遊戯の祖父、双六が持つ超レアカード“ブルーアイズ・ホワイトドラゴン”を狙い、海馬瀬人がデュエルをしかけてきた。倒れた祖父に代わり、遊戯が立ち向かう！

遊戯の元に届いたビデオ、それはデュエルモンスターズの生みの親、ペガサスのものだった。千年アイテムを持つペガサスが闇のゲームを仕掛ける！

遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル決戦にのぞむ。そして城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。

遊戯と全国大会での優勝者インセクター羽蛾とのデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

遊戯と全国大会での優勝者インセクター羽蛾とのデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

遊戯と全国大会での優勝者インセクター羽蛾とのデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。

梶木漁太(かじきりょうた)は、あらぶる海のデュエリストだ。その梶木が得意とする海のフィールドで遊戯対梶木のデュエルが始まる！梶木があやつる水の属性のモンスターは、海中にかくれたまま攻撃してくるため、遊戯は大苦戦！　それが何のモンスターかもわからないままにデュエルしなければならないのだ。追いつめられた遊戯に逆転のチャンスはあるのか!?

着実にスターチップを増やしていく遊戯の前に、海馬瀬人の弟、モクバが現れた。参加デュエリストから盗んだデッキを使ってモクバは遊戯に挑戦してくる。

そのころ海馬は遊戯を倒すため日夜研究を重ねていた。その海馬にペガサスの手下が忍び寄る……。

ペガサスから刺客(しかく)物真似師(ものまねし)がさしむけられた。物真似師は、海馬(かいば)の亡霊(ぼうれい)と名乗って遊戯の前に現れる。海馬がそう簡単に殺されるわけがない！そう思いながらも、海馬そっくりの姿と声に動揺(どうよう)をかくせない遊戯。海馬しか持っていないはずのブルーアイズ・ホワイトドラゴンが遊戯におそいいかかる！

ペガサスの陰謀(いんぼう)を知った海馬(かいば)は、コンピュータ・ネットワークを使って遊戯たちのデュエルにわりこもうとしたが、ペガサスにはばまれてしまう。遊戯はブラックマジシャンとマジカル・シルクハットのコンボで、なんとか1体目のブルーアイズ・ホワイトドラゴンを倒した。しかしその直後、2枚目のブルーアイズ・ホワイトドラゴンが！　海馬の無敵のデッキの前に遊戯大ピンチ！

孔雀舞(くじゃくまい)が差し向けたダイナソー竜崎(りゅうざき)と戦うことになった城之内。今回のデュエルはギャラリー(見学者)は口出しなしという約束。舞を打ち破ったときのように遊戯からアドバイスをもらうわけにはいかない。全国大会準優勝の竜崎に一方的に攻められる城之内。絶体絶命のピンチに、引いたカードは本田にもらったバーバリアン1号。本田と城之内の友情が勝敗を決める!?

竜崎(りゅうざき)が次にひいたカードは、デッキの中でも最強の超レアカード｢レッドアイズ・ブラックドラゴン｣。魔法カード｢闇竜族の爪(やみりゅうぞくのつめ)｣を加えた攻撃の前に友情パワーのバーバリアン1号2号はやぶれさる。城之内、大ピンチ！見守る遊戯にはたった１つ秘策(ひさく)があったが、このデュエルではアドバイスしないという約束。はたして城之内は自分でこの秘策に気づくことができるのか!?

本田、城之内、杏子そして遊戯の魂は、獏良了(ばくら　りょう)の身体を乗っ取った闇のデュエリストによってカードの中に封じ込められてしまった。闇遊戯が勝てばみんなの魂を元に戻すことができるが、負ければ千年パズルは奪われ、みんなも死んでしまう。カードとなってゲームフィールドに姿を現す仲間たちが、闇遊戯とともに命がけのデュエルに挑戦だ！

なんとインダストリアル・イリュージョン社の命令でデュエリスト狩りをしているプレイヤーキラーの手で舞のハーピィレディが全めつ、スターチップをすべてうばわれてしまったのだ。プレイヤーキラーたちが受けている最優先指令は｢武藤遊戯をたおすこと｣だという。プレイヤーキラーとのバトルを受けてたった遊戯の運命は……!?

