Un hombre misterioso roba el rompecabezas de Yugi, por lo que éste debe enfrentarlo sin la ayuda de Yami Yugi. Más tarde, Yugi descubre que aquel misterioso hombre es el Bandido Keith.

Keith está siendo controlado por alguien que desea el poder del faraón, ordenándole destruir el Puzzle Milenario. El espíritu del Anillo Milenario de Bakura aprovecha el momento y oculta parte de su energía en una de las piezas del Puzzle

Una exposición egipcia es llevada a cabo y una mujer misteriosa contacta con Seto Kaiba para hablarle del pasado y lo que está por venir. La mujer, de nombre Ishizu, le entrega a Kaiba una carta llamada "Obelisco el Atormentador", la cual es una de las tres cartas de Dios Egipcio.

Téa trata de ayudar a Yami Yugi a averiguar algo sobre su origen, pero, durante su búsqueda, tienen un altercado con un tipo llamado Johnny Steps, quien solo hace trampas y huye de los Duelos en los que ve que no puede ganar. Sin embargo, Téa y Yami Yugi se encargan de darle una lección.

Ishizu le revela a Yami Yugi que él fue un antiguo faraón que salvó al mundo de su destrucción y que, para saber más sobre su pasado, debe enfrentar a Seto Kaiba. Mientras tanto, Seto Kaiba, quien ha probado el poder de "Obelisco", realiza un torneo de Duelo de Monstruos con nuevas reglas. Una de ellas es que el perdedor deberá dar su carta más rara al ganador, con el fin de encontrar las dos cartas de Dios Egipcio que le faltan.

Joey encuentra la forma de entrar al torneo de Seto Kaiba, pero, cuando se dirige al hospital para estar en la operación de su hermana, se topa con los Cazadores Raros, quienes lo obligan a tener un Duelo bajo las reglas de Ciudad Batallas. El Cazador Raro derrota a Joey tras usar a "Exodia" y se lleva su "Dragón Negro de Ojos Rojos"

El torneo de Ciudad Batallas ha dado inicio. Joey encuentra al Cazador Raro llamado Seeker y trata de recuperar a su "Dragón Negro de Ojos Rojos". Sin embargo, Seeker reta a Yugi, quien decide que recuperará al "Dragón" de Joey. Joey trata de advertirle a Yugi lo que esconde el Cazador Raro, pero Seeker amenaza con destruir la carta si lo hace.

Yugi consigue derrotar a Seeker, evitando que use a "Exodia", y recupera el "Dragón Negro de Ojos Rojos de Joey, pero éste no lo acepta y prefiere que su carta esté en el Deck de Yugi. Seeker es controlado por su amo, el cual se presenta ante Yugi y Joey como Marik, diciendo que planea obtener las cartas de Dios Egipcio y el poder del faraón.

Joey tiene su primer Duelo en Ciudad Batallas contra un sujeto llamado Espa Roba, el cual hace creer que utiliza P.E.S. y puede saber qué cartas tiene su adversario. Joey logra desenmascararlo pero su problema más grande empieza cuando Roba Invoca a su Carta de Monstruo más poderosa, "Jinzo".

Joey parece perder la esperanza de ganar el Duelo contra Roba, pero Téa le dice que su hermana Serenity está viendo el Duelo y lo está apoyando. Al saber esto, Joey encuentra la forma de derrotar a Roba y ganar su Carta de Monstruo más rara, "Jinzo".

Yugi comienza un nuevo duelo contra Arkana, otro de los Cazadores Raros al servicio de Marik, quien también tiene un "Mago Oscuro" en su Deck y planea ganar el de Yugi. Además, la mente del perdedor del Duelo se irá al Reino de las Sombras.

El Duelo entre Yugi y Arkana continúa, logrando los dos Invocar a sus "Mago Oscuro" en el Campo. Arkana le cuenta a Yugi que debe derrotarlo para poder reencontrase con su amor perdido, tal y como se lo prometió Marik.

Arkana les ha faltado el respeto a sus monstruos, y su "Mago Oscuro" hace lo posible para ponerse en su contra. Yugi usa a su "Chica Maga Oscura" y logra derrotar a Arkana. Marik controla la mente de su cazador y le indica a Yugi que tiene otro Cazador Raro preparado para derrotarlo, y éste tiene una carta de Dios Egipcio en su baraja.

Joey es víctima de una trampa de Weevil Underwood, quien logra meter una carta "Parásito" en su Deck para obtener ventaja en su Duelo, y las cosas se ponen más difíciles cuando Weevil logra perfeccionar a su "Gran Moth".

Joey logra derrotar al "Gran Moth" de Weevil, pero éste Invoca a su carta más rara, "Reina Insecto". Sin embargo, Joey recuerda el motivo por el cual pelea y encuentra la forma de derrotar a Weevil y obtener su carta más rara.

Yugi se enfrenta a uno de los sirvientes de Marik conocido como "El Silencioso", que es controlado por el propio Marik mientras se acerca a Ciudad Batallas.

