朝、学校への支度をする遊戯は、首から鎖で千年パズルを下げていた。闇遊戯に冷やかされ照れる遊戯。そして迎えにきた杏子と一緒に学校へ向かう。　だが通学途中に見かけた占い師に、千年パズルを見せてくれといわれ、油断した遊戯はパズルを奪われてしまう！追う遊戯は、廃工場へと誘い出され、謎の敵とデュエルをするハメになる……!?

何者かに操られたキースに、デュエルで追い詰められていく遊戯。敵の狙いはパズルの中の闇遊戯をひきずりだすこと。遊戯は自分一人の力で戦う決意をする。キースのゼラを前に、遊戯はブラックマジシャンで対抗。　その最中、影で様子をうかがう闇獏良の力で、キースが正気を取り戻す。だが再び意志を乗っ取られそうになったキースは錯乱し、千年パズルを壊してしまう…!!

童実野町で古代エジプト展が開かれることになり、エジプト考古局局長イシズがやってくる。なぜか彼はまだオープン前の展示場に海馬を呼び出すのだ。そこでイシズが見せたのは三千年前の壁画。なんとペガサスも過去にそれを見て、デュエルモンスターズを作ったという！　そこにはデュエルそっくりの石版、そして遊戯に似た王の姿が…。　その頃遊戯は、闇遊戯に直接、君は何者？とたずねていた…。

闇遊戯が元気ないのを気にした遊戯は、日曜日に杏子をデートに誘う。闇遊戯とのデートと知りドキドキする杏子。そして当日、遊戯は闇遊戯に後をまかせて奥に引っ込んでしまうが、杏子は彼を街に連れ出し元気づけてくれる。　そんな中ゲームセンターのダンスバトルと遭遇。杏子は凄腕のジョニーを相手に見事なダンスで勝利！でもジョニーは納得せず、デュエルでの勝負を挑んでくる…！

自分が何者なのか知る決意をした闇遊戯は、杏子とともに古代エジプト展に向かう。そしてその地下展示場で石版を見て確信する。自分は古代に千年パズルに封印された王の魂なのだと。そこに現れたイシズは、記憶を取り戻すためには千年アイテムを全て集めなければならないという。その頃、海馬はイシズから託されたオベリスクの巨神兵の力をためすため、最強デッキをセットされたデュエルロボとのデュエルを始めていた…！

１週間後のデュエルモンスターズ大会を宣言した海馬。この町に強豪デュエリストが集結するのだ。　そこで遊戯たちはさっそく参加資格となるニューディスクを入手しにいく。遊戯は海馬の設定したランクのおかげで無料でディスクを手にできる。でも城之内は失格寸前？　それでもなんとかディスクを手に入れた城之内は、妹の手術に立ち会うために病院へと急ぐ。しかしその前に、レアカードを狙う集団グールズが立ちはだかる…！

バトルシティ開幕の朝。遊戯は一晩中かけてデッキを組んでいた。そこで闇遊戯は遊戯にいう。　この闘いは自分を探す闘いになるはずだと。舞はもちろん羽我、竜崎、梶木たちも姿を見せる中、飛行船から海馬が開会宣言！各自が指定された位置からスタートし、町全域でバトルするルールなのだ。６人を倒し残った８名だけが決勝に残れるという。　そして遊戯が最初に出会った相手は、城之内からレッドアイズを奪ったレアハンターだった…!!

レアカードを狙うグールズと戦う遊戯。彼は相手がエグゾディア召喚を狙ってカードをそろえつつある事を見抜く。だがあとパーツカード１枚でエグゾディアは完成するのだ！絶体絶命の中、遊戯は光の封札剣でパーツカードを３ターン封印することに成功する。　だが遊戯の攻撃も封印され、勝負は時間の問題？遊戯は、手札でパーツをそろえるエグゾディアは場が手薄になる、と相手の弱点を指摘。そして勝負は、自分のデッキを信じられた方が勝つ、という…。

