schützling Noah mit, dass er versagt habe und er darum nun keine Verwendung mehr für Noah habe. Dann erklärt er, dass er Seto nur adoptiert habe, um einen geeigneten Körper für Noah zu besitzen. Seto ist entsetzt…

Yugi und die anderen sind sauer, weil Noah einfach Mokubas Körper übernommen hat. Doch bevor sie etwas unternehmen können, werden sie plötzlich von Duel Monstern attackiert. Noah plant indessen, den Bereich, in dem Kaiba, Yugi und ihre Freunde sich aufhalten, in die Luft zu sprengen: In dreißig Minuten soll die virtuelle Welt explodieren! Noah selbst will in einem Hubschrauber fliehen, als er urplötzlich seine Meinung ändert…In der Zwischenzeit sucht Seto Kaiba seinen Stiefvater Gozaburo auf, um ihn darum zu bitten, ihn und seine Freunde endlich aus der virtuellen Welt freizulassen. Da schlägt Gozaburo vor, Seto solle gegen ihn antreten, um seine Forderungen durchzusetzen. Er willigt ein, und der Kampf beginnt – doch ihnen bleibt nicht mehr viel Zeit, bis die virtuelle Welt in die Luft fliegt…

Noah, dem plötzlich Leid tut, dass er veranlasst hat, die virtuelle Welt zu zerstören, gibt Yugi und den anderen den Tipp, durch ein Portal im Spielzimmer zu fliehen. Gozaburo kann nichts gegen ihre Flucht tun, denn es ist Noah, der das System beherrscht. Den meisten gelingt die Flucht, aber bevor Yugi ebenfalls verschwinden kann, bittet Noah ihn, Seto zu retten. Als Gozaburo erfährt, was Noah getan hat, verwandelt er sich vor lauter Wut in ein fürchterliches Monster, das droht, Setos Körper zu übernehmen. Aber Seto bleibt ganz ruhig und schlägt seinem Gegenüber vor, ihren Kampf fortzusetzen. Der Gewinner soll wieder in die reale Welt zurückkehren dürfen. Gozaburo stimmt zu, und es beginnt eine schreckliche Schlacht…

Kaiba, Marik, Yugi und Joey betreten den Alcatraz Duel Tower, um sich dem ultimativen Viererduell zu stellen. Dabei gibt es für jeden genug Gründe, um gegen einen der anderen anzutreten. Yugi will unbedingt gegen Marik kämpfen, weil er sein eigentlicher größter Feind ist und er die Welt vor ihm retten will. Aber wegen des Versprechens, das sie sich einst gegeben haben, würde er auch Joey herausfordern wollen. Und Kaiba will er schon lange besiegen, um ihren ganz persönlichen Krieg endlich zu beenden. Sie kämpfen zunächst zu viert, wobei danach sowohl die beiden Gewinner als auch die beiden Verlierer erneut gegeneinander antreten. Im ersten Schritt muss jeder der vier Duellanten eine Karte ziehen. Wer die Karte mit den meisten Lebenspunkten zieht, gewinnt die Vorrunde. So steht die Reihenfolge fest: Erster ist Seto Kaiba, danach folgt Marik Ishtar, dann Yugi Moto und zum Schluss Joey Wheeler. Das Duell kann beginnen, und Kaiba hat den ersten Zug…

Kaiba ist verdammt wütend, weil Yugi Joey während des Duells zu Hilfe kam. Yugi hingegen überlegt fieberhaft, wie er Kaiba und Marik möglichst schnell aus dem Weg räumt, um im Finale gegen Joey antreten zu können. Kaiba will dafür unbedingt Yugi und Marik schlagen. Sein Plan ist es, zuerst Yugi auszuschalten, um dann Marik zu besiegen. Joey dankt Yugi leise für seine Hilfe. Ihm liegt am meisten daran, Marik fertig zu machen, damit er Mai retten kann. Da versucht Kaiba einen Keil zwischen Yugi und Joey zu treiben, indem er Joey erzählt, Yugi würde ihm nur helfen, weil er genau wüsste, dass Joey – auf sich gestellt – das Duell niemals gewinnen könne. Yugi plane, zunächst mit Joeys Unterstützung Marik und Kaiba zu überwältigen, um dann im Final gegen den schwächeren Joey den sicheren Sieg einstreichen zu können. Yugi wird wütend, als er das hört, aber Joey scheint Kaibas Worte zu überhören.