El Silencioso logra Invocar a su carta de Dios Egipcio, "Slifer el Dragón del Cielo", que se hace más poderoso de acuerdo al número de cartas que su poseedor tiene en la mano. Yugi no puede hacer mucho, ya que su adversario también posee una defensa perfecta.

Seto Kaiba llega al lugar del Duelo entre Yugi y el Silencioso, ya que desea la carta de Dios Egipcio. Yugi encuentra una falla en la estrategia de Marik y logra hacer que su sirviente se quede sin cartas, por lo que pierde el Duelo. Yugi obtiene a "Slifer" y Kaiba inmediatamente lo desafía, pero Marik planea hacerle daño a los amigos de Yugi, quien corre en su búsqueda.

Yugi y Kaiba derrotan a dos Cazadores Raros llamados Lumis y Umbra de forma fácil. Mientras tanto, Joey comienza su siguiente Duelo enfrentándose a Mako Tsunami, sin darse cuenta de que los hombres de Marik están al acecho. Marik y Bakura hacen una alianza para obtener los siete Objetos Milenarios y las tres cartas de Dios Egipcio.

Joey logra derrotar a Mako Tsunami y obtiene sus cartas más raras y dos cartas localizadoras, completando las 6 que le dan un puesto entre los ocho finalistas. Mientras tanto, Marik y Bakura se alían para conseguir sus objetivos.

Los Cazadores Raros de Marik raptan a Joey, Téa y Mokuba. Lumis y Umbra desafían a Yugi y Seto Kaiba a un nuevo Duelo Doble, si es que quieren rescatar a sus amigos, pero los perdedores caerán al Reino de las Sombras.

Lumis y Umbra demuestran tener grandes habilidades en los Duelos en Equipo y planean ganar las cartas de Dios Egipcio de Kaiba y Yugi. Por otra parte, Kaiba no quiere luchar en equipo y planea ganar el Duelo solo.

Yugi y Kaiba poco a poco van acoplándose para trabajar en equipo, mientras que el equipo de Lumis y Umbra comienza a tener problemas. Aun así, Lumis logra Invocar a un monstruo poderoso que puede darles la victoria. Mientras tanto, Téa ayuda a Mokuba a escapar de los Cazadores Raros. Sin embargo, Marik comienza su siguiente plan, controlando la mente de Joey.

Gracias al Duelo en Equipo, Kaiba logra Invocar a "Obelisco el Atormentador" y obtiene la victoria que les da, a él y a Yugi, un lugar entre los 8 finalistas. Mokuba, quien escapó gracias a Téa, lleva a Yugi al lugar en donde la tienen atrapada junto con Joey.

Mientras viajan al lugar donde se encuentran Téa y Joey, Yugi le cuenta a Kaiba quién es Marik

Marik controla la mente de Joey y lo pone en un Duelo contra Yugi, donde Joey, Téa y Yugi están expuestos al peligro. Tristán y Serenity llegan a Ciudad Batallas, pero los Cazadores Raros están tras ellos.

Yugi decide luchar sin ayuda de Yami Yugi para ayudar a Joey a recuperar el control de su mente, y comienza enseñándole su "Dragón Negro de Ojos Rojos", el que hace que Joey luche por recuperar su mente. Yugi finalmente recurre a entregarle a Joey su Puzzle Milenario. Por otra parte, Tristán y Serenity logran escapar de los cazadores raros gracias a la ayuda de Duke Devlin.

Yugi trata de hacer que Joey recupere su mente recordándole algunos momentos del pasado. Tristán, Serenity, Duke y Mai llegan al lugar del Duelo, en el cual Joey parece estar a punto de ganar y enviar a Yugi al fondo del mar.

Joey logra romper el control de Marik sobre su mente, pero Yugi decide perder el Duelo. Sin embargo, Joey realiza un último movimiento para perder el Duelo también y salvar a Yugi; Serenity se quita la venda de sus ojos y rescata a su hermano Joey.

Siguiendo el plan de Marik, Bakura entra al torneo de Ciudad Batallas y derrota a Bonz, enviándolo, junto con Sid y Zygor, al Reino de las Sombras, y consiguiendo las cartas localizadoras suficientes para ser finalista en el torneo.

Mai se enfrenta a una estrella de Hollywood llamada Jean-Claude Magnum, el cual quiere casarse con Mai, pero, al no poder derrotarla, decide llevársela por la fuerza. Sin embargo, Joey se encarga de rescatarla.

Finalmente, se conoce a los ocho finalistas: Yugi Moto, Joey Wheeler, Mai Valentine, Seto Kaiba, Marik (bajo el nombre de Namu), Odion (bajo el nombre de Marik), Ishizu Ishtar y Bakura. Los finalistas abordan una nave en la que se llevarán a cabo las finales.