城之内は超能力を使うという絽場に戦いを挑む。遊戯と誓った真のデュエリストを目指すため、自分より強そうな相手を選んだのだ！そんな城之内を、闇遊戯が、そして病院の静香も見つめていた。見舞いに来た本田がパソコンを持ち込み、デュエルの中継を見せていたのだ。　だが、手札を次々に言い当てる絽場に、さすがの城之内も最初から苦戦！しかし天使のサイコロを見抜かれた時、城之内は絽場のトリックに気がつく…！

トリックを使わない絽場。しかしその実力に追い詰められる城之内。絽場のサイコショッカーの前に、城之内の作戦は次々とけ散らされてしまう。負けを認めろ、と迫る絽場。　その頃病院では、静香が本田の嘘を見抜いていた。看護婦から本当の戦況を知り、兄を応援する。そしてその状況を本田が杏子に知らせ、杏子が城之内に告げる。あきらめかけた城之内は、妹が見ていることを知り再び気力を取り戻す。　そして最後の策、ルーレットスパイダーに全てを賭ける…！

バトルシティが続けられる童実野市。その中でモクバの言うことを聞かずトラブルを起こす参加者の前に、海馬が登場。彼はオベリスクの巨神兵を使って違反者を倒していく。　だがそのオベリスクのカードの存在を、グールズ総帥のマリクが察知。海馬が神のカードを手に入れ、この大会を開催したことを理解する。実は海馬にカードを託したイシズは、マリクの姉だったのだ。　そしてマリクが次の手を打つ。遊戯に第二のレアハンターを放ったのだ。相手は、遊戯と同じブラックマジシャン使いの奇術師パンドラだった…。

マリク率いるグールズの刺客パンドラと対し、ゲーム屋のビルの地下でデュエルを戦う遊戯。一度はパンドラのブラックマジシャンを封じるが、トラップで復活されてしまう。そしてブラックマジシャン同士で対決することになる。同じカードでは、トラップや魔法の使い方がカギなのだ。互いにトラップと魔法をくりだし、互角に戦う遊戯とパンドラ。対遊戯デッキに自信のあるパンドラに対し、最後はカードへの信頼が勝負を決める、という遊戯…。その頃、反応が消えた遊戯を探し、海馬も動いていた。そして遊戯とグールズのバトルの場所をつきとめる…！

グールズの刺客パンドラと対する遊戯。互いにブラックマジシャンを失ってしまう二人。だがパンドラはまだ２枚もブラックマジシャンをデッキに持っている。唯一のブラックマジシャンを失った遊戯は圧倒的に不利なのだ。

そしてパンドラは、罠カードで遊戯のモンスターを消し去り、黒魔術のカーテンを使いブラックマジシャンを召喚する！　これで遊戯は絶体絶命!?　しかし黒魔術のカーテンの力で、遊戯のデッキからブラックマジシャンガールが召喚されるのだ！　攻撃力は低いが、ブラックマジシャンの弟子で、墓に眠る師を受け継ぐという…。

童実野市でバトルシティが続く中、街で再会する遊戯、舞、城之内。互いに勝ち残る意気込みを見せる。だがその城之内が、ある少年にデュエルディスクを奪われてしまう!?　危ないところを、偶然出くわした杏子たちの協力で捕まえ、ディスクを取り戻す。でもそれが羽蛾の罠だった！　少年は城之内のデッキにあるカードを混ぜていたのだ。　そうとは知らず、羽蛾に挑戦する城之内。しかもレアカードとパズルカード、２枚を賭けた勝負をする事になってしまう！　そして城之内のサイコショッカーが、羽蛾の放った寄生体にかかり、羽蛾のライフポイントを上げていく…！

城之内のカードは、羽蛾の寄生虫パラサイドに寄生されて攻撃が無力化。しかも強力なグレート・モスを召喚され絶体絶命！　だがこのピンチに、魔法カード悪魔のサイコロと天使のサイコロで力を逆転！　グレート・モスを粉砕する。