Das Viererduell läuft auf Hochtouren. Marik attackiert Joey, und mit Unterstützung des hinterlistigen Kaiba reduziert er Joeys Lebenspunkte auf 3200. Nun ist Yugi am Zug. Da Kaiba noch zwei verdeckte Karten vor sich liegen hat, entscheidet Yugi, dass es zu gefährlich wäre, ihn jetzt anzugreifen. Marik hingegen hat momentan keine versteckten Karten im Spiel, dafür zwei Monster im Angriffsmodus. Joey schließlich hat keine Monster auf dem Feld, aber eine verdeckte Karte vor sich liegen. Tristan, der zusammen mit Tea das Gefecht verfolgt, vermutet, dass Yugi entweder Marik oder Kaiba angreifen wird, weil er Joey versprochen hat, im Einzelduell gegen ihn anzutreten, um ihm zu helfen, ein richtig guter Kämpfer zu werden. Gerade als Yugi Marik angreifen will, stoppt Joey ihn und fragt ihn, was seiner Meinung nach einen guten Kämpfer ausmacht. Kaiba macht sich lustig über Joey und seine Frage und Marik wird langsam ungeduldig wegen der Verzögerung, aber Joey lässt sich nicht einschüchtern.

Das Duell Yugi gegen Marik beginnt. Wie schon damals gegen Mai, verlegt Marik den Zweikampf ins Reich der Schatten. Jeder der beiden Spieler erhält eine Verbindung zu seinen Monstern. Verlieren die Monster Lebenspunkte, so verliert der Duellant körpereigene Energie. Erst sieht es so aus, als könnte Joey Yami-Marik Paroli bieten, doch dann spielt Yami-Marik eine Karte, die bewirkt, dass Joey bei jedem Zug eine Karte aus seinem Blatt verliert.

Im Halbfinalduell Yami-Marik gegen Joey behält Yami-Marik die Oberhand. Er spielt so viele Fallenkarten, dass Joey kaum noch eine Chance hat. Im letzten Moment zieht er Jinzo und vernichtet damit Yami-Mariks Fallenkarten. Joey glaubt sich auf der sicheren Seite, da zieht Yami-Marik Lava Golem. Dafür werden zwei Monster auf Joeys Seite geopfert. Im Gegenzug dazu erhält er Mariks Monsterkarte Lava Golem mit einer Angriffsstärke von 3000 Punkten. Jetzt ist Joey am Zug. Yami-Marik fordert ihn zu einem Angriff heraus. Wo ist der Haken?

Nachdem Yami-Marik lange Zeit das Duell beherrscht hat, dreht Joey den Spieß um. Es sieht ganz danach aus, als könnte er Marik besiegen. Da holt Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra vom Friedhof. Und obwohl dieser aufgrund der fehlenden Monsteropferung keine Angriffspunkte besitzt, ist er dank seiner besonderen Fähigkeit, sich in Phoenix zu verwandeln, ein mächtiger Kämpfer, der auch ohne Angriffspunkte vernichtend zuschlagen kann. Der zu erwartende Schlag dürfte Joey zwar nicht im Duell besiegen, ihm jedoch seine gesamte Lebensenergie rauben.

Marik setzt seine Ägyptische Götterkarte transmutiert als Phoenix gegen Joey ein. Da sie null Angriffspunkte besitzt, schadet das zwar Joeys Lebenspunkten überhaupt nicht, aber der Schlag raubt ihm soviel Lebensenergie, dass er trotz aller Willensanstrengung ohnmächtig zusammenbricht. Marik hat das Duell gewonnen. Als nächstes treten Kaiba und Yugi gegeneinander an. Wird es Yugi gelingen aus dem Battle City Turnier als Sieger hervorzugehen? Das Schicksal der Welt hängt von ihm ab.