プレイヤーキラー対闇遊戯の対決！闇に包まれた戦いの中で言葉でプレイヤーキラーを圧倒し、魔法カードをたくみにあやつってプレイヤーキラーの攻撃を無効(むこう)にする闇遊戯。そして闇遊戯が場に伏せたカードを表にセットし直した。それは闇をはらいのける「光の護封剣」だった！光の中にさらされるプレイヤーキラーのモンスターたち。しかし、プレイヤーキラーが次にひいたカードは……！

第10話で姿を消していた海馬瀬人(かいばせと)がもどってきた！新しく開発したデュエルディスクシステムを手にデュエリストキングダムにおりたつ海馬。遊戯は物真似師(ものまねし)から取りもどしたデッキを海馬に渡すが、相変わらずの態度に頭に来た城之内が海馬にデュエルで挑戦することに……。海馬のデッキには3枚のブルーアイズ・ホワイトドラゴンが、そして城之内のデッキにはレッドアイズ・ブラックドラゴンがある！最強のドラゴン対決の決着は……!?

いよいよ大会2日目、海馬に負けても気持ちはくじけない城之内だったが、バンディット・キース一味におそわれ、森の奥のかくしフィールドに連れていかれてしまう。そこは墓場フィールド。最強のゴーストデッキを持つゴースト骨塚(こつづか)相手に無理やりデュエルさせられてしまう城之内。果たして彼の運命は……？

骨塚のカード、リビングデッドの呼び声によって、城之内が倒した全てのモンスターがゾンビとしてよみがえってしまった！絶体絶命の城之内。

そのころ遊戯たちは、城之内を探して地下洞窟(どうくつ)をさまよっていた。そこにはミイラやドクロがいっぱい。さらには巨大な岩がおそってきて……！

キースによって地下に閉じ込められてしまった遊戯たち。そこは出口もわからない地下迷宮だった。ようやくたどり着いた部屋に現われる迷宮兄弟!?この2人に勝たなければ地下迷宮からは出られない。2対2のタッグ・デュエルを受けてたつ遊戯と城之内。

モクバを助け出すため、ペガサスの城を目指す海馬。その頃迷宮では、遊戯と城之内が迷宮兄弟とのデュエルを続けていた。遊戯と城之内は、お互いのモンスターを集め、陣形を固め、迷宮を突破しようとする。ところが、迷のカード「迷宮変化」によって、迷宮そのものが姿を変え、城之内のモンスターと遊戯のモンスターはせり上がってきた壁によって分断されてしまった。そして狙われたのは城之内のモンスター……！

迷宮兄弟によって追い詰められたかに見えた遊戯と城之内だったが、遊戯のデュエルテクニックのおかげで勝負は一進一退。そしてついに遊戯たちが切り札を使うときがやってきた！城之内のレッドアイズ・ブラックドラゴンとデーモンを融合させたブラック・デーモンズ・ドラゴンの登場だ！しかし迷宮兄弟は竜族モンスターでは迷宮を越えることはできないと笑う。果たして遊戯たちに手はあるのか!?

ついに迷宮を抜けて地上に出られた遊戯たち。目の前にはペガサス城がそびえている。ペガサス城へ向かった遊戯たちの前に、なんとあの海馬が立ちふさがった。モクバの魂をペガサスに封印されてしまった海馬は、自分と対決してモクバを助けたければ遊戯をデュエルで倒せとペガサスにスターチップを渡されたのだった。遊戯と海馬、宿命の対決が始まろうとしている！

マジックボックスのカードを引いて、海馬のラ・ジーンとマジック・ランプのコンボを破る遊戯。魔法カード・真実の眼によってブルーアイズ・ホワイトドラゴンの3体融合という海馬のねらいも見破った。ところが、海馬が闇道化師サギーのカードに感染させたデス・ウィルスによって形勢は逆転。遊戯のデッキの攻撃力1500以上のモンスター全てが使えなくなってしまった！もう遊戯に勝ち目はないのか!?

海馬瀬人とのデュエルで絶体絶命のピンチに追い込まれた遊戯。それでもあきらめないと宣言した遊戯が、全てをかけて引いたカードは、なんとデュエルモンスターズの中でも一番攻撃力の低いモンスター、クリボー！ところが遊戯はそれをアルティメットドラゴンを倒すためのの切り札だと言って、攻撃表示にする。

いったい遊戯は何を考えているのか!?

デュエルに命をかけた海馬の前に敗れ去った遊戯。戦い続けようとしたもう一人の自分＝闇遊戯を裏切ってしまったことから立ち直れない遊戯。そんな遊戯に城之内は自分のスターチップを渡そうとする。そこへ現われたのは孔雀舞。さすがに舞はチップを16個も集めていた。6個のチップを遊戯にさし出そうとする舞。しかし立ち直れないままの遊戯はそれに答えることさえしない。そんな遊戯を城へ向わせようと、杏子が6個のチップをかけて舞とデュエルすることに……！

ついにペガサスの城にたどり着いた遊戯たち。城の前で待ち構えていた猿渡の妨害を乗り越え、本田たちも一緒に城の中へ入っていく。城内にはすでにバンデッド・キースもいた。そして彼らの目の前で、今しもペガサスと海馬のデュエルが始まろうとしていた！ペガサスによってカードに封印されたモクバの魂を救うため、海馬の必死のたたかいが始まる！