しかし羽蛾は、さらなる奥の手、昆虫族最上級のインセクト・クィーンを召喚する。場の昆虫族からパワーを得るクィーンは、昆虫化した城之内のカードからもパワーを得てしまう！　攻撃も無力化したままで、なす術のない城之内にあきらめの思いがよぎる。だが、そんな圧倒的劣勢の城之内に、病院から応援する妹・静香の思いが届く…？

羽蛾に勝利した城ノ内は、デュエリストとしても成長していた。そして遊戯といつか戦うという想いを胸に次の戦いを目指す。その頃、グールズを操るマリクは海上のクルーザーにいた。彼はついに遊戯を本気で倒す決意をかためていた。千年ロッドの力でパントマイマーを操り、遊戯への勝負に挑む！　遊戯はすぐに相手の正体がマリクだと気がつく。マリクは神のカードを持つという強敵だ。だが闇遊戯の記憶を取り戻すためにも、この勝負を制する、と決意を新たに挑むのだ…。

マリクの操るパントマイマーと戦う遊戯。マリクは悪夢の鉄檻カードで互いの攻撃を封じ、神のカード召喚へとターンを進める。マリクは、墓守りの一族として背負わされた屈辱や絶望を語り、王である闇遊戯への復讐を宣言する。そして、ついにマリクの神カード、オシリスの天空竜が召喚される！　そのすさまじいオーラに戦慄する遊戯。手札の数で攻撃力が決まるオシリスに、強欲な壷カードで手札を増やすマリク。しかも彼は、オシリスは無限の力がある、という。

その頃、神のカードを持つグールズを探し、海馬はバトルシティ全域を検索していた…。

究極のコンボ、ゴッド・ファイブを完成させ、神のカードをさらに無敵にしてしまうマリク。遊戯がモンスター召喚した瞬間２０００ポイントのダメージを受けるし、オシリスの天空竜は無限の手札のカードのおかげで、どんどんパワーをあげる。まったく勝ち目の糸口すら見つからずあせる遊戯。だが、それを見ていた海馬は、無敵のマリクを倒す方法を見つけるのだ。そして遊戯も同じ方法に気がつく。遊戯は、次の１ターンで勝負が決まる、というのだ…！

パントマイマーを操るマリクに勝ち、オシリスを手にした遊戯。城之内を心配して彼を探しに行こうとすると、その遊戯の前にレアハンター２人が立ちはだかる！　しかもどちらがデュエルするかでもめるのだ。すると、海馬が現れタッグマッチを提案する！　海馬はレアカード強奪団グールズの壊滅が目的なのだ。そして行われたデュエルで、海馬は遊戯の援護を拒否し、神のカードを召喚してレアハンター２人をあっさり倒してしまう。 その頃城之内は、次の強敵を探し、梶木にターゲットをしぼっていた…。

水族館で梶木と戦う城之内。海カードに対し、ドラゴンに乗るワイバーンを使い、空中から直接攻撃を狙う。だが、その攻撃は水竜巻トルネードウォールで防がれてしまう。しかも梶木が召喚したモンスターは海のフィールドにまぎれてどこにいるかもわからない。

そのモンスター、伝説のフィッシャーマン・シーステルス || は、海に守られながらワイバーンをモリの一突きで倒す！　このフィッシャーマンは、実は海に消えた梶木の父親が、彼に送ったものだった。魂のこもったカードに追いつめられた城之内は…。

ついに決勝進出を決めた城之内。彼は病院にいる妹の静香に電話で報告する。静香の目の包帯ももうじきとれるから決勝を見に来るという話に、大喜び。そんな城之内たちの前に、傷ついた獏良を支えてナムという少年がやってくる。獏良は何者かに襲われたらしく、城之内は獏良を手当てしてくれたナムに感謝する。だがそれは、マリクと獏良の作戦だった…！