Um das Duell zwischen Yugi und sich selbst entsprechend zu würdigen, lässt Kaiba das Halbfinale im Kolosseum stattfinden. Er scheint das Duell zu kontrollieren, mit einem Trick knöpft er Yugi Slifer den Himmelsdrachen ab, aber Yugi erobert ihn wieder zurück.

Durch kluges Taktieren gelingt es Yugi, Slifer den Himmelsdrachen aufzurufen, aber bevor er Kaiba damit besiegen kann, bringt dieser Obelisk den Peiniger ins Spiel. Allem Anschein nach ist Obelisk stärker als Slifer…

Kaiba und Yugi kämpfen mit ihren Ägyptischen Götterkarten einen erbitterten Kampf gegeneinander. Immer wieder gelingt es Yugi seinen Kopf aus der Schlinge zu ziehen. Plötzlich zeigen sich die uralten Kräfte des alten Ägypten. Monitore zerspringen und der Himmel erstrahlt in einem grellen Leuchten.

Der Kampf der beiden Göttermonster lässt Kaiba und Yami-Yugi eine Reise in die Zeit des antiken Ägypten machen. Dort sehen sie, wie der alte Pharao und der Hexenmeister sich in einem Kampf gegenüberstehen. Trotz dieser gemeinsamen Vision leugnet Kaiba jeglichen Zusammenhang des gegenwärtigen Duells mit der Vergangenheit. Durch einen geschickten Spielzug von Kaiba, verliert Yugi bei einem Angriff seines Schwarzen Magiers 1500 Lebenspunkte und ist damit in der Defensive.

Kaiba wird während des Duells immer stärker und hat schließlich drei Weiße Drachen mit eiskaltem Blick auf dem Feld. In seinem Traum verliert Joey das Duell, erscheint aber in einer ausweglosen Situation in Yugis Gedanken und gibt ihm einen Rat, der ihn vor der Niederlage bewahrt. Es sieht so aus, als würde Joey wieder zu sich kommen…

Kaiba gewinnt immer mehr die Oberhand. Er hat drei Weiße Drachen auf dem Feld und einen auf dem Kartenfriedhof. Beide wählen drei Karten, die in ihrem Deck verbleiben. Der Rest wandert ebenfalls auf den Friedhof. Kaiba scheint unbesiegbar. Yugi glaubt seine Strategie zu erkennen und richtet seine drei verbleibenden Karten darauf aus, dass Kaiba mit Hilfe einer Fusionskarte seine drei Weißen zu einem Ultradrachen vereinigen will. Durch eine geschickte Taktik gewinnt Yugi das Halbfinale.

Nachdem Kaiba das Duell gegen Kaiba verloren hat, wird er von Joey zu einem Kampf um den dritten Platz herausgefordert. Nur widerwillig und äußerst überheblich lässt sich Kaiba auf das Duell ein. Wider Erwarten verliert er bei der ersten großen Schlacht 200 Lebenspunkte. Marik, das heißt die gute Seite von Marik, erscheint seiner Schwester Ishizu in Gestalt von Tea und beschließt, sich seinen Körper zurückzuholen und sich in den Kampf um die Rettung der Welt einzumischen.

Nachdem Joey nur noch mittelstarke Monster auf seiner Hand und in seinem Deck hat, gewinnt Kaiba immer weiter die Oberhand. Als er den Weißen Drachen mit eiskaltem Blick aufruft, scheint das Spiel für Joey verloren. Doch es gelingt ihm, Kaiba seinen Weißen abzuknöpfen. Rasend vor Zorn ruft Kaiba einen zweiten Weißen Drachen auf’s Feld und lässt beide gegeneinander kämpfen. Nachdem beide vernichtet sind, belebt Kaiba mit Monster Reborn seinen Drachen wieder neu.