ペガサスに次々と自分の心を読まれてしまう海馬。それが千年アイテム、ミレニアムアイの力なのだ。ペガサスのダークラビットを倒せる手札のない海馬。ペガサスの次のカードは遊戯たちも知らないトゥーンワールドだった。立体絵本のように登場するトゥーンワールドの城。その本の中に入ったカードは、あらゆる攻撃を受け付けないという。そして次にペガサスが繰り出したのは、海馬から奪ったブルーアイズ・ホワイトドラゴンだった！

決戦前夜、遊戯は祖父・双六と海馬兄弟のため打倒ペガサスを心に誓う。本田たちは、ペガサスの秘密を探るため城の中を探索。眠り込んだ城之内は、決勝に参加するためのカードをキースに盗まれてしまう。

ついに決勝トーナメントの朝がやってきた。第1回戦は遊戯と舞の対決。舞を倒さないかぎりペガサスと戦うことはできないのだ。遊戯は舞に負けることはないと考えていた。自分の敵はペガサスだと……。しかし舞はつぶやく。｢目の前の敵から目をそらして勝てるほどデュエルは甘くないわ｣ 果たして、舞の戦術は!?

見えるけど、見えないものとは何か!?　それを舞は城之内に負けたことで知ったと言う。町内会８位にすぎない城之内が王国で勝ち残れたのは、彼が自分の弱さを知っていたからだと言うのだ。本当の勇気は負けて傷つく覚悟がなければ生まれないと……。海馬の命をかけた決意の前で、負けることを恐れた遊戯。彼が目をそむけてきた見えるけど、見えないものとは……!?

トーナメント第2回戦は、バンデッド・キースと城之内のデュエルだ。しかし、トーナメント参加資格となる城之内のカードがいくら探しても見つからない。それもそのはず、なんとキースが盗み取っていたのだ。デュエル開始時間が迫り、城之内があきらめかけたとき、舞が現れた。妹を思って泣く城之内に、舞が差し出したハンカチの中には……！

接戦を繰り広げる城之内とキース。それをみつめるペガサスには、対照的な2人の心も見えていた。希望と信頼に支えられている城之内と、絶望と復讐を抱えるキース。2人の心はまさに光と闇のように正反対だったのだ。

リボルバードラゴンのガンキャノンで二分の一の確率に勝負をかけるキースと、時の魔術師のタイムルーレットにかける城之内。勝利の女神が微笑むのは……!?

いよいよトーナメント決勝戦。城之内と対戦することに戸惑う遊戯。そんな遊戯に城之内は改めて勝負を挑む。「オレたちは互いに背負ったもののために、最後まで闘うって決意したはずだぜ。オレとの勝負、受けてくれるな!?」固い友情に結ばれ、決勝戦までをともに支えあってきた2人が、今本気のデュエルを始めようとしている！

遊戯と城之内による決勝戦は、互角に進んでいた。技の遊戯に対してパワーで対抗する城之内。決着はなかなか着きそうになかった。遊戯は切り札の1つでもあるブラックマジシャンを、魔法カード・マジカルシルクハットに隠す！城之内は、なんとかブラックマジシャンをシルクハットからおびき出そうとするのだが……。

ついにペガサスと対決する日がやってきた。デッキを手にした遊戯は、双六の言葉を思い出していた。｢苦しいときにこそ自分の心と向き合え。必ずや活路を見出せるハズじゃ！｣決戦を前に、遊戯はペガサスに、自分が勝ったら双六そして海馬兄弟の魂を解放することを誓わせる。一方、ペガサスを信用できない本田は、海馬とモクバだけでも救い出して遊戯の負担を軽くしようと……。

遊戯のどんな戦略もペガサスにはお見通しだった。やはり千年眼(ミレニアムアイ)で心を読まれてしまっては、勝ち目はないのか!?その頃、モクバを背負って逃げ惑う本田も追い詰められていた。やはり無理だったか……、本田があきらめかけたそのとき、闇獏良が現れる！ペガサスの配下の男たちに銃をつきつけられた獏良が、その手にかかげたのは、なんと魔力の枷(かせ)のカード！

追い詰められた遊戯の次の手は、ブラックマジシャンとマジカルシルクハットのコンボ。これでペガサスの攻撃をかく乱することができるかも……。しかしペガサスは遊戯の 心を読み、ブラックマジシャンの隠し場所を当ててしまう。遊戯絶体絶命！ところが！ペガサスの攻撃は外れてしまう。遊戯は心を読まれない方法を見つけたのか!?