その頃、城之内を探す遊戯は、海馬とともに水族館へと向かっていた。遊戯と戦いたい海馬は城之内探しを手伝うのだが…。

タッグを組んで立ちはだかるグールズの刺客、光の仮面と闇の仮面。しかし海馬はあくまで遊戯の力はいらない、とひとりで倒そうとする。遊戯は、光の仮面の出した呪魂の仮面カードでターンごとにライフを削られるピンチにおちいる！　さらに敵は、いけにえ封じのカードで、上級モンスターの召喚をできなくしてしまうのだ！　次々と手を封じられ、海馬に直接攻撃が襲う!?　それを遊戯のクリボーが盾になり何とかしのぐのだが…。 その頃、グールズに捕らわれた杏子は、同じように捕まったモクバと出会う…。

グールズの光の仮面、闇の仮面のタッグを相手にした遊戯と海馬。遊戯のリバースカード・手札抹殺と、海馬の死者蘇生のコンボで、ブルーアイズの召喚に成功する！　しかもブルーアイズの力を上回る仮面魔獣を、墓地に置いた装備カードの力を加えて倒してしまう。しかし光の仮面は、弱体化と凶暴化の仮面カードコンボで再び優位に立つのだ…！ その頃、捕らわれた杏子とモクバは、脱出方法を見つける。モクバだけなら、ダンボールを積めば天窓から逃げ出せるはず、と…。

結束の力に納得した海馬。彼は遊戯に切り札を使わせるため、ブルーアイズをオトリに使うのだ。そして遊戯のマグネット・バルキリオンの合体で、優位に立つ。だが、光の仮面・闇の仮面のダッグは恐れていない？　その敵の策を察知した遊戯は、ブルーアイズの復讐にはやる海馬に言う。冷静に勝機をみきわめろ、と。

そして予想通り、敵は遺言の仮面の力で遊戯のマグネット・バルキリオンを奪ってしまうのだ！　だがそれも遊戯と海馬の作戦だった。ふたりの結束の力が、ついに神のカードを召喚する…!?

仮面のレアハンターコンビを倒した遊戯と海馬。杏子に助けられたモクバがヘリでやってきて、三人で童実野埠頭へと向かう。それはマリクの手に落ちたという城之内のいる場所だ。ヘリの中で海馬は、遊戯にマリクの正体を聞く。そこで遊戯が語るマリクとの因縁。マリクが千年アイテムを持つ者だということ、そして彼の目的が遊戯の抹殺であることも…。 だが海馬は、非科学的だ、と話を信じない。そこで遊戯は、実は今の自分は遊戯の中にいるもうひとつの魂なのだ、という話を告げるのだ…。

いよいよ童実野埠頭に到着する海馬のヘリ。そこにはやはり、マリクに洗脳された城之内が待ち構えていた。しかも、遊戯と城之内のデュエルは特別な仕掛けがほどこされていた。お互いに足かせをつけられ、それにつながる巨大なイカリが吊るされ、爆弾がしかけられているのだ。勝負が決まればイカリは海に落下し、勝者だけが足かせのカギを解けるという。

おまけに杏子まで洗脳され、ヘタなことをすれば彼女も殺されるのだ。確実にどちらかが海に引きずり込まれる死のデュエルが始まる…！

闇遊戯と､マリクに洗脳された城之内との生死をかけたデュエルは続く。城之内のデッキは、相手のプレイヤーに直接ダメージを与えられるよう、マリクにより禁止カードを入れたものだった。闇遊戯は城之内の「ファイヤー・ボール」のカードで攻撃をされ、直接ダメージを与えられてしまう。

どうしたら城之内の心を取り戻すことができるのかと苦悩する闇遊戯。その時、遊戯が闇遊戯に話しかけてきた。そして、遊戯が前面に立つことになる…。

城之内がこれまでずっと共に闘ってきた「レッドアイズブラックドラゴン」を召還し、城之内にそれを攻撃させることによって洗脳を解こうとする遊戯。遊戯の狙いどおり、レッドアイズを攻撃した城之内は、自分ではなぜだかわからないながらも、心の痛みを感じるのだった。