El primer Duelo de las finales es entre Yugi y Bakura, quien rápidamente revela ser el espíritu del Anillo Milenario

Bakura domina el Duelo gracias a sus poderosas Mágicas sin la necesidad de usar monstruos, pero Yugi encuentra la forma de revertir la situación y poner el Duelo parejo. Sin embargo, Bakura saca una carta que parece ser la que le dará la victoria.

Bakura está a punto de ganar el Duelo, pero Yugi, como última alternativa, Invoca a su carta de Dios Egipcio "Slifer el Dragón del Cielo". Marik le ordena al espíritu del Anillo abandonar el cuerpo de Bakura para que Yugi no ataque; sin embargo, el espíritu decide no abandonarlo ya que necesita de Bakura para existir. De esta manera, Yugi lanza su ataque y gana el Duelo.

Shadi aparece en la nave donde se llevan a cabo las finales y le cuenta a Yugi cómo Maximilion Pegasus creó las tres cartas de dioses egipcios, pero, al no ser capaz de controlar su enorme poder, tuvo que sellarlas.

El segundo Duelo de las finales es entre Joey y "Marik", quien, en realidad, es Odion, uno de sus Cazadores Raros. Durante el Duelo, Joey descubre que Odion solo maneja Mágicas y Trampas; sin embargo, Odion le demuestra lo contrario cuando usa Trampas que funcionan como monstruos.

Joey se las arregla para derrotar a las trampas-monstruo de Odion, y logra Invocar a sus poderosos monstruos obtenidos durante el torneo, con lo que logra poner parejo el Duelo. Sin embargo, el Duelo de nuevo se pone a favor de Odion cuando Invoca a un terrible y poderoso monstruo, además de tener a su carta de Dios Egipcio, "El Dragón Alado de Ra", sellada en el cofre del "Templo de los Reyes".

Odion recuerda su pasado y cómo juró proteger a Marik antes de ser iniciado como cuidador de tumbas. Odion está a punto de ganar el Duelo, pero, cuando Joey lo cuestiona de ser Marik, el verdadero Marik le ordena a Odion derrotar a Joey usando a "El Dragón Alado de Ra" para que se convenzan de su identidad.

El verdadero "El Dragón Alado de Ra" muestra su furia cuando Odion usa a un falso "Dragón", ocasionando que un rayo caiga sobre Odion y Joey. Gracias al apoyo de sus amigos, Joey se pone en pie antes que Odion y es declarado ganador del Duelo. Tras la derrota de Odion, la parte malvada se apodera por completo de Marik y su identidad queda al descubierto.

El siguiente Duelo es entre Mai Valentine y Marik. En un principio, Mai parece poder hacerle frente a Marik; sin embargo, éste decide llevar el Duelo al Reino de las Sombras, donde, a medida que un monstruo va siendo destruido, su dueño pierde de su mente a una persona en la que piensa.

Mai pierde de su memoria a algunos de sus amigos, pero Yami Yugi interviene para motivarla en el Duelo. El Duelo toma un giro inesperado cuando Mai le quita "El Dragón Alado de Ra" a Marik y logra Invocarlo. Sin embargo, en vez del "Dragón", aparece una enorme esfera.

Marik recita un antiguo texto para controlar a "El Dragón Alado de Ra". Joey trata de proteger a Mai y logra romper la magia de Marik, que impedía que Mai recordara. Marik ordena a su "Dragón" atacar, pero Yugi se pone enfrente, recibiendo el impacto; como ganador del Duelo, Marik envía la mente de Mai al Reino de las Sombras.

Ishizu se presenta como la octava finalista y revela ser la hermana mayor de Marik. Seto Kaiba e Ishizu inician su Duelo. Gracias a su Collar Milenario, Ishizu predice que va a ganar este Duelo.

Seto Kaiba logra Invocar a "Obelisco el Atormentador", pero, gracias al Collar Milenario, Ishizu está preparada para destruirlo. Sin embargo, el Cetro Milenario de Marik tiene una reacción, y le muestra una visión a Seto Kaiba, dándole a conocer que debe ganar usando el "Dragón Blanco de Ojos Azules". Kaiba cambia el futuro que vio Ishizu y sacrifica a "Obelisco" para usar a su "Dragón" y ganar el Duelo.

Ishizu les cuenta a Yugi y los demás cómo la parte oscura creció dentro de Marik cuando era niño, rebelándose a ser cuidador de tumbas y esperar la llegada del faraón. La parte oscura de Marik quiere deshacerse de Odion, pero Bakura, poseído por el espíritu del Anillo, se opone, junto con el espíritu del verdadero Marik.

Un Duelo de Sombras entre la parte malvada de Marik y Bakura con la ayuda del espíritu del verdadero Marik da inicio. A medida que van perdiendo puntos, su cuerpo va desapareciendo.

Gracias a los efectos ocultos de "El Dragón Alado de Ra", la parte malvada de Marik gana el Duelo. Sin embargo, el espíritu del verdadero Marik logra ocultarse en la mente de Téa, mientras que Bakura se oculta en el Puzzle Milenario de Yugi.