ペガサスの提案した｢闇のゲーム｣を、もう1人の自分とともに戦うことを決意する遊戯！闇に包まれたデュエルリングにモンスターが現れる。｢闇のゲーム｣では、プレイヤーの精神力がモンスターを実体化させるという。つまり、精神力が尽きればプレイヤーは命を落すこともあり得るのだ！　常人にはとても耐えられないというその戦いに挑む遊戯の運命は……！

遊戯が倒れてしまっては、闇遊戯1人で戦うしかない。しかし、それでは心の中を見すかすペガサスに勝てるはずもない。そのとき闇遊戯の心に語りかけてきたのは、祖父、双六(すごろく)の声だった。｢心の中にいるのは、もう一人の自分だけじゃない。見えないきずなでつながっている者たちがいるはずじゃ｣　杏子、本田、城之内そして遊戯……4人の友情のきずなは闇の力に対抗できるのか!

デュエルに敗れ、自分の部屋に戻っていたペガサスの前に闇獏良が現れる。闇獏良の目的は7つの千年アイテムを手に入れること。すべてがそろえば世界を支配できるほどのパワーを手に入れることができるという。獏良に襲われたペガサスの部屋に残された日記に記された、ある少女の物語とは……!?

デュエリストキングダムでの戦いは終わった。城之内は賞金を手にし、封印のとけたモクバは兄海馬と無事に再会し、入院したペガサスから遊戯には｢友情の絆｣カードが届けられた。帰ってきた遊戯たちを出迎えたのは、意識を取り戻した双六。しかしその双六の前にわずか12歳の全米チャンピオン、レベッカが現れて……！

双六は、レベッカに彼女の祖父アーサー・ホプキンスと出会ったときのことを話し始めた。場所はエジプト。レアカードを求めてエジプトの市場を訪れた双六は、アメリカの考古学者として遺跡発掘に来ていたアーサーと出会う。アーサーは異端の考古学者とされていた。それは遺跡に記された文字の解析から、古代エジプト人がデュエルモンスターズを儀式として行っていたという説を発表したからだった……！

海馬コーポレーションに戻ってきた海馬瀬人はペガサスと手を組んだビッグ５をクビにしようとする。しかし、ビッグ５が開発したというデュエルモンスターズを元にしたアドベンチャーゲームを挑まれ、受けて立ってしまう。ゲーム開始直後、海馬の意識はデータ化されゲームの中に閉じ込められてしまった。ゲームをクリアしない限り、電脳世界をさまよい続けるしかないというのだが!?

海馬を救うためにゲーム世界で戦う遊戯、城之内、モクバ。チャンピオンお蝶に挑むブタの仮面のジョーこと城之内だったが、ハーピィ・レディを使うお蝶の戦法、高飛車なものの言い方はどこかで聞いたことが……。仮面を脱いで見せる城之内に驚くお蝶。そう、お蝶は孔雀舞だったのだ……！

遊戯、城之内、舞そしてエアルは、飛行船に乗って暗黒浮遊城へ向かった。彼らを迎え撃つのは無数のモンスターの群れ。ハーピィ・レディ、魔導士ギルティア、ブラックマジシャンなどを繰り出して戦う遊戯たち。しかしこれではきりがない。遊戯は光の護封剣のカードを使って飛行船を守る作戦に出る。

双六じいちゃんの店の目の前に新しいゲーム店がオープンした。人生最大の危機だと落ち込むじいちゃんをしりめに、その店で売り出されるという最新ゲームに興味津々の遊戯。杏子と一緒に偵察と称してその店にでかけていくが……。

新カード店の地下ゲーム場で、城之内を助けるため、御伽との勝負を受けた遊戯。御伽が作ったダンジョンダイスモンスターズは、ダイスに刻まれたクレストを揃えてモンスターを召還する。でも遊戯の選んだダイスは召還クレストが１つずつしかなく、モンスター召還が困難で劣勢になっていく……。

御伽は、遊戯がいかさまでペガサスに勝ったと思い込んでいた。その名誉を守るには、ダンジョンダイスモンスターズに勝つしかない。遊戯はこのゲームのコツを、そして奥深い醍醐味を急速に理解していく。だが、ダイスを展開してダンジョンを伸ばすこのゲームには、もうひとつ大きな落とし穴があった……！

奥の深いＤＤＭで、窮地に立つ遊戯。ダイスを展開するスペースがなくなりモンスターが召喚できない!?　 御伽のゴッドオーガスの攻撃に、守備しかできない遊戯は、次々とモンスターを失ってしまう。 もう手のうちようがない、とあきらめかける彼に、城之内の声が飛ぶ！　闘うんだ！　たくさんのデュエリストたちのために、と……。