城之内を敗者にし自分だけが生き残ることができない遊戯は、千年パズルを自分の代わりに持っていてもらいたいと城之内に渡す。マリクは、千年パズルを海に投げ込み、２度とパズルが組みあがらないようにしろと城之内に命じるが…。

遊戯と、マリクに洗脳された城之内とのデスマッチは終盤を迎えていた。マリクは、ライフポイントが残り少なくなった遊戯にとどめを刺すよう城之内に命じる。しかし、遊戯の努力で次第に洗脳から目覚め始めた城之内は、もうマリクの言いなりにはならなかった。

そして残り時間は１分。マリクは「デス・メテオ」のカードで遊戯を殺そうとする。その瞬間城之内は「死ぬな、遊戯！」と叫び、完全に洗脳から覚めるのだった。城之内が心を取りもどしたことをよろこぶ遊戯は、伏せカード「精霊の鏡」を発動する。これは相手が魔法カードを発動したとき、その魔法を吸収し、操る力を持つカードだったが…。

遊戯はいよいよバトル・シティ決勝トーナメント進出を決めた。またデュエルで遊戯を葬ることのできなかったマリクも決勝トーナメントに向かう。一方、遊戯を仕留めるのに成功したら千年ロッドをもらうという約束をしていた獏良も、マリクから「どうしても千年ロッドが欲しいなら自力で決勝に来い」といわれ、バトルシティに参加するため重傷の身で病院を抜け出す

決勝進出の権利を勝ち取ろうとしていた獏良は、卑怯な手を使ってカードを集めていたかつてのバンデッド・キースの手下、佐竹・骨塚・高井戸と出会うが…。

バトルシティ決勝トーナメントの会場に向かう遊戯、城之内、舞たちの前に、リムジンが止まった。中から出てきたのは、ハリウッド・スターのジョン・クロード・マグナム。彼は、舞を迎えに来たという。

かつて豪華客船の上でデュエルをした舞とマグナム。そして舞の強さに惚れこんだマグナムは舞にプロポーズをし、｢デュエルに勝ったら結婚してあげる｣ という約束を取り付けていたという。マグナムはその約束を果たすため、舞とデュエルをしに来たのだ。マグナムの挑戦を受ける舞だったが…。

バトルシティ決勝トーナメントの行なわれる童実野スタジアムに、予選通過者たちが次々と集まり始める。決勝トーナメントに出場できるのは８名。海馬瀬人、遊戯、城之内、孔雀舞、ナムに変装したマリク、マリクと裏で取引をしている獏良、そしてマリクと名乗るリシドの７名が現れた。前回のデュエルで遊戯を殺すことができなかったマリクは打倒遊戯を誓い、一方の遊戯は、この戦いに勝って失われた王の時の記憶を取り戻そうとしていた。

そして集まった７人の前に、本当の決勝戦の舞台、飛行船「バトルシップ」が現れる。

バトルシティ決勝の会場、童実野市上空を飛ぶバトルシップ。いよいよ始まる決勝トーナメントは、なんとビンゴマシンでの抽選で決めるという。それぞれのデュエリストナンバーから選ばれた第一回戦の対戦は、獏良と遊戯だった！

そして二人は天空デュエル場へ。決勝は高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部、外にむき出しのリングで行なわれるのだ。そこで遊戯は、デュエルの前に闇の獏良の正体を指摘する。獏良も、ついに千年リングに宿る闇の住人の人格であることを認める！　そして二人のデュエルが始まった…!!