Joey schlägt sich wacker gegen Kaiba, verliert aber letztendlich doch das Duell. Kurz bevor das Finale losgeht, entschließt sich Kaiba, Yugi die einzige Karte zu geben, mit der er den Geflügelten Drachen des Ra schlagen kann. Allerdings muss er sie auf eine ganz besondere Art spielen, sonst hat er das Duell verloren.

Das Finale beginnt. Yami-Marik kämpft gegen Yami-Yugi. Wenn Yami-Yugi verliert, werden Mai und Yugi im Reich der Schatten versinken. Wenn Yami-Marik verliert, wird Marik in die Finsternis verdammt. Ein teuflisch genialer Plan von Yami-Marik. Es gelingt Yami-Yugi, Slifer den Himmelsdrachen aufzurufen, aber gleich darauf ruft Yami-Marik den Geflügelten Drachen des Ra auf. Und zwar in seinem unverwundbaren Phoenixmodus.

Marik kontrolliert das Duell dank seiner Ägyptischen Götterkarte, der Geflügelte Drache des Ra. Yami-Yugi vertraut Kaiba und scheint damit alte Energien freizusetzen. Blind zieht er die Karte, die Kaiba ihm gegeben hat und mit ihrer Hilfe kann er Obelisk den Peiniger aufrufen. Ist Yami-Marik jetzt am Ende?

Yami-Yugi greift mit Obelisk dem Peiniger an, doch Yami-Marik schafft mit einem Schleimmonster ein Ebenbild von Obelisk. Es gelingt ihm mit einigen Tricks, seine Lebenspunkte absolut unangreifbar zu machen. Die gute Seite von Marik verabschiedet sich von Odion, bevor sie für immer im Reich der Schatten versinkt. Da erwacht Odion aus seinem Koma.

Im Duell gegen Yami-Yugi gelingt es Yami-Marik, sich selbst und alle seine Monster mit dem Geflügelten Drachen des Ra zu verschmelzen. Mit der Zauberkarte Ragnarok hat Yugi die Möglichkeit jedes Monster auf der Seite seines Gegners zu vernichten, das heißt den Geflügelten Drachen des Ra und mit ihm auch Yami-Marik. Aber ob er das schaffen wird? Odion taucht auf, um seinen Master Marik vor den Schatten zu bewahren…

Yami-Yugi schlägt Yami-Marik mit seiner Zauberkarte Ragnarok, sodass dieser nur noch einen Lebenspunkt besitzt. Das Gute in ihm übernimmt wieder die Kontrolle, und um seine dunkle Seite zu vernichten, gibt Marik das Duell auf. Damit hat Yugi gewonnen. Er ist jetzt in Besitz von allen drei Götterkarten und erhält obendrein auch noch den Millenniumsstab und den Millenniumsring. Alle ins Reich der Schatten Verbannten kehren wieder wohlbehalten zurück. Kaiba will den Duell Turm mitsamt der Insel in die Luft jagen. An Bord des Luftschiffes stellt sich heraus, dass die Triebwerke nicht arbeiten. Der Countdown läuft.

Nachdem Yami-Yugi das Battle City Duell gewonnen hat, will Kaiba seine Insel mitsamt dem Duellturm in die Luft jagen. Als unsere Freunde die Duellinsel verlassen wollen, stellen sie fest, dass das Luftschiff nicht funktionstüchtig ist. Buchstäblich in letzter Sekunde verlassen sie die Insel mit dem Rettungshubschrauber. Kaiba und Mokuba fliegen mit einem dem Weißen Drachen ähnlichen Fluggerät. Kaiba verspricht seinem kleinen Bruder auf der ganzen Welt Disneyland-artige Themenparks aufzubauen. In Domino angekommen, trennen sich unsere Freunde. Endlich kommt es zum letzten Freundschaftsduell zwischen Joey und Yugi.

Tea führt Serenity durch ihre Heimatstadt Domino und sie besuchen noch einmal die Orte, an denen die wichtigen Duelle stattfanden. Dabei kommen die Erinnerungen bis hin zum Battle City Finale. Dann heißt es Abschied nehmen.