高度千メートルを飛ぶバトルシップ上部での天空デュエル。闇獏良のフィールド魔法・暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のライフポイントが削られていく。さらに獏良はウィジャ盤を召喚。Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！

Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！さらに怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てること。しかも卑怯なことに、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。

バトルシティ決勝トーナメント一回戦で遊戯に敗れ、重傷を負った獏良。静香の ｢人の命はデュエルより大切なはず｣ という言葉に動かされた海馬は、バトルシップの中に待機している医療チームを獏良のもとに派遣した。

獏良のことを医療チームにまかせ、本田は御伽を連れて、なくなった獏良の千年アイテムを探す。本田が御伽を連れていったのは、御伽の静香に対する馴れ馴れしい態度に釘を刺そうとしていたからだった。しかし御伽はそれに反発し、２人は静香をめぐってケンカを開始。ケンカをするうち２人は柵の外から足を踏み外し……。

バトルシティ第２回戦は、抽選により城之内とマリクを名乗るリシドの対戦となる。リシドをマリクだと信じている城之内は、自分を洗脳した憎きマリクを倒すと意気込む。

そしてデュエルが始まった。リシドは徹底的にモンスターを出さず、フィールドにトラップカードでワナをはる戦術で戦おうとする。対する城之内は、リシドにありったけのトラップカードを出させる間に自軍モンスターを召還し、リシドがトラップカードを出し切った時 ｢ハリケーン｣ のカードでフィールドからカードを一掃し、モンスターで総攻撃をかける作戦を考えるが…。

城之内とマリクにふんするリシドの戦いは続く。リシドは城之内の裏をかき、狙いどおりトラップモンスター「アポピスの化身」を召還する。城之内は「スケープゴート」を伏せカードにしてリシドの攻撃を受けきろうとするが、逆にリシドのカウンター攻撃にあい、ライフポイントがわずか２００ポイントになってしまう。

弱気になった城之内は、降参寸前まで追い込まれるが、舞と静香にはげまされ、再び戦う勇気を取り戻すのだった。

一度はリシドを追い詰めた城之内だったが、リシドが召還したモンスター「聖獣セルケト」に自分のモンスターを食べられてしまい、なすすべがない。一方、リシドはデュエルの途中で幼い頃を思い出す。

デュエルが進むにつれ、「聖獣セルケト」は城之内のモンスターを食べ、攻撃力を吸収してますます強力になっていく。城之内は負けを覚悟しながらも、ライフがゼロになるまで諦めずに闘うことを宣言。城之内は、その正々堂々とした闘いぶりに、リシドがマリクでないことを直感する。

城之内とマリクに扮するリシドの戦いは続く。リシドは城之内を聖獣セルケトで攻撃しようとするが、マリクは ｢城之内を神のカード 『ラーの翼神竜』 でしとめ、王の一族としての証を見せろ｣ と命令する。そしてリシドはマリクの言葉に従い、聖獣セルケトと自らのライフポイント半分をいけにえに、聖柩に安置されたコピーカードの 『ラーの翼神竜』 を召還する。リシドの 『ラーの翼神竜』 の攻撃力は5825ポイント、それに対して城之内のライフポイントはわずか200ポイント。これで攻撃すればリシドの勝利は決定的だったが…。

バトルシティ決勝トーナメント第３回戦の抽選が行なわれ、舞とマリクの対戦が決まる。マリクの中には、それまでリシドによって抑えられていた凶暴な闇の人格が目覚めていた。遊戯や城之内らは舞を応援しようとするが、舞は「私はこれまでもひとりで戦ってきた」と応援を断る。しかし、それは舞の本心ではなかった。同級生で仲間同士の遊戯、城之内、本田、杏子らの中に自分が入っていないと思い込んでいた彼女は、そのさびしさから意地をはっていたのだ。

バトルシティ決勝戦３回戦、舞とマリクの「闇のゲーム」は続く。舞はマリクによって遊戯ら仲間の記憶を消され、舞がもっとも恐れる「孤独」の世界へ追い込まれていく。遊戯はそんな舞を救おうと千年パズルの闇の力を使って舞の意識の中に入っていく。そして、この孤独が舞の心にある恐怖感から生まれる幻想であり、精神力でそれを乗り越えるようはげますのだった。

仲間を忘れかけていた舞は、遊戯や城之内の応援の声を聞いて精神力を持ち直し…。

バトルシティ決勝トーナメント第三回戦は続く。舞はマリクから奪った神のカード「ラーの翼神竜」を召還するが、カードに浮かび上がったその力をあやつるための古代神官文字を解読することができず、なすすべがない。さらに舞はマリクの出した「ホールディングアームズ」「ホールディングレッグス」の２枚のカードの力により、背後にせりあがった「ウジャットの石版」に貼りつけられて身動きが取れなくなってしまう。

一方余裕のマリクは、「闇へのいけにえの儀式を始める」と宣言し、舞の解読できなかった呪文を唱えて「ラーの翼神竜」を起動。そして、その攻撃によって舞を焼き殺そうとする。

バトルシティ決勝トーナメント第４回戦がいよいよ始まろうとしていた。４回戦は海馬瀬人と、これまで姿を現さなかった８人目のデュエリストの対戦。相手を待ち受ける海馬の前に現れたのは、マリクの姉・イシズだった。イシズはかつてレアカードハンターの集団・グールズの壊滅のため、自らの持つ幻のレアカード「オベリスクの巨兵神」を海馬にあずけていた。そしてこの大会は、グールズをおびきよせるために２人が共謀して開催したものだったのだ。そのイシズが対戦相手と知り、おどろく海馬だったが…。

バトルシティ決勝トーナメント第４回戦、海馬瀬人とイシズのデュエルは続く。イシズのカードは海馬の攻撃によってことごとく墓地（セメタリー）に捨てられ、イシズの形勢は完全に不利に見えた。しかしイシズはまったくあわてる様子がない。そして海馬がイシズのデッキを完全に破壊したかに見えたその時、イシズはトラップカード「現世と冥界の逆転」を発動、反撃に出る。海馬はワナにかかったのだ。このカードは両者のデッキとセメタリーに眠るカードを入れ替える力を持っていた。そのため海馬のデッキはセメタリーに行き、セメタリーにあったイシズのデッキは生き返った。なんとかデュエルを続ける海馬だったが…。

海馬がイシズとのデュエルを制し、バトルシティの準決勝に進出する４名が出そろう。ラーのカードの分析を行なうモクバのいる管制室へ向かう海馬。そこで海馬は、画面に写った「ラーの翼羽竜」の恐るべき特殊能力が書かれた古代エジプトの文字、ヒエラルティックテキストを自分が理解できることにおどろく。それは古代エジプトでも特別な地位にいたものしか解読できなかった文字だった。海馬は自分に何かが起こっていることを感じる。

一方、遊戯、城之内らはデュエルで倒れた舞を見舞いに行く。そこに現れたイシズに、遊戯は、なぜイシズの弟マリクが遊戯たちの命を狙うのかを聞く。するとイシズは、古代エジプトの時代から墓守り一族として生きてきたイシュタール家の惨劇を話し出すのだった。

邪悪な意思に支配され、もう一つの人格に代わった「闇のマリク」対「闇の獏良」の「闇のデュエル」が始まろうとしていた。それは失われたライフポイントの分だけ、闇が体の一部を消していくゲームだった。獏良の中には、洗脳によってマリクの表の人格が植えつけられており、その「表のマリク」は闇のマリクに対して「お前を葬ることが亡き父へのつぐないだ」と復讐を宣言し、獏良に協力を申し出る。そして表のマリクは獏良に「闇のマリクを倒せば、千年ロッドを渡す」と約束するが、闇の獏良はそれだけでは満足せず、闇の力を手にするための暗号が書かれた、マリクの背中に彫られた碑文の意味も教えることを約束させるのだった。

「闇のマリク」と「闇の獏良」のデュエルが続く。獏良は最強の力を持つ神のカード『ラーの翼神竜』を召還し、マリクを倒そうとする。しかしそれはマリクのワナにはまることを意味していた。マリクはワナカード『歓喜の断末魔』を発動。このカードの効果によって獏良がいけにえにしたモンスターの攻撃力がマリクのライフポイントに加算され、一方獏良の『ラーの翼神竜』の攻撃力は０にされてしまう。ピンチになった獏良は、ラーをあきらめ、自分のライフポイントと引きかえに墓地からモンスターを召還して巻き返そうとするが…。